<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR936925.7	1	CAGTTGAACAATAAAGCGTGTTGTTCAAGGGCGCCACTAAATCCTTAAGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	174647	CAGTTGAACAATAAAGCGTGTTGTTCAAGGGCGCCACTAAATCCTTAAGC	174696

CR936925.7	51	AAACAAGCACCCTGGCTAATTGTATTTTTATTGCAAACATTTAATGACCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	174697	AAACAAGCACCCTGGCTAATTGTATTTTTATTGCAAACATTTAATGACCT	174746

CR936925.7	101	GGAAAAACAGAGCGTCATACTCTCACTGGTGAAATAAAAACAGATTTGTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	174747	GGAAAAACAGAGCGTCATACTCTCACTGGTGAAATAAAAACAGATTTGTT	174796

CR936925.7	151	TCAGGAACAAGTGAACTCTTTGTTAACAGCACTATCTGGGTTTGGAAAGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	174797	TCAGGAACAAGTGAACTCTTTGTTAACAGCACTATCTGGGTTTGGAAAGT	174846

CR936925.7	201	ATAAGGAATATAGAAACACAAAATCTAGTGGGCTCAGTAGTTAAGAGCGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	174847	ATAAGGAATATAGAAACACAAAATCTAGTGGGCTCAGTAGTTAAGAGCGC	174896

CR936925.7	251	TTATTGCTCTTGCAGAGACCCAAGTTCAATTCCCAGCACCCACATGGCAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	174897	TTATTGCTCTTGCAGAGACCCAAGTTCAATTCCCAGCACCCACATGGCAG	174946

CR936925.7	301	CTCACAGTCATCTGTAACTCAGCTCCAGGGCATCTGATGCCCTTTTCTGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	174947	CTCACAGTCATCTGTAACTCAGCTCCAGGGCATCTGATGCCCTTTTCTGA	174996

CR936925.7	351	ACTCTGAGGGTACCAGGCATGCATATGATGCACAGACACATATGCAGGCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	174997	ACTCTGAGGGTACCAGGCATGCATATGATGCACAGACACATATGCAGGCA	175046

CR936925.7	401	AAACCCTAAAAGAATAAATAAATATTTATTTTATAATTTTTTTAAACTTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	175047	AAACCCTAAAAGAATAAATAAATATTTATTTTATAATTTTTTTAAACTTC	175096

CR936925.7	451	TCAAAAATGATGGTGATGTAAACACAGGAGCTGAGATGGGAGAGACATGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	175097	TCAAAAATGATGGTGATGTAAACACAGGAGCTGAGATGGGAGAGACATGT	175146

CR936925.7	501	TGATGAGTCTCACTGAAGACACCCTGTGCTATTACCTTTGTTGGGCCTTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	175147	TGATGAGTCTCACTGAAGACACCCTGTGCTATTACCTTTGTTGGGCCTTA	175196

CR936925.7	551	CCGAAGCTCTGAAGGACCAAATGATGACATCCATTTTAAAGAAAAGAGGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	175197	CCGAAGCTCTGAAGGACCAAATGATGACATCCATTTTAAAGAAAAGAGGA	175246

CR936925.7	601	AATTCACTTACTGAAGGTCTGTTGCCTATGGTTGTACACAAGCTGTTCCC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	175247	AATTCACTTACTGAAGGTCTGTTGCCTATGGTTGTACACAAGCTGTTCCC	175296

CR936925.7	651	TTAGCTGCAAAGGGAAGCACAGGTTCAACCATAGACGACACAGGTTCCTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	175297	TTAGCTGCAAAGGGAAGCACAGGTTCAACCATAGACGACACAGGTTCCTG	175346

CR936925.7	701	GTGTTTCATGTACACTGCTTTAACCCTTACTGTGACCTTTCTGGGTAGAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	175347	GTGTTTCATGTACACTGCTTTAACCCTTACTGTGACCTTTCTGGGTAGAC	175396

CR936925.7	751	CAGATGGCTAGGATTTTATAGATGAGCAAACTGAACCTTGAAGAGATGGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	175397	CAGATGGCTAGGATTTTATAGATGAGCAAACTGAACCTTGAAGAGATGGA	175446

CR936925.7	801	CTTGAACAAGGCTGTACCGTGGCAGGGACCACATGGGAGCGTTTCTTACC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	175447	CTTGAACAAGGCTGTACCGTGGCAGGGACCACATGGGAGCGTTTCTTACC	175496

CR936925.7	851	CTCTGCTCTGATGACAGCGTCTGAGAGGGGAAGTGAAATATGTTTTCCTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	175497	CTCTGCTCTGATGACAGCGTCTGAGAGGGGAAGTGAAATATGTTTTCCTG	175546

CR936925.7	901	TTGCACACAGGATTGGACTCTCCTGCTTGGACAACTGTACAATTGTACAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	175547	TTGCACACAGGATTGGACTCTCCTGCTTGGACAACTGTACAATTGTACAA	175596

CR936925.7	951	TTGAGTTTATATTTCTTTTTGATATCAAAGGTAATAGTTTTAGTGATTAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	175597	TTGAGTTTATATTTCTTTTTGATATCAAAGGTAATAGTTTTAGTGATTAT	175646

CR936925.7	1001	TAACTCAGATAAGCAGGAAGCTCATTGCCCCAGTTCTTGGAAGACTGTAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	175647	TAACTCAGATAAGCAGGAAGCTCATTGCCCCAGTTCTTGGAAGACTGTAG	175696

CR936925.7	1051	AGATTTACATAGCTTAAAAAGGTCAGACCTGCCTCCAGATGCCCAGGAGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	175697	AGATTTACATAGCTTAAAAAGGTCAGACCTGCCTCCAGATGCCCAGGAGA	175746

CR936925.7	1101	GAGAGATCTGGACGATCAGATCAGGTTGACAGTGGCTCCATTTTCTACTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	175747	GAGAGATCTGGACGATCAGATCAGGTTGACAGTGGCTCCATTTTCTACTG	175796

CR936925.7	1151	TAAACAGGACCTGTTGGATGCGCGCGGCTGATCCTGGCATGCTGCTCTGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	175797	TAAACAGGACCTGTTGGATGCGCGCGGCTGATCCTGGCATGCTGCTCTGC	175846

CR936925.7	1201	AGTCTCTGAAGTGTCTCAAGCTTAATGGAAAAAAGAATGGATATCTATCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	175847	AGTCTCTGAAGTGTCTCAAGCTTAATGGAAAAAAGAATGGATATCTATCC	175896

CR936925.7	1251	CTCATTCCCTGTGGAGCTCTGTTCCCCAAGCACCAGATGCCTGGACTGTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	175897	CTCATTCCCTGTGGAGCTCTGTTCCCCAAGCACCAGATGCCTGGACTGTG	175946

CR936925.7	1301	GGAATGTCAACACTTAAAAGTTTCATGCAGTGTACATGAAACACCAGGTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	175947	GGAATGTCAACACTTAAAAGTTTCATGCAGTGTACATGAAACACCAGGTA	175996

CR936925.7	1351	CCTGTGTCGTCTATGGTTGAACCTGTGCTTCCCTTTGCAGCTAAGGGAAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	175997	CCTGTGTCGTCTATGGTTGAACCTGTGCTTCCCTTTGCAGCTAAGGGAAC	176046

CR936925.7	1401	AGCTTGTGTACAACCATAGGCAACAGACCTTCAGTAAGTGAATTTCCTCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	176047	AGCTTGTGTACAACCATAGGCAACAGACCTTCAGTAAGTGAATTTCCTCT	176096

CR936925.7	1451	TTTCTTTAAAATGGATGTCATCATTTGGTCCTTCAGAGCTTCGGTAAGGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	176097	TTTCTTTAAAATGGATGTCATCATTTGGTCCTTCAGAGCTTCGGTAAGGC	176146

CR936925.7	1501	CCAACAAAGGTAATAGCACAGGGTGTGTTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	176147	CCAACAAAGGTAATAGCACAGGGTGTGTTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTC	176196

CR936925.7	1551	TTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	176197	TTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTT	176246

CR936925.7	1601	TCTTCCTTTCCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	176247	TCTTCCTTTCCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTT	176296

CR936925.7	1651	CCTTCCTTTCTCTCTCTCTCTCTCCCTTCCTTCCTTCCTCCCTCCCTCCC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	176297	CCTTCCTTTCTCTCTCTCTCTCTCCCTTCCTTCCTTCCTCCCTCCCTCCC	176346

CR936925.7	1701	TCCCTCCCTTTTTTCTTTCTTTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTTTCTTTCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	176347	TCCCTCCCTTTTTTCTTTCTTTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTTTCTTTCT	176396

CR936925.7	1751	CCCTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	176397	CCCTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCT	176446

CR936925.7	1801	TTCTTTTTCTCTATCTTTTAAATTGACATAAAAGTTGTGCAGGTTTGTGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	176447	TTCTTTTTCTCTATCTTTTAAATTGACATAAAAGTTGTGCAGGTTTGTGG	176496

CR936925.7	1851	GGTGCTATGTAAATCAAGATACACGTATACATTGTGACTTTTAGGTGTTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	176497	GGTGCTATGTAAATCAAGATACACGTATACATTGTGACTTTTAGGTGTTT	176546

CR936925.7	1901	TGATCAATGTGGATTGCTTAGAGTGTCTTATAGTCCTCGTAAATACCCTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	176547	TGATCAATGTGGATTGCTTAGAGTGTCTTATAGTCCTCGTAAATACCCTC	176596

CR936925.7	1951	GGCCAGTCGTGTCCTGCCATACCTACCCTTGGGCTCCTGAGGTAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933541.6	176597	GGCCAGTCGTGTCCTGCCATACCTACCCTTGGGCTCCTGAGGTAGAATTC	176646

Overview

Query
CR936925.7 - 40913 bps
Hit
CR933541.6 - 176646 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link