<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR936845.11	1	TTGTTGGTTAGGACCACCCAGAAGAAATCCCAAGCATTCTTTTGCATGTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	186881	TTGTTGGTTAGGACCACCCAGAAGAAATCCCAAGCATTCTTTTGCATGTC	186930

CR936845.11	51	ATTCTGAGGCAGTTTGATGGTAATGTATGTTCTTTCTAAATATTTGGTTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	186931	ATTCTGAGGCAGTTTGATGGTAATGTATGTTCTTTCTAAATATTTGGTTA	186980

CR936845.11	101	TTGCTTCCATTACATGACTATAATCTACTTGCCATTCTTTTTTTTTTTTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	186981	TTGCTTCCATTACATGACTATAATCTACTTGCCATTCTTTTTTTTTTTTT	187030

CR936845.11	151	TTTCCCCCAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	187031	TTTCCCCCAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTC	187080

CR936845.11	201	ACTTTGTAGACCAGGCTAGCCTCAAACTCAGAAATCCACCTGTCTCTGCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	187081	ACTTTGTAGACCAGGCTAGCCTCAAACTCAGAAATCCACCTGTCTCTGCC	187130

CR936845.11	251	TCCCGAGCGCTGGGATTAAAGGGGTGTGCCACCACGTCCGGCTGCCATTC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	187131	TCCCGAGCGCTGGGATTAAAGGGGTGTGCCACCACGTCCGGCTGCCATTC	187180

CR936845.11	301	TTTAGATTCTTTTCAGGCAGATTCCAATTGTTAGTAATTTTTAGTGCAAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	187181	TTTAGATTCTTTTCAGGCAGATTCCAATTGTTAGTAATTTTTAGTGCAAT	187230

CR936845.11	351	TTGAAATATGGTGTTCTTTAGATAAACTTAACCTATGAGAAGTAGTAGGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	187231	TTGAAATATGGTGTTCTTTAGATAAACTTAACCTATGAGAAGTAGTAGGA	187280

CR936845.11	401	AGTCATATAACTATTTACAAAAGGAGCCCTAGAGAGTGGTCAACTTTCTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	187281	AGTCATATAACTATTTACAAAAGGAGCCCTAGAGAGTGGTCAACTTTCTC	187330

CR936845.11	451	ATTTTATAAATGAATATAAGGCCTAAAGATGAAGTCATGGCTTGGAGTGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	187331	ATTTTATAAATGAATATAAGGCCTAAAGATGAAGTCATGGCTTGGAGTGG	187380

CR936845.11	501	TGGCTCAGCAGTTAAGAATACTTGGTTGCTCTTCCAGAGGACCCAGGTTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	187381	TGGCTCAGCAGTTAAGAATACTTGGTTGCTCTTCCAGAGGACCCAGGTTC	187430

CR936845.11	551	AATTCTCAGCACCCACATGGCAGTTCACAACTGTCTGTAACTCCTCTTCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	187431	AATTCTCAGCACCCACATGGCAGTTCACAACTGTCTGTAACTCCTCTTCC	187480

CR936845.11	601	AGGGGATCTGACACCCTCACACAGACACATACATGCAGTTAAGAAACACC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	187481	AGGGGATCTGACACCCTCACACAGACACATACATGCAGTTAAGAAACACC	187530

CR936845.11	651	AATGTATATAAAATAAAAATAAGTAAATTGAAAAGAAGAGAGATGAAGTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	187531	AATGTATATAAAATAAAAATAAGTAAATTGAAAAGAAGAGAGATGAAGTC	187580

CR936845.11	701	ACTTGTATTCTGACAGTAAGTGTTAGAACTTACAAGTTGAGCTGTCACTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	187581	ACTTGTATTCTGACAGTAAGTGTTAGAACTTACAAGTTGAGCTGTCACTT	187630

CR936845.11	751	TTCTTCAAAGTATTGCTTCTTTGATATAGAATACTTTCTTTAGAAGCCTC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	187631	TTCTTCAAAGTATTGCTTCTTTGATATAGAATACTTTCTTTAGAAGCCTC	187680

CR936845.11	801	ATTCTAATGTTTCCTGAAAAGAATCATTAAATTGAGAGAGGCTAATTACA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	187681	ATTCTAATGTTTCCTGAAAAGAATCATTAAATTGAGAGAGGCTAATTACA	187730

CR936845.11	851	GTCAGAACACACTAGAGTGTCTTGATATAATTAGCTCCATGCCGCAGGAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	187731	GTCAGAACACACTAGAGTGTCTTGATATAATTAGCTCCATGCCGCAGGAT	187780

CR936845.11	901	TTCTCTCTCTAATCCTGGTTGTCCTGAATCTCTGTAGATCGAGCTAGCCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	187781	TTCTCTCTCTAATCCTGGTTGTCCTGAATCTCTGTAGATCGAGCTAGCCT	187830

CR936845.11	951	GGAACTCAAAAAAGATTGACCTATTTCCGCCTTACTAGTGCTCGGGTTAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	187831	GGAACTCAAAAAAGATTGACCTATTTCCGCCTTACTAGTGCTCGGGTTAA	187880

CR936845.11	1001	AGGCAAGACCACCTAACCCAACCCAGTGCTTTCATTTTTTAAACAAGGGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	187881	AGGCAAGACCACCTAACCCAACCCAGTGCTTTCATTTTTTAAACAAGGGA	187930

CR936845.11	1051	TTTATAGATAGTGGATGTTAGGATGTTACAGAATGCTGCTGCTGCTGCTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	187931	TTTATAGATAGTGGATGTTAGGATGTTACAGAATGCTGCTGCTGCTGCTT	187980

CR936845.11	1101	CTTCTTCTTCTTCTTCTTTTGGTTTTTCAAGACAGGGTTTCTCTGTATAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	187981	CTTCTTCTTCTTCTTCTTTTGGTTTTTCAAGACAGGGTTTCTCTGTATAG	188030

CR936845.11	1151	CCCTGGCTATCTTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	188031	CCCTGGCTATCTTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCA	188080

CR936845.11	1201	AAAATCCGCCTGCCTCTGTCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGTGCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	188081	AAAATCCGCCTGCCTCTGTCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGTGCC	188130

CR936845.11	1251	ACCACGCCTGGCTACAGAATGCTTCTTATGGAATATAAAGAGTCAGTGAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	188131	ACCACGCCTGGCTACAGAATGCTTCTTATGGAATATAAAGAGTCAGTGAA	188180

CR936845.11	1301	TTAATTATGAAGAATTTTTGACAAATGAGGGAAGTAAGTTCATGGATGCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	188181	TTAATTATGAAGAATTTTTGACAAATGAGGGAAGTAAGTTCATGGATGCA	188230

CR936845.11	1351	TGAAATTTATCAAGATTGAATTAAGGAGAAATAGAAAATGTGAATAGTCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	188231	TGAAATTTATCAAGATTGAATTAAGGAGAAATAGAAAATGTGAATAGTCC	188280

CR936845.11	1401	AGTAAGAAGATTGAATCAGTAAGTCTATCATAGTATAAAAGCCCAGGGTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	188281	AGTAAGAAGATTGAATCAGTAAGTCTATCATAGTATAAAAGCCCAGGGTC	188330

CR936845.11	1451	TGACAACTCCACTGATGCCTTCCATCAAGTATCAAAAGGACTAATACAGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	188331	TGACAACTCCACTGATGCCTTCCATCAAGTATCAAAAGGACTAATACAGT	188380

CR936845.11	1501	TTTGCAGGACTAATACAGTTTTGCTAAAACTCCTTTAAAATTTGGAAAAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	188381	TTTGCAGGACTAATACAGTTTTGCTAAAACTCCTTTAAAATTTGGAAAAG	188430

CR936845.11	1551	ACTTCTTTTTTAAGTTCTCTCTGTAATACTCTCATTACTCTATTGTTTAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	188431	ACTTCTTTTTTAAGTTCTCTCTGTAATACTCTCATTACTCTATTGTTTAA	188480

CR936845.11	1601	ACCAGACTTGGACACAAGAAAAAAGCCTGGCATGGTGCTAAATGCCAGTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	188481	ACCAGACTTGGACACAAGAAAAAAGCCTGGCATGGTGCTAAATGCCAGTA	188530

CR936845.11	1651	ATCCCAGCATCTAGGCACAAGTAGGTGGAGCCCTGAAAGTACAAGGGCAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	188531	ATCCCAGCATCTAGGCACAAGTAGGTGGAGCCCTGAAAGTACAAGGGCAA	188580

CR936845.11	1701	TATAGTGAGATCCTGTCTCAAAAAACAAGACAAAAGCTAAACTATTACTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	188581	TATAGTGAGATCCTGTCTCAAAAAACAAGACAAAAGCTAAACTATTACTC	188630

CR936845.11	1751	TTGAACACAGATGCAGAAATCATCAGGAAGCTAATACAGAGCAAAATTCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	188631	TTGAACACAGATGCAGAAATCATCAGGAAGCTAATACAGAGCAAAATTCA	188680

CR936845.11	1801	GTGGCATATTAACAAAGATTATTCACCTGCTAAGTGGGATTCATTCAGAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	188681	GTGGCATATTAACAAAGATTATTCACCTGCTAAGTGGGATTCATTCAGAG	188730

CR936845.11	1851	GTGCAAGAATGGTTCACACAAATATAGGTGACCCCATCACGAGAAATAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	188731	GTGCAAGAATGGTTCACACAAATATAGGTGACCCCATCACGAGAAATAAA	188780

CR936845.11	1901	GGACAAAAGCCATAGAGTGATTATTTTAATAGATAGATGAAAAAGCATTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	188781	GGACAAAAGCCATAGAGTGATTATTTTAATAGATAGATGAAAAAGCATTT	188830

CR936845.11	1951	GCCAAAAGTCAATACCCCTTGGCAAAAACTCAACTCAAGGTGTAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933735.5	188831	GCCAAAAGTCAATACCCCTTGGCAAAAACTCAACTCAAGGTGTAGAATTC	188880

Overview

Query
CR936845.11 - 101662 bps
Hit
CR933735.5 - 188880 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link