<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR936839.12	248587	CTTGTAGGTCTTTAATAATGGCATTAACCTCCACTGTCTATTCACCACAA	248636
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	1	CTTGTAGGTCTTTAATAATGGCATTAACCTCCACTGTCTATTCACCACAA	50

CR936839.12	248637	GATAATTTTGGATTTACTACACTGAATGAAAGAGGACTCGATAGTAACAA	248686
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	51	GATAATTTTGGATTTACTACACTGAATGAAAGAGGACTCGATAGTAACAA	100

CR936839.12	248687	AGATTTAATAAAGGGAAGATCTCATCTTCCTTTCTTTGATAGTTTTTATT	248736
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	101	AGATTTAATAAAGGGAAGATCTCATCTTCCTTTCTTTGATAGTTTTTATT	150

CR936839.12	248737	CCATAGATCAGGAAACCTTTATAGTTGTTACTATAATTTCCATATACATA	248786
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	151	CCATAGATCAGGAAACCTTTATAGTTGTTACTATAATTTCCATATACATA	200

CR936839.12	248787	TGTAAGATATATATACACAAACACACACATATTACAGTTGTGCATTTGGG	248836
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	201	TGTAAGATATATATACACAAACACACACATATTACAGTTGTGCATTTGGG	250

CR936839.12	248837	GACAGGAAAAATTGTCAGTTATCCAGGATCCCATTTACTACTTGGATTTA	248886
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	251	GACAGGAAAAATTGTCAGTTATCCAGGATCCCATTTACTACTTGGATTTA	300

CR936839.12	248887	TAGGCTCTCTAACAGGAGGACAGGAGGCATCTTTATGGCATTTTAGGTCT	248936
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	301	TAGGCTCTCTAACAGGAGGACAGGAGGCATCTTTATGGCATTTTAGGTCT	350

CR936839.12	248937	CTAAGTATTTGTATCACCTCAGACTTTGTCCATTAATACCAGATGTGATT	248986
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	351	CTAAGTATTTGTATCACCTCAGACTTTGTCCATTAATACCAGATGTGATT	400

CR936839.12	248987	AATTATTTGCCTCTTCCTCATCTAAGTGCCCATGAATCCCTTTGAGAAGA	249036
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	401	AATTATTTGCCTCTTCCTCATCTAAGTGCCCATGAATCCCTTTGAGAAGA	450

CR936839.12	249037	GCTAAAAAGGTGGTATAGTACATTCTTCCTGTAGCAGCATCAAATCGCTC	249086
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	451	GCTAAAAAGGTGGTATAGTACATTCTTCCTGTAGCAGCATCAAATCGCTC	500

CR936839.12	249087	CTTCTAATTAGCCACCTGTTCAACTTCAAGTCTGAAAATGACTCCACAAA	249136
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	501	CTTCTAATTAGCCACCTGTTCAACTTCAAGTCTGAAAATGACTCCACAAA	550

CR936839.12	249137	TGGAGCAAAGACTCATGCTCAGCCTCCTGCCCATCTGCTTCTACCATTAT	249186
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	551	TGGAGCAAAGACTCATGCTCAGCCTCCTGCCCATCTGCTTCTACCATTAT	600

CR936839.12	249187	TTTTCCCATAATCCCCAAGCTTCCAAGAGTACCATCACCCTCATGCATGT	249236
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	601	TTTTCCCATAATCCCCAAGCTTCCAAGAGTACCATCACCCTCATGCATGT	650

CR936839.12	249237	AAACAAACCCAGATCTGTGACCATCTCTCCTACCAGGACCCTAACTCGCT	249286
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	651	AAACAAACCCAGATCTGTGACCATCTCTCCTACCAGGACCCTAACTCGCT	700

CR936839.12	249287	GAGATATGAATGTTCTTAAAAGTACCTTCCTTATAACTTAGTGAGTGATT	249336
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	701	GAGATATGAATGTTCTTAAAAGTACCTTCCTTATAACTTAGTGAGTGATT	750

CR936839.12	249337	TGTCTTCTGGTCTTGCTTTGGAGCATCATCTCCTGCGGAATCTTCTAGTC	249386
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	751	TGTCTTCTGGTCTTGCTTTGGAGCATCATCTCCTGCGGAATCTTCTAGTC	800

CR936839.12	249387	TTGCCTACTATACCCATCCAACATGCCTACTTCTTTGGTCCCTTTATTTC	249436
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	801	TTGCCTACTATACCCATCCAACATGCCTACTTCTTTGGTCCCTTTATTTC	850

CR936839.12	249437	TTCCTCTACCATTTCTACTTTGGGAATATTGGCCATTGTATTACCCAACT	249486
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	851	TTCCTCTACCATTTCTACTTTGGGAATATTGGCCATTGTATTACCCAACT	900

CR936839.12	249487	TTCTAAGTGCTGCCCAATGGTGAGTTTGCCTAGTCTGTGAGCAACTTTCC	249536
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	901	TTCTAAGTGCTGCCCAATGGTGAGTTTGCCTAGTCTGTGAGCAACTTTCC	950

CR936839.12	249537	TAGGGTATCAAATTCCATCATATGGAAGTGCCTTTATATCAATGAATTCT	249586
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	951	TAGGGTATCAAATTCCATCATATGGAAGTGCCTTTATATCAATGAATTCT	1000

CR936839.12	249587	TGGTTATCCAACCTCACAGTCTAGCCAGCCTCTTTGATCAAGCCCCTCAA	249636
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	1001	TGGTTATCCAACCTCACAGTCTAGCCAGCCTCTTTGATCAAGCCCCTCAA	1050

CR936839.12	249637	AATCCAATCCCACGAGTGTTTGCTCAATTCCTGTCAACCTAATGATTGTG	249686
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	1051	AATCCAATCCCACGAGTGTTTGCTCAATTCCTGTCAACCTAATGATTGTG	1100

CR936839.12	249687	ATTTTTCACCACACAAACCTCCCTTTTAATTAACCAGGCCCAACATGCCT	249736
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	1101	ATTTTTCACCACACAAACCTCCCTTTTAATTAACCAGGCCCAACATGCCT	1150

CR936839.12	249737	CAGTCATGGCACCGAGAATTAATCCAAGCTACAGGCTTGGAAGGCAGGAG	249786
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	1151	CAGTCATGGCACCGAGAATTAATCCAAGCTACAGGCTTGGAAGGCAGGAG	1200

CR936839.12	249787	AGGAGGTAAGGAGAGCATCTTGAATGTGGTTTCTCTTCTGAGAATGAGAC	249836
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	1201	AGGAGGTAAGGAGAGCATCTTGAATGTGGTTTCTCTTCTGAGAATGAGAC	1250

CR936839.12	249837	TTTTTTTTTCTTTTCTTCTGAGACAAGGTGTCACTATGTAGGTCTCTCTG	249886
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	1251	TTTTTTTTTCTTTTCTTCTGAGACAAGGTGTCACTATGTAGGTCTCTCTG	1300

CR936839.12	249887	GCCTGAAACTCTCTATGCAGATTAGGCTGGCCCACAACTTCGTATCTTGA	249936
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	1301	GCCTGAAACTCTCTATGCAGATTAGGCTGGCCCACAACTTCGTATCTTGA	1350

CR936839.12	249937	TCTGCCTGCCTCTCGAGTGCTATCATTAAAGATGTACACCACCATGCCCA	249986
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	1351	TCTGCCTGCCTCTCGAGTGCTATCATTAAAGATGTACACCACCATGCCCA	1400

CR936839.12	249987	TCAAGTATGAGATTTCTGTCCTATCTTCTAGCACCTTAGAATTGATATTT	250036
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	1401	TCAAGTATGAGATTTCTGTCCTATCTTCTAGCACCTTAGAATTGATATTT	1450

CR936839.12	250037	CTTCCTTTGCCCATTGAGCCACTTCTGTAAGCCCAGGACACTCTGAAAGG	250086
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	1451	CTTCCTTTGCCCATTGAGCCACTTCTGTAAGCCCAGGACACTCTGAAAGG	1500

CR936839.12	250087	TGAAATAATCTGCCTCTTCAGGTATTATCTCTAGTGCCATGCCAATCAAA	250136
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	1501	TGAAATAATCTGCCTCTTCAGGTATTATCTCTAGTGCCATGCCAATCAAA	1550

CR936839.12	250137	CAATCTCTATAGCTCTATGGTTCTGACCAGATCTTTAATCTGCCCCTCAT	250186
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	1551	CAATCTCTATAGCTCTATGGTTCTGACCAGATCTTTAATCTGCCCCTCAT	1600

CR936839.12	250187	CTTTTATATCCTGTGACAGAAGACATCTACCTCTTGAGAATTACCATAGA	250236
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	1601	CTTTTATATCCTGTGACAGAAGACATCTACCTCTTGAGAATTACCATAGA	1650

CR936839.12	250237	AGCCCTCAAGCACTCACATATGAGTAAGGTGTCCATGATGTCTGGCTTTT	250286
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	1651	AGCCCTCAAGCACTCACATATGAGTAAGGTGTCCATGATGTCTGGCTTTT	1700

CR936839.12	250287	ATCAACTCGACACAAGTTAGAGTTTGAGAGGAGGAAGCATCAGTTGGGAA	250336
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	1701	ATCAACTCGACACAAGTTAGAGTTTGAGAGGAGGAAGCATCAGTTGGGAA	1750

CR936839.12	250337	AATGCCTCCATAAGATTTATCTTCTTGTAGACATTTTCTTTTTTCTTTTT	250386
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	1751	AATGCCTCCATAAGATTTATCTTCTTGTAGACATTTTCTTTTTTCTTTTT	1800

CR936839.12	250387	TGTTTTTTCAAGACAGTGTTTCTCTGTATAGTCCTGGCTTTCCTGGAACT	250436
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	1801	TGTTTTTTCAAGACAGTGTTTCTCTGTATAGTCCTGGCTTTCCTGGAACT	1850

CR936839.12	250437	CACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACACAGAAATCTGCCTGCCTCTGC	250486
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	1851	CACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACACAGAAATCTGCCTGCCTCTGC	1900

CR936839.12	250487	CTCCTAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGGGCCACCACTGCCTGGCGTAGAT	250536
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	1901	CTCCTAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGGGCCACCACTGCCTGGCGTAGAT	1950

CR936839.12	250537	ATTTTCTTGATTAGTAATTGATGGTGCCACCCTGGGCTGGTCCTGAATTC	250586
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936842.21	1951	ATTTTCTTGATTAGTAATTGATGGTGCCACCCTGGGCTGGTCCTGAATTC	2000

Overview

Query
CR936839.12 - 250586 bps
Hit
CR936842.21 - 208212 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link