<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 300 bps

Full alignment

CR956621.10	1	CAGGTCAATGCTGGGCTCCCAGCTACAGAGACACAAACAGAGCTTAGGAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	120524	CAGGTCAATGCTGGGCTCCCAGCTACAGAGACACAAACAGAGCTTAGGAA	120573

CR956621.10	51	GTCTGGACAGCCACAAAGCAGGCAGACACCATTATACTCAGTGCAGATCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	120574	GTCTGGACAGCCACAAAGCAGGCAGACACCATTATACTCAGTGCAGATCT	120623

CR956621.10	101	ATTTGGAGTTTGCAGGCATTTTTGAGGTTTCTTAGGGTCTGCTGCCAATC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	120624	ATTTGGAGTTTGCAGGCATTTTTGAGGTTTCTTAGGGTCTGCTGCCAATC	120673

CR956621.10	151	CTATGACCATCTGCCTGCACCAAGGGCCTCAGTTGTCGGCCGTGCTTTGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	120674	CTATGACCATCTGCCTGCACCAAGGGCCTCAGTTGTCGGCCGTGCTTTGG	120723

CR956621.10	201	CTAAGCTGAGAGCAGGCAGATCTGGAGACACAGCTGCCGAGGACATGCCG	250
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
CR956361.4	120724	CTAAGCTGAGAGCAGGCAGATCTGGAGACACA-CTGCCGAGGACATGCCG	120772

CR956621.10	251	GGGGCCATCTCTGCTTCTTGGGTGTGTTTATTCAGACTAGCCTGCCTAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	120773	GGGGCCATCTCTGCTTCTTGGGTGTGTTTATTCAGACTAGCCTGCCTAAA	120822

CR956621.10	301	CCTGATCCAACATTCCTCTGAGCTGAAAAAGGAGAATGTGTGCTTTCTTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	120823	CCTGATCCAACATTCCTCTGAGCTGAAAAAGGAGAATGTGTGCTTTCTTC	120872

CR956621.10	351	TCACATAGAGTTTCTGAATGCCCATGAATGTAAAAGAAAGAAAACAGAAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	120873	TCACATAGAGTTTCTGAATGCCCATGAATGTAAAAGAAAGAAAACAGAAC	120922

CR956621.10	401	CCCAAAAGTCCAGGATACATGATATTCCCAAACCAAAAACAAAACAAAAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	120923	CCCAAAAGTCCAGGATACATGATATTCCCAAACCAAAAACAAAACAAAAC	120972

CR956621.10	451	AAAACAAAAAAACAAGACTTCTGATGAGAAATCCGGTCCTTTGTAAAGGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	120973	AAAACAAAAAAACAAGACTTCTGATGAGAAATCCGGTCCTTTGTAAAGGA	121022

CR956621.10	501	TTTCCCTATTGGTTTGGAGACCATACGGGCCCTTCAAAGACTTCAATAAG	550
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
CR956361.4	121023	TTTCCCTATTGGTTTGGAGACCATACAGGCCCTTCAAAGACTTCAATAAG	121072

CR956621.10	551	TAACAATTTTAATTTGATGCAGCCCAGTTTGACCAACGATTTCTCAGTAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	121073	TAACAATTTTAATTTGATGCAGCCCAGTTTGACCAACGATTTCTCAGTAC	121122

CR956621.10	601	TTGGCACAAAGTACACATTTTTGTGTGCCAAGCTCTATGTGAGATTCTAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	121123	TTGGCACAAAGTACACATTTTTGTGTGCCAAGCTCTATGTGAGATTCTAG	121172

CR956621.10	651	TGCAAAAGGCTGGTGCACGCAAAGACAAACAAGACCGAGAGGGAACCTTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	121173	TGCAAAAGGCTGGTGCACGCAAAGACAAACAAGACCGAGAGGGAACCTTA	121222

CR956621.10	701	AGGCTGAAAAAGCAAGAAAGACATCACTGAGAGAGGACAAGGAGGTGACA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	121223	AGGCTGAAAAAGCAAGAAAGACATCACTGAGAGAGGACAAGGAGGTGACA	121272

CR956621.10	751	TGGAGCAGTTATCATGGCCCTTTTCCTATTGCTTTTTTGTCGTTGTTCCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	121273	TGGAGCAGTTATCATGGCCCTTTTCCTATTGCTTTTTTGTCGTTGTTCCA	121322

CR956621.10	801	GAGCAATGAGCACGTGGTGCAGAAAGAACTTTAAACGAAAGTTAAAAAAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	121323	GAGCAATGAGCACGTGGTGCAGAAAGAACTTTAAACGAAAGTTAAAAAAA	121372

CR956621.10	851	GGATGCATACAGAAAAACAAAATAAGGGAAGGCCTTATAGCAAGGTAGCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	121373	GGATGCATACAGAAAAACAAAATAAGGGAAGGCCTTATAGCAAGGTAGCA	121422

CR956621.10	901	AAGAGCATTTACTTATTTGAGAACCAGATTTTCCTAAGATCTCCCCTATT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	121423	AAGAGCATTTACTTATTTGAGAACCAGATTTTCCTAAGATCTCCCCTATT	121472

CR956621.10	951	TGTTAACTGTGTGACTTTGAGATGCTTGCCATCTCAGAGGTCAGTCTCCT	1000
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
CR956361.4	121473	TGTTAACTGTGTGACTTTGAGACGCTTGCCATCTCGGAGGTCAGTCTCCT	121522

CR956621.10	1001	CATCTCTAAGATGGGCGTGCTAAAACCCCTACTTCACAGGCTGCTGTGAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	121523	CATCTCTAAGATGGGCGTGCTAAAACCCCTACTTCACAGGCTGCTGTGAA	121572

CR956621.10	1051	AATTCACTGAGATCACGCAAGAAAGGCACTTAGCACAGTACCCAGCACAT	1100
			|||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	121573	AATTCACTGAGATCATACAAGAAAGGCACTTAGCACAGTACCCAGCACAT	121622

CR956621.10	1101	AGTAAGCACCCGTTCACTTTTATTTTCAGTGATAACAATGATGATAATGT	1150
			|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	121623	AGTAAGCACCCGTTCATTTTTATTTTCAGTGATAACAATGATGATAATGT	121672

CR956621.10	1151	ACCGTTATCCTCATTAAGCTTAGTGCAGTGTCTGGAATATAGTACGCATT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	121673	ACCGTTATCCTCATTAAGCTTAGTGCAGTGTCTGGAATATAGTACGCATT	121722

CR956621.10	1201	CAATTATGGTTTGCTAAGGTTGTTTTGGTTGCTGCTGCGATTAAAGCAGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	121723	CAATTATGGTTTGCTAAGGTTGTTTTGGTTGCTGCTGCGATTAAAGCAGT	121772

CR956621.10	1251	TAACCCTGGTGTCTGGCAAAACATAACCACTCGATGAGCCCGGCTATGAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	121773	TAACCCTGGTGTCTGGCAAAACATAACCACTCGATGAGCCCGGCTATGAT	121822

CR956621.10	1301	CCGTCTAGAGCGCATATGACTAAGCGTGAAACTCCCCCTGTGGGAGAATC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	121823	CCGTCTAGAGCGCATATGACTAAGCGTGAAACTCCCCCTGTGGGAGAATC	121872

CR956621.10	1351	TCTAGGAGACGGATCCTATGGAATCCTCACCTATGATTAACAATGGAAAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	121873	TCTAGGAGACGGATCCTATGGAATCCTCACCTATGATTAACAATGGAAAG	121922

CR956621.10	1401	TAACGCGCTTTTTTCTTTCACCTCTAAGAAACTGCCCTAGCCACCCCGAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	121923	TAACGCGCTTTTTTCTTTCACCTCTAAGAAACTGCCCTAGCCACCCCGAC	121972

CR956621.10	1451	CTTTCCAATGTCACCATAAAGGTCAAGTTTCCAAAGCCGAAGCTTCCAGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	121973	CTTTCCAATGTCACCATAAAGGTCAAGTTTCCAAAGCCGAAGCTTCCAGA	122022

CR956621.10	1501	CTACCCTGGATAGGGCACATGCTACCCAATGTGTACCTATGGCTCTATGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	122023	CTACCCTGGATAGGGCACATGCTACCCAATGTGTACCTATGGCTCTATGC	122072

CR956621.10	1551	TTGGCGCCATGGATGACTGATCTGGGTGAACGACGCAAAGGGTCTGGCCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	122073	TTGGCGCCATGGATGACTGATCTGGGTGAACGACGCAAAGGGTCTGGCCC	122122

CR956621.10	1601	CGTGTTGTACTTCACTTTGCTTTTACTTCCTTCTTGTATTGTGACCCAGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	122123	CGTGTTGTACTTCACTTTGCTTTTACTTCCTTCTTGTATTGTGACCCAGA	122172

CR956621.10	1651	AGCTCCACGGTCCAGCTACAAGCCCTACACTTTCCGGGGAATTCCACCTC	1700
			| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
CR956361.4	122173	AACTCCACGGTCCAGCTACAAGCCCTACACTTTCCCGGGAATTCCACCTC	122222

CR956621.10	1701	CTTCCCTTGAAAGGCTTCCTTTCTTTCCAAAAACCCTGCTGAACCACCGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	122223	CTTCCCTTGAAAGGCTTCCTTTCTTTCCAAAAACCCTGCTGAACCACCGT	122272

CR956621.10	1751	ATTTTAGAAAGCCTCCTGGGATCCTCTTTCTTTCCCCAAGACAGAAAACA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	122273	ATTTTAGAAAGCCTCCTGGGATCCTCTTTCTTTCCCCAAGACAGAAAACA	122322

CR956621.10	1801	TCCTCCCTGCCTTTGCGTCTCCTCGGAATGTTCTTCGTGAGCTGCATCAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	122323	TCCTCCCTGCCTTTGCGTCTCCTCGGAATGTTCTTCGTGAGCTGCATCAA	122372

CR956621.10	1851	CCCGCGTCTTGGTTTATCGCCGTGTACATCTTAGGCGGGACCATGGATTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	122373	CCCGCGTCTTGGTTTATCGCCGTGTACATCTTAGGCGGGACCATGGATTG	122422

CR956621.10	1901	CACGTGACAGAAAATCCACTCAAACCAGTTTACGCACAGAGGTAATGTGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	122423	CACGTGACAGAAAATCCACTCAAACCAGTTTACGCACAGAGGTAATGTGT	122472

CR956621.10	1951	CGGCTCCCGTGAAGGTCAAGGGTGTACCCAGGCTCAAACGGAGTTGGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	122473	CGGCTCCCGTGAAGGTCAAGGGTGTACCCAGGCTCAAACGGAGTTGGATC	122522

Compact alignment

skip 200 bps 100% identity alignment

CR956621.10	201	CTAAGCTGAGAGCAGGCAGATCTGGAGACACAGCTGCCGAGGACATGCCG	250
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
CR956361.4	120724	CTAAGCTGAGAGCAGGCAGATCTGGAGACACA-CTGCCGAGGACATGCCG	120772

skip 250 bps 100% identity alignment

CR956621.10	501	TTTCCCTATTGGTTTGGAGACCATACGGGCCCTTCAAAGACTTCAATAAG	550
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
CR956361.4	121023	TTTCCCTATTGGTTTGGAGACCATACAGGCCCTTCAAAGACTTCAATAAG	121072

skip 400 bps 100% identity alignment

CR956621.10	951	TGTTAACTGTGTGACTTTGAGATGCTTGCCATCTCAGAGGTCAGTCTCCT	1000
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
CR956361.4	121473	TGTTAACTGTGTGACTTTGAGACGCTTGCCATCTCGGAGGTCAGTCTCCT	121522

skip 50 bps 100% identity alignment

CR956621.10	1051	AATTCACTGAGATCACGCAAGAAAGGCACTTAGCACAGTACCCAGCACAT	1100
			|||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	121573	AATTCACTGAGATCATACAAGAAAGGCACTTAGCACAGTACCCAGCACAT	121622

CR956621.10	1101	AGTAAGCACCCGTTCACTTTTATTTTCAGTGATAACAATGATGATAATGT	1150
			|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956361.4	121623	AGTAAGCACCCGTTCATTTTTATTTTCAGTGATAACAATGATGATAATGT	121672

skip 500 bps 100% identity alignment

CR956621.10	1651	AGCTCCACGGTCCAGCTACAAGCCCTACACTTTCCGGGGAATTCCACCTC	1700
			| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
CR956361.4	122173	AACTCCACGGTCCAGCTACAAGCCCTACACTTTCCCGGGAATTCCACCTC	122222

skip 300 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR956621.10 - 83594 bps
Hit
CR956361.4 - 122522 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.55196420001200011205241225221
293.881922446529265535115943161871
390.231752556471864972-115944161991
487.4115626095569815115944162051
595.492032431010410346115944161871
687.415725995569814-140837410981
787.411632706470364972-185557858261
889.181712591091211170185557858151
987.861682724236942640185557858281
1092.041992657796178225185557858201
1186.7915726495519814188102883661
1292.621872441010310346188106883491
1386.921572606471364972-188107883661
1491.771802436529365535188107883491
1593.2229292652896558011060431063361
1687.081622706470364972-11060471063171
1794.122072556917869432-11060471063011
1894.14236291101041039411060471063361
1990.05149221444354465511060481062681
2088.15167270647036497211185651188341
2188.071502467796178206-11185921188341
2290.951642331010110333-11186061188371
Short-link