<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX548076.6	2000	CTGGAGAAGGAGAGGAAGAACCTCCGCAAAGAGACCCAGAGCCACCACCA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	1	CTGGAGAAGGAGAGGAAGAACCTCCGCAAAGAGACCCAGAGCCACCACCA	50

C  BX548076.6	1950	GCATATTGACCAGGGAATCAACACCCTGCAGGAGCGTATTGCAGAGCTGG	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	51	GCATATTGACCAGGGAATCAACACCCTGCAGGAGCGTATTGCAGAGCTGG	100

C  BX548076.6	1900	AACAAAGTAAAGAGAAATGCTGTGTCAAACTCAAGGAAGTTACAGTGTAT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	101	AACAAAGTAAAGAGAAATGCTGTGTCAAACTCAAGGAAGTTACAGTGTAT	150

C  BX548076.6	1850	AAAAAATAAGTCTCTTCATTTTCAACTCTCCCTTACTGTTTGCTTTCCAG	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	151	AAAAAATAAGTCTCTTCATTTTCAACTCTCCCTTACTGTTTGCTTTCCAG	200

C  BX548076.6	1800	GTCTTACAGATTACAGTTATCCACAAGGGTATAAACTTTCCTTCCCCGTG	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	201	GTCTTACAGATTACAGTTATCCACAAGGGTATAAACTTTCCTTCCCCGTG	250

C  BX548076.6	1750	AGGACAAACTACATGTACGGGCTTGTCAGGCGGAATATTCCAGAAATGTA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	251	AGGACAAACTACATGTACGGGCTTGTCAGGCGGAATATTCCAGAAATGTA	300

C  BX548076.6	1700	TGCCTTCACAGCGTGTCTGTGGCTTAAGCCTGCCGAGAGTGGAATTGGTA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	301	TGCCTTCACAGCGTGTCTGTGGCTTAAGCCTGCCGAGAGTGGAATTGGTA	350

C  BX548076.6	1650	CACCATTCTCTTATGCTGTACCAGAACAACCCAATCAACTCGTGCTGTTG	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	351	CACCATTCTCTTATGCTGTACCAGAACAACCCAATCAACTCGTGCTGTTG	400

C  BX548076.6	1600	CAGGGCATTCATAATCCTGCAGAACTACTCATCAATGATAAGGTAAGACC	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	401	CAGGGCATTCATAATCCTGCAGAACTACTCATCAATGATAAGGTAAGACC	450

C  BX548076.6	1550	CACTACACCTTCAGTCTGCAGCTACCTTGCAAAAAACAGTTGATGGGTTT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	451	CACTACACCTTCAGTCTGCAGCTACCTTGCAAAAAACAGTTGATGGGTTT	500

C  BX548076.6	1500	AACAATTCCCTCCATTTCCAGGTGGCACAGTTGCCTCTATCTTTGCCAAA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	501	AACAATTCCCTCCATTTCCAGGTGGCACAGTTGCCTCTATCTTTGCCAAA	550

C  BX548076.6	1450	AGGCATCTGGCAGCACATATGTGTGAGCTGGACTCTACGGGATGGAGTTT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	551	AGGCATCTGGCAGCACATATGTGTGAGCTGGACTCTACGGGATGGAGTTT	600

C  BX548076.6	1400	GGAAAGCATATCAAGGTGGAAAGATGAGAGGACGGGGTGACGGTTTGTCT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	601	GGAAAGCATATCAAGGTGGAAAGATGAGAGGACGGGGTGACGGTTTGTCT	650

C  BX548076.6	1350	GCATGGCACCTGATCAAATCTGGGGGCGTCTTGGTGTTGGGACAGGAACA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	651	GCATGGCACCTGATCAAATCTGGGGGCGTCTTGGTGTTGGGACAGGAACA	700

C  BX548076.6	1300	GGTACGACGCAGAAACCTAAAAGTTTGAATACACTGTACATGCTCCAGGG	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	701	GGTACGACGCAGAAACCTAAAAGTTTGAATACACTGTACATGCTCCAGGG	750

C  BX548076.6	1250	GTATAATTGCCTTCAGCTTGCATGCCTGGAAGCTTTTGGTGAGTCCGAGG	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	751	GTATAATTGCCTTCAGCTTGCATGCCTGGAAGCTTTTGGTGAGTCCGAGG	800

C  BX548076.6	1200	ATCTTCATTTGCAGGTTTAGGTGTGTTTAATTAAAGATCAATAGAGGTGC	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	801	ATCTTCATTTGCAGGTTTAGGTGTGTTTAATTAAAGATCAATAGAGGTGC	850

C  BX548076.6	1150	CATAAGTACTGATCTATCAGCAGATCATCATGTACAGATTCCCTGATAGA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	851	CATAAGTACTGATCTATCAGCAGATCATCATGTACAGATTCCCTGATAGA	900

C  BX548076.6	1100	CTTTGCTTTCAAACTCTCCATTGTCCCTGTATCTGTTCAAGCTCTTTGAA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	901	CTTTGCTTTCAAACTCTCCATTGTCCCTGTATCTGTTCAAGCTCTTTGAA	950

C  BX548076.6	1050	GTGACAATCATTGGAGCCAATCACAGTCTAATGAGCACATGGACATTAAC	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	951	GTGACAATCATTGGAGCCAATCACAGTCTAATGAGCACATGGACATTAAC	1000

C  BX548076.6	1000	ATGTGTTTAAGAACCTAAACAAAAGGGCTCAAATGTTAGCAGGAAAAGGA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	1001	ATGTGTTTAAGAACCTAAACAAAAGGGCTCAAATGTTAGCAGGAAAAGGA	1050

C  BX548076.6	950	TGTACAGATTGGTGCTGAAGTCAGTACTTTTGACAACACTAATATGAAGA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	1051	TGTACAGATTGGTGCTGAAGTCAGTACTTTTGACAACACTAATATGAAGA	1100

C  BX548076.6	900	CTCAAACTCGGTCCTGGAGGGTCAGTGTCCTGTAGATTTTAGCTCCAACT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	1101	CTCAAACTCGGTCCTGGAGGGTCAGTGTCCTGTAGATTTTAGCTCCAACT	1150

C  BX548076.6	850	TGCCTCAACACACCTTCACGGTTGTTTCTAGAAAGCCTAGTAAGAACTTG	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	1151	TGCCTCAACACACCTTCACGGTTGTTTCTAGAAAGCCTAGTAAGAACTTG	1200

C  BX548076.6	800	ATTTGCTAGCTCATGTGTGTCTGATTGGGGTTGGAACTAAACTTTGCAGG	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	1201	ATTTGCTAGCTCATGTGTGTCTGATTGGGGTTGGAACTAAACTTTGCAGG	1250

C  BX548076.6	750	ACACCAGCCCTCCAGGACTGAGTTTGGGCACCCCTGCTCTAGAGGTACAA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	1251	ACACCAGCCCTCCAGGACTGAGTTTGGGCACCCCTGCTCTAGAGGTACAA	1300

C  BX548076.6	700	CAACTTCTGATTACATCAATACCCTTAAAGGGACATCTTTGCACTTTATT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	1301	CAACTTCTGATTACATCAATACCCTTAAAGGGACATCTTTGCACTTTATT	1350

C  BX548076.6	650	TACCCATAAAAAGTTCTTAGTTGTATCTTAAGGATATAAATGTCAAAAGC	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	1351	TACCCATAAAAAGTTCTTAGTTGTATCTTAAGGATATAAATGTCAAAAGC	1400

C  BX548076.6	600	AAGACACTGAAACCTAAAGATCACCAGGTATGAACAATTTTGTTCCTGGA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	1401	AAGACACTGAAACCTAAAGATCACCAGGTATGAACAATTTTGTTCCTGGA	1450

C  BX548076.6	550	AGGTCATTGTCTTGCAGAGTTTGCTCCAACACACTTTCCTGAAAGCTTCT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	1451	AGGTCATTGTCTTGCAGAGTTTGCTCCAACACACTTTCCTGAAAGCTTCT	1500

C  BX548076.6	500	AGTCAGTCTACAGACCTTAATAGTTGATTCAGATGTTTAATTAAAGTTGA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	1501	AGTCAGTCTACAGACCTTAATAGTTGATTCAGATGTTTAATTAAAGTTGA	1550

C  BX548076.6	450	AAATAAACTCTGCAGGACATTTGCCTTCTTACCACTGGAATAAACTGTGG	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	1551	AAATAAACTCTGCAGGACATTTGCCTTCTTACCACTGGAATAAACTGTGG	1600

C  BX548076.6	400	TAACACTTTATTATGATGGTCTATTTGAGTATTAGTAGACTGTCTGCTTA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	1601	TAACACTTTATTATGATGGTCTATTTGAGTATTAGTAGACTGTCTGCTTA	1650

C  BX548076.6	350	ATATCTGTTGATACTGCTCCTTCAACAGACATTTAACTGACCATCAGAAA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	1651	ATATCTGTTGATACTGCTCCTTCAACAGACATTTAACTGACCATCAGAAA	1700

C  BX548076.6	300	CTTTGCAAGTACATGTCAACTTACACTAACCCTAACCCCAACCCTAACAG	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	1701	CTTTGCAAGTACATGTCAACTTACACTAACCCTAACCCCAACCCTAACAG	1750

C  BX548076.6	250	TCTACTTATAATCTAATGAGATTCAGTTGGCATGTAGATGCAATTTAACT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	1751	TCTACTTATAATCTAATGAGATTCAGTTGGCATGTAGATGCAATTTAACT	1800

C  BX548076.6	200	TAAATTCAACAAACAGACCATCAAAATAAAGTCTGTGTGACCGAAACTAT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	1801	TAAATTCAACAAACAGACCATCAAAATAAAGTCTGTGTGACCGAAACTAT	1850

C  BX548076.6	150	CAAATGTATAGCTTCAATTTTTACACATCTACACAGCTTTTCACTGGAGC	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	1851	CAAATGTATAGCTTCAATTTTTACACATCTACACAGCTTTTCACTGGAGC	1900

C  BX548076.6	100	TTTATCCATAAAAGCATGTTTATTCACTTTACCCCTAATAAGTTCAATGT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	1901	TTTATCCATAAAAGCATGTTTATTCACTTTACCCCTAATAAGTTCAATGT	1950

C  BX548076.6	50	AGTACTTTCAGTAAACACAAGAATGTAAATCCTAAATCAACTTTGAATTC	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932977.11	1951	AGTACTTTCAGTAAACACAAGAATGTAAATCCTAAATCAACTTTGAATTC	2000

Overview

Query
BX548076.6 - 175161 bps
Hit
CR932977.11 - 98867 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001977200012000-1120001
291.0974101145440145540-1568457841
390.626996145347145442-1611162061
488.54609639279393741611362081
589.61642585759057847-119998202471
691.51752565653956794-120267205251
789.822413975757657972-120779211611
883.791743682850728874122442228111
985.561933725959859969122445228111
1083.811593509574196090122460228111
1181.81143364113693114056122460228111
1283.18136319109084109402122491228111
1387.05150279148645148923125970262471
1485.26109225148712148936130619308421
1584.071092278275582981132144323691
1679.1375284148653148936-138767390441
1790.9166110148533148642-139119392281
1893.38125167235401152758529231
1993.46688647713778000-169938708001
2092.261411919315393343170440706331
2181.06962707853978808178112783751
Short-link