<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR974448.6	2000	GATCAGTAGACGCCTCAGACAACTGAAATGCTGGAGACTGCACTGAAAAC	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	1	GATCAGTAGACGCCTCAGACAACTGAAATGCTGGAGACTGCACTGAAAAC	50

C  CR974448.6	1950	GAGGAAATCTGCGCCCTGCTCGTGTTAAAACAACAGGCCATCAGGTTTCC	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	51	GAGGAAATCTGCGCCCTGCTCGTGTTAAAACAACAGGCCATCAGGTTTCC	100

C  CR974448.6	1900	CATCGGGTAGCTGAAAACGTTTGGGGCTGGGGGAGATGCCGCTCCCAGAC	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	101	CATCGGGTAGCTGAAAACGTTTGGGGCTGGGGGAGATGCCGCTCCCAGAC	150

C  CR974448.6	1850	AGCAGTGCTGGGACCAACAGGAAAGTGAAACAAGTGATGAAACGGCCATC	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	151	AGCAGTGCTGGGACCAACAGGAAAGTGAAACAAGTGATGAAACGGCCATC	200

C  CR974448.6	1800	AGGCATCTTTTACGTGAAATTTTTTGCCAAGTTTGACATCCTGTGTTTGA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	201	AGGCATCTTTTACGTGAAATTTTTTGCCAAGTTTGACATCCTGTGTTTGA	250

C  CR974448.6	1750	GTCTCTAATGAAAGCATAAGCAAAGAGTTTCATTGCTTCTTGGGTGACAA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	251	GTCTCTAATGAAAGCATAAGCAAAGAGTTTCATTGCTTCTTGGGTGACAA	300

C  CR974448.6	1700	GGGTGAGAGATGAAGACACCCCTGTCAGGATTTGGGGCCATTTTTCTTCC	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	301	GGGTGAGAGATGAAGACACCCCTGTCAGGATTTGGGGCCATTTTTCTTCC	350

C  CR974448.6	1650	CACGAGGTCAGGTTTGGGCCGAGAAAGAGAATGGAGATGGAGTCGGAGTG	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	351	CACGAGGTCAGGTTTGGGCCGAGAAAGAGAATGGAGATGGAGTCGGAGTG	400

C  CR974448.6	1600	TCACTGAATGACACGGATAACACACTGAATGGTTAACTCTTACAGGGATT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	401	TCACTGAATGACACGGATAACACACTGAATGGTTAACTCTTACAGGGATT	450

C  CR974448.6	1550	TGGCATCACAGTGAGACCCAAAATCAACTGCCAAATCTTGAAACAATAAC	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	451	TGGCATCACAGTGAGACCCAAAATCAACTGCCAAATCTTGAAACAATAAC	500

C  CR974448.6	1500	ACTGCAGTAAAAATATGTTGATCAGAATAACTTTACATCAGTTTTGAGGT	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	501	ACTGCAGTAAAAATATGTTGATCAGAATAACTTTACATCAGTTTTGAGGT	550

C  CR974448.6	1450	TTCCAAGCAACTGTTTCCTGTATTATTTACAGCATGATGTCCCTGATCGT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	551	TTCCAAGCAACTGTTTCCTGTATTATTTACAGCATGATGTCCCTGATCGT	600

C  CR974448.6	1400	GTAACGGAAGAGAGACTAGATTAAGCATGTTCGTATTTTTAAATAAAAGG	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	601	GTAACGGAAGAGAGACTAGATTAAGCATGTTCGTATTTTTAAATAAAAGG	650

C  CR974448.6	1350	TAGAGGATATTTATTTTCCTTTTCTTTTTCATTGCGGGATAACTTAGAGA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	651	TAGAGGATATTTATTTTCCTTTTCTTTTTCATTGCGGGATAACTTAGAGA	700

C  CR974448.6	1300	CAGCACAGTGCCCAGATCTTAAGGGCGCTGCGTACGAAAGCTCTTCCGCT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	701	CAGCACAGTGCCCAGATCTTAAGGGCGCTGCGTACGAAAGCTCTTCCGCT	750

C  CR974448.6	1250	GCCATCACGCTCAAGGTCAGGAGCAAGAGCCAGATGGCAGTTATGACCCC	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	751	GCCATCACGCTCAAGGTCAGGAGCAAGAGCCAGATGGCAGTTATGACCCC	800

C  CR974448.6	1200	GGCCAGTTGACATTGTGTGGGAGATCATAGCCAGTCTGGAAGCGTTTGGA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	801	GGCCAGTTGACATTGTGTGGGAGATCATAGCCAGTCTGGAAGCGTTTGGA	850

C  CR974448.6	1150	TATATTCTAATTCGTCTTAAAATACTTCACCTTCTCATCCGTCCACATTT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	851	TATATTCTAATTCGTCTTAAAATACTTCACCTTCTCATCCGTCCACATTT	900

C  CR974448.6	1100	GTCTCTAGTTGCTTTAGCATGTTCATAATTGTTAAGTACTTTTTTACTCA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	901	GTCTCTAGTTGCTTTAGCATGTTCATAATTGTTAAGTACTTTTTTACTCA	950

C  CR974448.6	1050	CTCCAACATCTGGATAACCTCTGGGTCTGCTTCTGTTGATTCTTTGAGCT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	951	CTCCAACATCTGGATAACCTCTGGGTCTGCTTCTGTTGATTCTTTGAGCT	1000

C  CR974448.6	1000	TCTTGTTTAACAGCCACCTCTCTTGTCTATTCCTAAATCAGCTAATTTCT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	1001	TCTTGTTTAACAGCCACCTCTCTTGTCTATTCCTAAATCAGCTAATTTCT	1050

C  CR974448.6	950	TATTATATGCCAGACCTTGTGGACAATGCTTTGCATCCCTGGATTATGTT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	1051	TATTATATGCCAGACCTTGTGGACAATGCTTTGCATCCCTGGATTATGTT	1100

C  CR974448.6	900	ATATTCTTTGAAAAGGTGCCTTTTAAAATATTTGTGATCAGTATGTTGTG	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	1101	ATATTCTTTGAAAAGGTGCCTTTTAAAATATTTGTGATCAGTATGTTGTG	1150

C  CR974448.6	850	ATCATGAAAGTAAAAGCATTCCTCTGTCATGAGGGAGAATATTTGTTATT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	1151	ATCATGAAAGTAAAAGCATTCCTCTGTCATGAGGGAGAATATTTGTTATT	1200

C  CR974448.6	800	TATTCTGAGCCAATATCCTTGTTATTTATCCTTCGGCAATATTAAAGGCT	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	1201	TATTCTGAGCCAATATCCTTGTTATTTATCCTTCGGCAATATTAAAGGCT	1250

C  CR974448.6	750	GAAAATTTTTATCCAATCTATAGAATCAATTGTTCAGAATAGCTTGGAAA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	1251	GAAAATTTTTATCCAATCTATAGAATCAATTGTTCAGAATAGCTTGGAAA	1300

C  CR974448.6	700	AATGCAAGAGTGTTCTGAAACGTATTTCTTTTCTAAACCATTCTAAATCA	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	1301	AATGCAAGAGTGTTCTGAAACGTATTTCTTTTCTAAACCATTCTAAATCA	1350

C  CR974448.6	650	TTGCAGACTCCAAATTCTTTCAATATAATAGCTGCCTACTTATCATAAAT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	1351	TTGCAGACTCCAAATTCTTTCAATATAATAGCTGCCTACTTATCATAAAT	1400

C  CR974448.6	600	GTGTTTCATGCTTCTGAATCCTTTTAGAAAAAAAAAAAAGCAACGACTGT	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	1401	GTGTTTCATGCTTCTGAATCCTTTTAGAAAAAAAAAAAAGCAACGACTGT	1450

C  CR974448.6	550	CTCTTCTACAGTGTGACAGAGAATGTGGCTTCCCTCTGAAAAGTCCCAGG	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	1451	CTCTTCTACAGTGTGACAGAGAATGTGGCTTCCCTCTGAAAAGTCCCAGG	1500

C  CR974448.6	500	ATTTCGTGTGAAGAAACAACTACCTTTATCACTTCCCTGGATCGTGATCC	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	1501	ATTTCGTGTGAAGAAACAACTACCTTTATCACTTCCCTGGATCGTGATCC	1550

C  CR974448.6	450	ATTGTCTTGGTGGCAACTGGAGAATGAGAGTCATAGTGTCCAGTTCTGTA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	1551	ATTGTCTTGGTGGCAACTGGAGAATGAGAGTCATAGTGTCCAGTTCTGTA	1600

C  CR974448.6	400	GTCAGGATCTTTGCCTTTCTTGGTATCCGTGTAATTTTCTTTAAACCTCT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	1601	GTCAGGATCTTTGCCTTTCTTGGTATCCGTGTAATTTTCTTTAAACCTCT	1650

C  CR974448.6	350	AATGCAGCCTGAAGGTTTTCGTTTTATACTCTTTTCATTTTGTAATCCCA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	1651	AATGCAGCCTGAAGGTTTTCGTTTTATACTCTTTTCATTTTGTAATCCCA	1700

C  CR974448.6	300	GCTCAGGTTTCCATGGTGTATTTCTGCCTCTCTATAGATGTCCCTAGAGC	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	1701	GCTCAGGTTTCCATGGTGTATTTCTGCCTCTCTATAGATGTCCCTAGAGC	1750

C  CR974448.6	250	TCGCTGCGCCATTTGTCGCTGGCCCCTATTGAGATAAATTATTAGAACCC	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	1751	TCGCTGCGCCATTTGTCGCTGGCCCCTATTGAGATAAATTATTAGAACCC	1800

C  CR974448.6	200	TGCCCAGCAGCTCAAACGGATACTTGTAACAACTCATTGATGGTACTAAG	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	1801	TGCCCAGCAGCTCAAACGGATACTTGTAACAACTCATTGATGGTACTAAG	1850

C  CR974448.6	150	TGCAAGAGGAGGGAGGGAAAGGTAAAATAAAACACCTTTACTTTCTGTCT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	1851	TGCAAGAGGAGGGAGGGAAAGGTAAAATAAAACACCTTTACTTTCTGTCT	1900

C  CR974448.6	100	TCTTTACTAGTATAATATTTAATTTTGCATTGATGTTTTATCATATGGAT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	1901	TCTTTACTAGTATAATATTTAATTTTGCATTGATGTTTTATCATATGGAT	1950

C  CR974448.6	50	AAAATTACACAAAGCAGGAAAAATCCAGTGTGCCTCATTAAAACCACCGT	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956646.4	1951	AAAATTACACAAAGCAGGAAAAATCCAGTGTGCCTCATTAAAACCACCGT	2000

Overview

Query
CR974448.6 - 57884 bps
Hit
CR956646.4 - 171329 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001971200012000-1120001
293.8921226239587398481212323841
395.382012383958739824-127379276161
493.752042563958839843-137889381441
584.521112351359113825137907381451
686.771472583958839845-174778750341
788.061382273961539841175329755541
888.811642623958739848180318805851
982.171152561856118816188760890171
1086.951522543958739840-188760890121
11821042491357613824188762890111
1294.642172613958839848190953912131
1390.911672313961839848-11006581008881
1492.72202261395883984811047461050061
1591.951972613958839848-11113231115831
1692.722022613958839848-11132271134871
1789.81181264395853984811175681178321
1893.51207261395883984811192681195291
1995.472042433958839830-11280471282891
2086.7129237395883982411422851425171
2184.851182373958839824-11436471438771
2294.25213261395883984811683591686191
Short-link