<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT573045.6	1	GCTGGAGATTTTACCAGGGGTGGGCTTGCACAGTGGAAAGAATATAGAAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	135432	GCTGGAGATTTTACCAGGGGTGGGCTTGCACAGTGGAAAGAATATAGAAG	135481

CT573045.6	51	TCCTTTCCTGTCCTGTGGCTGTCACTTGTTAGCTGTGAGACCTTTAGTAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	135482	TCCTTTCCTGTCCTGTGGCTGTCACTTGTTAGCTGTGAGACCTTTAGTAA	135531

CT573045.6	101	GTCACTAACACCTCAGAGCCTCCACTTCATTCTTGGTAAAAAGAGGGTGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	135532	GTCACTAACACCTCAGAGCCTCCACTTCATTCTTGGTAAAAAGAGGGTGA	135581

CT573045.6	151	TGATTCTAGCTTTTCGGGGCTGCCAAGCGTTGAATCGGGGCTGCCAAGCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	135582	TGATTCTAGCTTTTCGGGGCTGCCAAGCGTTGAATCGGGGCTGCCAAGCA	135631

CT573045.6	201	TTGAATCCGTGCTGCCATCACTGAATCCTCTTACCACTGCCACCTCCTCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	135632	TTGAATCCGTGCTGCCATCACTGAATCCTCTTACCACTGCCACCTCCTCT	135681

CT573045.6	251	ATCACCAAGCCAGTGACTTCTGGGGGTGGGGGGCAGTCCTCAGAAGCATG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	135682	ATCACCAAGCCAGTGACTTCTGGGGGTGGGGGGCAGTCCTCAGAAGCATG	135731

CT573045.6	301	AGGTCGCTGCCTGTGTCACTTCAGATGTGTTTGCAACAATGCTTGAGCTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	135732	AGGTCGCTGCCTGTGTCACTTCAGATGTGTTTGCAACAATGCTTGAGCTC	135781

CT573045.6	351	TGGAGCACAAGACCTGGGTTCTAATCCTCGCTCTGCTCCCTGGCAGGGAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	135782	TGGAGCACAAGACCTGGGTTCTAATCCTCGCTCTGCTCCCTGGCAGGGAC	135831

CT573045.6	401	TCAAGCATTTTGCATCTCACTTGCAACATGAAATCTAAGAGTACCTCCCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	135832	TCAAGCATTTTGCATCTCACTTGCAACATGAAATCTAAGAGTACCTCCCT	135881

CT573045.6	451	TCTTGGTCATTTTTAGCATGTGCCACATTCATAATTATAAAGTTTTTAGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	135882	TCTTGGTCATTTTTAGCATGTGCCACATTCATAATTATAAAGTTTTTAGC	135931

CT573045.6	501	ACGATGTCTGGCACATAGTAAGAGCTATATGTTAAGTAAACAAACCCCCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	135932	ACGATGTCTGGCACATAGTAAGAGCTATATGTTAAGTAAACAAACCCCCA	135981

CT573045.6	551	ACCAACAGGGCTTAAGCTGTAGGATATTTGCTCCTTCACAAGGGATCTGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	135982	ACCAACAGGGCTTAAGCTGTAGGATATTTGCTCCTTCACAAGGGATCTGG	136031

CT573045.6	601	AGGGAGGCAGGTCTGAGGTCTCCGTCCATGGCTGTTGACATCCCATCCTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	136032	AGGGAGGCAGGTCTGAGGTCTCCGTCCATGGCTGTTGACATCCCATCCTC	136081

CT573045.6	651	ACGTGTGTCACTCCAGGGTCACCGGGTGGCTGCTGCAGCTCCAGACCCCG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	136082	ACGTGTGTCACTCCAGGGTCACCGGGTGGCTGCTGCAGCTCCAGACCCCG	136131

CT573045.6	701	CAGGACATCCAGACAGGAAGCAGGCACCCTGCCATCAGCACCTGCCAGGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	136132	CAGGACATCCAGACAGGAAGCAGGCACCCTGCCATCAGCACCTGCCAGGG	136181

CT573045.6	751	TGATGGCGACTACTGCCTTTTCTGTATGTGGCTCTCGGTCCATCAGCCCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	136182	TGATGGCGACTACTGCCTTTTCTGTATGTGGCTCTCGGTCCATCAGCCCT	136231

CT573045.6	801	GTTTCCCACAGGAAGCCCCCCCCCCCCCATTAGCTACAAACAGGGCACAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	136232	GTTTCCCACAGGAAGCCCCCCCCCCCCCATTAGCTACAAACAGGGCACAT	136281

CT573045.6	851	GGCACCCTCCGACAAGAGAGGCATATCGGATATACCCAGGGGGGTGGTCC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	136282	GGCACCCTCCGACAAGAGAGGCATATCGGATATACCCAGGGGGGTGGTCC	136331

CT573045.6	901	CCTGAGACTTGCAGCTCTGTGCTGCCCACACCCCCCTGACAGATAAGCTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	136332	CCTGAGACTTGCAGCTCTGTGCTGCCCACACCCCCCTGACAGATAAGCTG	136381

CT573045.6	951	GAGCCTCCGGGGGCTGTTTTCTGTCCTTCCTGCAGAGGGCGCCCCATCCC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	136382	GAGCCTCCGGGGGCTGTTTTCTGTCCTTCCTGCAGAGGGCGCCCCATCCC	136431

CT573045.6	1001	TCCACGGTTGTGCGGCTTGCTCCTATTCTTCCTCCATCATCGCCATCCTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	136432	TCCACGGTTGTGCGGCTTGCTCCTATTCTTCCTCCATCATCGCCATCCTA	136481

CT573045.6	1051	TTTGGCCCTCCGGTCGCCTGGGCAGGCACGGGGCACGGAAGACATTAGAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	136482	TTTGGCCCTCCGGTCGCCTGGGCAGGCACGGGGCACGGAAGACATTAGAA	136531

CT573045.6	1101	GGCCAGCGTCTTGCGCCAGAAAGCTTTTTGTGCCCCGCGCTGGGTGCTGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	136532	GGCCAGCGTCTTGCGCCAGAAAGCTTTTTGTGCCCCGCGCTGGGTGCTGG	136581

CT573045.6	1151	GCCGAATGCCCGCACCCTATGGGGAAGGCCCTCCTCTGGCTCGCACGTGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	136582	GCCGAATGCCCGCACCCTATGGGGAAGGCCCTCCTCTGGCTCGCACGTGG	136631

CT573045.6	1201	GCTGGAGGGGACACAAGGTCAGGAAGGCATCGAATCCCCTCTGGTGCCCG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	136632	GCTGGAGGGGACACAAGGTCAGGAAGGCATCGAATCCCCTCTGGTGCCCG	136681

CT573045.6	1251	GGTCTTGGGCTCCGGTTCACAAGGGCCTCTCTGGACAGCCTGGGCACGGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	136682	GGTCTTGGGCTCCGGTTCACAAGGGCCTCTCTGGACAGCCTGGGCACGGA	136731

CT573045.6	1301	AGACACTCTGAGGGGGGCTAAGCAGGGTGTGGGTGGGGGCCACGCACGTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	136732	AGACACTCTGAGGGGGGCTAAGCAGGGTGTGGGTGGGGGCCACGCACGTT	136781

CT573045.6	1351	CCTCAGGGAGGCTCTGGCTGCAGTGCCTTCAGGGTGGGGACCACGGTTGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	136782	CCTCAGGGAGGCTCTGGCTGCAGTGCCTTCAGGGTGGGGACCACGGTTGG	136831

CT573045.6	1401	TGGCATCGAGGCTTTTGTTTTAGAAGAGTTGGGCGTGTCAGAAAAGAGCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	136832	TGGCATCGAGGCTTTTGTTTTAGAAGAGTTGGGCGTGTCAGAAAAGAGCC	136881

CT573045.6	1451	ACAGCTGGCATTGCATTGAGCACCACCCTGGGTAGCCTTATGGCACGGCC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	136882	ACAGCTGGCATTGCATTGAGCACCACCCTGGGTAGCCTTATGGCACGGCC	136931

CT573045.6	1501	AGTGCTAGAGACCCCACCAAAGTCAAAGGGCGAAGGAGGCCAAGTTCAAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	136932	AGTGCTAGAGACCCCACCAAAGTCAAAGGGCGAAGGAGGCCAAGTTCAAG	136981

CT573045.6	1551	GCCAAGTCAGCTGCGGGTCCAGGAAGTTCCCTTGGGCCACAGTTGGGCGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	136982	GCCAAGTCAGCTGCGGGTCCAGGAAGTTCCCTTGGGCCACAGTTGGGCGC	137031

CT573045.6	1601	AGTTCTTCCTGTGACCAGCAGAGGGCGGGGCTCCCCTCCTCACCGCCCTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	137032	AGTTCTTCCTGTGACCAGCAGAGGGCGGGGCTCCCCTCCTCACCGCCCTG	137081

CT573045.6	1651	CTTTGTCTCCACAAAGCCTTGAATCCCCGCCCTGGCCTTGAATCCCCACC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	137082	CTTTGTCTCCACAAAGCCTTGAATCCCCGCCCTGGCCTTGAATCCCCACC	137131

CT573045.6	1701	CTGAGCTCCACCCATCCCCCCGCCCCACCCTCTTCCATTAGTTCCCTAAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	137132	CTGAGCTCCACCCATCCCCCCGCCCCACCCTCTTCCATTAGTTCCCTAAG	137181

CT573045.6	1751	CTCTTGGACAGAGCCTAGAGCTGGCAGCTGGAGCAGTTTTGTTCTGTTTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	137182	CTCTTGGACAGAGCCTAGAGCTGGCAGCTGGAGCAGTTTTGTTCTGTTTT	137231

CT573045.6	1801	GTTTATGCTTTTTCGGGCCGAACCGCGCGGCTTATGGAAGCTCCCACGCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	137232	GTTTATGCTTTTTCGGGCCGAACCGCGCGGCTTATGGAAGCTCCCACGCT	137281

CT573045.6	1851	AGGGATCGAATCAGAGCTACAGGTGCCGACCTGCAGCACAGCCCCAGGCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	137282	AGGGATCGAATCAGAGCTACAGGTGCCGACCTGCAGCACAGCCCCAGGCT	137331

CT573045.6	1901	AGATCTGAGCTGCGTCTGTGACCTACACCACAGCTCATGGAAACCCGGAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	137332	AGATCTGAGCTGCGTCTGTGACCTACACCACAGCTCATGGAAACCCGGAT	137381

CT573045.6	1951	CTCTAGCCCACTGAGCAAGGCCAGGGATCAAACCTGCATCCTCGTGGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974572.21	137382	CTCTAGCCCACTGAGCAAGGCCAGGGATCAAACCTGCATCCTCGTGGATC	137431

Overview

Query
CT573045.6 - 105913 bps
Hit
CR974572.21 - 137431 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198320001200011354321374311
282.141122525482955080-158278585291
387.741532526312963380-158279585311
481.171012399153491772-158279585171
581.451062479235292598-158279585261
681.01992379296293198158280585161
788.961161814515845338158337585171
883.071232549232192574160954612071
982.121935408697287511-169879704151
1087.081582744788348156170892711621
1183.644199738583286804-171161721261
1280.831032639296293224-172842731071
1395.081982468564085885176871771141
1488.331322273214232368176875771141
1590.09136921218848590605-179139812661
1695.192442904789648185182786830761
1791.351922664789148156-191256915211
1884.79116218478894810611017331019491
1989.881772584789148148-11268461271021
2083.33119245352623550611268601271051
2194.142232734789148163-11340371343091
Short-link