<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 600 bps

Full alignment

C  CR956629.5	156529	AAGCTTCAGCCCAATACAGAAAGGATGGATGGGATGGTGAGACTTAAGGC	156480
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	60103	AAGCTTCAGCCCAATACAGAAAGGATGGATGGGATGGTGAGACTTAAGGC	60152

C  CR956629.5	156479	AAAATTTACTAACTACTGTGGTTCCTCCTGAGACCACTCATTGTTTTATC	156430
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	60153	AAAATTTACTAACTACTGTGGTTCCTCCTGAGACCACTCATTGTTTTATC	60202

C  CR956629.5	156429	CTTTCTTTCTCTTCCTTTCCTCCCTCCCGTCTTTCCTTCCTAATCTCCCC	156380
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	60203	CTTTCTTTCTCTTCCTTTCCTCCCTCCCGTCTTTCCTTCCTAATCTCCCC	60252

C  CR956629.5	156379	CTCACATGCTCACAAACACATACATGCATTGACACAAACCCAGACTTCTC	156330
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	60253	CTCACATGCTCACAAACACATACATGCATTGACACAAACCCAGACTTCTC	60302

C  CR956629.5	156329	TTGTTTATTTATCCTCTGGGTTCAAGTATCCTTTTTGAACATGGACCAGT	156280
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	60303	TTGTTTATTTATCCTCTGGGTTCAAGTATCCTTTTTGAACATGGACCAGT	60352

C  CR956629.5	156279	AAAAATGACATACATGTGCACACACACACATCTGTATGCACTGTCTCCTG	156230
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	60353	AAAAATGACATACATGTGCACACACACACATCTGTATGCACTGTCTCCTG	60402

C  CR956629.5	156229	TTGTGCATACATATTTGAAACATCATGTTTCCTTAAGGGTATGGTGCTGG	156180
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	60403	TTGTGCATACATATTTGAAACATCATGTTTCCTTAAGGGTATGGTGCTGG	60452

C  CR956629.5	156179	ATGCATCTTAATGTACTCAGAAGTATTTTTTTGATATATGAATGCATGAT	156130
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	60453	ATGCATCTTAATGTACTCAGAAGTATTTTTTTGATATATGAATGCATGAT	60502

C  CR956629.5	156129	TTCGTTTTGTCCTTGTTTTTAATGTATCTGATACATGATTTAAGAAATAT	156080
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	60503	TTCGTTTTGTCCTTGTTTTTAATGTATCTGATACATGATTTAAGAAATAT	60552

C  CR956629.5	156079	TTACTAATGGGAAACAGGAAGCAAGGAAGGGATGATTCATGGTTTGAACA	156030
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	60553	TTACTAATGGGAAACAGGAAGCAAGGAAGGGATGATTCATGGTTTGAACA	60602

C  CR956629.5	156029	TAAATCGATCAACATGTGTTTATTAAAAAAATCCTCTGAGACTGATATCT	155980
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	60603	TAAATCGATCAACATGTGTTTATTAAAAAAATCCTCTGAGACTGATATCT	60652

C  CR956629.5	155979	TTAGTGTATGCGTGTATTATGCATGTATGTCTATATGCATGTTTACATAT	155930
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	60653	TTAGTGTATGCGTGTATTATGCATGTATGTCTATATGCATGTTTACATAT	60702

C  CR956629.5	155929	ATATCTGTCTGTCTGTATCTGACTATGGCAGGAATTTCTTGGGTTTGAAT	155880
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	60703	ATATCTGTCTGTCTGTATCTGACTATGGCAGGAATTTCTTGGGTTTGAAT	60752

C  CR956629.5	155879	TTCCAGTGCCTAGAAAATATCTGACACATGGTAAAGGAGCAATAAAACGT	155830
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	60753	TTCCAGTGCCTAGAAAATATCTGACACATGGTAAAGGAGCAATAAAACGT	60802

C  CR956629.5	155829	TTGTGGAATGAACAAATGCTACTATTTTGGTCTATGGTGTGGGCCAATGA	155780
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	60803	TTGTGGAATGAACAAATGCTACTATTTTGGTCTATGGTGTGGGCCAATGA	60852

C  CR956629.5	155779	CTATGATGCAGGCTGTCCTGATTAGCCATGTGCTCCTCAAGGTCTCTAGC	155730
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	60853	CTATGATGCAGGCTGTCCTGATTAGCCATGTGCTCCTCAAGGTCTCTAGC	60902

C  CR956629.5	155729	TGGGCAGCCTTCCCCACCAAACATATGTCAGACAGAAAGGACTCAGATGG	155680
			||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	60903	TGGGCAGCCTTCCCCACCAAACACATGTCAGACAGAAAGGACTCAGATGG	60952

C  CR956629.5	155679	CTGAGGAGAAAGAAAGCTCCTGACGAGATTCTTCATACTAACTTTTCTTC	155630
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	60953	CTGAGGAGAAAGAAAGCTCCTGACGAGATTCTTCATACTAACTTTTCTTC	61002

C  CR956629.5	155629	CAAAAGCTGGACATTCAAGATTTGGCTTCCATATGCATGCTTAGATAGCT	155580
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
  CR974593.9	61003	CAAAAGCTGGACATTCAAGATTTGGCTTCTATATGCATGCTTAGATAGCT	61052

C  CR956629.5	155579	GATGTAGTTTCAAAAAATATTTCTGGAAATGAAAGTTAGGAAAACTTATC	155530
			|||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	61053	GATGTATTTTCAAAAAGTATTTCTGGAAATGAAAGTTAGGAAAACTTATC	61102

C  CR956629.5	155529	CTAAGAGGTTAAGGTTGCCACTGGCGGCTTTAATTGAGTTGTTAAACTCG	155480
			||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
  CR974593.9	61103	CTAAGAGGTTAAGGTTGCCACTGGCGGCTTTAACTGAGTTGTTAAACTCG	61152

C  CR956629.5	155479	TTGGAAGATTCTGAACTGCAAAACCTACCATCAACTACATTTCAAAGACA	155430
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	61153	TTGGAAGATTCTGAACTGCAAAACCTACCATCAACTACATTTCAAAGACA	61202

C  CR956629.5	155429	CTGAAGGACTTTAGATCATTAGAGCTAGCTTCATTCCTTTCAGACACCTT	155380
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	61203	CTGAAGGACTTTAGATCATTAGAGCTAGCTTCATTCCTTTCAGACACCTT	61252

C  CR956629.5	155379	CTTCAGTGTCTATTCTCATTTCTGCATGAAGCATCTGAGTTTGATTTTAA	155330
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	61253	CTTCAGTGTCTATTCTCGTTTCTGCATGAAGCATCTGAGTTTGATTTTAA	61302

C  CR956629.5	155329	TTCCTCTAGCATCTACGCAGTAACCTTTGATCTCAGGAGCCCCATGAAAC	155280
			||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	61303	TTCCTCTAGCATCTACGCAGTAATCTTTGATCTCAGGAGCCCCATGAAAC	61352

C  CR956629.5	155279	TACTAGGGCATGCACAGAAATGATTCACCAAGTGCCTAGCACACAGCCAA	155230
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
  CR974593.9	61353	TACTAGGGCATGCACAGAAATGATTCACCAAGTGCCTAGCACATAGCCAA	61402

C  CR956629.5	155229	CGCTCAGTGCAAAGCAGCTGACTCAATAGCAAAGATTTATAGGCAGTACA	155180
			| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	61403	CACTCAGTGCAAAGCAGCTGACTCAATAGCAAAGATTTATAGGCAGTACA	61452

C  CR956629.5	155179	AAGTCCTGGCATATTAGAACTAGAGAGAAGCTTAAAATTTATCTTGTTCA	155130
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	61453	AAGTCCTGGCATATTAGAACTAGAGAGAAGCTTAAAATTTATCTTGTTCA	61502

C  CR956629.5	155129	ATCTCTCTCATTTTAAAGATAAGGAAATTGAGGTTCAGAGAGAAATGCTT	155080
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	61503	ATCTCTCTCATTTTAAAGATAAGGAAATTGAGGTTCAGAGAGAAATGCTT	61552

C  CR956629.5	155079	TGCCAAAAGTGACCAAGTTAGAACAGAAGCCCAGCATTCTCAATTCCTTG	155030
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	61553	TGCCAAAAGTGACCAAGTTAGAACAGAAGCCCAGCATTCTCAATTCCTTG	61602

C  CR956629.5	155029	AGTCAGCCTATTTCCATTATAAAAAGCTGTCTCCATCCTATACTGATTTT	154980
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	61603	AGTCAGCCTATTTCCATTATAAAAAGCTGTCTCCATCCTATACTGATTTT	61652

C  CR956629.5	154979	TCACTCCAATATTTTTCTTTGGAATCCTCTAAACTCTATACATTGTCTTA	154930
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	61653	TCACTCCAATATTTTTCTTTGGAATCCTCTAAACTCTATACATTGTCTTA	61702

C  CR956629.5	154929	CTGGAATGTATCATGGAACCACTATAATTCATATGCCCAAACTGTTCACA	154880
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	61703	CTGGAATGTATCATGGAACCACTATAATTCATATGCCCAAACTGTTCACA	61752

C  CR956629.5	154879	AGAAAATGAAATTAGTGAGTCCCTGGGCCCACGGAGAAGACAGGCCTGGG	154830
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	61753	AGAAAATGAAATTAGTGAGTCCCTGGGCCCACGGAGAAGACAGGCCTGGG	61802

C  CR956629.5	154829	GAAACTCTAGTGCAGAGTGTACAAAGTGTAACGTACCTGACAGTGCACAG	154780
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	61803	GAAACTCTAGTGCAGAGTGTACAAAGCGTAACGTACCTGACAGTGCACAG	61852

C  CR956629.5	154779	ATGTGCTGCAAACACCCACAGGTGAGTAGGGATACTGATTCCCTTCAACC	154730
			|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
  CR974593.9	61853	ATGTGCTGCAAACACCCACAGGTGAGTAGGTATACTGACTCCCTTCAACC	61902

C  CR956629.5	154729	TTCTGGATGCCACATAAGGCTGAGACAGCAGAATCCCCAGGCTACAAGTG	154680
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
  CR974593.9	61903	TTCTGGATGCCACATAAGGCTGAGACAGCAGAATCCCCAGGCTACGAGTG	61952

C  CR956629.5	154679	GCCTTGTGCATTTCCCTTGGTGTGGCATAAAAATCCTATCATTTTCTGTG	154630
			||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	61953	GCCTTGTGCATTTCCCTCGGCGTGGCATAAAAATCCTATCATTTTCTGTG	62002

C  CR956629.5	154629	TGTACCAGGACATGAAAAAGGTTGGGAAGGATGCCTGCTAATACTAACAT	154580
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	62003	TGTACCAGGACATGAAAAAGGTTGGGAAGGATGCCTGCTAATACTAACAT	62052

C  CR956629.5	154579	CCTCGAGTACACACTATATGACACAGGGCACTATGCTACTCACAGCACGG	154530
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	62053	CCTCGAGTACACACTATATGACACAGGGCACTATGCTACTCACAGCACGG	62102

Compact alignment

skip 800 bps 100% identity alignment

C  CR956629.5	155729	TGGGCAGCCTTCCCCACCAAACATATGTCAGACAGAAAGGACTCAGATGG	155680
			||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	60903	TGGGCAGCCTTCCCCACCAAACACATGTCAGACAGAAAGGACTCAGATGG	60952

skip 50 bps 100% identity alignment

C  CR956629.5	155629	CAAAAGCTGGACATTCAAGATTTGGCTTCCATATGCATGCTTAGATAGCT	155580
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
  CR974593.9	61003	CAAAAGCTGGACATTCAAGATTTGGCTTCTATATGCATGCTTAGATAGCT	61052

C  CR956629.5	155579	GATGTAGTTTCAAAAAATATTTCTGGAAATGAAAGTTAGGAAAACTTATC	155530
			|||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	61053	GATGTATTTTCAAAAAGTATTTCTGGAAATGAAAGTTAGGAAAACTTATC	61102

C  CR956629.5	155529	CTAAGAGGTTAAGGTTGCCACTGGCGGCTTTAATTGAGTTGTTAAACTCG	155480
			||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
  CR974593.9	61103	CTAAGAGGTTAAGGTTGCCACTGGCGGCTTTAACTGAGTTGTTAAACTCG	61152

skip 100 bps 100% identity alignment

C  CR956629.5	155379	CTTCAGTGTCTATTCTCATTTCTGCATGAAGCATCTGAGTTTGATTTTAA	155330
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	61253	CTTCAGTGTCTATTCTCGTTTCTGCATGAAGCATCTGAGTTTGATTTTAA	61302

C  CR956629.5	155329	TTCCTCTAGCATCTACGCAGTAACCTTTGATCTCAGGAGCCCCATGAAAC	155280
			||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	61303	TTCCTCTAGCATCTACGCAGTAATCTTTGATCTCAGGAGCCCCATGAAAC	61352

C  CR956629.5	155279	TACTAGGGCATGCACAGAAATGATTCACCAAGTGCCTAGCACACAGCCAA	155230
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
  CR974593.9	61353	TACTAGGGCATGCACAGAAATGATTCACCAAGTGCCTAGCACATAGCCAA	61402

C  CR956629.5	155229	CGCTCAGTGCAAAGCAGCTGACTCAATAGCAAAGATTTATAGGCAGTACA	155180
			| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	61403	CACTCAGTGCAAAGCAGCTGACTCAATAGCAAAGATTTATAGGCAGTACA	61452

skip 350 bps 100% identity alignment

C  CR956629.5	154829	GAAACTCTAGTGCAGAGTGTACAAAGTGTAACGTACCTGACAGTGCACAG	154780
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	61803	GAAACTCTAGTGCAGAGTGTACAAAGCGTAACGTACCTGACAGTGCACAG	61852

C  CR956629.5	154779	ATGTGCTGCAAACACCCACAGGTGAGTAGGGATACTGATTCCCTTCAACC	154730
			|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
  CR974593.9	61853	ATGTGCTGCAAACACCCACAGGTGAGTAGGTATACTGACTCCCTTCAACC	61902

C  CR956629.5	154729	TTCTGGATGCCACATAAGGCTGAGACAGCAGAATCCCCAGGCTACAAGTG	154680
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
  CR974593.9	61903	TTCTGGATGCCACATAAGGCTGAGACAGCAGAATCCCCAGGCTACGAGTG	61952

C  CR956629.5	154679	GCCTTGTGCATTTCCCTTGGTGTGGCATAAAAATCCTATCATTTTCTGTG	154630
			||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
  CR974593.9	61953	GCCTTGTGCATTTCCCTCGGCGTGGCATAAAAATCCTATCATTTTCTGTG	62002

skip 100 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR956629.5 - 156529 bps
Hit
CR974593.9 - 62102 bps
Total alignments
50
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.2519272000154530156529-160103621021
287.0611919932688328861277129711
386.36621098334783455-1277128801
485.02114207121910122116-1277129771
581.427918363866640481278929711
687.411722781218501221271763779141
789.561822696411564383-1764779141
890.98191268127736128003-1764779121
987.4516126257991582521764879101
1089.071612468106281307-1764878941
1186.11417283347834181779478651
1282.721262751681117085116958172291
1385.45150268121865122132-116958172251
1484.14122248148453148700-116958172031
1586.051382525303753288116961172111
1681.371112619843598695-116967172291
1781.2295251137197137447-116967172111
1883.821212403593436173-116975172151
1987.351542525799158242-116977172291
2083.741232458106381307116984172291
2193.3360758334683420-117010170841
2294.5930376642466460117016170521
2384.3881726645766628117058172291
2481.65461097934979457117107172151
2586.5253893324533333119454195421
2687.3396376377699-119734197961
2797.373538107662107699-119734197711
2880.16982629843698697120943212041
2983.52129263148429148691120943212031
3086.151292318107681306-120943211731
3185.77150268117715117982-120943212091
3284.71120230127772128001-120943211711
3379.8386245137205137449120967212041
3483.8791706642466593-120976211541
3585.08601141266312776-124459245721
3683.4855114101956102069124460245741
3782.311192593268332941-139660399191
3883471024377443875-139671397701
3984.82138274121860122133144922451911
4088.851692731930619578144923451911
4185.881452725799158262144923451911
4280.4690271137179137449144923451831
4382.96591336393564067-144959450931
4488.2443838337983461145096451801
4590.981892656411964383154245545101
4692.1200265127739128003154245545101
4787.921662645799158254-154245545091
4878.21832561266312918154252545081
4983.05110229153531153759-154254544831
5087.81512458106381307154264545091
Short-link