<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CT009526.6	1	GATCTACGTTTGGAAATCTAATCAACACTCTCCCTTCTCTTAGGGGGAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	28412	GATCTACGTTTGGAAATCTAATCAACACTCTCCCTTCTCTTAGGGGGAAA	28461

CT009526.6	51	AAAAATGCCCCTTGAACACTGAAACAGCTCTGGATTTTCTTTGCACAGAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	28462	AAAAATGCCCCTTGAACACTGAAACAGCTCTGGATTTTCTTTGCACAGAG	28511

CT009526.6	101	TTGCAAACTTTGTAAATTGATTTGTATGGTGGGAACTATCCTATCTGAAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	28512	TTGCAAACTTTGTAAATTGATTTGTATGGTGGGAACTATCCTATCTGAAT	28561

CT009526.6	151	TCTTATTTACCACCTCCTTCTACAAAACAAAAACAAAAAAAAAGAGAGAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	28562	TCTTATTTACCACCTCCTTCTACAAAACAAAAACAAAAAAAAAGAGAGAA	28611

CT009526.6	201	AGAGAAAGGAACAGGTTAATGGATTAGTATATTAGATCTTGTAAAGAATT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	28612	AGAGAAAGGAACAGGTTAATGGATTAGTATATTAGATCTTGTAAAGAATT	28661

CT009526.6	251	TTTTTCTTTTGGGTTGCTTAATTGCTTTTTTAATAGTATGCTGGGGTTTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	28662	TTTTTCTTTTGGGTTGCTTAATTGCTTTTTTAATAGTATGCTGGGGTTTT	28711

CT009526.6	301	GTTTCTCGGAAGTGTAATATGAAAGTTCATTTTTCTCCTGCCAGACCCAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	28712	GTTTCTCGGAAGTGTAATATGAAAGTTCATTTTTCTCCTGCCAGACCCAC	28761

CT009526.6	351	CCACTGAAAAATCAGCTTTCCACTTGATTGCTAGTTTTGATTTGACATTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	28762	CCACTGAAAAATCAGCTTTCCACTTGATTGCTAGTTTTGATTTGACATTT	28811

CT009526.6	401	GATTGATCACCTGTCATCTCACTGCCTTTGATCTATTCATTCTTGATATA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	28812	GATTGATCACCTGTCATCTCACTGCCTTTGATCTATTCATTCTTGATATA	28861

CT009526.6	451	TATCAATAAATCACTCACCATGGTAACTCAGAGTGCCAGTGACGCAAGCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	28862	TATCAATAAATCACTCACCATGGTAACTCAGAGTGCCAGTGACGCAAGCC	28911

CT009526.6	501	TTGCCCTCTAGATTCAGAGCCAGACATGCACAATTATTATCTTGTTTGGC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	28912	TTGCCCTCTAGATTCAGAGCCAGACATGCACAATTATTATCTTGTTTGGC	28961

CT009526.6	551	TTTTAATGTGGGCGTTTTTATTTTCTTTGTGTCCTTCAGTTGAATCGGGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	28962	TTTTAATGTGGGCGTTTTTATTTTCTTTGTGTCCTTCAGTTGAATCGGGG	29011

CT009526.6	601	CTTTAGCAAAAAGCTTAAGTTTTTTTCCTCTTCTTTCTGTCTTTACCTTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	29012	CTTTAGCAAAAAGCTTAAGTTTTTTTCCTCTTCTTTCTGTCTTTACCTTC	29061

CT009526.6	651	ATGCTTTAGGCAGCATCAGTTAAGGCTCGTCTTCTGCAGATCCACCACGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	29062	ATGCTTTAGGCAGCATCAGTTAAGGCTCGTCTTCTGCAGATCCACCACGG	29111

CT009526.6	701	TATTTCCTTCTGTTCTGACTGGAGCGAAACATTAGGGAGAAGAAGTTTGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	29112	TATTTCCTTCTGTTCTGACTGGAGCGAAACATTAGGGAGAAGAAGTTTGG	29161

CT009526.6	751	TGGAACACTTTCATAAAGTTTGCAAAGCCACCCTCAGAACAAAAATACGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	29162	TGGAACACTTTCATAAAGTTTGCAAAGCCACCCTCAGAACAAAAATACGA	29211

CT009526.6	801	AGTTAGTCACAAATCTGAGCAAAGTGGGTGTTTGTGTCTGAATATGCTGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	29212	AGTTAGTCACAAATCTGAGCAAAGTGGGTGTTTGTGTCTGAATATGCTGG	29261

CT009526.6	851	ACCACCAAGCTCATCCTCCATCGTGGCCTGATTCCAGTACGAGTGGCAGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	29262	ACCACCAAGCTCATCCTCCATCGTGGCCTGATTCCAGTACGAGTGGCAGT	29311

CT009526.6	901	ACATGTGCTCTGAGATAGCCACAGTTATCTTCCCTTCTGAGTGCAGAATT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	29312	ACATGTGCTCTGAGATAGCCACAGTTATCTTCCCTTCTGAGTGCAGAATT	29361

CT009526.6	951	GCTTCTGTAACTGTGTATAGATGGGTGGGAAATATCATTTATAAAGCTTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	29362	GCTTCTGTAACTGTGTATAGATGGGTGGGAAATATCATTTATAAAGCTTT	29411

CT009526.6	1001	AATTCGTGGATTTTCCAATTGTTTCTCTAAGAGCAAAATGATTTGAGTAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	29412	AATTCGTGGATTTTCCAATTGTTTCTCTAAGAGCAAAATGATTTGAGTAC	29461

CT009526.6	1051	TTTTAGTACTGTGTATATTTAGAACTTGCCTAGTCAATGAGGTGTTCTTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	29462	TTTTAGTACTGTGTATATTTAGAACTTGCCTAGTCAATGAGGTGTTCTTT	29511

CT009526.6	1101	TTTAAATTCTAGCTACCTCTTTTGCAAACAATTTCTCCCTCCTACCCCTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	29512	TTTAAATTCTAGCTACCTCTTTTGCAAACAATTTCTCCCTCCTACCCCTG	29561

CT009526.6	1151	TCCTTTTCTACATTTAACTCACTTATTTTTTAAAAACTTAGATTGCTTTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	29562	TCCTTTTCTACATTTAACTCACTTATTTTTTAAAAACTTAGATTGCTTTG	29611

CT009526.6	1201	CAATCTGAACAGCATTGGGGAGTGTACAGGCCTTTTAGACTCAGGAAGAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	29612	CAATCTGAACAGCATTGGGGAGTGTACAGGCCTTTTAGACTCAGGAAGAG	29661

CT009526.6	1251	TACGCCTGCCTCATCTAGTTCTAGCAACATAAGTTTAAGTATAGCTAGAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	29662	TACGCCTGCCTCATCTAGTTCTAGCAACATAAGTTTAAGTATAGCTAGAT	29711

CT009526.6	1301	TATTAGAGATAACATCCTTATTGTTGTCCCAAAAGAGATCCCTGGGCAAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	29712	TATTAGAGATAACATCCTTATTGTTGTCCCAAAAGAGATCCCTGGGCAAC	29761

CT009526.6	1351	AGTCCAGCAAGAAGTGATACTGCCCTGAAAATTACTCTTTTTTCCCCCTT	1400
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	29762	AGTCCAGCAAAAAGTGATACTGCCCTGAAAATTACTCTTTTTTCCCCCTT	29811

CT009526.6	1401	GTTGTTCCGGTAAAGGCCATCAACAACTAGGCAGTAATTTAAATTACCAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	29812	GTTGTTCCGGTAAAGGCCATCAACAACTAGGCAGTAATTTAAATTACCAG	29861

CT009526.6	1451	AATGACTGGACATGTCTCCTTTGGTAAGCTCATTACAAAAAGTGCATTGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	29862	AATGACTGGACATGTCTCCTTTGGTAAGCTCATTACAAAAAGTGCATTGC	29911

CT009526.6	1501	TCAGAATTGCACTACTTTGATTATAATTATCCTCTGATCAATGAGGATCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	29912	TCAGAATTGCACTACTTTGATTATAATTATCCTCTGATCAATGAGGATCC	29961

CT009526.6	1551	AGGTGTACGTAACATAATGCTGTATCACATTATTTAAATTAGATCCTTTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	29962	AGGTGTACGTAACATAATGCTGTATCACATTATTTAAATTAGATCCTTTT	30011

CT009526.6	1601	CATTAAGCTGATATCCACTGGAGCTAGCTTGTCTGTTTACTGTAGTGTAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	30012	CATTAAGCTGATATCCACTGGAGCTAGCTTGTCTGTTTACTGTAGTGTAT	30061

CT009526.6	1651	GTGTTTGTGTGTCCGTATTAGAAAGTTCTGACTGTAGTTTCAGTTTTCTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	30062	GTGTTTGTGTGTCCGTATTAGAAAGTTCTGACTGTAGTTTCAGTTTTCTG	30111

CT009526.6	1701	GCCTATTGTGTTCCTAGTGTCTTTATATGTTTGTTTTCATGGCTTTTATT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	30112	GCCTATTGTGTTCCTAGTGTCTTTATATGTTTGTTTTCATGGCTTTTATT	30161

CT009526.6	1751	ATTTTCACTGGAAGAAGTGGAAACCCTTGTCAAGCTGAAAGGGAATGATT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	30162	ATTTTCACTGGAAGAAGTGGAAACCCTTGTCAAGCTGAAAGGGAATGATT	30211

CT009526.6	1801	CATTTTGTACACAGTGAGGCCCCTCTTACGGTATTTATTTGCTCACATTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	30212	CATTTTGTACACAGTGAGGCCCCTCTTACGGTATTTATTTGCTCACATTA	30261

CT009526.6	1851	TTACTAGAGTGGATATGTGTTCATGTAATGTTTCTTTCCTCTGAAGTCAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	30262	TTACTAGAGTGGATATGTGTTCATGTAATGTTTCTTTCCTCTGAAGTCAT	30311

CT009526.6	1901	CTGTGCCGTACTGTTTTAGCTGAGGCGGAGATTCGCAAGTAAAGTTAGCC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	30312	CTGTGCCGTACTGTTTTAGCTGAGGCGGAGATTCGCAAGTAAAGTTAGCC	30361

CT009526.6	1951	ACTTTGATATCCTTTAGCCAGTTAACATCCTGGGAGAAGAACAAGGTGGG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	30362	ACTTTGATATCCTTTAGCCAGTTAACATCCTGGGAGAAGAACAAGGTGGG	30411

Compact alignment

skip 1350 bps 100% identity alignment

CT009526.6	1351	AGTCCAGCAAGAAGTGATACTGCCCTGAAAATTACTCTTTTTTCCCCCTT	1400
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956408.5	29762	AGTCCAGCAAAAAGTGATACTGCCCTGAAAATTACTCTTTTTTCCCCCTT	29811

skip 600 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CT009526.6 - 100904 bps
Hit
CR956408.5 - 30411 bps
Total alignments
5
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.951948200012000128412304111
286.1213724650123503681626965131
382.4810523457969582021627165041
488.151652715992860198-111018112871
582.651022206210562324123660238781
Short-link