<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956419.6	1	CTCCAGCTCCCTTGCTTTTTGGAGCAATGAAGAATAACTCAGAGGCATGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	92425	CTCCAGCTCCCTTGCTTTTTGGAGCAATGAAGAATAACTCAGAGGCATGT	92474

CR956419.6	51	GCCTCTACCCTGTTTCTTAGTTCCCCAGCAGGATTGATCCCCAGTCATCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	92475	GCCTCTACCCTGTTTCTTAGTTCCCCAGCAGGATTGATCCCCAGTCATCC	92524

CR956419.6	101	TCAGGGTTAGCATGCTTAATAATACACTGTTAGAGCTGCTTCCTCCTCCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	92525	TCAGGGTTAGCATGCTTAATAATACACTGTTAGAGCTGCTTCCTCCTCCT	92574

CR956419.6	151	CGTCCTAATTCCTTGACCCAATACCAGTGCTTCCTGGGAGCTTGTCCCAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	92575	CGTCCTAATTCCTTGACCCAATACCAGTGCTTCCTGGGAGCTTGTCCCAA	92624

CR956419.6	201	ATAAGTGACTTGCTCTTATGTCTCTGTCTTAGGGCTTGCTTTTGGGAGAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	92625	ATAAGTGACTTGCTCTTATGTCTCTGTCTTAGGGCTTGCTTTTGGGAGAA	92674

CR956419.6	251	CCCTACCCCAGACAGCCATCACATTAGATAATGGTTGTGTATTTCCATTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	92675	CCCTACCCCAGACAGCCATCACATTAGATAATGGTTGTGTATTTCCATTG	92724

CR956419.6	301	GAAGTGACAGAAACCCCAACTTAAACTGGCTCAAGCAGAAAAAGAATTTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	92725	GAAGTGACAGAAACCCCAACTTAAACTGGCTCAAGCAGAAAAAGAATTTA	92774

CR956419.6	351	TTGGCTCATGTAATTGAACAGTCCAAGCTAATAGCTCTAGCTTCAGGCAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	92775	TTGGCTCATGTAATTGAACAGTCCAAGCTAATAGCTCTAGCTTCAGGCAC	92824

CR956419.6	401	CATTGAATCTATTTCTTTAAACGATGTTACCAGCACTTGATTTCTTTCTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	92825	CATTGAATCTATTTCTTTAAACGATGTTACCAGCACTTGATTTCTTTCTT	92874

CR956419.6	451	TCCATCTCTCTGCTCTGCTTTCCTCTGCATTGACTTTTTTCTTAGGCAGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	92875	TCCATCTCTCTGCTCTGCTTTCCTCTGCATTGACTTTTTTCTTAGGCAGG	92924

CR956419.6	501	TGATCTTTCCAGGAGTTTATGTCATCCTGGGTTTAGGTTCTGGGGCAAAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	92925	TGATCTTTCCAGGAGTTTATGTCATCCTGGGTTTAGGTTCTGGGGCAAAA	92974

CR956419.6	551	GAGAGCAAGTATATCCCTCTAGCTAACTGCCAAATCCTGAGGCTAGATCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	92975	GAGAGCAAGTATATCCCTCTAGCTAACTGCCAAATCCTGAGGCTAGATCT	93024

CR956419.6	601	GATTGGCTCAGACTGGGTCATATGCTTATCTTTAAAACAATCACTGGGCC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	93025	GATTGGCTCAGACTGGGTCATATGCTTATCTTTAAAACAATCACTGGGCC	93074

CR956419.6	651	CAGAAAGCTTCACAGCTAGACTTGGGCCCCGAGACCATGGGAAAAGCAGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	93075	CAGAAAGCTTCACAGCTAGACTTGGGCCCCGAGACCATGGGAAAAGCAGG	93124

CR956419.6	701	TGGTCCTGTCAGCTGTACCGAGTCACGATGAGTAAAATTGGGTGGTGGTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	93125	TGGTCCTGTCAGCTGTACCGAGTCACGATGAGTAAAATTGGGTGGTGGTC	93174

CR956419.6	751	TTCCAAGGAGATCTCCTGTTCTTTTACCAGAAGGGTGTCAATGCTGTACA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	93175	TTCCAAGGAGATCTCCTGTTCTTTTACCAGAAGGGTGTCAATGCTGTACA	93224

CR956419.6	801	GATTCACACTCATACCTTCTGACTTTTCATGCTTTTCTCTGAGAAAAAGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	93225	GATTCACACTCATACCTTCTGACTTTTCATGCTTTTCTCTGAGAAAAAGT	93274

CR956419.6	851	GCTATCTTCCAAGAAAATACAATCTTTTAGTTCCAGTTAAGAAAAATATA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	93275	GCTATCTTCCAAGAAAATACAATCTTTTAGTTCCAGTTAAGAAAAATATA	93324

CR956419.6	901	AGTCATGAATGTCTCGTTATTACTGGGGATGCTGAGACACAGAAAAGGAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	93325	AGTCATGAATGTCTCGTTATTACTGGGGATGCTGAGACACAGAAAAGGAG	93374

CR956419.6	951	TAAGAACAATAAAATATTTGTTTTACAGTACATTAATCATTCCGTATTAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	93375	TAAGAACAATAAAATATTTGTTTTACAGTACATTAATCATTCCGTATTAA	93424

CR956419.6	1001	GTATTTGGTTGTTTTTTACAATAGGATTACGGGAGATGCCAGGAAAGCAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	93425	GTATTTGGTTGTTTTTTACAATAGGATTACGGGAGATGCCAGGAAAGCAC	93474

CR956419.6	1051	ACGATCAAAGATTCAAAGGCTAAGAAAAAATCATCTAAGAGGAAAATGTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	93475	ACGATCAAAGATTCAAAGGCTAAGAAAAAATCATCTAAGAGGAAAATGTT	93524

CR956419.6	1101	TACTTGATTCGGGGCAAGTGGAGCTGGGAGGGGCTGGCATGGAGGCCTTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	93525	TACTTGATTCGGGGCAAGTGGAGCTGGGAGGGGCTGGCATGGAGGCCTTT	93574

CR956419.6	1151	TCAGCCAGTTGATTTGGTTGTTCTGGTTTTCATATAACAGAAAACTGTAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	93575	TCAGCCAGTTGATTTGGTTGTTCTGGTTTTCATATAACAGAAAACTGTAG	93624

CR956419.6	1201	AAGCTAAAATGGTCATAGTTCATTTCTGCCCTTAAAACACTAGTGTACCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	93625	AAGCTAAAATGGTCATAGTTCATTTCTGCCCTTAAAACACTAGTGTACCA	93674

CR956419.6	1251	CTTTACACATCTTTATTTGCACGTTGTAGAAAACCAAAATGTAATAGCTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	93675	CTTTACACATCTTTATTTGCACGTTGTAGAAAACCAAAATGTAATAGCTT	93724

CR956419.6	1301	AATGCACTTAGCACTTTGTTTCTGAAAAGGGACAGAGACTAAATATTTTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	93725	AATGCACTTAGCACTTTGTTTCTGAAAAGGGACAGAGACTAAATATTTTA	93774

CR956419.6	1351	GGCTTTGTGGGCCAGAGGGCACAATAGAGGATACTGTGTGGAGAAAACAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	93775	GGCTTTGTGGGCCAGAGGGCACAATAGAGGATACTGTGTGGAGAAAACAA	93824

CR956419.6	1401	AATTTCCCAAGGCTTTTATCGATGAAATTGAAAATACAAACATAATAATT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	93825	AATTTCCCAAGGCTTTTATCGATGAAATTGAAAATACAAACATAATAATT	93874

CR956419.6	1451	GAGTTCAAGTTTTTGTAATTCAGGTCTACTAATGAGAAAAATAGAATCCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	93875	GAGTTCAAGTTTTTGTAATTCAGGTCTACTAATGAGAAAAATAGAATCCT	93924

CR956419.6	1501	TTTTCTCATTTGAGGGGGATACCATTTTCCTTAATTGGGCTTAAAAGTTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	93925	TTTTCTCATTTGAGGGGGATACCATTTTCCTTAATTGGGCTTAAAAGTTA	93974

CR956419.6	1551	GTGTTCCTTAATTGGGATTCCTATCAAATTGATTGCAGTTGTACATTTGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	93975	GTGTTCCTTAATTGGGATTCCTATCAAATTGATTGCAGTTGTACATTTGA	94024

CR956419.6	1601	AAGAATCATTCACAGCCTGTGCAGCAAAATGTAGGGGCCCTGACTTTGAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	94025	AAGAATCATTCACAGCCTGTGCAGCAAAATGTAGGGGCCCTGACTTTGAC	94074

CR956419.6	1651	CCACTGGCTGTAGTTTGCTGACCCCGGCTTAAATAAAAAGAGGAGTTTTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	94075	CCACTGGCTGTAGTTTGCTGACCCCGGCTTAAATAAAAAGAGGAGTTTTT	94124

CR956419.6	1701	GACTCACACAGTTAAAAACATGTAGAGGTAGTGCAGTCTTCAAGCTGAGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	94125	GACTCACACAGTTAAAAACATGTAGAGGTAGTGCAGTCTTCAAGCTGAGA	94174

CR956419.6	1751	TAATTCAGGATTCCAGTTTCTTTCTTTGAGATTATCTTTGCTCTGCTCTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	94175	TAATTCAGGATTCCAGTTTCTTTCTTTGAGATTATCTTTGCTCTGCTCTC	94224

CR956419.6	1801	CTACCTGGGTTGGCTTTATCTGAGACTGGATTTCTTCAAGGCTGGATTTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	94225	CTACCTGGGTTGGCTTTATCTGAGACTGGATTTCTTCAAGGCTGGATTTA	94274

CR956419.6	1851	GAAACTGGAACTGACGTTCCTTATTCACATCCAATGAGGGAGAGAGGATC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	94275	GAAACTGGAACTGACGTTCCTTATTCACATCCAATGAGGGAGAGAGGATC	94324

CR956419.6	1901	GCTTTTCAGAACAAAAGTCCTGGGCTTCACTCTGAAAGGAGCAAACCTGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	94325	GCTTTTCAGAACAAAAGTCCTGGGCTTCACTCTGAAAGGAGCAAACCTGA	94374

CR956419.6	1951	GCCAATCATGTGGGGAGAGGATGGGGCCAATCAGAGAACTGCCCTGGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974570.12	94375	GCCAATCATGTGGGGAGAGGATGGGGCCAATCAGAGAACTGCCCTGGATC	94424

Overview

Query
CR956419.6 - 90759 bps
Hit
CR974570.12 - 94424 bps
Total alignments
18
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001977200012000192425944241
290.1819327559436217-16018751
389.13185276426864296116018761
480.88912403610636345-110049102781
585.913724259656206-119199194391
686.841432464269742942119199194411
783.339419231733364-119205193961
884.111112141716817381-119223194361
985.217714232503391-123806239471
1092.622273034267142973-131494317911
1193.7123028659416226131501317861
1284.861092164929949514131569317861
1383.761142336434164573-142158423911
1484.581142151716817382-150263504761
1586.93901531716817320174296744481
1688.431562424267342914-179880801211
1788.6615523859896226179880801171
1895.174785834853349115188360889391
Short-link