<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956375.5	1	TGCTGGCTTTGTTTAAATGGGAAAACTTGGCTCCTGTTTTGCCCACCTGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	166799	TGCTGGCTTTGTTTAAATGGGAAAACTTGGCTCCTGTTTTGCCCACCTGG	166848

CR956375.5	51	CTTTGCGCCCTTGGGTTCAGAGCATTTACATCAGGTGCACTTGGTCTCCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	166849	CTTTGCGCCCTTGGGTTCAGAGCATTTACATCAGGTGCACTTGGTCTCCT	166898

CR956375.5	101	GTCCTTTTGAGGCCGTGAGGAGAGTTAGGCAAGCTGCCCCACGTGCGCTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	166899	GTCCTTTTGAGGCCGTGAGGAGAGTTAGGCAAGCTGCCCCACGTGCGCTC	166948

CR956375.5	151	AGGACTGTAGCAGGTGGGAGGCGGAGAGGAACTGTTGCTGGCACTGGGGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	166949	AGGACTGTAGCAGGTGGGAGGCGGAGAGGAACTGTTGCTGGCACTGGGGG	166998

CR956375.5	201	ATGGATGCTTGGAGGAAACTAATAATAAGAATGATTAAAATACTAATAAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	166999	ATGGATGCTTGGAGGAAACTAATAATAAGAATGATTAAAATACTAATAAC	167048

CR956375.5	251	ATCAGTGCCTAACAGCTATTGAAGTCTCACTTCACTATGCCAGGAACTTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	167049	ATCAGTGCCTAACAGCTATTGAAGTCTCACTTCACTATGCCAGGAACTTT	167098

CR956375.5	301	TCTGAGTGTTTAGCTGCAAAACAGTATGAGGCAGGTCTAAATACGACTTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	167099	TCTGAGTGTTTAGCTGCAAAACAGTATGAGGCAGGTCTAAATACGACTTT	167148

CR956375.5	351	CATGTTTAGATGAAGAAGCTTAATCACAAGAGACTTCATGTCTCTGGTTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	167149	CATGTTTAGATGAAGAAGCTTAATCACAAGAGACTTCATGTCTCTGGTTA	167198

CR956375.5	401	TGATTTAGAAGCCAAGTGCGTCTTTTTTCTCCCCAAGGGCATCTTAAAGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	167199	TGATTTAGAAGCCAAGTGCGTCTTTTTTCTCCCCAAGGGCATCTTAAAGC	167248

CR956375.5	451	CTAATAACTTTTCAGCTAGCATTCATTAAACCAGTACTTGTTGGCTGTTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	167249	CTAATAACTTTTCAGCTAGCATTCATTAAACCAGTACTTGTTGGCTGTTA	167298

CR956375.5	501	ACTTTTCCAAATATTGAGAAGTGAGAAAATACTATGCTTGTCTTCAGGGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	167299	ACTTTTCCAAATATTGAGAAGTGAGAAAATACTATGCTTGTCTTCAGGGT	167348

CR956375.5	551	ATCTGCAGACTAAGGGTGGAGTCTGTGACATTCTCTATCCAAACACATAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	167349	ATCTGCAGACTAAGGGTGGAGTCTGTGACATTCTCTATCCAAACACATAG	167398

CR956375.5	601	CCTATATCTAAATAATGATTGTGTAATTTGTAGAAATAAGTGTGATAAAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	167399	CCTATATCTAAATAATGATTGTGTAATTTGTAGAAATAAGTGTGATAAAG	167448

CR956375.5	651	CAGTTACACAAGGAGAGGGATTGTGATACGGAGATACCTAACGTCTTTCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	167449	CAGTTACACAAGGAGAGGGATTGTGATACGGAGATACCTAACGTCTTTCT	167498

CR956375.5	701	TTTGGTCATACACATACGAAAAGAGGTCTTAGATGTATTACAATGGCTTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	167499	TTTGGTCATACACATACGAAAAGAGGTCTTAGATGTATTACAATGGCTTT	167548

CR956375.5	751	ATTATATGGAAAATTAGTTGGCGTGACAGTAACTGTACAGTAAAGAAGGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	167549	ATTATATGGAAAATTAGTTGGCGTGACAGTAACTGTACAGTAAAGAAGGC	167598

CR956375.5	801	TCAGTTGTCCCAAACATTAGAACTTTTTTTTTCCCCAGGTGAATTGGATC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	167599	TCAGTTGTCCCAAACATTAGAACTTTTTTTTTCCCCAGGTGAATTGGATC	167648

CR956375.5	851	TTGCCAAGGCTGGAGAGGGAAGCTGAGTGAGAGGTGGAAGTGTTTAAAGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	167649	TTGCCAAGGCTGGAGAGGGAAGCTGAGTGAGAGGTGGAAGTGTTTAAAGA	167698

CR956375.5	901	ATGTCTGTCTGGAATAAATGAATAACAATTCTAATGTTAATGAGAAAAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	167699	ATGTCTGTCTGGAATAAATGAATAACAATTCTAATGTTAATGAGAAAAAA	167748

CR956375.5	951	AGTTGGACTAGTTATTCTTTTGATTTTTCCTGTTTTAAAACAAACACGCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	167749	AGTTGGACTAGTTATTCTTTTGATTTTTCCTGTTTTAAAACAAACACGCT	167798

CR956375.5	1001	TAAAACACCAACAAAGAAAATAATAAGATTTGCACGTCATAAACTATACA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	167799	TAAAACACCAACAAAGAAAATAATAAGATTTGCACGTCATAAACTATACA	167848

CR956375.5	1051	TGAGGTTTCTTTGTTTCAGTTTGGTAAAGGTTCGTGAGAATGTTTTCTTC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	167849	TGAGGTTTCTTTGTTTCAGTTTGGTAAAGGTTCGTGAGAATGTTTTCTTC	167898

CR956375.5	1101	TATTTTAAATTAGAGCATTCCTAGCATCAAATTTGAGATTTAACTTCTGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	167899	TATTTTAAATTAGAGCATTCCTAGCATCAAATTTGAGATTTAACTTCTGC	167948

CR956375.5	1151	TTCTCAAGAGCTTCGTTTGAAAGCTTAATGTTAGCCTCTTTTCAATTAAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	167949	TTCTCAAGAGCTTCGTTTGAAAGCTTAATGTTAGCCTCTTTTCAATTAAA	167998

CR956375.5	1201	ACACTTGAAGCTTTTGGCTCATTAATGAGATCCATAACCTTAGATGTTGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	167999	ACACTTGAAGCTTTTGGCTCATTAATGAGATCCATAACCTTAGATGTTGC	168048

CR956375.5	1251	TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCCACCCATTGGCCACTTCACCTTTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	168049	TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCCACCCATTGGCCACTTCACCTTTT	168098

CR956375.5	1301	CAGCTATTCAAAAAAAATTAATTTATGTTAGCAGCCAATTTCACAAGAGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	168099	CAGCTATTCAAAAAAAATTAATTTATGTTAGCAGCCAATTTCACAAGAGG	168148

CR956375.5	1351	TTGACTATTCAAAACTGGGCTTTGATTCTAACCAGAAAACTACTTAAAAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	168149	TTGACTATTCAAAACTGGGCTTTGATTCTAACCAGAAAACTACTTAAAAG	168198

CR956375.5	1401	ATACGTAGAGATCAATAAAATATTAGCAAGCAAGAATGCCATCCAGGTAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	168199	ATACGTAGAGATCAATAAAATATTAGCAAGCAAGAATGCCATCCAGGTAT	168248

CR956375.5	1451	CTGAAAATCAAAATACAGTGCATATTGAAAGATTATCCAGAGGATGGAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	168249	CTGAAAATCAAAATACAGTGCATATTGAAAGATTATCCAGAGGATGGAAA	168298

CR956375.5	1501	ACCCAGCTTATCCATTTTTTAAATCTTTATTAGCATGTCTGGAAAATGCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	168299	ACCCAGCTTATCCATTTTTTAAATCTTTATTAGCATGTCTGGAAAATGCC	168348

CR956375.5	1551	TTCAGTGCACAGTTTACCCCAGCTATGCACTTTTTTTTTAATTTTTTTTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	168349	TTCAGTGCACAGTTTACCCCAGCTATGCACTTTTTTTTTAATTTTTTTTT	168398

CR956375.5	1601	TTTTTTTTTTTTTTTATGCAGAAAGGGCCATTAAGTATGTCAGAGACTAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	168399	TTTTTTTTTTTTTTTATGCAGAAAGGGCCATTAAGTATGTCAGAGACTAG	168448

CR956375.5	1651	AAGAGATTACTTCACATGTCTTGGAGAAACTGACTTTGTAGTTCAATGGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	168449	AAGAGATTACTTCACATGTCTTGGAGAAACTGACTTTGTAGTTCAATGGA	168498

CR956375.5	1701	GGCTAATGAACATGGGTAGTTACATTGGGACGATTATAAATCCCTTGGCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	168499	GGCTAATGAACATGGGTAGTTACATTGGGACGATTATAAATCCCTTGGCA	168548

CR956375.5	1751	GTTATGTTTTAACCAGAAACAAAGAGTGAATAAATTAAAGGACTTTGAAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	168549	GTTATGTTTTAACCAGAAACAAAGAGTGAATAAATTAAAGGACTTTGAAT	168598

CR956375.5	1801	TTGCTATATCTCTAATCATGACTTCCCTAACTTGTCTTTTTTCCTAAATG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	168599	TTGCTATATCTCTAATCATGACTTCCCTAACTTGTCTTTTTTCCTAAATG	168648

CR956375.5	1851	ATCACTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTCCCATTTTAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	168649	ATCACTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTCCCATTTTAT	168698

CR956375.5	1901	TCTTCCTGATATATGGCTAGAGGTATAGAGTAATATGAAATAATTCCAGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	168699	TCTTCCTGATATATGGCTAGAGGTATAGAGTAATATGAAATAATTCCAGG	168748

CR956375.5	1951	AAGGTAGCAGTCACTATTCATTGGCTCCATCTGCCACATTAATTCTGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956648.9	168749	AAGGTAGCAGTCACTATTCATTGGCTCCATCTGCCACATTAATTCTGATC	168798

Overview

Query
CR956375.5 - 79274 bps
Hit
CR956648.9 - 168798 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194320001200011667991687981
292.852052695230452572-135387356521
391.7619926865596826135387356531
494.532122565231852573-168619688741
595.0620424365596801168620688621
683.3347111386450465641-178600797271
784.67490106654946559-178671797271
885.5184376635376391211105431109211
994.512022556343563689-11176441178981
1095.38482606643546495911224711230761
1191.223965935351594311224791230701
1287.7548181944625280-11301631309861
1391.52201278522965257311382131384951
1493.5221727565596833-11382171384941
1592.51200264292632952611382291384951
1689.65168259332393349711382371384971
1791.819726865586825-11449861452531
1891.39192268523055257211449861452521
1990.23178263292632952511449871452521
2093.2421728065596838-11595261598061
2192.83212278522975257411595301598081
2291.61190262292662952711595471598081
Short-link