<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 100 bps

Full alignment

CR956364.13	103199	GACCGCCAGGCACACAGTTTCTCTAGGAACTGACCTGATAACAGAAGTAA	103248
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	1	GACCGCCAGGCACACAGTTTCTCTAGGAACTGACCTGATAACAGAAGTAA	50

CR956364.13	103249	CAATATTTAGGGGTTAACGGCTGACCCCCAAGGGCCACAACGGATTCACT	103298
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	51	CAATATTTAGGGGTTAACGGCTGACCCCCAAGGGCCACAACGGATTCACT	100

CR956364.13	103299	TACCCTCTCCATCCGCAGCGGGAGTAGCAGTGTGGTCAGCACCCTTCTTT	103348
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	101	TACCCTCTCCATCCGCAGCGGGAGTAGCAGTGTGGTCAGCACCCTTCTTT	150

CR956364.13	103349	GAGACACAGCACACGGCTAAAGCAAGAAAGCAGGGTTACTGGGCTTCCCA	103398
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	151	GAGACACAGCACACGGCTAAAGCAAGAAAGCAGGGTTACTGGGCTTCCCA	200

CR956364.13	103399	CCACCAGCTGACAGCCAGCTCAGGCCAGTGGAGCCCACACAGGCCCGGGG	103448
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	201	CCACCAGCTGACAGCCAGCTCAGGCCAGTGGAGCCCACACAGGCCCGGGG	250

CR956364.13	103449	AAGCTGAGGAGTTGGGCTACTGATGAGGCACAAGGTCGGCTTCACCAATA	103498
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	251	AAGCTGAGGAGTTGGGCTACTGATGAGGCACAAGGTCGGCTTCACCAATA	300

CR956364.13	103499	GTATCAAAGCATTTGACCAGACTGTGTTCTGGTCCCTCTACAAGTTCAAT	103548
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	301	GTATCAAAGCATTTGACCAGACTGTGTTCTGGTCCCTCTACAAGTTCAAT	350

CR956364.13	103549	TAACTGGAGGGAAATTACCAAAGTATCTGAGAGTAAATGAACAGGAAAAG	103598
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	351	TAACTGGAGGGAAATTACCAAAGTATCTGAGAGTAAATGAACAGGAAAAG	400

CR956364.13	103599	ATGCCTGATACGTACTTGGTCTACTTTGGATCTCAAACAAATGAACTGAC	103648
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	401	ATGCCTGATACGTACTTGGTCTACTTTGGATCTCAAACAAATGAACTGAC	450

CR956364.13	103649	CCAAAAATGAAAAATATAACCACCTTCGTGTCTAAGAACTAAAAAATTTC	103698
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	451	CCAAAAATGAAAAATATAACCACCTTCGTGTCTAAGAACTAAAAAATTTC	500

CR956364.13	103699	CCTCATTCTAACAAGGCTGGGAAGTTTTTCGTACCATTAATTCAAATTCC	103748
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	501	CCTCATTCTAACAAGGCTGGGAAGTTTTTCGTACCATTAATTCAAATTCC	550

CR956364.13	103749	TCCTGCCAGGCTAGACCATTTCCTCATATTTTGGCCTTAGTATGAACAAT	103798
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	551	TCCTGCCAGGCTAGACCATTTCCTCATATTTTGGCCTTAGTATGAACAAT	600

CR956364.13	103799	TATAATTCAGTTCACAATTCATAAAGTGTCTTTAGGTCAACTTAGGATTA	103848
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	601	TATAATTCAGTTCACAATTCATAAAGTGTCTTTAGGTCAACTTAGGATTA	650

CR956364.13	103849	CCTAGTTTCTATCCAGTTAATTATTTATCAACTACGCAGTGTTCCTGCAA	103898
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	651	CCTAGTTTCTATCCAGTTAATTATTTATCAACTACGCAGTGTTCCTGCAA	700

CR956364.13	103899	ACATGTTAGGTAAGTGACTAGCTCTTTTTCCAGAAAAATCTTGTCTTCTA	103948
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	701	ACATGTTAGGTAAGTGACTAGCTCTTTTTCCAGAAAAATCTTGTCTTCTA	750

CR956364.13	103949	CCCCTGGTTCCCACACGCCACTTACTGATCAGGTCCACGACTTCTCGGGT	103998
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	751	CCCCTGGTTCCCACACGCCACTTACTGATCAGGTCCACGACTTCTCGGGT	800

CR956364.13	103999	TAACATCCTCACCAGTTGTTCCTCCAGCATCTCTTGAGACTCTGGGTTTT	104048
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	801	TAACATCCTCACCAGTTGTTCCTCCAGCATCTCTTGAGACTCTGGGTTTT	850

CR956364.13	104049	CATCTGTCGTCTCATCTTCACTGTAGAAAACCAGGGGCCCAGTTCCAGAA	104098
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	851	CATCTGTCGTCTCATCTTCACTGTAGAAAACCAGGGGCCCAGTTCCAGAA	900

CR956364.13	104099	GAGTGCAAAAGCAGCAGTGACCCGAGCTAGACCTGGTGTGCCCACTTCCT	104148
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	901	GAGTGCAAAAGCAGCAGTGACCCGAGCTAGACCTGGTGTGCCCACTTCCT	950

CR956364.13	104149	TCTGGTCCTCATTCCACTCAAATGTTAGGAATGGGGAGCAGGTGGCCACT	104198
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	951	TCTGGTCCTCATTCCACTCAAATGTTAGGAATGGGGAGCAGGTGGCCACT	1000

CR956364.13	104199	GAGGGGCATTATTACTTATGGCTGTATCCAGCTGGCTTGAGGGGAATGGA	104248
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	1001	GAGGGGCATTATTACTTATGGCTGTATCCAGCTGGCTTGAGGGGAATGGA	1050

CR956364.13	104249	TCAGAATCCTAAGTGGCTAAGACTGCCTAAGCATTCACCGGAAGCAGCTA	104298
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	1051	TCAGAATCCTAAGTGGCTAAGACTGCCTAAGCATTCACCGGAAGCAGCTA	1100

CR956364.13	104299	AAGGACCCCCTGTCCCTTAGGCTTGGGTTGAGTCTGCCTAAAGGTCACAG	104348
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	1101	AAGGACCCCCTGTCCCTTAGGCTTGGGTTGAGTCTGCCTAAAGGTCACAG	1150

CR956364.13	104349	ACAAGCCATCTACAGGCTGAGAATGACTGAAACCCACTTCTCTTCTAGCT	104398
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	1151	ACAAGCCATCTACAGGCTGAGAATGACTGAAACCCACTTCTCTTCTAGCT	1200

CR956364.13	104399	CTGGGATAGCAAAATCCTTCCTCCCCCACCCCAAACCTGGCTGCTAGCTC	104448
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	1201	CTGGGATAGCAAAATCCTTCCTCCCCCACCCCAAACCTGGCTGCTAGCTC	1250

CR956364.13	104449	ATCCACCAAGAAGAAGAGACATTTGCTCACCACAGCATGCTCCTCTGGTT	104498
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	1251	ATCCACCAAGGAGAAGAGACATTTGCTCACCACAGCATGCTCCTCTGGTT	1300

CR956364.13	104499	GATGACTTGCCATTTTTGGGAAAGCCTCTGCGAAAACAAAGATGATGTAA	104548
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
CR974460.5	1301	GATGACTTGCCATTTTTGGGAAAGCCTCTGCAAAAACAAAGATGATGTAA	1350

CR956364.13	104549	GTGCTAGACTGGGGAGAAGGCCGGAAAGGATAATATCTAAGGGCCACTTC	104598
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	1351	GTGCTAGACTGGGGAGAAGGCCGGAAAGGATAATATCTAAGGGCCACTTC	1400

CR956364.13	104599	ATCATTAGAATTAGCTGAGGCTGAGTCTAGGGAACAACCACTGAGCCTTA	104648
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	1401	ATCATTAGAATTAGCTGAGGCTGAGTCTAGGGAACAACCACTGAGCCTTA	1450

CR956364.13	104649	GGAGACCCCATGAGGTTAAAAAACCAGATACGGTTTCTGTAACCTCTGTC	104698
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	1451	GGAGACCCCATGAGGTTAAAAAACCAGATACGGTTTCTGTAACCTCTGTC	1500

CR956364.13	104699	ACACCCCTGACAAGAGCAGCGTATCAAACACTTCTTTGCTTGGAAAGGAT	104748
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	1501	ACACCCCTGACAAGAGCAGCGTATCAAACACTTCTTTGCTTGGAAAGGAT	1550

CR956364.13	104749	CAAGAATTTTATAATTCCGAGATCTTTCTGGACGTACCTATTCTCTGCCC	104798
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	1551	CAAGAATTTTATAATTCCGAGATCTTTCTGGACGTACCTATTCTCTGCCC	1600

CR956364.13	104799	AAGTGGTCACCCTGCTTAACCCAAAGTCAGGGAAACAGACCCAGGACAAG	104848
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	1601	AAGTGGTCACCCTGCTTAACCCAAAGTCAGGGAAACAGACCCAGGACAAG	1650

CR956364.13	104849	CACTTTCCTGATCATCTCTCCTCTGTTAGCAGGTGGTTAGGAGCAGAATC	104898
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	1651	CACTTTCCTGATCATCTCTCCTCTGTTAGCAGGTGGTTAGGAGCAGAATC	1700

CR956364.13	104899	TGCAGGTGCTTTGGGGGGCAACTGAACCAGTTTGGTTTTGGGGGGGCTTC	104948
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	1701	TGCAGGTGCTTTGGGGGGCAACTGAACCAGTTTGGTTTTGGGGGGGCTTC	1750

CR956364.13	104949	TCCCTCCAGGGCAGCAAGGATGGATAGCTGCACAGCTATCCTTTCAGGAA	104998
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	1751	TCCCTCCAGGGCAGCAAGGATGGATAGCTGCACAGCTATCCTTTCAGGAA	1800

CR956364.13	104999	CCCTTGATCTGTGGGACTCATGAGGGGCCACCCGCTCCAAGAGGCCTCTT	105048
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	1801	CCCTTGATCTGTGGGACTCATGAGGGGCCACCCGCTCCAAGAGGCCTCTT	1850

CR956364.13	105049	TGCTCCCCTTTCCTGACCGACTGCTTACCATGTGGAGGTAGGTGAAAAGA	105098
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	1851	TGCTCCCCTTTCCTGACCGACTGCTTACCATGTGGAGGTAGGTGAAAAGA	1900

CR956364.13	105099	GGCCCAACGATGGGCGACACCAGGCTTTCATAGTACTCGGGGGTACAGGC	105148
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	1901	GGCCCAACGATGGGCGACACCAGGCTTTCATAGTACTCGGGGGTACAGGC	1950

CR956364.13	105149	GAGCACCAGAGGCTTCACGAAGACCCGTGCCACAGCAGGTTAAGAAGCTT	105198
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	1951	GAGCACCAGAGGCTTCACGAAGACCCGTGCCACAGCAGGTTAAGAAGCTT	2000

Compact alignment

skip 1250 bps 100% identity alignment

CR956364.13	104449	ATCCACCAAGAAGAAGAGACATTTGCTCACCACAGCATGCTCCTCTGGTT	104498
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974460.5	1251	ATCCACCAAGGAGAAGAGACATTTGCTCACCACAGCATGCTCCTCTGGTT	1300

CR956364.13	104499	GATGACTTGCCATTTTTGGGAAAGCCTCTGCGAAAACAAAGATGATGTAA	104548
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
CR974460.5	1301	GATGACTTGCCATTTTTGGGAAAGCCTCTGCAAAAACAAAGATGATGTAA	1350

skip 650 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR956364.13 - 105198 bps
Hit
CR974460.5 - 122162 bps
Total alignments
30
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.9199220001031991051981120001
293.1219324792944931901417844241
392.591862438784788089-1418244241
492.611992579055390809-1418244381
593.022032589260192858-1418244391
692.37200263102731102993-1418244431
792.59186243110013421418244241
891.672203009294893247-127887281861
992.9822929610991394-127889281871
1092.592182902637826667-127890281861
1192.392172908780088089127898281861
1293.832202759258492858127912281861
1393.12212275102720102994127912281871
1490.74194270102724102993146708469771
1590.081972833117731459151508517891
1690.191922749054390816-151517517911
1790.711942698743387701-151523517911
1891.482012709259092859-151523517921
1991.08196270102724102993-151524517921
2090.0319228411001383-155696559761
2190.741962792637826656-155696559761
2289.791912823922339504155696559791
2392.882192819258192861155699559791
2493.07215275102719102993155703559761
2593.061912458784788091155734559781
2692.021962669056590830163147634091
279318824311001342-163149633911
2893.831942439294893190-163149633911
2991.051862578784788103163149634051
3094.241972439261692858163149633911
Short-link