<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2004 bps / non-identical: 450 bps

Full alignment

CR956639.4	1	GATCCGAGCCTCGTCTGTGACCTACACCACAGCTCACGGCAACACCGGAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	101245	GATCCGAGCCTCGTCTGTGACCTACACCACAGCTCACGGCAACACCGGAA	101294

CR956639.4	51	TTTGGATTAAATTTAAAGTCCTTTTGAGTTAAACGCTTAACTTGAGTAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
CR956378.3	101295	TTTGGATTAAATTTAAAGTCCTTTTGAGTTAAATGCTTAACTTGAGTAAA	101344

CR956639.4	101	CTAGTCATTTTTGGCCTACATGCTGACAACACAGTCACCTCATTTAAATT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	101345	CTAGTCATTTTTGGCCTACATGCTGACAACACAGTCACCTCATTTAAATT	101394

CR956639.4	151	ATTTTTCCTGCAATAATTTGATGAATCCGTTTTGGAAAGAATTTCAGGTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	101395	ATTTTTCCTGCAATAATTTGATGAATCCGTTTTGGAAAGAATTTCAGGTT	101444

CR956639.4	201	TTTGACGATTTGTGAAAATGTAATCTTTTAAGTTGGTCACCGTTTTCTAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	101445	TTTGACGATTTGTGAAAATGTAATCTTTTAAGTTGGTCACCGTTTTCTAT	101494

CR956639.4	251	TTATTTATTTTTATTTATTTTTTATTGTTTGTCTTTTTAGGGCCGCATCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	101495	TTATTTATTTTTATTTATTTTTTATTGTTTGTCTTTTTAGGGCCGCATCT	101544

CR956639.4	301	GTAGCATATGGAGGTTCCCAGGCTAGGGGCTGAATTGGAGCTATAGCTGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	101545	GTAGCATATGGAGGTTCCCAGGCTAGGGGCTGAATTGGAGCTATAGCTGC	101594

CR956639.4	351	CAGCCTACACCACAGCCACAGCGATGCAGGATCTGAGCCTTGTCTGCGAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	101595	CAGCCTACACCACAGCCACAGCGATGCAGGATCTGAGCCTTGTCTGCGAC	101644

CR956639.4	401	CTACACCACAGCTCACAGCAACACTGGATCCTTAACCCACTGAGCGAGGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	101645	CTACACCACAGCTCACAGCAACACTGGATCCTTAACCCACTGAGCGAGGC	101694

CR956639.4	451	CAGGGATTGAACCTTCGTCCTCATGGATACTAGTCAGATTCGTTTCCACT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	101695	CAGGGATTGAACCTTCGTCCTCATGGATACTAGTCAGATTCGTTTCCACT	101744

CR956639.4	501	GAGCCACGTCGGGAACGCCACAGTTACTGGTTTTTAGTTTGTTTGACTCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	101745	GAGCCACGTCGGGAACGCCACAGTTACTGGTTTTTAGTTTGTTTGACTCA	101794

CR956639.4	551	GTTATGGCATTCTTTGAAACACACATGCACATAGGGAAATAAGACCAAAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	101795	GTTATGGCATTCTTTGAAACACACATGCACATAGGGAAATAAGACCAAAC	101844

CR956639.4	601	AAAGACAAATTTAGCTACAAAGTTCATTGGCTGTAAATGCTTCCCCGCCC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	101845	AAAGACAAATTTAGCTACAAAGTTCATTGGCTGTAAATGCTTCCCCGCCC	101894

CR956639.4	651	CCATTCTTGTGTATTTCTTACATGAATTTCTTAAAAGCCTGCATCTCCAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	101895	CCATTCTTGTGTATTTCTTACATGAATTTCTTAAAAGCCTGCATCTCCAG	101944

CR956639.4	701	GACTTGATCTATGTGCATTTCACATTTGTTCATGTGGAAACACTGGACTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	101945	GACTTGATCTATGTGCATTTCACATTTGTTCATGTGGAAACACTGGACTA	101994

CR956639.4	751	CAGTCCAGATAGGCACAGAAGTTCTCTGTAAATAACATCAAAAGGAAAAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	101995	CAGTCCAGATAGGCACAGAAGTTCTCTGTAAATAACATCAAAAGGAAAAG	102044

CR956639.4	801	GGTGGGTTTTCTCAAGTTGGTGAAAAATTAGGCAAATGGCTGTCGGTATG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	102045	GGTGGGTTTTCTCAAGTTGGTGAAAAATTAGGCAAATGGCTGTCGGTATG	102094

CR956639.4	851	GGGGGATTATAGGATACCGTTGGTCAGGTGGGTTACTGTGCAAGAGGTTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	102095	GGGGGATTATAGGATACCGTTGGTCAGGTGGGTTACTGTGCAAGAGGTTG	102144

CR956639.4	901	TGTTGACCAAGTATGATGAAATTACAGACATCATAAGTGTTCCTTGTCAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	102145	TGTTGACCAAGTATGATGAAATTACAGACATCATAAGTGTTCCTTGTCAT	102194

CR956639.4	951	AAGTGTAAACAGTTCTGAAGTGTATGCAGTAAAAGGACAGAAGATAATCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	102195	AAGTGTAAACAGTTCTGAAGTGTATGCAGTAAAAGGACAGAAGATAATCT	102244

CR956639.4	1001	TACCTGGGACCCTAGTCCCATCCTCAGAAAGAAAAATACTAATAGATGGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
CR956378.3	102245	TACCTGGGACCCTAGTCCCATCCTCAGAAAGAAAAATACTAATAGGTGGA	102294

CR956639.4	1051	TGTGCACTTTCCACTCTGTGGTTATGCAAATAGAAACATAGTCTCACAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	102295	TGTGCACTTTCCACTCTGTGGTTATGCAAATAGAAACATAGTCTCACAAA	102344

CR956639.4	1101	CATGTAGACCACGTTTTAAACTTTAAAAATGGAGTAATGCGTTATATACT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	102345	CATGTAGACCACGTTTTAAACTTTAAAAATGGAGTAATGCGTTATATACT	102394

CR956639.4	1151	GGCGTATTTCAGGAGGCCTTAAATACAGATGTCCCCAGGACACTTTGATA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	102395	GGCGTATTTCAGGAGGCCTTAAATACAGATGTCCCCAGGACACTTTGATA	102444

CR956639.4	1201	AGCCTATAGTCTTCGCACAACTTTTAGTAGCAACTTCTTTCACATTCAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	102445	AGCCTATAGTCTTCGCACAACTTTTAGTAGCAACTTCTTTCACATTCAAA	102494

CR956639.4	1251	ATACTCTTCTTTCTGAAGTAAAATAAATGGTTACATTAATTATACCCTTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	102495	ATACTCTTCTTTCTGAAGTAAAATAAATGGTTACATTAATTATACCCTTT	102544

CR956639.4	1301	CATGCTTTGACGATACTTTTGAGTCAATAATTAGTGACTGCATGTCGTTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	102545	CATGCTTTGACGATACTTTTGAGTCAATAATTAGTGACTGCATGTCGTTA	102594

CR956639.4	1351	ATGTAACAGCTCCAGAGTTTCTTTCATACTGATACACCACAAATCTGTTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	102595	ATGTAACAGCTCCAGAGTTTCTTTCATACTGATACACCACAAATCTGTTT	102644

CR956639.4	1401	AAAAATACCCAAATTGATGGACAGAGGGGTTTCTACTTTTTTTTTTTACT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	102645	AAAAATACCCAAATTGATGGACAGAGGGGTTTCTACTTTTTTTTTTTACT	102694

CR956639.4	1451	TATGGAAGTTCAGTTATGGTGAACACTTGTGCATCTGGATTATGAACAAG	1500
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
CR956378.3	102695	TATGGAAGTTCAGTTATGGTGAACACTTGTGCATCTGGATTATGCACAAG	102744

CR956639.4	1501	ATTATGTTTATGCTGATCTTTTTGGAAGGAAAATCTCAGACATGAGTCGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	102745	ATTATGTTTATGCTGATCTTTTTGGAAGGAAAATCTCAGACATGAGTCGG	102794

CR956639.4	1551	GTGGGTCGTATCCGGGAACGTTAACATTTTTTGAAGCTATTGCCAAATTG	1600
			| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	102795	GCGGCTCGTATCCGGGAACGTTAACATTTTTTGAAGCTATTGCCAAATTG	102844

CR956639.4	1601	TCCCCACCTAAGGTATCCAAAATCACACACCTGCTGACCGCTTACGATTC	1650
			|| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
CR956378.3	102845	TCTCCATCTAAGGTATCCAAAATCACACACCTGCTGACCGCTTATGATTC	102894

CR956639.4	1651	CATTCTCTCTGTAAATTTCAGTTGCAGATGTTTCAGAGTAAGTACCTTTT	1700
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	102895	CATTCTCTCTGTAAATTTCAGCTGCAGATGTTTCAGAGTAAGTACCTTTT	102944

CR956639.4	1701	GGGTGTGTGTGTGTGTGGCTTTTTATTTTTAACGAAGACATGATGAACAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	102945	GGGTGTGTGTGTGTGTGGCTTTTTATTTTTAACGAAGACATGATGAACAG	102994

CR956639.4	1751	ATTATTCTAGTTAGTTCACATGCACAAATAAAGCTCCACTCTTCAAGGGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	102995	ATTATTCTAGTTAGTTCACATGCACAAATAAAGCTCCACTCTTCAAGGGA	103044

CR956639.4	1801	GACAGTCCAAATTTATACCTCAGACAGGCGCTAGTCCAATTTATTTTAAG	1850
			| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
CR956378.3	103045	GCCAGTCCAAATTTATACCTCAGACAGGTGCTAGTCCAATTTATTTTAAG	103094

CR956639.4	1851	TGACCAAAGGGCATGTAGATATTTTTGGAAAGAGTGAAGCCGTCTCCGTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
CR956378.3	103095	TGACCAAAGGGCATGTAGATATTTTTGGAAAGAGTGAAGCCGTCTCCCTG	103144

CR956639.4	1901	GGGGCTGGGATGTATGTAACTGTCTAGACTGGTTTTTCTTAAGAAACCTT	1950
			||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	103145	GGGGCTGGGATGTA----ACTGTCTAGACTGGTTTTTCTTAAGAAACCTT	103190

CR956639.4	1951	TTGTAAAATGTTTGCTTAAACTGCTGTGTTCCGGGTCCTGAGGGGAGACT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	103191	TTGTAAAATGTTTGCTTAAACTGCTGTGTTCCGGGTCCTGAGGGGAGACT	103240

CR956639.4	2001	TGTG	2004
			||||
CR956378.3	103241	TGTG	103244

Compact alignment

skip 50 bps 100% identity alignment

CR956639.4	51	TTTGGATTAAATTTAAAGTCCTTTTGAGTTAAACGCTTAACTTGAGTAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
CR956378.3	101295	TTTGGATTAAATTTAAAGTCCTTTTGAGTTAAATGCTTAACTTGAGTAAA	101344

skip 900 bps 100% identity alignment

CR956639.4	1001	TACCTGGGACCCTAGTCCCATCCTCAGAAAGAAAAATACTAATAGATGGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
CR956378.3	102245	TACCTGGGACCCTAGTCCCATCCTCAGAAAGAAAAATACTAATAGGTGGA	102294

skip 400 bps 100% identity alignment

CR956639.4	1451	TATGGAAGTTCAGTTATGGTGAACACTTGTGCATCTGGATTATGAACAAG	1500
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
CR956378.3	102695	TATGGAAGTTCAGTTATGGTGAACACTTGTGCATCTGGATTATGCACAAG	102744

skip 50 bps 100% identity alignment

CR956639.4	1551	GTGGGTCGTATCCGGGAACGTTAACATTTTTTGAAGCTATTGCCAAATTG	1600
			| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	102795	GCGGCTCGTATCCGGGAACGTTAACATTTTTTGAAGCTATTGCCAAATTG	102844

CR956639.4	1601	TCCCCACCTAAGGTATCCAAAATCACACACCTGCTGACCGCTTACGATTC	1650
			|| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
CR956378.3	102845	TCTCCATCTAAGGTATCCAAAATCACACACCTGCTGACCGCTTATGATTC	102894

CR956639.4	1651	CATTCTCTCTGTAAATTTCAGTTGCAGATGTTTCAGAGTAAGTACCTTTT	1700
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	102895	CATTCTCTCTGTAAATTTCAGCTGCAGATGTTTCAGAGTAAGTACCTTTT	102944

skip 100 bps 100% identity alignment

CR956639.4	1801	GACAGTCCAAATTTATACCTCAGACAGGCGCTAGTCCAATTTATTTTAAG	1850
			| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
CR956378.3	103045	GCCAGTCCAAATTTATACCTCAGACAGGTGCTAGTCCAATTTATTTTAAG	103094

CR956639.4	1851	TGACCAAAGGGCATGTAGATATTTTTGGAAAGAGTGAAGCCGTCTCCGTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
CR956378.3	103095	TGACCAAAGGGCATGTAGATATTTTTGGAAAGAGTGAAGCCGTCTCCCTG	103144

CR956639.4	1901	GGGGCTGGGATGTATGTAACTGTCTAGACTGGTTTTTCTTAAGAAACCTT	1950
			||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956378.3	103145	GGGGCTGGGATGTA----ACTGTCTAGACTGGTTTTTCTTAAGAAACCTT	103190

skip 54 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR956639.4 - 50643 bps
Hit
CR956378.3 - 103244 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2004 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.2191820041200411012451032441
291.581381933310133293-111901
385.88149261912893881292431851
482.8117248249496132048322971
582.841282671864918915132054323211
688.3914322591529376138503387261
781.171122753004630320138741390111
889.881622383314633383141220414561
982.76126261256516-147612478721
1084.3614627591189392-151854521281
1187.516727191189388170908711791
1290.1112618291699350171633718141
1389.3916424691429387-172152723961
1488.891582463007430319-172152723941
1587.3115926191289388172829730881
1690.8118426291279388-173657739171
1789.451552383314633383-173657738931
1892.2820727291179388184703849741
1985.711412524696147212-184724849751
2093.721892393314533383184736849741
2189.3412819859896186-11006171008131
2285.13133243186581890011015081017491
Short-link