<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR628404.7	1	GAATTCAAAGCTTCAATCACCAAAGTGGCACAATTACGATTAAAGCCTAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	43685	GAATTCAAAGCTTCAATCACCAAAGTGGCACAATTACGATTAAAGCCTAA	43734

CR628404.7	51	AAAGGGCAGTTTCAAAGAGTTATAAAAAAAAATTCCTGGGGTATTTTGAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	43735	AAAGGGCAGTTTCAAAGAGTTATAAAAAAAAATTCCTGGGGTATTTTGAG	43784

CR628404.7	101	CTGAAACTTCACAAAAACAATCTAGGGACATCAGAGAATTTACATCTTGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	43785	CTGAAACTTCACAAAAACAATCTAGGGACATCAGAGAATTTACATCTTGC	43834

CR628404.7	151	ACAAAGGAGCGTAATAAATAAGGTTTAATTTTACATTAAGGTTACATTAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	43835	ACAAAGGAGCGTAATAAATAAGGTTTAATTTTACATTAAGGTTACATTAA	43884

CR628404.7	201	TGTTAATTACTAGTACAAACAATGAATAACACATTGAAGTAATTATTAAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	43885	TGTTAATTACTAGTACAAACAATGAATAACACATTGAAGTAATTATTAAT	43934

CR628404.7	251	CTTGGTTAATGTTAATGAAAATAAAGTTGTGCATTGTTAACTCACACTTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	43935	CTTGGTTAATGTTAATGAAAATAAAGTTGTGCATTGTTAACTCACACTTT	43984

CR628404.7	301	AACTAATGTTACAAGCACAACTTTGGTTTAGTATAATAATATAAATATGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	43985	AACTAATGTTACAAGCACAACTTTGGTTTAGTATAATAATATAAATATGG	44034

CR628404.7	351	AAGTGTTATTTATGTAAGGGATAATCAATGGCTTGTCGTGCGTTAAAAGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	44035	AAGTGTTATTTATGTAAGGGATAATCAATGGCTTGTCGTGCGTTAAAAGA	44084

CR628404.7	401	ATTTTAAAGTACAATGTTGAGGCGAAGGACCATATGACCTTGATTATCCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	44085	ATTTTAAAGTACAATGTTGAGGCGAAGGACCATATGACCTTGATTATCCT	44134

CR628404.7	451	GATTTTTCCATGGTCATTTGCCAAAGTAGGCCTAAGTTTAAACTAGTTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	44135	GATTTTTCCATGGTCATTTGCCAAAGTAGGCCTAAGTTTAAACTAGTTTT	44184

CR628404.7	501	GCTCTTTGCAGCACAATATTTGTTTGTATTTTTGTCAGCTTTGACATGTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	44185	GCTCTTTGCAGCACAATATTTGTTTGTATTTTTGTCAGCTTTGACATGTT	44234

CR628404.7	551	AGATTTGCTAGTCCCTCCACTGAATCAGCAGTGACAGGGAGGCAGAAAGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	44235	AGATTTGCTAGTCCCTCCACTGAATCAGCAGTGACAGGGAGGCAGAAAGA	44284

CR628404.7	601	CAGAGAGAACATATGCACACTGTTTATACCTGCTAGCATAATTAAGATGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	44285	CAGAGAGAACATATGCACACTGTTTATACCTGCTAGCATAATTAAGATGC	44334

CR628404.7	651	AATTTCATTAATCTGATCACAGGTGGACAAATAAGACATTCTCAGTCCCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	44335	AATTTCATTAATCTGATCACAGGTGGACAAATAAGACATTCTCAGTCCCA	44384

CR628404.7	701	CCTGGAATGTGTTTCCAGTCACATTACACATCAGTGTAATATTACATTAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	44385	CCTGGAATGTGTTTCCAGTCACATTACACATCAGTGTAATATTACATTAT	44434

CR628404.7	751	TTACAGTCATAAATTATGAACATTATCTTAAGATCTGCCAAAAAGAAATA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	44435	TTACAGTCATAAATTATGAACATTATCTTAAGATCTGCCAAAAAGAAATA	44484

CR628404.7	801	CACCTCAGAACAAATAATATGTTCAAAAGTCCAAATACTGACCATTAGAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	44485	CACCTCAGAACAAATAATATGTTCAAAAGTCCAAATACTGACCATTAGAT	44534

CR628404.7	851	ACACCAAAGATTAATTATATATCAAATTTTAACAACAAAGATGCAAGAGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	44535	ACACCAAAGATTAATTATATATCAAATTTTAACAACAAAGATGCAAGAGG	44584

CR628404.7	901	TGAGATCCAGCAGCAGGTCCTGAGCTAGTTTGCCCAATACAAAGTTTCTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	44585	TGAGATCCAGCAGCAGGTCCTGAGCTAGTTTGCCCAATACAAAGTTTCTC	44634

CR628404.7	951	TTGATGAGAAGCTGTTTGTAAAGCTGTCACTGACCGCCTGGAGCTTCTGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	44635	TTGATGAGAAGCTGTTTGTAAAGCTGTCACTGACCGCCTGGAGCTTCTGA	44684

CR628404.7	1001	AACCTTTAAAGACGTGCTATAGCCTTACACATAAGCTGCCTTGAAACAAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	44685	AACCTTTAAAGACGTGCTATAGCCTTACACATAAGCTGCCTTGAAACAAA	44734

CR628404.7	1051	CAAATTTGACTTTAAAAAACCTATATTCTTGCTTTAAAAATTCTTAATCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	44735	CAAATTTGACTTTAAAAAACCTATATTCTTGCTTTAAAAATTCTTAATCT	44784

CR628404.7	1101	TAGTTTCTTTCGTAACTACAAACATTTGGGAGAAGCACATTTATTTCAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	44785	TAGTTTCTTTCGTAACTACAAACATTTGGGAGAAGCACATTTATTTCAAA	44834

CR628404.7	1151	CTGTGATCAAAACTGAAACTACCAGTGCATTTCAACGAAAATAATACACT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	44835	CTGTGATCAAAACTGAAACTACCAGTGCATTTCAACGAAAATAATACACT	44884

CR628404.7	1201	CTCCAGCCAATTAGAATCAAGAATTTGAAAAGACCATGGAATAACATGCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	44885	CTCCAGCCAATTAGAATCAAGAATTTGAAAAGACCATGGAATAACATGCA	44934

CR628404.7	1251	TTAATAAATGTTGAACTATGATTAATAAATGATTTGTAACTAGGCTGTTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	44935	TTAATAAATGTTGAACTATGATTAATAAATGATTTGTAACTAGGCTGTTA	44984

CR628404.7	1301	TAACTAACATTAACCAATGTAAGCTTTAAACTTTAAAATCTGACTATAAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	44985	TAACTAACATTAACCAATGTAAGCTTTAAACTTTAAAATCTGACTATAAA	45034

CR628404.7	1351	CTTAAAAAAAAAAACGCATGATTTGTTTAAACATCCTAAATGTAAACCCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	45035	CTTAAAAAAAAAAACGCATGATTTGTTTAAACATCCTAAATGTAAACCCA	45084

CR628404.7	1401	AAAAGTAAATTATTGTTTATATAAAAAATAAATAAATAAAAAAGAGCTAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	45085	AAAAGTAAATTATTGTTTATATAAAAAATAAATAAATAAAAAAGAGCTAG	45134

CR628404.7	1451	TGTTAATTTGTTAATAAAACAACATTATTAAAATAAAATATGCCAATAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	45135	TGTTAATTTGTTAATAAAACAACATTATTAAAATAAAATATGCCAATAAA	45184

CR628404.7	1501	GTGCATAGAATTGGTTATTAAAAACAGAGCTGTTCTTAATTGTTGTCAAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	45185	GTGCATAGAATTGGTTATTAAAAACAGAGCTGTTCTTAATTGTTGTCAAG	45234

CR628404.7	1551	AACATTAGAAAAATATATATTACAGGACAAAACTTTTTACTATTTTATTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	45235	AACATTAGAAAAATATATATTACAGGACAAAACTTTTTACTATTTTATTT	45284

CR628404.7	1601	ATGCTTTAGATGCATTAGCCATTGTTAGTTAATGTTAACTAACTAAATTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	45285	ATGCTTTAGATGCATTAGCCATTGTTAGTTAATGTTAACTAACTAAATTA	45334

CR628404.7	1651	ACTAACATATGAACTTGTCAATGCAACATTGACAAGCCTATAATTTTCAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	45335	ACTAACATATGAACTTGTCAATGCAACATTGACAAGCCTATAATTTTCAT	45384

CR628404.7	1701	TCACTTAGAATGTTTTCTAAAATATTTCATTATAAAAAAATCAAAATTTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	45385	TCACTTAGAATGTTTTCTAAAATATTTCATTATAAAAAAATCAAAATTTT	45434

CR628404.7	1751	TGATAACCAAGTATCAGTTTGTGTGTAAACATTCTTGACTAGTAGAAAAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	45435	TGATAACCAAGTATCAGTTTGTGTGTAAACATTCTTGACTAGTAGAAAAG	45484

CR628404.7	1801	AAAACACTGTGGAACAATACATGTATTGCCTACAGCCTTATTTGTTTCAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	45485	AAAACACTGTGGAACAATACATGTATTGCCTACAGCCTTATTTGTTTCAT	45534

CR628404.7	1851	TAAGCCATGATAAATGTCATTGCTAGCAGCATTGTGGAGACAATGGTGAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	45535	TAAGCCATGATAAATGTCATTGCTAGCAGCATTGTGGAGACAATGGTGAA	45584

CR628404.7	1901	ATTAGTTTTCTGTTTCCGTGCCAACAATTCAGAATTTGATTCTAGTTTAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	45585	ATTAGTTTTCTGTTTCCGTGCCAACAATTCAGAATTTGATTCTAGTTTAT	45634

CR628404.7	1951	TTTGATGGCCCTTTTGGATGTAAATGTGTAACTAAACGTCAACAAGCTCT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925816.4	45635	TTTGATGGCCCTTTTGGATGTAAATGTGTAACTAAACGTCAACAAGCTCT	45684

Overview

Query
CR628404.7 - 168746 bps
Hit
CR925816.4 - 45684 bps
Total alignments
15
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001880200012000143685456841
288.3146754975549829-1176818441
383.026615392932930841191320711
485.827313362491626231191520481
585.95631171297701298861195120711
685.7615529692793930881716374571
798.32831197839978517-1842685441
810087116113709113824-1842885431
991.55941417393474074130391305321
1081.491032969279393088-131245315521
1176.9462339279993031132786330231
1286.27581026254662647132981330821
1310033448402484067139841398841
1489.371011598626786425-139973401321
1585.95711828402484205-140516406931
Short-link