<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX511258.6	1	GAATTCCCTTGTCGGTGAAGAGGGGTTTCCTTAGTCGGTTGCTAGGGATA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	185378	GAATTCCCTTGTCGGTGAAGAGGGGTTTCCTTAGTCGGTTGCTAGGGATA	185427

BX511258.6	51	CGGATGTTGGACAAGGCGGCGTTCGAAGTCCTTCCTGGGTTCCTGTAGTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	185428	CGGATGTTGGACAAGGCGGCGTTCGAAGTCCTTCCTGGGTTCCTGTAGTT	185477

BX511258.6	101	AGGATGAGTTTCAGGGTTTGGATGTGTTGACCCGATGGCTTGTTGTTGAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	185478	AGGATGAGTTTCAGGGTTTGGATGTGTTGACCCGATGGCTTGTTGTTGAA	185527

BX511258.6	151	GCGGTTGCACAAGCAGATCGGGGGTCGAGCCGGCAGCAAGTGAAGGTCGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	185528	GCGGTTGCACAAGCAGATCGGGGGTCGAGCCGGCAGCAAGTGAAGGTCGC	185577

BX511258.6	201	GGTCTGCTGCGTGATGTAACGAGGCTTCCGGCGAGGCGATGTAACGGCCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	185578	GGTCTGCTGCGTGATGTAACGAGGCTTCCGGCGAGGCGATGTAACGGCCA	185627

BX511258.6	251	CAGCACGAGAAGAGCGACGTCCGGGCAGCGACGGCGGTGACAATTGGCAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	185628	CAGCACGAGAAGAGCGACGTCCGGGCAGCGACGGCGGTGACAATTGGCAA	185677

BX511258.6	301	AGATGACCGGCAAAAGACGACGATGAAATTCCTTTGTTCAAAGTTTTATA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	185678	AGATGACCGGCAAAAGACGACGATGAAATTCCTTTGTTCAAAGTTTTATA	185727

BX511258.6	351	GGCTTTGGTAGAGGCTGGGTCTACACAATGCTTGTCCAATCAGATAAGGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	185728	GGCTTTGGTAGAGGCTGGGTCTACACAATGCTTGTCCAATCAGATAAGGT	185777

BX511258.6	401	GCGGGGTGGAGTCACACCCCAATTCTGCCCTCTAGGAGGCCGGGTTGACA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	185778	GCGGGGTGGAGTCACACCCCAATTCTGCCCTCTAGGAGGCCGGGTTGACA	185827

BX511258.6	451	CCTGGTGTGGGTGCTGCTTTGATGGCATAGTGGTTAAAATAAAGTCTTAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	185828	CCTGGTGTGGGTGCTGCTTTGATGGCATAGTGGTTAAAATAAAGTCTTAT	185877

BX511258.6	501	AACGTCAACACTTTTCATAGTATGGTTTCTTCATATAAACCAATGCATTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	185878	AACGTCAACACTTTTCATAGTATGGTTTCTTCATATAAACCAATGCATTT	185927

BX511258.6	551	AAAATGTTCCTAGCTTTCAATCGATACCAAACAAAGTATTTCACAAACAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	185928	AAAATGTTCCTAGCTTTCAATCGATACCAAACAAAGTATTTCACAAACAT	185977

BX511258.6	601	TCTGTAGATTTCATTTGTCACTGAGGGCTATTACTCAAGAACTATCTATA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	185978	TCTGTAGATTTCATTTGTCACTGAGGGCTATTACTCAAGAACTATCTATA	186027

BX511258.6	651	ACAGTTTTGTTAAACACATGGAACATGTACACACAAAAACCTACAGAAAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	186028	ACAGTTTTGTTAAACACATGGAACATGTACACACAAAAACCTACAGAAAC	186077

BX511258.6	701	ATAAAGTAAACATACATTACTCAAATAAACTGTTTTACTTAAATGTCCAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	186078	ATAAAGTAAACATACATTACTCAAATAAACTGTTTTACTTAAATGTCCAT	186127

BX511258.6	751	TAAACTTTGGAAGCGTTTCTGATCGCTTCTGTGTCTGCCTGAGAATGTGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	186128	TAAACTTTGGAAGCGTTTCTGATCGCTTCTGTGTCTGCCTGAGAATGTGT	186177

BX511258.6	801	ATTCCTTGCAGACGCCAAAGGACAAGCGAACCAAAAGGTACTTCTCAAAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	186178	ATTCCTTGCAGACGCCAAAGGACAAGCGAACCAAAAGGTACTTCTCAAAA	186227

BX511258.6	851	ACCGGTTTGGTGGGTTTTTGATTGTAGAGCCTCTTATTGTTTTAGGGTGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	186228	ACCGGTTTGGTGGGTTTTTGATTGTAGAGCCTCTTATTGTTTTAGGGTGT	186277

BX511258.6	901	AAAGTTAATTAACATGCAACTGTGATGTTGACTGGCTAGGTATCCTGTGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	186278	AAAGTTAATTAACATGCAACTGTGATGTTGACTGGCTAGGTATCCTGTGG	186327

BX511258.6	951	ATTTGCCTTTTGCTGGGTGCCTGTGGATTGCTTTGAAAATGAAATCAATC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	186328	ATTTGCCTTTTGCTGGGTGCCTGTGGATTGCTTTGAAAATGAAATCAATC	186377

BX511258.6	1001	TCAGACTCGTAGGCACCAACCAATCTTTTAAGGATAACATGGTCTGTGGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	186378	TCAGACTCGTAGGCACCAACCAATCTTTTAAGGATAACATGGTCTGTGGC	186427

BX511258.6	1051	TTGTTCGGTTCTGGAACGATCCGTTGACTCACTACATCCCCCATTTGGAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	186428	TTGTTCGGTTCTGGAACGATCCGTTGACTCACTACATCCCCCATTTGGAT	186477

BX511258.6	1101	GGTGATGTTCCTGGCATGAACATCGGCAGACACTGGAACAAGAGGCATAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	186478	GGTGATGTTCCTGGCATGAACATCGGCAGACACTGGAACAAGAGGCATAG	186527

BX511258.6	1151	GTAGAGAGAAAACAGACACACAAGACACAAACCACATTTCCATTCCATAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	186528	GTAGAGAGAAAACAGACACACAAGACACAAACCACATTTCCATTCCATAG	186577

BX511258.6	1201	ACTGAGTTCTGGTGCAGGTTTTAGCTTAAATTGTTCGTGTTAGGAACACA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	186578	ACTGAGTTCTGGTGCAGGTTTTAGCTTAAATTGTTCGTGTTAGGAACACA	186627

BX511258.6	1251	AGGTGTAGTGTAACATTGCCTGAAATAATTCAAATTTAGTTATTTAGCTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	186628	AGGTGTAGTGTAACATTGCCTGAAATAATTCAAATTTAGTTATTTAGCTA	186677

BX511258.6	1301	GTTTACTTCATTGCAAGTATGGAGTGGCGCTAGCTTCAACTTAAATAAGC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	186678	GTTTACTTCATTGCAAGTATGGAGTGGCGCTAGCTTCAACTTAAATAAGC	186727

BX511258.6	1351	AATAATTCTGCAGCAATTGACACTAATTTGGGAGAAGGAGTCAATCCTAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	186728	AATAATTCTGCAGCAATTGACACTAATTTGGGAGAAGGAGTCAATCCTAC	186777

BX511258.6	1401	TTTTAGGCCCTATGCATGAATTTGCAGGAGTTCCCTGTAGAGGGGACTGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	186778	TTTTAGGCCCTATGCATGAATTTGCAGGAGTTCCCTGTAGAGGGGACTGG	186827

BX511258.6	1451	AACTGCAAATTAGTTAGGGAGAGAGAGAGAAAGGAAATGAAGGGGCACAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	186828	AACTGCAAATTAGTTAGGGAGAGAGAGAGAAAGGAAATGAAGGGGCACAG	186877

BX511258.6	1501	TGATGCAACAAAACAAGGTAGGTTAAAAACCAGCAAAACAGTGTTGCAAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	186878	TGATGCAACAAAACAAGGTAGGTTAAAAACCAGCAAAACAGTGTTGCAAA	186927

BX511258.6	1551	TGTGGAGTGGATCCTCTCTACTAGAAGTTGTTCTAGCAGTGCTGTAGAGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	186928	TGTGGAGTGGATCCTCTCTACTAGAAGTTGTTCTAGCAGTGCTGTAGAGG	186977

BX511258.6	1601	AGAAAGTATTAGTGTTGTGTTTAACTAGGTGTTTCCCTAGAATGTCAAAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	186978	AGAAAGTATTAGTGTTGTGTTTAACTAGGTGTTTCCCTAGAATGTCAAAG	187027

BX511258.6	1651	GTTATGTTAGTATGTAAAGGGTAGAACAGTTGATCTGTGTCAAGTTGTGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	187028	GTTATGTTAGTATGTAAAGGGTAGAACAGTTGATCTGTGTCAAGTTGTGG	187077

BX511258.6	1701	TCCTCCCCCATTTGTTGTTCAATGATGATGGAGCAGTCAAATGTTCATCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	187078	TCCTCCCCCATTTGTTGTTCAATGATGATGGAGCAGTCAAATGTTCATCT	187127

BX511258.6	1751	AGAAATGGAGGTACCGGAGTTTGGCATGGGTCAGGAAGGGTTTCAGGACT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	187128	AGAAATGGAGGTACCGGAGTTTGGCATGGGTCAGGAAGGGTTTCAGGACT	187177

BX511258.6	1801	GAACTGAGGTTTGTCGGAGGAGTGGCAGACGACCAGAACGGCACTTTTAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	187178	GAACTGAGGTTTGTCGGAGGAGTGGCAGACGACCAGAACGGCACTTTTAG	187227

BX511258.6	1851	AAACCTGAGGGTTTTCACCTGCAAGTGTTTGTTGGTTCAGGTGGTTGTTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	187228	AAACCTGAGGGTTTTCACCTGCAAGTGTTTGTTGGTTCAGGTGGTTGTTG	187277

BX511258.6	1901	CTTCTCCGCTCGGCAACTAGTCAGGCTGAATCTGCTTTTTCCTTTTCCCG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	187278	CTTCTCCGCTCGGCAACTAGTCAGGCTGAATCTGCTTTTTCCTTTTCCCG	187327

BX511258.6	1951	TTTCCTGTCCTCCTCTATGCATTTGAGAAACTCTTTCATCATCAATTTCA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933822.8	187328	TTTCCTGTCCTCCTCTATGCATTTGAGAAACTCTTTCATCATCAATTTCA	187377

Overview

Query
BX511258.6 - 200076 bps
Hit
CR933822.8 - 187377 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198120001200011853781873771
287.52063589131091667-1931896851
392.24161217163239163455143637438551
488.12193549130791660143638439901
590.312113223254132862-168697690061
685.2615129219683719712811019141021981
786.73193340954559579411045201048731
890.3516525815697415723111089611092191
986.71863399131491652-11097021100471
1088.6715924812884312909011098011100471
1188.832233663249432859-11254991258651
1288.8160253128844129096-11254991257481
1386.74157295108081110211255661258591
1488.26227371324913286111319551323291
1585.25162331163239163569-11319641323291
1689.012313559130791661-11319651323281
1795.9489310738638387455-11556711567301
1886.932083629130791668-11638361642101
1985.811562981081111108-11638371641391
2087.84219363325003286211638431642121
21100170317246231795411847421864651
Short-link