<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR974581.7	2000	AAGCTTATTACCCTATTTCACAGACAGTACCATTTGTGGACTGTTTGTAG	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	1	AAGCTTATTACCCTATTTCACAGACAGTACCATTTGTGGACTGTTTGTAG	50

C  CR974581.7	1950	AACGAGTTTCTCATGAAGACGTGGAGTAGAATCTTTGGGTATCTAGATTT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	51	AACGAGTTTCTCATGAAGACGTGGAGTAGAATCTTTGGGTATCTAGATTT	100

C  CR974581.7	1900	TTTCTTGTGTAACAAAACATTGTATCTCCTACAAGTTATATTTCTTTTGC	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	101	TTTCTTGTGTAACAAAACATTGTATCTCCTACAAGTTATATTTCTTTTGC	150

C  CR974581.7	1850	TTCTATGGGTAGTTTTACTGTTCATTAATTTTTCTCCCTTTGTACTTACT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	151	TTCTATGGGTAGTTTTACTGTTCATTAATTTTTCTCCCTTTGTACTTACT	200

C  CR974581.7	1800	TTCATTTATTATACTGCATTTCTCATTTAAACATACAAATTTTACAGAAT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	201	TTCATTTATTATACTGCATTTCTCATTTAAACATACAAATTTTACAGAAT	250

C  CR974581.7	1750	TTTTTTTTTTTTTTTGGTTCAATTCAGTATTCACTTCAGGCAGTTAGGAA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	251	TTTTTTTTTTTTTTTGGTTCAATTCAGTATTCACTTCAGGCAGTTAGGAA	300

C  CR974581.7	1700	ACTCACCATAATTCACTTACATGTAAAAAATGTTTTTACCAGCTAAAACA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	301	ACTCACCATAATTCACTTACATGTAAAAAATGTTTTTACCAGCTAAAACA	350

C  CR974581.7	1650	ATATTTTTAGTTTCAGATTTTGCTATGCTTGCAGAATCTATGTGTGTTGT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	351	ATATTTTTAGTTTCAGATTTTGCTATGCTTGCAGAATCTATGTGTGTTGT	400

C  CR974581.7	1600	GCTCATTCATTTTTATGGAAAATCTTTATATCTCTAGACTGTAGCCATAG	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	401	GCTCATTCATTTTTATGGAAAATCTTTATATCTCTAGACTGTAGCCATAG	450

C  CR974581.7	1550	TACTTATATTTTTGGTCATCTAATTTTAGACTAATTTTCAAGAAAACATT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	451	TACTTATATTTTTGGTCATCTAATTTTAGACTAATTTTCAAGAAAACATT	500

C  CR974581.7	1500	TGGTCATGCATTTAAAATGTTTTCTCTTCTACTCCAAAGCCCTACTGTTG	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	501	TGGTCATGCATTTAAAATGTTTTCTCTTCTACTCCAAAGCCCTACTGTTG	550

C  CR974581.7	1450	TGCTACTCCTCCAAATACTTGCCACAGATCTATCTTTTTGTAAAGTCCCT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	551	TGCTACTCCTCCAAATACTTGCCACAGATCTATCTTTTTGTAAAGTCCCT	600

C  CR974581.7	1400	TTTAACATTCCAGAAACTTTTAACTGCCTTGTTTGGAGACCTGCCTCACA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	601	TTTAACATTCCAGAAACTTTTAACTGCCTTGTTTGGAGACCTGCCTCACA	650

C  CR974581.7	1350	CTAACAGTTTTTTAAATATAAACAATTAGTGAATTTGTGTCTTAATTGAC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	651	CTAACAGTTTTTTAAATATAAACAATTAGTGAATTTGTGTCTTAATTGAC	700

C  CR974581.7	1300	AAGAACATCTCTGCCTGCCAAATGGCTGATTAAGAGAAACACATTGGTAT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	701	AAGAACATCTCTGCCTGCCAAATGGCTGATTAAGAGAAACACATTGGTAT	750

C  CR974581.7	1250	CCTTGTTAATGAGATTGGTTTTAACCTTTTGAGAAGTACATGCCATGCTT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	751	CCTTGTTAATGAGATTGGTTTTAACCTTTTGAGAAGTACATGCCATGCTT	800

C  CR974581.7	1200	TCTAATAGCTCTTATGGTCCCTGCATTTCAAATGATATTTTCAGGTTCTA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	801	TCTAATAGCTCTTATGGTCCCTGCATTTCAAATGATATTTTCAGGTTCTA	850

C  CR974581.7	1150	TGTCAGTTCTCTGATGACTACGATGTAAGTTAATCATTTCTTTTTTTATA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	851	TGTCAGTTCTCTGATGACTACGATGTAAGTTAATCATTTCTTTTTTTATA	900

C  CR974581.7	1100	TATAACCCGTAACTAATGTTGGGGATGTTGAGACTATCTTGTTACTTTTG	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	901	TATAACCCGTAACTAATGTTGGGGATGTTGAGACTATCTTGTTACTTTTG	950

C  CR974581.7	1050	TGTGTGTTGTATGTTTGTTTTTAAACTGTGGATTCTGTTTCTGCTTACAG	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	951	TGTGTGTTGTATGTTTGTTTTTAAACTGTGGATTCTGTTTCTGCTTACAG	1000

C  CR974581.7	1000	GAAACAAGCCCAGACTAATAATTGTTTTTGAAAAATTCCTGACATAACTA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	1001	GAAACAAGCCCAGACTAATAATTGTTTTTGAAAAATTCCTGACATAACTA	1050

C  CR974581.7	950	AAATATATTAATAGCTTAGTTTTATATTTCTGAAACAAACAGAAAATAAA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	1051	AAATATATTAATAGCTTAGTTTTATATTTCTGAAACAAACAGAAAATAAA	1100

C  CR974581.7	900	ATAGTTTAGGAGCAAGACCAACCAACAAACAGAAAACGTTAATAGGGAGA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	1101	ATAGTTTAGGAGCAAGACCAACCAACAAACAGAAAACGTTAATAGGGAGA	1150

C  CR974581.7	850	AGCTAACTAAACATGGATCTTAGTGTTAACAGCTAAACCAAGAAAATAAC	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	1151	AGCTAACTAAACATGGATCTTAGTGTTAACAGCTAAACCAAGAAAATAAC	1200

C  CR974581.7	800	TAAAATACTTTAAAAATTAAAAATTTAGGATAGTGTTGTATAGAAGCTAA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	1201	TAAAATACTTTAAAAATTAAAAATTTAGGATAGTGTTGTATAGAAGCTAA	1250

C  CR974581.7	750	AAATTTGTGCCCTATTTAAATAAACCCAGAATTGCTGACTGTTCAAAAGC	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	1251	AAATTTGTGCCCTATTTAAATAAACCCAGAATTGCTGACTGTTCAAAAGC	1300

C  CR974581.7	700	TATGTCGAGGATCTGTGGGTTATGGAAGAGTGTCTGTGTGGCCCTAGCTA	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	1301	TATGTCGAGGATCTGTGGGTTATGGAAGAGTGTCTGTGTGGCCCTAGCTA	1350

C  CR974581.7	650	GTCTCTATGACACCTGTCTTTGAAGAAAGTTTGATAATTAGATACTGTGT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	1351	GTCTCTATGACACCTGTCTTTGAAGAAAGTTTGATAATTAGATACTGTGT	1400

C  CR974581.7	600	TTGAAGCTAATGATGCCGTAGATCCGGTGGTGGTATCTACCTATCAGTAG	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	1401	TTGAAGCTAATGATGCCGTAGATCCGGTGGTGGTATCTACCTATCAGTAG	1450

C  CR974581.7	550	ATCCTTTCCCTGGGATGACAGTTTTGATCTGCACCTCAGATACCTCGTGG	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	1451	ATCCTTTCCCTGGGATGACAGTTTTGATCTGCACCTCAGATACCTCGTGG	1500

C  CR974581.7	500	ATCTCATTGACTGTGGAACTTTAGAGGCCCAAGTGGGCAGCCAGTTAAGT	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	1501	ATCTCATTGACTGTGGAACTTTAGAGGCCCAAGTGGGCAGCCAGTTAAGT	1550

C  CR974581.7	450	ATATGGAACTGTGACTTCATGCGAGGTGATCTGACCAGGTACCTTCAAAC	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	1551	ATATGGAACTGTGACTTCATGCGAGGTGATCTGACCAGGTACCTTCAAAC	1600

C  CR974581.7	400	ATGCCCAGTAGTCTTTCATCTCTGGAAAGGTGACATCACTGTCACCGAAT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	1601	ATGCCCAGTAGTCTTTCATCTCTGGAAAGGTGACATCACTGTCACCGAAT	1650

C  CR974581.7	350	CTAGTATTGCCATGCAACCTAGGAATATGGGCCTGTTGCATTGCCCACAA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	1651	CTAGTATTGCCATGCAACCTAGGAATATGGGCCTGTTGCATTGCCCACAA	1700

C  CR974581.7	300	GTTTGAGAAAATCTGGCCTACTGTCATATTTGATGGCATGCTGTCCTTGA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	1701	GTTTGAGAAAATCTGGCCTACTGTCATATTTGATGGCATGCTGTCCTTGA	1750

C  CR974581.7	250	GTAGTAGAGGCTTGACGACCTGCAAGATGACTGGAGAAGGGGACAACTTA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	1751	GTAGTAGAGGCTTGACGACCTGCAAGATGACTGGAGAAGGGGACAACTTA	1800

C  CR974581.7	200	GTCATGCCCTTGAGTGGGGGTGGGAGGGTAGGGATGTGGAGGTACGACTT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	1801	GTCATGCCCTTGAGTGGGGGTGGGAGGGTAGGGATGTGGAGGTACGACTT	1850

C  CR974581.7	150	CAACACAATTGCATAGATTTTTTTTTTTTTTTTGACATAGCTCCATTCTG	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	1851	CAACACAATTGCATAGATTTTTTTTTTTTTTTTGACATAGCTCCATTCTG	1900

C  CR974581.7	100	GATTGTGGAATGCAGCAATAGTGATGGACACTCAGTCAAATTGAGAGACC	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	1901	GATTGTGGAATGCAGCAATAGTGATGGACACTCAGTCAAATTGAGAGACC	1950

C  CR974581.7	50	TATTTCTTACCACCTGGATTTGAACCCTTTGCTCTCTCATATTTCTTTGA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956629.5	1951	TATTTCTTACCACCTGGATTTGAACCCTTTGCTCTCTCATATTTCTTTGA	2000

Overview

Query
CR974581.7 - 31897 bps
Hit
CR956629.5 - 156529 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001934200012000-1120001
289.751892821303213313-111905121871
390.871872632955829820-111925121871
489.811822662955829823119306195701
589.191742601303013289135918361761
685.414927242834554-150936512091
788.521712671303213298-150939512081
889.391762642955829821-150945512081
990.61892672955729823157990582551
1085.6615728042844563157991582691
1190.621942781303213309157991582671
1290.771902691303013298-164114643841
1390.591862662955829823-164117643821
1488.441592511303213282-181057813071
1588.591692662955829823198435986971
1685.391452674285455111018111020771
1785.561502694287455511218641221331
1895.382392831303113313-11277231280031
1993.582122652955829822-11277381280021
2091.5915421442844497-11277891280021
2186.341552714282455211484261486961
Short-link