<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956359.14	1	ACCGCTGGCTGTCGGGTCCCCCTGCCCCTGCCTCGTCCTGCGGTCCCTTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	175532	ACCGCTGGCTGTCGGGTCCCCCTGCCCCTGCCTCGTCCTGCGGTCCCTTC	175581

CR956359.14	51	CTACAGCTGCTTCCTGCTCGGGAATCCCAGGAGGAGAGGGACAGCCCTCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	175582	CTACAGCTGCTTCCTGCTCGGGAATCCCAGGAGGAGAGGGACAGCCCTCC	175631

CR956359.14	101	GATCTGGGCATCAGCAGAGAAGCTTCCAGCTCTTCCATGGGATCACGCTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	175632	GATCTGGGCATCAGCAGAGAAGCTTCCAGCTCTTCCATGGGATCACGCTG	175681

CR956359.14	151	TGTGCACCCCAAGGCGGCTGCTAACAGAAGCCCTTCCAGGGGTACATGAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	175682	TGTGCACCCCAAGGCGGCTGCTAACAGAAGCCCTTCCAGGGGTACATGAG	175731

CR956359.14	201	GCGGAAGAGGGTTGGGAGATCCTGGTGAAATCACAGCATTCCCACCTGGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	175732	GCGGAAGAGGGTTGGGAGATCCTGGTGAAATCACAGCATTCCCACCTGGC	175781

CR956359.14	251	ATTTCACAGCAGCCCCAGCAAAAAGAAAGGGTGTTCGAGGGAACCAGGCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	175782	ATTTCACAGCAGCCCCAGCAAAAAGAAAGGGTGTTCGAGGGAACCAGGCT	175831

CR956359.14	301	CCGCGAGTGTTCATTCCAGGAAACTCACCCGCCTTCCTCCTTCACGAAGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	175832	CCGCGAGTGTTCATTCCAGGAAACTCACCCGCCTTCCTCCTTCACGAAGG	175881

CR956359.14	351	CCCCAGGGCTGCCGCTTCGGAACCAGCGTGCAGCAGGACCAACTCTGGCC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	175882	CCCCAGGGCTGCCGCTTCGGAACCAGCGTGCAGCAGGACCAACTCTGGCC	175931

CR956359.14	401	AAAGGCTGGTCTCAGTGCAGCTATGCAGGCACCCAGCGTATTTTTTCTCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	175932	AAAGGCTGGTCTCAGTGCAGCTATGCAGGCACCCAGCGTATTTTTTCTCT	175981

CR956359.14	451	GGACCTCCATACCCAGTTTTGTCACAGCAGAAGCTGGAGCATTGTCCGCA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	175982	GGACCTCCATACCCAGTTTTGTCACAGCAGAAGCTGGAGCATTGTCCGCA	176031

CR956359.14	501	AGACATGTAATAATAAATAATATTGATACTGCATCTTATATTTCCGTTTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	176032	AGACATGTAATAATAAATAATATTGATACTGCATCTTATATTTCCGTTTT	176081

CR956359.14	551	TGGCTGCCCTGCAGCATACGAAAGTTCCCCAGGCCACAGATCACATCCGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	176082	TGGCTGCCCTGCAGCATACGAAAGTTCCCCAGGCCACAGATCACATCCGA	176131

CR956359.14	601	GCCACAGTTGCAACCTACGTCACAGCTGTCCCACCACCACATGCTTAACC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	176132	GCCACAGTTGCAACCTACGTCACAGCTGTCCCACCACCACATGCTTAACC	176181

CR956359.14	651	CGCTGTGTCAGGGCAGAGGATCAAACCTGCGTCCCAGTGCCCCAGAGATG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	176182	CGCTGTGTCAGGGCAGAGGATCAAACCTGCGTCCCAGTGCCCCAGAGATG	176231

CR956359.14	701	CCGCTGATCCTGTTGCACCATAGCAGGAACTCCTGCCTCTTGTATTTTAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	176232	CCGCTGATCCTGTTGCACCATAGCAGGAACTCCTGCCTCTTGTATTTTAA	176281

CR956359.14	751	AATCACATCTATTTCATTGGTATCCTGATCCTACAGATACAGAAACCGAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	176282	AATCACATCTATTTCATTGGTATCCTGATCCTACAGATACAGAAACCGAG	176331

CR956359.14	801	GCTCACAAAGTTGATTTACCTAAGCCCTAAACAACCATGTAGACAACCAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	176332	GCTCACAAAGTTGATTTACCTAAGCCCTAAACAACCATGTAGACAACCAT	176381

CR956359.14	851	CTTGAAAATAATGAAATAGAACTAGAGACGCTCATACTGAGTGAAGTAAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	176382	CTTGAAAATAATGAAATAGAACTAGAGACGCTCATACTGAGTGAAGTAAG	176431

CR956359.14	901	TCAGAGAGAGAAAGACAAACACCACATGATATCACTTATATCTGGAGTCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	176432	TCAGAGAGAGAAAGACAAACACCACATGATATCACTTATATCTGGAGTCT	176481

CR956359.14	951	AACCTACGGCACAAATGAACCTTCCTACAGAAAAGAAACAAACTCATGGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	176482	AACCTACGGCACAAATGAACCTTCCTACAGAAAAGAAACAAACTCATGGA	176531

CR956359.14	1001	CTTGGAGAACAGACGTGTGGTTGCCAAGAGGGAGGGGGAGGGGGTGGGAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	176532	CTTGGAGAACAGACGTGTGGTTGCCAAGAGGGAGGGGGAGGGGGTGGGAT	176581

CR956359.14	1051	GGACGGGGAGTCCGGGGTTAGTAGATGCAAACTACTGCATTTGGAGTGGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	176582	GGACGGGGAGTCCGGGGTTAGTAGATGCAAACTACTGCATTTGGAGTGGA	176631

CR956359.14	1101	TGAGCAATGCGATCCTGCTGTGTAGCACAGGGAACTCTATCTAGTCACTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	176632	TGAGCAATGCGATCCTGCTGTGTAGCACAGGGAACTCTATCTAGTCACTT	176681

CR956359.14	1151	GTGATGGCACATGATGGAGGATAATGTGAGAAAAAGAATTATATATATAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	176682	GTGATGGCACATGATGGAGGATAATGTGAGAAAAAGAATTATATATATAA	176731

CR956359.14	1201	TTATGTTATATTATATTATTATATTATTATATATAATATATATTATATTA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	176732	TTATGTTATATTATATTATTATATTATTATATATAATATATATTATATTA	176781

CR956359.14	1251	TTTATAATATATATTATATTATTATATTTATATATATATATATATGGCTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	176782	TTTATAATATATATTATATTATTATATTTATATATATATATATATGGCTG	176831

CR956359.14	1301	GGTCACTTTGCTGTACAGCAGAAATCGACAGAACACTATAAATCAACTAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	176832	GGTCACTTTGCTGTACAGCAGAAATCGACAGAACACTATAAATCAACTAC	176881

CR956359.14	1351	AATAAAAAAATTTTTAAAAAGAAAACGTTGAGGCTAAGATGGATTGATGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	176882	AATAAAAAAATTTTTAAAAAGAAAACGTTGAGGCTAAGATGGATTGATGT	176931

CR956359.14	1401	CCAATCCTTGGAGAACATACACATAACGTAATTCCACAAGTTCATTATAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	176932	CCAATCCTTGGAGAACATACACATAACGTAATTCCACAAGTTCATTATAA	176981

CR956359.14	1451	AGTTAATAATAATGAAGCTCAAATTAGCCGTCTACCACTAATGCTGCATC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	176982	AGTTAATAATAATGAAGCTCAAATTAGCCGTCTACCACTAATGCTGCATC	177031

CR956359.14	1501	TTAGCCAAATACCTCCCATTACTTTTCTTACCAAAATTGGATTCTATTGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	177032	TTAGCCAAATACCTCCCATTACTTTTCTTACCAAAATTGGATTCTATTGC	177081

CR956359.14	1551	ATGAAGACGTAATTACCATACACCGTTTGTGTGAGGCAGTAGCACGGTTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	177082	ATGAAGACGTAATTACCATACACCGTTTGTGTGAGGCAGTAGCACGGTTT	177131

CR956359.14	1601	ACAGGGACCCCTGGGGACAAAGGAATAGGAGTATTCACTAGTCCAGCCTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	177132	ACAGGGACCCCTGGGGACAAAGGAATAGGAGTATTCACTAGTCCAGCCTA	177181

CR956359.14	1651	GGGGAAATCAGGGAGGGCTTCCTGGTGGAAGAGACCCTGCTTGCTGAGGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	177182	GGGGAAATCAGGGAGGGCTTCCTGGTGGAAGAGACCCTGCTTGCTGAGGG	177231

CR956359.14	1701	GTTTTTTTGGGGTTTTTTTGGGGGGGGTGGGTTGTATTTTTGCCTTTTTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	177232	GTTTTTTTGGGGTTTTTTTGGGGGGGGTGGGTTGTATTTTTGCCTTTTTT	177281

CR956359.14	1751	CTAGAGCCACTCCCGTGGCATATGGAGGTTCCCAGGCTAGGGGTCTAATC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	177282	CTAGAGCCACTCCCGTGGCATATGGAGGTTCCCAGGCTAGGGGTCTAATC	177331

CR956359.14	1801	AGAGCTGTAGCCACCGGCCTACACCAGAGCCCCAGCAACGTGGGATCCGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	177332	AGAGCTGTAGCCACCGGCCTACACCAGAGCCCCAGCAACGTGGGATCCGA	177381

CR956359.14	1851	GCCGCGTCTGTGACCTGCACCACAGCTCAAGGCAATGCCAGATCCTTCAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	177382	GCCGCGTCTGTGACCTGCACCACAGCTCAAGGCAATGCCAGATCCTTCAC	177431

CR956359.14	1901	CCACTGAGCGAGGCCAGGGATCGAGCCCACAACCTCATGGTTCCCAGTCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	177432	CCACTGAGCGAGGCCAGGGATCGAGCCCACAACCTCATGGTTCCCAGTCA	177481

CR956359.14	1951	GATTCGTTAACCACTGAGCCACGACGGGAACTCCAGAGTTTTAAAAGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956397.19	177482	GATTCGTTAACCACTGAGCCACGACGGGAACTCCAGAGTTTTAAAAGATC	177531

Overview

Query
CR956359.14 - 139710 bps
Hit
CR956397.19 - 177531 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199620001200011755321775311
291.37204278104632104909127865281421
387.61682733242732699127869281421
490.718225744084664-127885281421
590.12168243125380125622127900281421
689.4515823717481984127906281421
792.09210278104632104909131575318521
887.961702733242732699131579318521
993.0318824444074650-131610318531
1092.21592173424334459-131635318521
1193.0121327244064677137513377841
1289.381842733242732699-137515377871
1393.41217273104637104909-137515377871
1488.93179271125352125622-137515377851
1587.78161267324333269911313511316121
1688.1516927212535112562211519201521891
1789.59181268324323269911519211521891
1893.3121326910464110490911519211521891
1990.9719026544084672-11519241521891
2087.81562535567155923-11519361521891
2191.08186259104651104909-11524391526961
2290.991632344408464111524391526711
Short-link