<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR974566.12	1	GATCCTGGTTGCAACTCAGCAGTTGTCAGACGACATTTTTGAGACAATCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	81595	GATCCTGGTTGCAACTCAGCAGTTGTCAGACGACATTTTTGAGACAATCA	81644

CR974566.12	51	GCAAGTGTGGACGATAGAGGCTGCTTAGGAGAAACCGCTGTCCACTTAGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	81645	GCAAGTGTGGACGATAGAGGCTGCTTAGGAGAAACCGCTGTCCACTTAGA	81694

CR974566.12	101	TGTGAGCAGGTAAGGCCCTTACCTGGTAGAGATACTCACTGAAGTATTTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	81695	TGTGAGCAGGTAAGGCCCTTACCTGGTAGAGATACTCACTGAAGTATTTT	81744

CR974566.12	151	AGGGATGAAATTAAATCATGTCTAAGATTTGCTTAAAAACACCCGGGAGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	81745	AGGGATGAAATTAAATCATGTCTAAGATTTGCTTAAAAACACCCGGGAGG	81794

CR974566.12	201	AAGGGCTGGGGAATCGCAAAAAACACTGGCAAGATGCTGCTGGGGAGCTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	81795	AAGGGCTGGGGAATCGCAAAAAACACTGGCAAGATGCTGCTGGGGAGCTC	81844

CR974566.12	251	AAGGGGATGCATTTTTCTAACCTCTCTACGATGGTGCACGTTTACAACTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	81845	AAGGGGATGCATTTTTCTAACCTCTCTACGATGGTGCACGTTTACAACTG	81894

CR974566.12	301	TCCTCATAAGAAGTTAAAATCAGACACCAGGGACACAATAAAGACCAAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	81895	TCCTCATAAGAAGTTAAAATCAGACACCAGGGACACAATAAAGACCAAAA	81944

CR974566.12	351	CCCAAGACTGCAAAACACCAAATCTATATTTACATCCACATATAATAACA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	81945	CCCAAGACTGCAAAACACCAAATCTATATTTACATCCACATATAATAACA	81994

CR974566.12	401	TAACTTTAAGCTGAAATATATCATAAATAAAACAAGTAATGTCTACTGTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	81995	TAACTTTAAGCTGAAATATATCATAAATAAAACAAGTAATGTCTACTGTT	82044

CR974566.12	451	TGACAAGTATCGACAATTAAAATAAATCAAACTGGAATGAAATAAATACA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	82045	TGACAAGTATCGACAATTAAAATAAATCAAACTGGAATGAAATAAATACA	82094

CR974566.12	501	TAAACAAAAATCCAACGCACTGTACCTCTATTATATGTACTGCTGTCTCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	82095	TAAACAAAAATCCAACGCACTGTACCTCTATTATATGTACTGCTGTCTCA	82144

CR974566.12	551	AAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAACCAGTAGTATCCCAATAGTTAATAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	82145	AAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAACCAGTAGTATCCCAATAGTTAATAC	82194

CR974566.12	601	TGATGGACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTGGAGTACAAGGGCTGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	82195	TGATGGACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTGGAGTACAAGGGCTGT	82244

CR974566.12	651	GGAAAAAAAAAAAAACAAAACTTATTTTTATTATTCACTCAGAAATGTGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	82245	GGAAAAAAAAAAAAACAAAACTTATTTTTATTATTCACTCAGAAATGTGG	82294

CR974566.12	701	TTAAAAAGGAGAAATCTGAAAGCCCCCAAAATTTCAGCATAACATGAATT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	82295	TTAAAAAGGAGAAATCTGAAAGCCCCCAAAATTTCAGCATAACATGAATT	82344

CR974566.12	751	GACTTGTTTTCAAATAGATTTGGTGATTTTTTTTTTTAAATACAGATTTA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	82345	GACTTGTTTTCAAATAGATTTGGTGATTTTTTTTTTTAAATACAGATTTA	82394

CR974566.12	801	AATTTCAGCCCTCTATTATCATGTATCCCCTTTTAAGATTTATACTTCTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	82395	AATTTCAGCCCTCTATTATCATGTATCCCCTTTTAAGATTTATACTTCTC	82444

CR974566.12	851	GTCACAGCAAGCTCTCTGTAACACTCATTGGATTAGGTAAGGACAGGGTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	82445	GTCACAGCAAGCTCTCTGTAACACTCATTGGATTAGGTAAGGACAGGGTC	82494

CR974566.12	901	AATCATCTTGAAAATGTGTTAATCTTCAAAAATAGGCTATAAAAGTGCAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	82495	AATCATCTTGAAAATGTGTTAATCTTCAAAAATAGGCTATAAAAGTGCAA	82544

CR974566.12	951	AACTATGAAAACAAAAATCTAGATTATGTACATATGGCTCAGCTTGTGAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	82545	AACTATGAAAACAAAAATCTAGATTATGTACATATGGCTCAGCTTGTGAA	82594

CR974566.12	1001	CAGGAGAACAGGTCGACAGTGTACGCCTTCCCGGTACAAAGCACTTTGTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	82595	CAGGAGAACAGGTCGACAGTGTACGCCTTCCCGGTACAAAGCACTTTGTT	82644

CR974566.12	1051	GCAGGTGCCAGCAGACGGTCTCAAGTCAGGCCTCCCTTCTCACGAGGGGG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	82645	GCAGGTGCCAGCAGACGGTCTCAAGTCAGGCCTCCCTTCTCACGAGGGGG	82694

CR974566.12	1101	TTAAGACGTCTCTGTCAAGTAGGAGTCGTGTCGCATAATGAAAATAAACA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	82695	TTAAGACGTCTCTGTCAAGTAGGAGTCGTGTCGCATAATGAAAATAAACA	82744

CR974566.12	1151	CAAAAATCAAGATTCTTTTAGGACATCACCCTCGCTCTAATGGAGAAGGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	82745	CAAAAATCAAGATTCTTTTAGGACATCACCCTCGCTCTAATGGAGAAGGG	82794

CR974566.12	1201	CAGGGCAAGAAAAACGAACAGTGCAAATTTATGTCTGAAGCAGGTTTCTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	82795	CAGGGCAAGAAAAACGAACAGTGCAAATTTATGTCTGAAGCAGGTTTCTT	82844

CR974566.12	1251	AATGAAGTATTTTGTGGTCGCGAACCCCAGGTACTGCCCTATACCCAGCC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	82845	AATGAAGTATTTTGTGGTCGCGAACCCCAGGTACTGCCCTATACCCAGCC	82894

CR974566.12	1301	ACGGACAGTGGATGGCGGGAAGAGAAGTTTACAACAGCCAGCGAGCCAGC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	82895	ACGGACAGTGGATGGCGGGAAGAGAAGTTTACAACAGCCAGCGAGCCAGC	82944

CR974566.12	1351	TGGTGGCCAGCCTCTCCACGGAACTCCAACTGCAGGTACGCCGCGGGAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	82945	TGGTGGCCAGCCTCTCCACGGAACTCCAACTGCAGGTACGCCGCGGGAAA	82994

CR974566.12	1401	CCACCAGGAATGGGCAGGCGGCCGAGCTCTCAAAAGAGGGCACCTCCTCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	82995	CCACCAGGAATGGGCAGGCGGCCGAGCTCTCAAAAGAGGGCACCTCCTCC	83044

CR974566.12	1451	CCGAGGCCCAGCAGGCTCAGGCAGCCCGAGAGAGGGCCCGAGCGCTCGGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	83045	CCGAGGCCCAGCAGGCTCAGGCAGCCCGAGAGAGGGCCCGAGCGCTCGGC	83094

CR974566.12	1501	CAGCGGGCCTGGCGCCTGCAGCCTGCAGAACCGTGTCTCTGCAACGAGCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	83095	CAGCGGGCCTGGCGCCTGCAGCCTGCAGAACCGTGTCTCTGCAACGAGCC	83144

CR974566.12	1551	TGAACACGCCCAGTTAACCCAATCGCCAGACACACCAAGACGTCCAAGTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	83145	TGAACACGCCCAGTTAACCCAATCGCCAGACACACCAAGACGTCCAAGTA	83194

CR974566.12	1601	CAGACCTACCGTTTCCCCAGAACTTTCATTGCTTTTGAAATTGCTTCCAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	83195	CAGACCTACCGTTTCCCCAGAACTTTCATTGCTTTTGAAATTGCTTCCAA	83244

CR974566.12	1651	TATCAGTCAGTCACAGGTAGAATTGAGCATTTCTATTTCGACATGCTAAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	83245	TATCAGTCAGTCACAGGTAGAATTGAGCATTTCTATTTCGACATGCTAAT	83294

CR974566.12	1701	TTAGGCAAAGGCCAAACAAACGGCCCACAAGTTGTCCAACAAAAATGATT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	83295	TTAGGCAAAGGCCAAACAAACGGCCCACAAGTTGTCCAACAAAAATGATT	83344

CR974566.12	1751	AATTGGATAGAAAACAAATTTCAGTAACTCCGTATGCACTCTGGTACGTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	83345	AATTGGATAGAAAACAAATTTCAGTAACTCCGTATGCACTCTGGTACGTT	83394

CR974566.12	1801	TACCGCACGTGTGGCCGGCCTGGCGGAGGGAAGTTTCTCCGCAGACGCAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	83395	TACCGCACGTGTGGCCGGCCTGGCGGAGGGAAGTTTCTCCGCAGACGCAC	83444

CR974566.12	1851	ACACTGTAAAACTCCCCACGAACCACCACCGGTCCCCTCAGGAAAGGATT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	83445	ACACTGTAAAACTCCCCACGAACCACCACCGGTCCCCTCAGGAAAGGATT	83494

CR974566.12	1901	GTGGGTCTGGGCCTCTCTCAGGTGACAGACAGACTGAAATGTGCAGGAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	83495	GTGGGTCTGGGCCTCTCTCAGGTGACAGACAGACTGAAATGTGCAGGAAA	83544

CR974566.12	1951	AGGGCACCAAATTCAGAAGAGCTGACCTCAGTATGCGCAGCACGTGTTCA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956621.10	83545	AGGGCACCAAATTCAGAAGAGCTGACCTCAGTATGCGCAGCACGTGTTCA	83594

Overview

Query
CR974566.12 - 164668 bps
Hit
CR956621.10 - 83594 bps
Total alignments
28
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001973200012000181595835941
293.092413196129061608-110088104051
393.942352949255492847-110088103841
488.71943107272873037110088103971
592.632132824877249053-110103103871
696.842252539694197193-110104103561
791.83190259105904106162-110104103601
891.52102914103941329110104103971
992.061872514630446554110104103551
1093.011852457451474758110104103461
1192.98232299112628112926110104104021
1291.09187258105400105657-110912111691
1389.71852734878049052-142369426401
14901942803350333782-142370426491
1588.731862854876349047164684649671
1694.592282769256092835-165289655651
1792.651862467274172986165291655351
1891.5188258105906106163-165292655501
1990.461962814877249052-165293655751
2090.492123096128561593-165293655971
2195.792262619693397193-165293655531
2290.732052914103941329165293655831
2393.73205255112628112882165293655471
2490.042153186128561602169122694421
2590.85205291112628112918-169138694321
2689.351942904103941328-169142694321
2793.12282909255592844169156694451
2880.59207510105148105657-176699772031
Short-link