<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR974431.11	1	GATCAGTGTTGTCACTGCAGTGGCTCAGGTCGTTGCTGTGGTGCAGGTTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	56693	GATCAGTGTTGTCACTGCAGTGGCTCAGGTCGTTGCTGTGGTGCAGGTTT	56742

CR974431.11	51	GATCCTTGGCCTGGGAACTTCCTTCCACATGCCGTGGGCATGGCCAAGAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	56743	GATCCTTGGCCTGGGAACTTCCTTCCACATGCCGTGGGCATGGCCAAGAA	56792

CR974431.11	101	AAAAAGAAAGAAAACCAAAAATGACGGCTCACACTTGTGCTTTTTAGCCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	56793	AAAAAGAAAGAAAACCAAAAATGACGGCTCACACTTGTGCTTTTTAGCCA	56842

CR974431.11	151	AGGCCATGTCTCATACAGGTTCCATTTGTAGATGGAACACTTCAAGAAAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	56843	AGGCCATGTCTCATACAGGTTCCATTTGTAGATGGAACACTTCAAGAAAG	56892

CR974431.11	201	ATAGGTAAGTGTGGGTGATGGAGAAAAGGATTTGCCTAGCCTCTAGAGGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	56893	ATAGGTAAGTGTGGGTGATGGAGAAAAGGATTTGCCTAGCCTCTAGAGGG	56942

CR974431.11	251	TGAATATTAAAACACAGCAGACGGCCCCAGAAAAGGCCAAAAAAAACCAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	56943	TGAATATTAAAACACAGCAGACGGCCCCAGAAAAGGCCAAAAAAAACCAA	56992

CR974431.11	301	AATAAAATAAAACACAGCAGAGAAAGCTGTTCATGTTCTTTAAAAGACAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	56993	AATAAAATAAAACACAGCAGAGAAAGCTGTTCATGTTCTTTAAAAGACAT	57042

CR974431.11	351	CTGTCATCTACCAACAAATCTCATGCATAGTTTATAACATATACAGGATA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	57043	CTGTCATCTACCAACAAATCTCATGCATAGTTTATAACATATACAGGATA	57092

CR974431.11	401	GAACAATTTGAGTCACAACTGTCTCCTATGGCCTCGTTTGAAATAAGTGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	57093	GAACAATTTGAGTCACAACTGTCTCCTATGGCCTCGTTTGAAATAAGTGG	57142

CR974431.11	451	ATTTAATTAATTTATGGTTTGAATCGGTGCCTAAGAAGCCCTAATAAAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	57143	ATTTAATTAATTTATGGTTTGAATCGGTGCCTAAGAAGCCCTAATAAAAA	57192

CR974431.11	501	TACATTTTCAGAAAAGAAGCTGTATCTAGCTCTGCTGGCTAAATCACTTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	57193	TACATTTTCAGAAAAGAAGCTGTATCTAGCTCTGCTGGCTAAATCACTTT	57242

CR974431.11	551	TAGTTTGAAAATGACTGCTATCCATGAAAATTTGTAACGTGAATCCTTGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	57243	TAGTTTGAAAATGACTGCTATCCATGAAAATTTGTAACGTGAATCCTTGA	57292

CR974431.11	601	GATAAAAAAATACGAAAGCTTTGACCTGCCTTTTCAATGATCGTCTGTGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	57293	GATAAAAAAATACGAAAGCTTTGACCTGCCTTTTCAATGATCGTCTGTGC	57342

CR974431.11	651	CAAATCCCAGGTACAAATCCACGATAGAAAAGTAAAGGGTTTGTGAAAGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	57343	CAAATCCCAGGTACAAATCCACGATAGAAAAGTAAAGGGTTTGTGAAAGA	57392

CR974431.11	701	TACTAGAAGATGGACTACAGGTTGATAGTACTGAGGCAACTATTGCTTAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	57393	TACTAGAAGATGGACTACAGGTTGATAGTACTGAGGCAACTATTGCTTAT	57442

CR974431.11	751	TTGTTATTTCATACAAATAACACAACCGCAAAAATAAGCAGAGTCTTCCG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	57443	TTGTTATTTCATACAAATAACACAACCGCAAAAATAAGCAGAGTCTTCCG	57492

CR974431.11	801	TTGAAGCGGAGCTCCTCGTTCTTTCGTGTTTTGTAGTTTGGCATTCACTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	57493	TTGAAGCGGAGCTCCTCGTTCTTTCGTGTTTTGTAGTTTGGCATTCACTT	57542

CR974431.11	851	ATGCTAGTTGGATGGTCTTTAGCTGTGTAAAATCTGGTCCTTTCACAAAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	57543	ATGCTAGTTGGATGGTCTTTAGCTGTGTAAAATCTGGTCCTTTCACAAAC	57592

CR974431.11	901	ATAACTATTTCGGGGTGTCTTTGAGCGCTAGCCTGTCCCCGGAGAGCTTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	57593	ATAACTATTTCGGGGTGTCTTTGAGCGCTAGCCTGTCCCCGGAGAGCTTC	57642

CR974431.11	951	CTTGCCGGGACCACATTTTGCTACGTTCTTTTGAATGTGGCTCGTGTAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	57643	CTTGCCGGGACCACATTTTGCTACGTTCTTTTGAATGTGGCTCGTGTAAA	57692

CR974431.11	1001	GTTATCATCTTTAATGAAAAAATGCCTGCTGATTCCAAGCCATTTGGTGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	57693	GTTATCATCTTTAATGAAAAAATGCCTGCTGATTCCAAGCCATTTGGTGC	57742

CR974431.11	1051	CCTCCTGTCAGGGGAGGCAAAGAATAACACCGAGGAAGGCTAAAGGTTTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	57743	CCTCCTGTCAGGGGAGGCAAAGAATAACACCGAGGAAGGCTAAAGGTTTT	57792

CR974431.11	1101	TATTATCACATCGTAAAGGGGCAAATGGCATCTGTCAATACAAAGAGACT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	57793	TATTATCACATCGTAAAGGGGCAAATGGCATCTGTCAATACAAAGAGACT	57842

CR974431.11	1151	CACAGGGTCTTGGAAAAGGAAGTCGCTCTGGGGGAGGCTGTCGAGTGACA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	57843	CACAGGGTCTTGGAAAAGGAAGTCGCTCTGGGGGAGGCTGTCGAGTGACA	57892

CR974431.11	1201	AAATGGATTTTTATTAACCTCCTGGTCCGACATCTCTTTTCCTATTTTAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	57893	AAATGGATTTTTATTAACCTCCTGGTCCGACATCTCTTTTCCTATTTTAT	57942

CR974431.11	1251	TTTGCCTCATTCACTCAGCAACATAATAATGCTATAAAAAACACCCCAAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	57943	TTTGCCTCATTCACTCAGCAACATAATAATGCTATAAAAAACACCCCAAC	57992

CR974431.11	1301	AGGAAGCTGATAACCATTAGAAACCACACAGCCGCCCCGTTACTGAACAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	57993	AGGAAGCTGATAACCATTAGAAACCACACAGCCGCCCCGTTACTGAACAG	58042

CR974431.11	1351	CAGTAAAGAGTTGGGATCAGAGACCGTCTGTAGGATTTTAAGCCTCGCTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	58043	CAGTAAAGAGTTGGGATCAGAGACCGTCTGTAGGATTTTAAGCCTCGCTG	58092

CR974431.11	1401	TGTCACCAACACATGGATTTTCACACCCAGGCTCTGCCTGCCTTTGGGTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	58093	TGTCACCAACACATGGATTTTCACACCCAGGCTCTGCCTGCCTTTGGGTC	58142

CR974431.11	1451	TTCTTGAGAACAGATTTTTTTTTTCCCCCCAAGAATAACACAGCCCTTTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	58143	TTCTTGAGAACAGATTTTTTTTTTCCCCCCAAGAATAACACAGCCCTTTT	58192

CR974431.11	1501	GCCAAAGTGTTAATTCTCACCCAGTTTTCATATTTGGGTCATAAACATCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	58193	GCCAAAGTGTTAATTCTCACCCAGTTTTCATATTTGGGTCATAAACATCT	58242

CR974431.11	1551	TTCCTGACACTGGTAAAATGGCCAAGGTGTTTATGAGCTGCAAGAAATGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	58243	TTCCTGACACTGGTAAAATGGCCAAGGTGTTTATGAGCTGCAAGAAATGT	58292

CR974431.11	1601	TTATGCCGAATGCATAAAAGCAGAAATGGAACCTGGAAGGAGCTGCCCTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	58293	TTATGCCGAATGCATAAAAGCAGAAATGGAACCTGGAAGGAGCTGCCCTG	58342

CR974431.11	1651	GGGTGGGGGAAGGGAAGCAGGGTGGGGGCAGGGGGTGGGGGGGTGGAATG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	58343	GGGTGGGGGAAGGGAAGCAGGGTGGGGGCAGGGGGTGGGGGGGTGGAATG	58392

CR974431.11	1701	ATTTCCCTGGAAGTTGTTAAGGGGGAAGGCTCATAAAAATGTGTAGTAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	58393	ATTTCCCTGGAAGTTGTTAAGGGGGAAGGCTCATAAAAATGTGTAGTAAA	58442

CR974431.11	1751	TGTTCAGAACAGACTCACAGATCTCAAAATCAAACTCATGGTTAGGAAGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	58443	TGTTCAGAACAGACTCACAGATCTCAAAATCAAACTCATGGTTAGGAAGG	58492

CR974431.11	1801	GGAAACGTGTGGGGGCGGGGGGATAAATTAGGCTTTGGGGATTAACATAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	58493	GGAAACGTGTGGGGGCGGGGGGATAAATTAGGCTTTGGGGATTAACATAT	58542

CR974431.11	1851	ACACACGACTGTATATAAAATAGACAACAAGGACCTAATGAAGAGCACAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	58543	ACACACGACTGTATATAAAATAGACAACAAGGACCTAATGAAGAGCACAG	58592

CR974431.11	1901	GGAAATCTACGCAATATTCGGTAATAACCTATATGGGAAAAGAATCTGAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	58593	GGAAATCTACGCAATATTCGGTAATAACCTATATGGGAAAAGAATCTGAA	58642

CR974431.11	1951	AGAGAAGGTATGTATGCATACGTCTAACTCAGTCACTTTGCTGTACACCT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956403.10	58643	AGAGAAGGTATGTATGCATACGTCTAACTCAGTCACTTTGCTGTACACCT	58692

Overview

Query
CR974431.11 - 207434 bps
Hit
CR956403.10 - 58692 bps
Total alignments
32
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001978200012000156693586921
291.72212288168505168792-1400442931
393.42222861334821337671400442911
491.35221314134732135045-1400543161
590.07209313162300162612-1400543161
692.69226299192886193184-1400543051
791.09217303199532199834-1430046021
891.75224302201787202088-1430146031
995.512072441334821337251432445681
1090.31207299192886193184-1432546231
1192.322252991026591029571432546231
1293.982172661294741297391432545901
1393.182092642018012020641893491971
1491.84219294201788202081-114340146331
1591.5213296192903193198-114344146371
1691.82208283162343162625-114345146251
1792.47212281116255116535-114355146331
1893.01212274102658102931114356146271
1992.52215282168510168791-114357146371
2092.89207268129474129741114357146231
2192.52215282133483133764114357146371
2289.79243378186739187116-132862332431
2392.87216281133483133763-152449527291
2491.85207283192903193185152449527301
2592.52214280116255116534152450527301
2692.45212279199532199810152452527291
2792.45211277201788202064152452527291
2891.87219303134746135048-156017563111
2995.02218261162353162613-156019562791
3093.11224287168505168791-156020563091
3193.66227285133483133767156020563031
3293.93226281192892193172-156032563111
Short-link