<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR974593.9	1	CTTATGAAAGATAAAAAGGAACTTATTTACCATTTAGATAATTCTTTCAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	138163	CTTATGAAAGATAAAAAGGAACTTATTTACCATTTAGATAATTCTTTCAT	138212

CR974593.9	51	CTTTTAAAGACTTTCTAACAGAATCTGGGAACAGGAGAGCTGTCTTCAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	138213	CTTTTAAAGACTTTCTAACAGAATCTGGGAACAGGAGAGCTGTCTTCAAA	138262

CR974593.9	101	TACCTGAAGGTCTAGCTTATGAAACAGGATCAGCAGTATCCCTTTAGGTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	138263	TACCTGAAGGTCTAGCTTATGAAACAGGATCAGCAGTATCCCTTTAGGTC	138312

CR974593.9	151	CAAGACTCCACCCACCCCCAGTATTTCCTCATCTGAAAGATAAAAAATGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	138313	CAAGACTCCACCCACCCCCAGTATTTCCTCATCTGAAAGATAAAAAATGA	138362

CR974593.9	201	AAAGGAGGAAGCACAAAATGTGTTCTTGATGAGGTACACGTTAGAATGAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	138363	AAAGGAGGAAGCACAAAATGTGTTCTTGATGAGGTACACGTTAGAATGAA	138412

CR974593.9	251	AATAACCCTAGAGTGCATTCTTTTCCATTCAGTTCTGCAACTTGCAGTTC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	138413	AATAACCCTAGAGTGCATTCTTTTCCATTCAGTTCTGCAACTTGCAGTTC	138462

CR974593.9	301	TTGGGTTATCAAAGAATAGGCAGACCCAAAGGAGGAATTCATGTTTTCTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	138463	TTGGGTTATCAAAGAATAGGCAGACCCAAAGGAGGAATTCATGTTTTCTA	138512

CR974593.9	351	ATCGCAAAGCTTAGGCTCTTTCCACCATACGGAACTGCATATAACATGTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	138513	ATCGCAAAGCTTAGGCTCTTTCCACCATACGGAACTGCATATAACATGTT	138562

CR974593.9	401	GTGCTTTCTCAACAGGGTCATAGGACACTGTGCTTAACTCTGCCCTCCCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	138563	GTGCTTTCTCAACAGGGTCATAGGACACTGTGCTTAACTCTGCCCTCCCT	138612

CR974593.9	451	CTGCCCAGGTCTCTCTGCCCTGAAGGAGGGAGATGCTGATGGGCTTGGGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	138613	CTGCCCAGGTCTCTCTGCCCTGAAGGAGGGAGATGCTGATGGGCTTGGGC	138662

CR974593.9	501	CCCACCTTGTGGGTCGGCCAGTTTTGATTGGCAGATGCTTCCACTGAGAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	138663	CCCACCTTGTGGGTCGGCCAGTTTTGATTGGCAGATGCTTCCACTGAGAC	138712

CR974593.9	551	AGCAGTTTTTCATCTCCCAGGCTTGATGGCCCACACTGTAACAGATAAGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	138713	AGCAGTTTTTCATCTCCCAGGCTTGATGGCCCACACTGTAACAGATAAGG	138762

CR974593.9	601	GGTAGCAGACATCCTGTCTCTAGTGCACTCAGAAATGAATGCAAACTAAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	138763	GGTAGCAGACATCCTGTCTCTAGTGCACTCAGAAATGAATGCAAACTAAT	138812

CR974593.9	651	GCAAAACAGAATCAGAAGGCACAGCTTTTCTTATTTTGCTCTCCTAATGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	138813	GCAAAACAGAATCAGAAGGCACAGCTTTTCTTATTTTGCTCTCCTAATGA	138862

CR974593.9	701	AACTGTCATTTTTATTCATAGAATGGTTTCTTCATCTCTTTCTGCTGCTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	138863	AACTGTCATTTTTATTCATAGAATGGTTTCTTCATCTCTTTCTGCTGCTC	138912

CR974593.9	751	CTACTGTGCAGCCACAGGTATTGACCTGAAATGTGCTTTATTTGACCCTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	138913	CTACTGTGCAGCCACAGGTATTGACCTGAAATGTGCTTTATTTGACCCTT	138962

CR974593.9	801	GGTCAATTCCAGTTTCTCCAATATTGCAGGGAATCAAAAGTTAATATATA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	138963	GGTCAATTCCAGTTTCTCCAATATTGCAGGGAATCAAAAGTTAATATATA	139012

CR974593.9	851	GCCAAGGCCATTATGACAGAGATGGTGTGTGTAGGATTTTCTGGGCATGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	139013	GCCAAGGCCATTATGACAGAGATGGTGTGTGTAGGATTTTCTGGGCATGT	139062

CR974593.9	901	TTATATAAGGCAGCCAGATGTCAAATATATTCATGCATTATAAACACCTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	139063	TTATATAAGGCAGCCAGATGTCAAATATATTCATGCATTATAAACACCTC	139112

CR974593.9	951	TTATATAAGTGTTCACTTTTTTTTTCCCTTCTATTTTGGTATAAGGACAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	139113	TTATATAAGTGTTCACTTTTTTTTTCCCTTCTATTTTGGTATAAGGACAG	139162

CR974593.9	1001	CCTTTAGGTCCCCCCTACCCCCTCTGACCCGGGACGTTTCTGACGGCCTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	139163	CCTTTAGGTCCCCCCTACCCCCTCTGACCCGGGACGTTTCTGACGGCCTG	139212

CR974593.9	1051	AAAGGCAGTCGAGCAGTCACACTATTACTCTTATTTAATAACAAGGCTGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	139213	AAAGGCAGTCGAGCAGTCACACTATTACTCTTATTTAATAACAAGGCTGA	139262

CR974593.9	1101	GAGGCTTCCTACTGTTTGCCACTAGGCCTACTCAAGCTGATTGTCTTTTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	139263	GAGGCTTCCTACTGTTTGCCACTAGGCCTACTCAAGCTGATTGTCTTTTA	139312

CR974593.9	1151	ATGGTTTCAATGAAGGTTGTGCAAGGAAATAATATTCTATAATCGTGGGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	139313	ATGGTTTCAATGAAGGTTGTGCAAGGAAATAATATTCTATAATCGTGGGT	139362

CR974593.9	1201	CTCCAGGGACGAATATGGTCCTTCCCAGAAGAGAGTGAGCCTTTGCTGAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	139363	CTCCAGGGACGAATATGGTCCTTCCCAGAAGAGAGTGAGCCTTTGCTGAA	139412

CR974593.9	1251	TCTGCTACTTTAGGAATAAAAGAGGAAGTTCAGTCCTCTTTTATTGTACC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	139413	TCTGCTACTTTAGGAATAAAAGAGGAAGTTCAGTCCTCTTTTATTGTACC	139462

CR974593.9	1301	TTTTTTCATTTTTGAAAAGCTGCCCAAATAGCTCCAAGTAGAGTTGCAGC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	139463	TTTTTTCATTTTTGAAAAGCTGCCCAAATAGCTCCAAGTAGAGTTGCAGC	139512

CR974593.9	1351	AAAGTTATTAATGTCAAGAAGCCAAGCTCTTTCTCCATGGTTTGCTGAAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	139513	AAAGTTATTAATGTCAAGAAGCCAAGCTCTTTCTCCATGGTTTGCTGAAG	139562

CR974593.9	1401	GAGGAAGGAAGAAAACGGTTTGCATTCAGCTGTCCTTTGCTTCTTCTGCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	139563	GAGGAAGGAAGAAAACGGTTTGCATTCAGCTGTCCTTTGCTTCTTCTGCT	139612

CR974593.9	1451	TGAGCCAAAGAAGCAGGAAGGAGAAGGAACGAGTATGTGAAAAGAGATGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	139613	TGAGCCAAAGAAGCAGGAAGGAGAAGGAACGAGTATGTGAAAAGAGATGG	139662

CR974593.9	1501	TGTTTATCGTTTTAACAAAATCGTGAGGTTCTGCGCTCAGCTCCGGCAGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	139663	TGTTTATCGTTTTAACAAAATCGTGAGGTTCTGCGCTCAGCTCCGGCAGT	139712

CR974593.9	1551	CAAATGTGGCCCTTGCATCTTTAAGACAGATAGTCTCTCCTCGGAGAGAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	139713	CAAATGTGGCCCTTGCATCTTTAAGACAGATAGTCTCTCCTCGGAGAGAC	139762

CR974593.9	1601	ACACTAATTACAGCGCTGCTGCCGGAGGGAACTCACACATGCAAACCATT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	139763	ACACTAATTACAGCGCTGCTGCCGGAGGGAACTCACACATGCAAACCATT	139812

CR974593.9	1651	ATGTAAAATATAATTTCTCTTTCTTTAAGAACACTCAAGATCATTAGACA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	139813	ATGTAAAATATAATTTCTCTTTCTTTAAGAACACTCAAGATCATTAGACA	139862

CR974593.9	1701	TGGTTTCTTCAATGCTAGAAAATCAGGCCAAAAATGAAAACAAACAGTTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	139863	TGGTTTCTTCAATGCTAGAAAATCAGGCCAAAAATGAAAACAAACAGTTT	139912

CR974593.9	1751	CAAGTATTTGCAACACAATTCCCACATGCATTTATGGAAACAGAGTAAAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	139913	CAAGTATTTGCAACACAATTCCCACATGCATTTATGGAAACAGAGTAAAA	139962

CR974593.9	1801	GTGCCCTAAAATGTGGTTTGACATTTCATGCTGCACTGTTTTTCTATTTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	139963	GTGCCCTAAAATGTGGTTTGACATTTCATGCTGCACTGTTTTTCTATTTT	140012

CR974593.9	1851	TCCAATTCTCTAATCTAACATGTGTCCTCTTATCCTATATCACTTTAGTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	140013	TCCAATTCTCTAATCTAACATGTGTCCTCTTATCCTATATCACTTTAGTT	140062

CR974593.9	1901	TCACTATATTTCAAACATTCACATAGCAAGAGCCACTGTTATGACCAAAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	140063	TCACTATATTTCAAACATTCACATAGCAAGAGCCACTGTTATGACCAAAG	140112

CR974593.9	1951	AGCTGAGCTTGGAGGGAGCTAGCGAACAACAGGAAGCAGCCCAGAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956369.6	140113	AGCTGAGCTTGGAGGGAGCTAGCGAACAACAGGAAGCAGCCCAGAAGCTT	140162

Overview

Query
CR974593.9 - 62102 bps
Hit
CR956369.6 - 140162 bps
Total alignments
59
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100197820001200011381631401621
280.711052551696117215-199412471
3861142015424554445-1104312421
478.796820417012172151182420211
584.491192331695317185-1530855391
680.838019317011172031925794491
782.131072551696117215-116638169001
879.54942621695417215121339215971
979.74842282098521212-121342215681
1076.14522003298633185122029222251
1178.31622084492545132130840310511
1281.388318827902977-130886310731
1385.9137702449224561-131980320501
1481.951122724492045191-132235325111
1586.1415526776347900133954342201
1686.561502531697717229-133968342201
1785.381312494492345171133968342201
1878.71632154495945173-136987372021
1986.6710618027902969137002371811
2090.1639601971219771-147185472451
2186.281622771695317229-149723499991
2287.1816527276487919149723499951
2385.081342644492345186149723499901
2486.56761354495145085151719518521
2579.417320627722977-151740519431
2683.65781591701317171-154974551321
2784.429719227702961159389595871
2883.71152291697517203161563617891
2986.1142722446124532-162714627851
3085.641001815429354473-164750649301
3183.7541802445224531-167183672621
3283.85831611700717167-167710678701
3387.4411719227802971175102752921
3482.24972151701117225175129753421
3583.8210420427742977176705769081
3684.971032094492745135-176740769521
3786.1710718827902977182811829981
3880.93752124492245133-182832830461
3989.441752655424554509-184989852531
4083.631252694492345191184989852631
4187.5612019427702963186810870021
4283.081102524492345174-186811870641
4382.181022311700017230186836870651
4482.9336812440524485194234943151
4585.479917927922970-194248944261
4679.7936952446724561-194669947621
4787.55588171271721411006881007751
4879.43641752789296311172691174431
4976.93381644497045133-11172911174591
5084.1913025676537908-11207021209541
5184.541142304494945178-11207021209341
5285.851131992771296911207061209031
5383.33107223170071722911207381209591
5483.881042144495345166-11221651223811
5583.68961912779296911221651223541
5685.87107192170031719411221861223761
5779.92892574492345179-11234131236711
5887.51242012771297111234181236171
5977.3566240449354517411285101287431
Short-link