<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 4128 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CT009693.5	1	AAGCTTCATCAGAAGGTACGAAAACAGCTATTATAAATTATTGATAATTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	174635	AAGCTTCATCAGAAGGTACGAAAACAGCTATTATAAATTATTGATAATTG	174684

CT009693.5	51	TACTCAGGACCACTAAGGATGCAAATGATACCCTGAGGTTTACATTAAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	174685	TACTCAGGACCACTAAGGATGCAAATGATACCCTGAGGTTTACATTAAAA	174734

CT009693.5	101	TCTGCTTCTTTAGGAGAACAATGTTAATGAAGCTACTATTTTGTAGTTAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	174735	TCTGCTTCTTTAGGAGAACAATGTTAATGAAGCTACTATTTTGTAGTTAT	174784

CT009693.5	151	TGTTTTTAATAAACATGACATTCAGGTTAGAGGTAACAACTGTCAGTGTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	174785	TGTTTTTAATAAACATGACATTCAGGTTAGAGGTAACAACTGTCAGTGTT	174834

CT009693.5	201	TCAATTACTTTCCAACAGTGAAAAGACTCTAAACAGAGAAGCAAGTTTTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	174835	TCAATTACTTTCCAACAGTGAAAAGACTCTAAACAGAGAAGCAAGTTTTC	174884

CT009693.5	251	AGGTGATTTTCCTGTTTAACAATGTCACTGGGTGAATATTGTAGCTTGTC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	174885	AGGTGATTTTCCTGTTTAACAATGTCACTGGGTGAATATTGTAGCTTGTC	174934

CT009693.5	301	CTTCCCTCATGGGACAGGTGGCTGAGAAATCTGCCAGTTAACCTTCTCAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	174935	CTTCCCTCATGGGACAGGTGGCTGAGAAATCTGCCAGTTAACCTTCTCAA	174984

CT009693.5	351	GGGGCATCTGTCACTTGAATAAAATCCCTTCTTCCCACTCCGTGAAAGGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	174985	GGGGCATCTGTCACTTGAATAAAATCCCTTCTTCCCACTCCGTGAAAGGT	175034

CT009693.5	401	GTTTGCTACGGTCTTCAGAGGTGAGACAGTATTCAATGGTTCACATTTAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	175035	GTTTGCTACGGTCTTCAGAGGTGAGACAGTATTCAATGGTTCACATTTAA	175084

CT009693.5	451	GGATGTTAAGTTTCTAAATCAACTATAATAGAAAAAAGAAAAATCATTAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	175085	GGATGTTAAGTTTCTAAATCAACTATAATAGAAAAAAGAAAAATCATTAT	175134

CT009693.5	501	AAAAAATAAAATAAAAAATAAAGACTCTGCAAAACAAACACACACAAAAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	175135	AAAAAATAAAATAAAAAATAAAGACTCTGCAAAACAAACACACACAAAAA	175184

CT009693.5	551	AAAAA-CCCTTACAAAACAAACACAAAAAAGAATGTTAAGTTTCTTAAAG	599
			||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	175185	AAAAAACCCTTACAAAACAAACACAAAAAAGAATGTTAAGTTTCTTAAAG	175234

CT009693.5	600	TATTTTTTAGGGTTATGTCTAACATTCAGTCTTGCATTAATTCACTTGTT	649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	175235	TATTTTTTAGGGTTATGTCTAACATTCAGTCTTGCATTAATTCACTTGTT	175284

CT009693.5	650	TTCAAAATGGCCTCCATTTTAGTCCATGAATTATCAGAGAGAGAGCACGT	699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	175285	TTCAAAATGGCCTCCATTTTAGTCCATGAATTATCAGAGAGAGAGCACGT	175334

CT009693.5	700	TTTTGTGTGAGAGGGTTAGAACCTGCTCTGGGCAGACTATCTCATCCCAT	749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	175335	TTTTGTGTGAGAGGGTTAGAACCTGCTCTGGGCAGACTATCTCATCCCAT	175384

CT009693.5	750	CCTCCCGTCACGGTCCCTTTCGGTTTTCAGAAGATCCAAGAGGTCCAGGA	799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	175385	CCTCCCGTCACGGTCCCTTTCGGTTTTCAGAAGATCCAAGAGGTCCAGGA	175434

CT009693.5	800	CAAAGATTATTTAAAATTCCGGTCACTGAAGAGAGAATGAGAGTTTCTGT	849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	175435	CAAAGATTATTTAAAATTCCGGTCACTGAAGAGAGAATGAGAGTTTCTGT	175484

CT009693.5	850	TAACATTTTGGTTCCTAAAAATCACCGTGAATAGCTCCAGAAGGTTTCAA	899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	175485	TAACATTTTGGTTCCTAAAAATCACCGTGAATAGCTCCAGAAGGTTTCAA	175534

CT009693.5	900	TGTTGGAGAATGAAATCATACACAACTCAAATTCTTCTCTGTGACCAAGT	949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	175535	TGTTGGAGAATGAAATCATACACAACTCAAATTCTTCTCTGTGACCAAGT	175584

CT009693.5	950	GAACACAATCGTTTTTGAAGACTCTGAAAGAGCTTTTGAGTTCTACAGAA	999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	175585	GAACACAATCGTTTTTGAAGACTCTGAAAGAGCTTTTGAGTTCTACAGAA	175634

CT009693.5	1000	AAGGTCAGAATTGCAGCCAGATCCTCTGCCCAGCATGGCATCTTCAAAAA	1049
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	175635	AAGGTCAGAATTGCAGCCAGATCCTCTGCCCAGCATGGCATCTTCAAAAA	175684

CT009693.5	1050	GCAGAAGGAATAGGCATGGACAAATAAAAACTATAAGGAGGAATCAGCTC	1099
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	175685	GCAGAAGGAATAGGCATGGACAAATAAAAACTATAAGGAGGAATCAGCTC	175734

CT009693.5	1100	ACACAAGTCAGAATGGCCATCATTAATAAGTCTGCAGAGAACAAATGCTG	1149
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	175735	ACACAAGTCAGAATGGCCATCATTAATAAGTCTGCAGAGAACAAATGCTG	175784

CT009693.5	1150	GAGAGGGTGTGGAGAAAAGGGAACCCTCCTACACTGTTGGTGGGAATATA	1199
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	175785	GAGAGGGTGTGGAGAAAAGGGAACCCTCCTACACTGTTGGTGGGAATATA	175834

CT009693.5	1200	AGTTGGTACAACCACTGTGGAACACAGTATGGAGGTTCCTCAGAAAACTA	1249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	175835	AGTTGGTACAACCACTGTGGAACACAGTATGGAGGTTCCTCAGAAAACTA	175884

CT009693.5	1250	ACAATGGAATTACCGTATGATCTGGCAATTGCACTCCTGGGAATATATCC	1299
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	175885	ACAATGGAATTACCGTATGATCTGGCAATTGCACTCCTGGGAATATATCC	175934

CT009693.5	1300	AGACGAAACTATAATTCAAAAAGATACATGCACCACCACTATGTTCACTG	1349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	175935	AGACGAAACTATAATTCAAAAAGATACATGCACCACCACTATGTTCACTG	175984

CT009693.5	1350	CAGTATACTTCACAATAGCCAAGACATGGAAGCAACCCCAATGACTATTG	1399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	175985	CAGTATACTTCACAATAGCCAAGACATGGAAGCAACCCCAATGACTATTG	176034

CT009693.5	1400	GCAAATGAATGGATTAAGAAGATATGGTACATATCTATGATGGAATACTA	1449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	176035	GCAAATGAATGGATTAAGAAGATATGGTACATATCTATGATGGAATACTA	176084

CT009693.5	1450	CTCAGCCATAAAAAAGAACTAAATAATGCCATTCGCAGCAACAGGGATGC	1499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	176085	CTCAGCCATAAAAAAGAACTAAATAATGCCATTCGCAGCAACAGGGATGC	176134

CT009693.5	1500	AACCAGAGATTATCATACTAAGTGAAGTACGTCAGAAAGAGAAAGACAGA	1549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	176135	AACCAGAGATTATCATACTAAGTGAAGTACGTCAGAAAGAGAAAGACAGA	176184

CT009693.5	1550	AACCACATATCACCTATACGTAGAATCTAAAATATGGCACAATGAACTTA	1599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	176185	AACCACATATCACCTATACGTAGAATCTAAAATATGGCACAATGAACTTA	176234

CT009693.5	1600	TCTATGAAACAGAAACAGACTCACAGACATAGAGAACAGACTTGTGTTTG	1649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	176235	TCTATGAAACAGAAACAGACTCACAGACATAGAGAACAGACTTGTGTTTG	176284

CT009693.5	1650	CCAAGGGGGAGGGGAGAGGGAGTGGGATGGAATAAGAGTCTGGGATTAGT	1699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	176285	CCAAGGGGGAGGGGAGAGGGAGTGGGATGGAATAAGAGTCTGGGATTAGT	176334

CT009693.5	1700	AGATGTAGACCATTACATTTTGAATGGATAAGAAATGAGGTTCTTCTACT	1749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	176335	AGATGTAGACCATTACATTTTGAATGGATAAGAAATGAGGTTCTTCTACT	176384

CT009693.5	1750	GTGCAGCACGGAGAACAATATCCAGTCTCCTGGGATAGATCATGATGGAA	1799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	176385	GTGCAGCACGGAGAACAATATCCAGTCTCCTGGGATAGATCATGATGGAA	176434

CT009693.5	1800	AGGAAGGTATCACAGAAATTGGCACAATATTATAAATATATAAATATATT	1849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	176435	AGGAAGGTATCACAGAAATTGGCACAATATTATAAATATATAAATATATT	176484

CT009693.5	1850	ATAAACAAACTATGATTTAATTTTTTAAAAGAAGTAAAAAGAAAAAGACA	1899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	176485	ATAAACAAACTATGATTTAATTTTTTAAAAGAAGTAAAAAGAAAAAGACA	176534

CT009693.5	1900	GGCATGAAGCCTGATGAGCTCCTCTAACAATACCCACAAGTCTCTCTTCC	1949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	176535	GGCATGAAGCCTGATGAGCTCCTCTAACAATACCCACAAGTCTCTCTTCC	176584

CT009693.5	1950	CAGTCGATCCTGGTACCCAGCATCTCCACATCCACCTGTCACCTGTGCCT	1999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	176585	CAGTCGATCCTGGTACCCAGCATCTCCACATCCACCTGTCACCTGTGCCT	176634

CT009693.5	2000	CCTCAAAGCAGAGCGCAAAGTGTATCCCACCAACCCTGCTCCATCCTTCT	2049
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	176635	CCTCAAAGCAGAGCGCAAAGTGTATCCCACCAACCCTGCTCCATCCTTCT	176684

CT009693.5	2050	CCCATGACTCCAGCCAAGCAAAACAAGTCATGTGAAATTTCCAGTGGTTC	2099
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	176685	CCCATGACTCCAGCCAAGCAAAACAAGTCATGTGAAATTTCCAGTGGTTC	176734

CT009693.5	2100	AAATGACAGAGCGATTTCATTGTACTAAGTGGCCAAGATGTGCTGGGGCT	2149
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	176735	AAATGACAGAGCGATTTCATTGTACTAAGTGGCCAAGATGTGCTGGGGCT	176784

CT009693.5	2150	TTGTGTTTTTGGTTTTGCTTTTTTTTTTTTTTAATAACTCACACAACAGT	2199
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	176785	TTGTGTTTTTGGTTTTGCTTTTTTTTTTTTTTAATAACTCACACAACAGT	176834

CT009693.5	2200	GTGACACAGACTCTGAGTCAGTCACCTCATATTTTTGTGTGAAAAAGGAA	2249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	176835	GTGACACAGACTCTGAGTCAGTCACCTCATATTTTTGTGTGAAAAAGGAA	176884

CT009693.5	2250	AACAAAATACACAAAGCATCAAGCCTTTTTCTCAGCATAATGACCATGTG	2299
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	176885	AACAAAATACACAAAGCATCAAGCCTTTTTCTCAGCATAATGACCATGTG	176934

CT009693.5	2300	CCAGAAAGGTTAGGAGACTTGCCCAAGGATGCTTGGATGGGGAGGATACT	2349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	176935	CCAGAAAGGTTAGGAGACTTGCCCAAGGATGCTTGGATGGGGAGGATACT	176984

CT009693.5	2350	GGGAAATTCTCAAAAGCGGAGGAGAGAAAGTAGGACTTATGAGTCACCTT	2399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	176985	GGGAAATTCTCAAAAGCGGAGGAGAGAAAGTAGGACTTATGAGTCACCTT	177034

CT009693.5	2400	GGAAAGGCCCTGGACTTCCAGAAGGGCAAAGAACAGTCCTACAGCAATGC	2449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	177035	GGAAAGGCCCTGGACTTCCAGAAGGGCAAAGAACAGTCCTACAGCAATGC	177084

CT009693.5	2450	TAAGATTTCAAGTGTATGAAGCATGATTATGCTGAGAACAAATTTCTGCG	2499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	177085	TAAGATTTCAAGTGTATGAAGCATGATTATGCTGAGAACAAATTTCTGCG	177134

CT009693.5	2500	TATATTTCTCCCTCCTCCAAGAGAACTGCTAGGCTTAAAACATAACACGA	2549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	177135	TATATTTCTCCCTCCTCCAAGAGAACTGCTAGGCTTAAAACATAACACGA	177184

CT009693.5	2550	GGGAATTGGCTGAAGCACAATTTCTAAAAACGAACAGGCTTCAAAAACTA	2599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	177185	GGGAATTGGCTGAAGCACAATTTCTAAAAACGAACAGGCTTCAAAAACTA	177234

CT009693.5	2600	AAAGTGATGGCATAAGATCCTGCCAGCCTCAGTAGGTCCCTGAAGGAATG	2649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	177235	AAAGTGATGGCATAAGATCCTGCCAGCCTCAGTAGGTCCCTGAAGGAATG	177284

CT009693.5	2650	CATGCCTGAAACAGGTTAACTGCAGCAAGGCTAAGAACACATCAGATAGA	2699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	177285	CATGCCTGAAACAGGTTAACTGCAGCAAGGCTAAGAACACATCAGATAGA	177334

CT009693.5	2700	ATGGCCTCTCTTTGTATCTGCTGTTCCCTCTATGGAGATGCTTTTCCCTC	2749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	177335	ATGGCCTCTCTTTGTATCTGCTGTTCCCTCTATGGAGATGCTTTTCCCTC	177384

CT009693.5	2750	TATTCTACACGTGGCCCTTTCACTCGCGGTCAGACCCCTGAATGACAGTG	2799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	177385	TATTCTACACGTGGCCCTTTCACTCGCGGTCAGACCCCTGAATGACAGTG	177434

CT009693.5	2800	GAACAATGACATTGAAAAACCTGTCGCCTCACCAGGAATGCTTCCACTGG	2849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	177435	GAACAATGACATTGAAAAACCTGTCGCCTCACCAGGAATGCTTCCACTGG	177484

CT009693.5	2850	TCAATGGGATTTCTGGAGAAAGACAAATATGGTAGAACTCCATTCACCTG	2899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	177485	TCAATGGGATTTCTGGAGAAAGACAAATATGGTAGAACTCCATTCACCTG	177534

CT009693.5	2900	ATTTTCTCCACTTCATGGTACTACTGATCTAGCAGCCTTGGCAAAATTTA	2949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	177535	ATTTTCTCCACTTCATGGTACTACTGATCTAGCAGCCTTGGCAAAATTTA	177584

CT009693.5	2950	TGAACGAGGAGCCTGAATGGCCCCTGACACCACTTTCCCTCCGAGAGGGC	2999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	177585	TGAACGAGGAGCCTGAATGGCCCCTGACACCACTTTCCCTCCGAGAGGGC	177634

CT009693.5	3000	ATCCCCTCCCTCTGCTTCATTTATCTTCAAAACCCTTACCACTGCCCGCA	3049
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	177635	ATCCCCTCCCTCTGCTTCATTTATCTTCAAAACCCTTACCACTGCCCGCA	177684

CT009693.5	3050	ATTACAGTATACACGTACTGTTCACTGGTTTGTTGTCTGCCTCCCATGTG	3099
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	177685	ATTACAGTATACACGTACTGTTCACTGGTTTGTTGTCTGCCTCCCATGTG	177734

CT009693.5	3100	AGAACGTGCTCTCCCCAAGGGCAGGGGAGGTCCTTCTTGCCCCTCTCCCA	3149
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	177735	AGAACGTGCTCTCCCCAAGGGCAGGGGAGGTCCTTCTTGCCCCTCTCCCA	177784

CT009693.5	3150	GTGCTCCCAGCATCACCTGGTCAGGAGGTAAGCGCACCCCACAGATGTGT	3199
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	177785	GTGCTCCCAGCATCACCTGGTCAGGAGGTAAGCGCACCCCACAGATGTGT	177834

CT009693.5	3200	TGCAATGAATGAACAAACCTCCATCTCCAAGGGTCTTTGGCATTTCTGAT	3249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	177835	TGCAATGAATGAACAAACCTCCATCTCCAAGGGTCTTTGGCATTTCTGAT	177884

CT009693.5	3250	CTTCTGATAGGGTCTGCCGTGTTTCCTGCCTGCCCGGAGGAGCAGAAAGA	3299
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	177885	CTTCTGATAGGGTCTGCCGTGTTTCCTGCCTGCCCGGAGGAGCAGAAAGA	177934

CT009693.5	3300	AGCTTTGCAAGCCCCCTGTCTCCTATAATGAAGCCCATGGATGGGATCCT	3349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	177935	AGCTTTGCAAGCCCCCTGTCTCCTATAATGAAGCCCATGGATGGGATCCT	177984

CT009693.5	3350	TGGGACTTCAATCAGGAGCCCTCCGGCCCAGAGAGGAGGCACCCAACCCC	3399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	177985	TGGGACTTCAATCAGGAGCCCTCCGGCCCAGAGAGGAGGCACCCAACCCC	178034

CT009693.5	3400	TCTTCTGTGAGGAGAGCTCCCACTGCAGAGCAGGGCAGCCCCAAGCTTGA	3449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	178035	TCTTCTGTGAGGAGAGCTCCCACTGCAGAGCAGGGCAGCCCCAAGCTTGA	178084

CT009693.5	3450	AGTCCCTGGGGGAAGGGGGGACCCTCTGCTCTAAGAAGGTTGCCCATGGC	3499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	178085	AGTCCCTGGGGGAAGGGGGGACCCTCTGCTCTAAGAAGGTTGCCCATGGC	178134

CT009693.5	3500	AGCCAGCAGTTCAGAAGAGTGTTTACCATCATCTTGGCACCAGGTGGAGG	3549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	178135	AGCCAGCAGTTCAGAAGAGTGTTTACCATCATCTTGGCACCAGGTGGAGG	178184

CT009693.5	3550	GGCTGCAGGGCTGTTGAACTGGCCCAGAAGTGCTGGGTGAGTCTCAACGT	3599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	178185	GGCTGCAGGGCTGTTGAACTGGCCCAGAAGTGCTGGGTGAGTCTCAACGT	178234

CT009693.5	3600	TTGTTTGTTTCTTTCTTTCTTTCTTTGGTCTATTTAGGGCCGCACCTGTG	3649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	178235	TTGTTTGTTTCTTTCTTTCTTTCTTTGGTCTATTTAGGGCCGCACCTGTG	178284

CT009693.5	3650	GCATATGGAAGATCCCAGGCTAGGGGTCAAATCAGAGCTGTGGCCGTCTG	3699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	178285	GCATATGGAAGATCCCAGGCTAGGGGTCAAATCAGAGCTGTGGCCGTCTG	178334

CT009693.5	3700	CCTACACCACAGCCACAGTAATGCCAGATCTGAGCCACATCTGTGACCTA	3749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	178335	CCTACACCACAGCCACAGTAATGCCAGATCTGAGCCACATCTGTGACCTA	178384

CT009693.5	3750	CACCACAGCTCACAGCAACACTGGATCCTTAACCCACTGAGCGAGGCCAG	3799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	178385	CACCACAGCTCACAGCAACACTGGATCCTTAACCCACTGAGCGAGGCCAG	178434

CT009693.5	3800	GGATCGAACCCACATCCTCATGGTTGCTAGTCAGATTCGTTACCACTGAG	3849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	178435	GGATCGAACCCACATCCTCATGGTTGCTAGTCAGATTCGTTACCACTGAG	178484

CT009693.5	3850	CCATGACAGGAACTCCAAGTCTCAACATTTCTGACAGCTTTGAGACAGAA	3899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	178485	CCATGACAGGAACTCCAAGTCTCAACATTTCTGACAGCTTTGAGACAGAA	178534

CT009693.5	3900	TTGCTTCTGAAACTGTATCCATCAAGGCTTCACTGGGGGGAATGGATTGA	3949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	178535	TTGCTTCTGAAACTGTATCCATCAAGGCTTCACTGGGGGGAATGGATTGA	178584

CT009693.5	3950	GGTGTGTAACCAGAGGTGATTCTGGATAATTCTGGACTGACTTCACTGGT	3999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	178585	GGTGTGTAACCAGAGGTGATTCTGGATAATTCTGGACTGACTTCACTGGT	178634

CT009693.5	4000	ACCTACCTGTGCCTAAAAGACATGAGACATTAACTTTATAGGATAATCTA	4049
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	178635	ACCTACCTGTGCCTAAAAGACATGAGACATTAACTTTATAGGATAATCTA	178684

CT009693.5	4050	TACCCACCTCCCTTCAAGCCAGACGTTCTGGGCATGGAGCCTGGGCATCA	4099
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	178685	TACCCACCTCCCTTCAAGCCAGACGTTCTGGGCATGGAGCCTGGGCATCA	178734

CT009693.5	4100	CCATCAACATGTTAAAAGCTCTCCAGGGG	4128
			|||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	178735	CCATCAACATGTTAAAAGCTCTCCAGGGG	178763

Compact alignment

skip 550 bps 100% identity alignment

CT009693.5	551	AAAAA-CCCTTACAAAACAAACACAAAAAAGAATGTTAAGTTTCTTAAAG	599
			||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT009503.7	175185	AAAAAACCCTTACAAAACAAACACAAAAAAGAATGTTAAGTTTCTTAAAG	175234

skip 3529 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CT009693.5 - 82411 bps
Hit
CT009503.7 - 222099 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 4128 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.98409041281412811746351787631
290.9123229441284421-117619179261
383.752374955050250996-135134356251
496.2625429241304421-142390426831
584.311863572590726263-142397427531
693.031882446479265035-142441426841
788.041933052595826262-160634609341
892.4421027941304408-160637609141
991.471872576479265048-160658609151
1090.711922692597826246162284625521
1188.5318127941304408162285625631
1294.8624529241304421-181871821621
1393.1123129341304422-11155881158771
1487.41180266487324899711156001158771
1592.591852436479365035-11156351158771
1687.963395595056351121-11287791293351
1784.41222417342153463111287791292081
1895.062222634128439011708611711231
1992.59185243647936503511708631711051
2090.8819327041304399-11743011745741
2199.59424794337444174779011787472220991
2289.85182265647926505612003052005701
2389.022854525068251133-12085092089451
Short-link