<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR974477.12	1	GATCCATAACCCACTGAATGAGGCCAGGGATCGAACCGTCATGTTTCCTA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	17805	GATCCATAACCCACTGAATGAGGCCAGGGATCGAACCGTCATGTTTCCTA	17854

CR974477.12	51	GTTGGATTTGTTTCCGCTGCACCATGACAGGAACTCCTGTTTTGGGATTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	17855	GTTGGATTTGTTTCCGCTGCACCATGACAGGAACTCCTGTTTTGGGATTT	17904

CR974477.12	101	GAACCCCAACCCTACTGGAGAGCCTGTGCCGTAAGCACTATGCTATGCTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	17905	GAACCCCAACCCTACTGGAGAGCCTGTGCCGTAAGCACTATGCTATGCTA	17954

CR974477.12	151	ACTCTCAGAGCTTTGTAATTGTTGTATAAGTTTTCATTTTAAAAAAACAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	17955	ACTCTCAGAGCTTTGTAATTGTTGTATAAGTTTTCATTTTAAAAAAACAA	18004

CR974477.12	201	TCTGGGGAGCTCCCATGATGGTGCAGTGGAAATGAATCCGACTAGGAACC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	18005	TCTGGGGAGCTCCCATGATGGTGCAGTGGAAATGAATCCGACTAGGAACC	18054

CR974477.12	251	ATGAGGTTGCAGGTTCGAACCCTGGCCTCGCTCAGTGGGTTCACTATCTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	18055	ATGAGGTTGCAGGTTCGAACCCTGGCCTCGCTCAGTGGGTTCACTATCTG	18104

CR974477.12	301	GCATTGCCACGAGCTGTGGTGTAGGTTGAGGACATGGCTCAGATTTGGCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	18105	GCATTGCCACGAGCTGTGGTGTAGGTTGAGGACATGGCTCAGATTTGGCA	18154

CR974477.12	351	TTGCTGTGGCTGTGGCATAGGCCAGCGGCTACAGCTCCAATCCATCCCCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	18155	TTGCTGTGGCTGTGGCATAGGCCAGCGGCTACAGCTCCAATCCATCCCCT	18204

CR974477.12	401	GGCCTGGGAACCTCCATATGCCTCTGGTGCAGCCCGAAAAAGATAAACAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	18205	GGCCTGGGAACCTCCATATGCCTCTGGTGCAGCCCGAAAAAGATAAACAA	18254

CR974477.12	451	ACAAAAAACTGCCTTATGCCGTGATAATCACAGACTGGAGAGAGCATGCG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	18255	ACAAAAAACTGCCTTATGCCGTGATAATCACAGACTGGAGAGAGCATGCG	18304

CR974477.12	501	TTTCAGATGCGCTAGAACTGTGCTCTGAGGGTCTTGGTTTACAGACATCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	18305	TTTCAGATGCGCTAGAACTGTGCTCTGAGGGTCTTGGTTTACAGACATCT	18354

CR974477.12	551	CTCTAGGGAAGGAGCTGCAGGTGAAACCCCTGGAGCCCTCTGACCCCAGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	18355	CTCTAGGGAAGGAGCTGCAGGTGAAACCCCTGGAGCCCTCTGACCCCAGT	18404

CR974477.12	601	GGGTTTCCTAGGCCATGTCCAGTTAGTCAGGAGCCAGTCTGGTCAGGACA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	18405	GGGTTTCCTAGGCCATGTCCAGTTAGTCAGGAGCCAGTCTGGTCAGGACA	18454

CR974477.12	651	CATGGGAAATAAAGTCTCAGCTTGAGGGGTCACAGCTGGTCAATGGAATG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	18455	CATGGGAAATAAAGTCTCAGCTTGAGGGGTCACAGCTGGTCAATGGAATG	18504

CR974477.12	701	GTTGCCAAGGAGAGAGGTCAAAAAAGGGCAGTAAGTCTCCTGAGAGAGTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	18505	GTTGCCAAGGAGAGAGGTCAAAAAAGGGCAGTAAGTCTCCTGAGAGAGTT	18554

CR974477.12	751	CTCATGGGAGAGGAGGGTTTTTTTTTTTTTTTCCTTCCAAGCTTGTTGAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	18555	CTCATGGGAGAGGAGGGTTTTTTTTTTTTTTTCCTTCCAAGCTTGTTGAT	18604

CR974477.12	801	TTTTAATTAGTTGCTCCCTCCCACAACAGTGGAGGCCCCCTCAGAGCTCG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	18605	TTTTAATTAGTTGCTCCCTCCCACAACAGTGGAGGCCCCCTCAGAGCTCG	18654

CR974477.12	851	AGGTCAGGTATGTGGCCCAGTTTGCTCTACCCAGGAGATGGTTTCTGTAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	18655	AGGTCAGGTATGTGGCCCAGTTTGCTCTACCCAGGAGATGGTTTCTGTAC	18704

CR974477.12	901	TTTCCTAGGTTGTATTTTCTCAGGCATCCATAGGTAACACGAGGTTGCCC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	18705	TTTCCTAGGTTGTATTTTCTCAGGCATCCATAGGTAACACGAGGTTGCCC	18754

CR974477.12	951	TGTCCAGGAAGCAGTAATAGCTCATCATTTGAAATTGTGCACCTGCCTTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	18755	TGTCCAGGAAGCAGTAATAGCTCATCATTTGAAATTGTGCACCTGCCTTA	18804

CR974477.12	1001	AGACTCAGATAATGGAGTCAGTTGGGAATATTAGTAAAACTGCTATGGTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	18805	AGACTCAGATAATGGAGTCAGTTGGGAATATTAGTAAAACTGCTATGGTG	18854

CR974477.12	1051	CAGGAGTGGGAAAGTAATTTACGACTAAAATGGTCAATGGGGTTAATTAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	18855	CAGGAGTGGGAAAGTAATTTACGACTAAAATGGTCAATGGGGTTAATTAT	18904

CR974477.12	1101	ATCTTTCATGAACTATCATTTCTGAAGCACTCAGGAGGTGGGAGAAAGCG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	18905	ATCTTTCATGAACTATCATTTCTGAAGCACTCAGGAGGTGGGAGAAAGCG	18954

CR974477.12	1151	AATCAGATCAGGTCAGAATTTGGGTGACAAATAGTACATATACAGTTTAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	18955	AATCAGATCAGGTCAGAATTTGGGTGACAAATAGTACATATACAGTTTAT	19004

CR974477.12	1201	TACAATTTACTATGAAGTCCTACATGTGATACGGATTCTGATTTCTCATC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	19005	TACAATTTACTATGAAGTCCTACATGTGATACGGATTCTGATTTCTCATC	19054

CR974477.12	1251	TTTGGTCCAATTATTCAGAATTTAAAAAACAACTTGGGACTTATCCAGGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	19055	TTTGGTCCAATTATTCAGAATTTAAAAAACAACTTGGGACTTATCCAGGT	19104

CR974477.12	1301	GTTTTATTCCTGACACTTAATGCTATTTGTTGGACAGGCTGCTAAAGATA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	19105	GTTTTATTCCTGACACTTAATGCTATTTGTTGGACAGGCTGCTAAAGATA	19154

CR974477.12	1351	AAGAAAGAGAAAAGGCTTATATCTTAAAATTTCCTTTCTTGGTAACCCCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	19155	AAGAAAGAGAAAAGGCTTATATCTTAAAATTTCCTTTCTTGGTAACCCCT	19204

CR974477.12	1401	TGGTTAAAAAGGAGCTGGAGTAGGGTGACAATGATGGAAGATATTTGGGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	19205	TGGTTAAAAAGGAGCTGGAGTAGGGTGACAATGATGGAAGATATTTGGGG	19254

CR974477.12	1451	CAGAATTTTTTTTTTTTTTTTTGCTTTTTAGGGCTGCACCCACCATATAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	19255	CAGAATTTTTTTTTTTTTTTTTGCTTTTTAGGGCTGCACCCACCATATAT	19304

CR974477.12	1501	GGAAGTTCCCAACCTAGGGGTTGAATTGGAGCTACAGCTGCCAGCCTACA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	19305	GGAAGTTCCCAACCTAGGGGTTGAATTGGAGCTACAGCTGCCAGCCTACA	19354

CR974477.12	1551	CCACAGCCACAGCAATACCAGATCCAAGCTGTGTCTGTGACCTACACCAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	19355	CCACAGCCACAGCAATACCAGATCCAAGCTGTGTCTGTGACCTACACCAT	19404

CR974477.12	1601	AGCTGGATCCTTAACCCACCAAGTAGGGCCAAGGATTGAACCCGCATCCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	19405	AGCTGGATCCTTAACCCACCAAGTAGGGCCAAGGATTGAACCCGCATCCT	19454

CR974477.12	1651	CTTGGATACTAGTCAGATTCGTAACCCGCTGAGCCCCAATGGGAACTCCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	19455	CTTGGATACTAGTCAGATTCGTAACCCGCTGAGCCCCAATGGGAACTCCT	19504

CR974477.12	1701	TGGGCCTAATTTGTAATTAACAATATTTTTATTACTCAGTGTTTCCAGAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	19505	TGGGCCTAATTTGTAATTAACAATATTTTTATTACTCAGTGTTTCCAGAT	19554

CR974477.12	1751	GAGGGAGGCCTGAAACCACTTGGAATTTAACAGACCAAAGTTGAGGTGTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	19555	GAGGGAGGCCTGAAACCACTTGGAATTTAACAGACCAAAGTTGAGGTGTC	19604

CR974477.12	1801	AACCAAAGTTGACTCTCAAGTACGAGAAACCTCCCAAGCAAGGCTTGCTC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	19605	AACCAAAGTTGACTCTCAAGTACGAGAAACCTCCCAAGCAAGGCTTGCTC	19654

CR974477.12	1851	TGTGTAAGAGCCAAGAGAAGCTTTTCAAATCTTGATTTAATCATCTGGGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	19655	TGTGTAAGAGCCAAGAGAAGCTTTTCAAATCTTGATTTAATCATCTGGGG	19704

CR974477.12	1901	TAAACTCAGTTGCAAACCCAAGAGCCTCCCCACCCACATCCTCTCCCTTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	19705	TAAACTCAGTTGCAAACCCAAGAGCCTCCCCACCCACATCCTCTCCCTTT	19754

CR974477.12	1951	GCCGGCAGTGCTGAAAATGACAGACTCCTTCCCCAGCCGTCCCTGCAGTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974565.8	19755	GCCGGCAGTGCTGAAAATGACAGACTCCTTCCCCAGCCGTCCCTGCAGTT	19804

Overview

Query
CR974477.12 - 204661 bps
Hit
CR974565.8 - 19804 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001995200012000117805198041
287.721772855188452168-1468349671
387.7317327750417506931468849641
486.82152257121683121939-1469249491
591.32022761945719732-1469349681
689.011802742118321456-1469349651
787.041632702454224811-1469349621
890.041792633606836330-1469349531
985.2314526492552928151469349561
1089.011792791591971594751469349651
1190.941902651486541489181470449681
1290.771862615190152161-115478157371
1387.591652675042050686115479157441
1489.32170254148654148907115492157441
1588.58166254148653148906-116717169701
1691.151902601946919728116717169761
1789.611762622119121452116717169761
1886.541542602454824807116717169761
1987.161492513607636326116728169761
2091.46182246101979102224116731169761
2188.81592415191452154116736169761
2291.3167230159201159430-116747169761
Short-link