<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956426.6	1	GATCTACGTTTGCATTTTTAGGAGGCAGCTGCAGAGAGGAGGGGCTGGGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	77275	GATCTACGTTTGCATTTTTAGGAGGCAGCTGCAGAGAGGAGGGGCTGGGA	77324

CR956426.6	51	TTAGGGAGACCAGGAAATTATCACCAATGAATGAGCGTTACCCTTGCCCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	77325	TTAGGGAGACCAGGAAATTATCACCAATGAATGAGCGTTACCCTTGCCCA	77374

CR956426.6	101	ACTGCCTTGTCACATGGATAAACCTATAACCTCACTGCACACACTGGTTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	77375	ACTGCCTTGTCACATGGATAAACCTATAACCTCACTGCACACACTGGTTA	77424

CR956426.6	151	GGAACAAATGGACTCTCTTACTTCTTAGCCAGCACTTTCTTGGCTTGAGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	77425	GGAACAAATGGACTCTCTTACTTCTTAGCCAGCACTTTCTTGGCTTGAGA	77474

CR956426.6	201	GCAGAGGCAGTCCCACAAGGTATGCAAAGTGCAAAGCAGAGACAGCAGGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	77475	GCAGAGGCAGTCCCACAAGGTATGCAAAGTGCAAAGCAGAGACAGCAGGC	77524

CR956426.6	251	CTGGGCGCGGGGGAGGCCTGGCTCCTTAAAAGCTGTGTTAGCTGTAATAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	77525	CTGGGCGCGGGGGAGGCCTGGCTCCTTAAAAGCTGTGTTAGCTGTAATAA	77574

CR956426.6	301	GGAGACGAAGGAACTTGGAGACACAAAAGGAGGCCTGTGATCGACACCAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	77575	GGAGACGAAGGAACTTGGAGACACAAAAGGAGGCCTGTGATCGACACCAG	77624

CR956426.6	351	CTCCCTCCGGTTTTCCAGGGCCCCCAGGAGTGATGCACAGACATGTGTAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	77625	CTCCCTCCGGTTTTCCAGGGCCCCCAGGAGTGATGCACAGACATGTGTAG	77674

CR956426.6	401	CACTGAGGGTCTGTCACACTGTGTCAAAGGAAATGTCATCTGCAACTCAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	77675	CACTGAGGGTCTGTCACACTGTGTCAAAGGAAATGTCATCTGCAACTCAG	77724

CR956426.6	451	TGTGGAAGGTTTTAAAGCTGAGAAGAGCACACGTGGGATGCGATATACAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	77725	TGTGGAAGGTTTTAAAGCTGAGAAGAGCACACGTGGGATGCGATATACAT	77774

CR956426.6	501	ACCGAGGCTGGCCTTAAATCAAAGCCTCTTAGAGGAGTCTTTGCAGAAGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	77775	ACCGAGGCTGGCCTTAAATCAAAGCCTCTTAGAGGAGTCTTTGCAGAAGA	77824

CR956426.6	551	GAGGCCGGTCTGAAGGCTGACAGTTTCTCTGCGTTCCCGACCGGGCACGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	77825	GAGGCCGGTCTGAAGGCTGACAGTTTCTCTGCGTTCCCGACCGGGCACGT	77874

CR956426.6	601	TACAGAGGAAATGCATATCAGCTGTGGGGAAAATTCATCTGTTGATACAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	77875	TACAGAGGAAATGCATATCAGCTGTGGGGAAAATTCATCTGTTGATACAA	77924

CR956426.6	651	AAGCAACTGTCAAGCTGTCTTTGGTACATGACAGCTGAAAGAAGTTTCCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	77925	AAGCAACTGTCAAGCTGTCTTTGGTACATGACAGCTGAAAGAAGTTTCCT	77974

CR956426.6	701	TCTGAAATCAGTGTTTCAGATGCAGGCGCTCACCAGATTGGTTAAAGAGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	77975	TCTGAAATCAGTGTTTCAGATGCAGGCGCTCACCAGATTGGTTAAAGAGG	78024

CR956426.6	751	GAGGAAGGGTGCAGGGAATGAGGGTGTCAAGACCTGTGCTGGGAGAGGCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	78025	GAGGAAGGGTGCAGGGAATGAGGGTGTCAAGACCTGTGCTGGGAGAGGCC	78074

CR956426.6	801	GATGGAGCGAGGGGAGCTCCGATGAAGAAACTTCAGTGAATTGTAAGTGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	78075	GATGGAGCGAGGGGAGCTCCGATGAAGAAACTTCAGTGAATTGTAAGTGG	78124

CR956426.6	851	CTCATAAAGGCACCTCTGTGGCTTTCAGATAAGTCGTGTGTCATAAGTCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	78125	CTCATAAAGGCACCTCTGTGGCTTTCAGATAAGTCGTGTGTCATAAGTCA	78174

CR956426.6	901	CTTCCTTACGGGACAGAGTTTACCTCCTATTGACTGTGATGGGTTTACAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	78175	CTTCCTTACGGGACAGAGTTTACCTCCTATTGACTGTGATGGGTTTACAC	78224

CR956426.6	951	TTGATTCAAAGCCATGTTTCCAAACTGGATTATTACTTTTATTTCTTAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	78225	TTGATTCAAAGCCATGTTTCCAAACTGGATTATTACTTTTATTTCTTAAA	78274

CR956426.6	1001	ATAAAGCACTGGCTCAGCTCAGAAAAAGGTAGATGCTTTCTAGTCTTCTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	78275	ATAAAGCACTGGCTCAGCTCAGAAAAAGGTAGATGCTTTCTAGTCTTCTG	78324

CR956426.6	1051	ACACTTATGTTCATGGTTTTCATGCCAGTGTTTCCTGAAATTTACATGCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	78325	ACACTTATGTTCATGGTTTTCATGCCAGTGTTTCCTGAAATTTACATGCA	78374

CR956426.6	1101	AAATGTTGCTGTGCCAATGTGCCCTTTAAAACCAGCTGCATGGAAATGTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	78375	AAATGTTGCTGTGCCAATGTGCCCTTTAAAACCAGCTGCATGGAAATGTC	78424

CR956426.6	1151	TGCCAAGAGTGTAGGGGCGACGGGCCTGGTGCTGGGGCTTTGGGGCCTGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	78425	TGCCAAGAGTGTAGGGGCGACGGGCCTGGTGCTGGGGCTTTGGGGCCTGT	78474

CR956426.6	1201	CCTCCTGTTGCCTTGAAATTCTCCAGGAAGGGCTTTGCAGCCCGGACTGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	78475	CCTCCTGTTGCCTTGAAATTCTCCAGGAAGGGCTTTGCAGCCCGGACTGT	78524

CR956426.6	1251	AGCTGTCAAATATACAATTTTAGATTTAAAAAAAAAATTTCTTAAACGGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	78525	AGCTGTCAAATATACAATTTTAGATTTAAAAAAAAAATTTCTTAAACGGT	78574

CR956426.6	1301	GCTTTTAGCAGATATAGAACAGTCTTCAGAATTGAGTTAGTCCAGTGCCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	78575	GCTTTTAGCAGATATAGAACAGTCTTCAGAATTGAGTTAGTCCAGTGCCC	78624

CR956426.6	1351	CTCTTCTGTTTTTCTGGTGTTTTCTCAGCTGTGCTCTCCTCTATTTTCTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	78625	CTCTTCTGTTTTTCTGGTGTTTTCTCAGCTGTGCTCTCCTCTATTTTCTT	78674

CR956426.6	1401	CACCCTTAGCCTAGACTACCCTGAGGGAGCAGAATGGCCGGAACATTGCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	78675	CACCCTTAGCCTAGACTACCCTGAGGGAGCAGAATGGCCGGAACATTGCT	78724

CR956426.6	1451	GGAGTTCCTGTCAGCATACACCCCTCATCACCAGAAGAGAAAATGACTTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	78725	GGAGTTCCTGTCAGCATACACCCCTCATCACCAGAAGAGAAAATGACTTT	78774

CR956426.6	1501	TCTAACCGTTTTGCAAAGTGATCAAGCTTTTTTAGAATCCATTCAGCGAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	78775	TCTAACCGTTTTGCAAAGTGATCAAGCTTTTTTAGAATCCATTCAGCGAA	78824

CR956426.6	1551	TCTCTTCACGTATCATTGCCCCATATTAGGGCAAACGGCCCTTCCTCAAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	78825	TCTCTTCACGTATCATTGCCCCATATTAGGGCAAACGGCCCTTCCTCAAC	78874

CR956426.6	1601	CTTCCAGTGGTTAGAGGAAGGCAAGGTAATTTGGCTTAAGCCTGGGTTCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	78875	CTTCCAGTGGTTAGAGGAAGGCAAGGTAATTTGGCTTAAGCCTGGGTTCT	78924

CR956426.6	1651	GGAAAGAGTTGGGATGCAAGGGGGACTGGAATTCCTGTAGTTCTAGTCAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	78925	GGAAAGAGTTGGGATGCAAGGGGGACTGGAATTCCTGTAGTTCTAGTCAC	78974

CR956426.6	1701	ACCAGACCCCAAAGCTTTCAAAGGACTGCATCAGTCAAAAGCACATGGCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	78975	ACCAGACCCCAAAGCTTTCAAAGGACTGCATCAGTCAAAAGCACATGGCT	79024

CR956426.6	1751	CCTACATGGGAGCTGCTCTTTTAATTTTCATTGCCATAATAATGACCACA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	79025	CCTACATGGGAGCTGCTCTTTTAATTTTCATTGCCATAATAATGACCACA	79074

CR956426.6	1801	GCTTTGGCAGCTTAAAAGAACATTTATAATCTCACACGTCCACAGGTAGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	79075	GCTTTGGCAGCTTAAAAGAACATTTATAATCTCACACGTCCACAGGTAGG	79124

CR956426.6	1851	ATGTCTGGGCCAGCATAGTTCAGCTGGTTCTGATACAGTCTCACAAAGGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	79125	ATGTCTGGGCCAGCATAGTTCAGCTGGTTCTGATACAGTCTCACAAAGGG	79174

CR956426.6	1901	AAAAGCAAGGTGTAGACAGATGTATGACCTTGTCTGGAAGCTCTGGGGTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	79175	AAAAGCAAGGTGTAGACAGATGTATGACCTTGTCTGGAAGCTCTGGGGTG	79224

CR956426.6	1951	AATCTGCTTCTAATCTTGTTCAGTTTGTTGGCAGAATTCACTTCTCAGTG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956375.5	79225	AATCTGCTTCTAATCTTGTTCAGTTTGTTGGCAGAATTCACTTCTCAGTG	79274

Overview

Query
CR956426.6 - 135274 bps
Hit
CR956375.5 - 79274 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001995200012000177275792741
287.232557434363349361442849971
388.975912301099301111591446356871
486.452544762070721182-1452149851
579.9828487041537424061455754351
690.27121718889565114521466865591
793.312132697120271470-1655868261
891.28203288119186119473-1655868441
990.9720728892759930461655868451
1093.492042581140361142931655868181
1195.92302683348233749-1655968261
1293.5821226569610698741655968231
1392.592062697547575743-1656068291
1493.62092663348933754129266295311
1592.76222288119185119472152283525721
1694.432192693348133749152304525721
1794.0923483056940412459163511665781
1888.736651076110084111159163615646971
1986.372153853455934943163624640121
2080.662767964161142406163639644451
Short-link