<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT573028.11	1	CTTCCAGTTTCGTCTTGTTGTCCGAGCACACAACCCATGGAATCTTCTAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	113457	CTTCCAGTTTCGTCTTGTTGTCCGAGCACACAACCCATGGAATCTTCTAG	113506

CT573028.11	51	TACAGTCAGGTACATGATTAGTGGTCTTCCTTCAACTGGAGGGATGAGAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	113507	TACAGTCAGGTACATGATTAGTGGTCTTCCTTCAACTGGAGGGATGAGAA	113556

CT573028.11	101	TCGGAGGTTCTAGTAAGTACGCTTTGATGCTATCAAAAGCTTTCTGGCAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	113557	TCGGAGGTTCTAGTAAGTACGCTTTGATGCTATCAAAAGCTTTCTGGCAA	113606

CT573028.11	151	TCTTCTGTCCAATCAATCCCTTGATCCTTGCGGAGGAGTTTGAATATCGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	113607	TCTTCTGTCCAATCAATCCCTTGATCCTTGCGGAGGAGTTTGAATATCGG	113656

CT573028.11	201	CCCACATGTTGCAGTCATATGAGAGATGAAACGGGAGATGTAATTCAGTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	113657	CCCACATGTTGCAGTCATATGAGAGATGAAACGGGAGATGTAATTCAGTC	113706

CT573028.11	251	GTCCGAGAAACCCCCTTACTTGTTTTTCTGTTTGCGGAGCTGGCATTTCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	113707	GTCCGAGAAACCCCCTTACTTGTTTTTCTGTTTGCGGAGCTGGCATTTCT	113756

CT573028.11	301	CTGATGGCTTTGACCTTGTCTGGATCTACTTCAATACCTTTCTGACTAAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	113757	CTGATGGCTTTGACCTTGTCTGGATCTACTTCAATACCTTTCTGACTAAC	113806

CT573028.11	351	AATGAAGCCCAGAAGCTTTCCGGATCTAACACCAAAAGTACATTTGTTGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	113807	AATGAAGCCCAGAAGCTTTCCGGATCTAACACCAAAAGTACATTTGTTGG	113856

CT573028.11	401	GATTCAGACGAAGTCTGTACTTTCTTAGCCGTTGGAACATCTTTAGCAAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	113857	GATTCAGACGAAGTCTGTACTTTCTTAGCCGTTGGAACATCTTTAGCAAA	113906

CT573028.11	451	TACTCAACATGTTGTTCTTCAGTGATTGACTTGACGATCATGTCATCCAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	113907	TACTCAACATGTTGTTCTTCAGTGATTGACTTGACGATCATGTCATCCAC	113956

CT573028.11	501	ATAAACCTCAATCTCTTTGTGTATCATGTCGTGAAAGATAGTAGTCATAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	113957	ATAAACCTCAATCTCTTTGTGTATCATGTCGTGAAAGATAGTAGTCATAC	114006

CT573028.11	551	CCCTTTGATAAGTAGCTCCTGCATTGATCAAACCGAACGGCATTACTCTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	114007	CCCTTTGATAAGTAGCTCCTGCATTGATCAAACCGAACGGCATTACTCTG	114056

CT573028.11	601	TAACAGAAAGTGCCCCAAGGTGTGATGAAAGACGTCTTCTCTCTGTCTTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	114057	TAACAGAAAGTGCCCCAAGGTGTGATGAAAGACGTCTTCTCTCTGTCTTC	114106

CT573028.11	651	GGGCGCCATCTTGATCTGATTGTAACCGGAGAAACCATCCATGAAGGAGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	114107	GGGCGCCATCTTGATCTGATTGTAACCGGAGAAACCATCCATGAAGGAGA	114156

CT573028.11	701	ACACTTTGGATTTTGCAGTGCTGTCAACCAGTACATCAATATGAGGTAAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	114157	ACACTTTGGATTTTGCAGTGCTGTCAACCAGTACATCAATATGAGGTAAT	114206

CT573028.11	751	GGAAAATCATCTTTGGGACTAGCTTTGTTAAGGTCACGGTAATCAACACA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	114207	GGAAAATCATCTTTGGGACTAGCTTTGTTAAGGTCACGGTAATCAACACA	114256

CT573028.11	801	CATTCTGACTTTGCCATCCTTCTTCGGAACAGGCACTATGTTGGCTAGCC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	114257	CATTCTGACTTTGCCATCCTTCTTCGGAACAGGCACTATGTTGGCTAGCC	114306

CT573028.11	851	ATTGAGGGTATTTTGATGTAACGAGGAAACCTGCATCGATCTGTTTCTGC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	114307	ATTGAGGGTATTTTGATGTAACGAGGAAACCTGCATCGATCTGTTTCTGC	114356

CT573028.11	901	ACTTCCTCTTTAATCTTGAGGGCCATATCAGGGCGGGTTCTTCTTAATTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	114357	ACTTCCTCTTTAATCTTGAGGGCCATATCAGGGCGGGTTCTTCTTAATTT	114406

CT573028.11	951	CTGCTTGACCGGCGGACACTCGGGTTTCAAAGGTAAATGGTGTACCACGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	114407	CTGCTTGACCGGCGGACACTCGGGTTTCAAAGGTAAATGGTGTACCACGA	114456

CT573028.11	1001	TATCAGTATCCAGACCCGGCATATCTCGGTACGACCAAGCAAACACATCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	114457	TATCAGTATCCAGACCCGGCATATCTCGGTACGACCAAGCAAACACATCA	114506

CT573028.11	1051	ACATATTCTTTGAGAAGCTCTATCACTCGCTTCTTGACACTTGCCTCAAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	114507	ACATATTCTTTGAGAAGCTCTATCACTCGCTTCTTGACACTTGCCTCAAG	114556

CT573028.11	1101	TGATGCCCCAATCTTGATCTCCTTCTTGTCTTCTTCGGTACCCAAGTTGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	114557	TGATGCCCCAATCTTGATCTCCTTCTTGTCTTCTTCGGTACCCAAGTTGA	114606

CT573028.11	1151	TTGCTTCTAATTCTTCCCCATAGGGCTGAATGATCTTTCTTTCTTGTTCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	114607	TTGCTTCTAATTCTTCCCCATAGGGCTGAATGATCTTTCTTTCTTGTTCA	114656

CT573028.11	1201	AGTAGCCGAGAGATTTCGTCGGGAATCTCTTCGTTCTCTTCTTCTTCCGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	114657	AGTAGCCGAGAGATTTCGTCGGGAATCTCTTCGTTCTCTTCTTCTTCCGC	114706

CT573028.11	1251	CTCATACACAGGGAACTCAAAGTTGGGAGAGATCATAGGGTTATGTTGTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	114707	CTCATACACAGGGAACTCAAAGTTGGGAGAGATCATAGGGTTATGTTGTT	114756

CT573028.11	1301	CAACGGGTTCATTGGTTTTTAATCTGCATATATGATTGATGATTTTAGAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	114757	CAACGGGTTCATTGGTTTTTAATCTGCATATATGATTGATGATTTTAGAA	114806

CT573028.11	1351	AATAAGTAAGTGCAGATTTTTAGAAGGTGATTATATTTTTGATTTTTTGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	114807	AATAAGTAAGTGCAGATTTTTAGAAGGTGATTATATTTTTGATTTTTTGT	114856

CT573028.11	1401	ATTACCATTTTTTCTAAAATCATAAAAGAAAACAAGGCGAAAAAGTCGGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	114857	ATTACCATTTTTTCTAAAATCATAAAAGAAAACAAGGCGAAAAAGTCGGG	114906

CT573028.11	1451	AACAAAACGACATTTTTATTTGATTGACGATAAATTCTTGAAGCAAAAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	114907	AACAAAACGACATTTTTATTTGATTGACGATAAATTCTTGAAGCAAAAAA	114956

CT573028.11	1501	GCCCTAGATAGATTCACTCTCGCTTGGGGCGGGGCGAAAGGATTTTCTTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	114957	GCCCTAGATAGATTCACTCTCGCTTGGGGCGGGGCGAAAGGATTTTCTTT	115006

CT573028.11	1551	AAAAACATAAAAGACGAAACAAAGTGCATTACTTGGATAAATGAGCAATA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	115007	AAAAACATAAAAGACGAAACAAAGTGCATTACTTGGATAAATGAGCAATA	115056

CT573028.11	1601	AAAGGAACATCTACGGCAACCCAATTGTGGCTAGACCCTCCTTGTGTCAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	115057	AAAGGAACATCTACGGCAACCCAATTGTGGCTAGACCCTCCTTGTGTCAC	115106

CT573028.11	1651	AAAGTTTCGTGGCACTCTTTCGGGATTATCTTCAATGATTGCATGAATGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	115107	AAAGTTTCGTGGCACTCTTTCGGGATTATCTTCAATGATTGCATGAATGA	115156

CT573028.11	1701	ACCCAGAGCTGTGGAAAGTACCTCTGATTGGTTCGACCATGATTTTAGGC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	115157	ACCCAGAGCTGTGGAAAGTACCTCTGATTGGTTCGACCATGATTTTAGGC	115206

CT573028.11	1751	TTGGACAAATCAGCTGATGGGCAGAAACCCACTCCTTCTCGGCGCTTGTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	115207	TTGGACAAATCAGCTGATGGGCAGAAACCCACTCCTTCTCGGCGCTTGTT	115256

CT573028.11	1801	CTCTGGCAGTTCTATCAACTTTCCCCAGCTGGGAGAGCCTCCAGCTTGTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	115257	CTCTGGCAGTTCTATCAACTTTCCCCAGCTGGGAGAGCCTCCAGCTTGTA	115306

CT573028.11	1851	TCACTTTTTGAGCATCTTTTAGAGAAGAGATAGATGACTCACTCCTCTTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	115307	TCACTTTTTGAGCATCTTTTAGAGAAGAGATAGATGACTCACTCCTCTTG	115356

CT573028.11	1901	GTATTCTCTTCTTCTATGGCAAGTCCTTGAAAAGATGTCCCTTCAACGCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	115357	GTATTCTCTTCTTCTATGGCAAGTCCTTGAAAAGATGTCCCTTCAACGCT	115406

CT573028.11	1951	ATCGGCTCCGATGAAGGAGAAAGACGATAAATGACTTACTAATAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR974443.6	115407	ATCGGCTCCGATGAAGGAGAAAGACGATAAATGACTTACTAATAAAGCTT	115456

Overview

Query
CT573028.11 - 116350 bps
Hit
CR974443.6 - 115456 bps
Total alignments
8
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198020001200011134571154561
21003266966749673911067401068051
398.5935719666996739-11067421068121
499.92227523947447984011070451094391
586.1743938479857111078861079791
690.211111828387856811078891080721
790.111121848291847411079851081661
886.0244948288838111080771081691
Short-link