<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR854956.11	1	TTTTAAATAAGTTATTTACTTTAATATAAGTGAGTAAACCTTTTGTTACT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	120665	TTTTAAATAAGTTATTTACTTTAATATAAGTGAGTAAACCTTTTGTTACT	120714

CR854956.11	51	TGCAACTACTAAGTTGACAACTTAAATTTAGTTCTGTTAACCAAGAATGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	120715	TGCAACTACTAAGTTGACAACTTAAATTTAGTTCTGTTAACCAAGAATGA	120764

CR854956.11	101	CTAAATTGAATAGTGGTGCTTCTGAGTACATATAAGCACCAGTACAGAAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	120765	CTAAATTGAATAGTGGTGCTTCTGAGTACATATAAGCACCAGTACAGAAT	120814

CR854956.11	151	CATAATCGCCTATCTCAGATTATTAAGTTAACTTTTTCTTCAAATTATAC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	120815	CATAATCGCCTATCTCAGATTATTAAGTTAACTTTTTCTTCAAATTATAC	120864

CR854956.11	201	AGTATGTAATATCTAATAAAATACCTGCAAGGTTTGCTTCAAAATTTCAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	120865	AGTATGTAATATCTAATAAAATACCTGCAAGGTTTGCTTCAAAATTTCAG	120914

CR854956.11	251	AATTTTGATGTGAGTTGTCTTGTGATGAATGATGGGATTCAATCTCATGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	120915	AATTTTGATGTGAGTTGTCTTGTGATGAATGATGGGATTCAATCTCATGG	120964

CR854956.11	301	GATTTGCCACTTGCCTGAGACAATATTGGCTATTAAGCTGCCAAGAATGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	120965	GATTTGCCACTTGCCTGAGACAATATTGGCTATTAAGCTGCCAAGAATGT	121014

CR854956.11	351	ATGTGTGGTCATTGGAACTTGTCTTTCAGCTGGACCTTTGTTTATACTGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	121015	ATGTGTGGTCATTGGAACTTGTCTTTCAGCTGGACCTTTGTTTATACTGC	121064

CR854956.11	401	TATCACACTAACAACTGGTATTTAGGAGAACAATACTCTTGCTTGTATGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	121065	TATCACACTAACAACTGGTATTTAGGAGAACAATACTCTTGCTTGTATGA	121114

CR854956.11	451	TATTACTTATTTATTCAATATAATATAAAATACAAAAACCCACAGAGGGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	121115	TATTACTTATTTATTCAATATAATATAAAATACAAAAACCCACAGAGGGA	121164

CR854956.11	501	TTTATTTCAGAACTTTTCAGGGGCATTCTAAGCTAACTGCTTAATGCTTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	121165	TTTATTTCAGAACTTTTCAGGGGCATTCTAAGCTAACTGCTTAATGCTTC	121214

CR854956.11	551	TTTGAACATAACATTTCTTCTCTCTCTTTCTAAGTATTGTTTTCCATCAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	121215	TTTGAACATAACATTTCTTCTCTCTCTTTCTAAGTATTGTTTTCCATCAG	121264

CR854956.11	601	TCACGTAAAAAGCAATGTTATGATATGGACATGTGTTTAACCTTTAAATA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	121265	TCACGTAAAAAGCAATGTTATGATATGGACATGTGTTTAACCTTTAAATA	121314

CR854956.11	651	AATGAAGTAGACTACCTTCTTTTTTTTCTTGTTAAAGAATGACATAAGTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	121315	AATGAAGTAGACTACCTTCTTTTTTTTCTTGTTAAAGAATGACATAAGTG	121364

CR854956.11	701	GTGCTCGTTGAACAATTTGCATGGCTTTTTTTAACAAAGAGAAAATTTTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	121365	GTGCTCGTTGAACAATTTGCATGGCTTTTTTTAACAAAGAGAAAATTTTC	121414

CR854956.11	751	ATATGTGGAGAACTTCATTTGCATGATTCATTTTAATATAAAACATTAAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	121415	ATATGTGGAGAACTTCATTTGCATGATTCATTTTAATATAAAACATTAAA	121464

CR854956.11	801	TTATTTCTCTATAGGGCATGGTATATCGGATGGTGTTTTTACAGTAAGAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	121465	TTATTTCTCTATAGGGCATGGTATATCGGATGGTGTTTTTACAGTAAGAG	121514

CR854956.11	851	GAATTGCTATATCTCCACACATTTTGCTCTCGAATGAAAACTTACTTGGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	121515	GAATTGCTATATCTCCACACATTTTGCTCTCGAATGAAAACTTACTTGGT	121564

CR854956.11	901	CATAATCATTACTGGAAGGTGATCAGGTATTCAGGGTAAGCCTGTACATC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	121565	CATAATCATTACTGGAAGGTGATCAGGTATTCAGGGTAAGCCTGTACATC	121614

CR854956.11	951	ATTGAAGATCACAAACATGGTTGGGTTGCTCATGTTGTCAGTCACACTGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	121615	ATTGAAGATCACAAACATGGTTGGGTTGCTCATGTTGTCAGTCACACTGT	121664

CR854956.11	1001	TGTAAAGATCAGCATTACTGGAGCTCTTCGCAGGGGGAACTAGAAGTCCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	121665	TGTAAAGATCAGCATTACTGGAGCTCTTCGCAGGGGGAACTAGAAGTCCT	121714

CR854956.11	1051	GAACTCCCCTGAGTGAAGTCACCAACAAGCACCCTGGCCAGGTACATACG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	121715	GAACTCCCCTGAGTGAAGTCACCAACAAGCACCCTGGCCAGGTACATACG	121764

CR854956.11	1101	TTTATGTCCATTGGCATCAGGTTTAGAGTAGCCTCGAGCTGAATAGCGAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	121765	TTTATGTCCATTGGCATCAGGTTTAGAGTAGCCTCGAGCTGAATAGCGAG	121814

CR854956.11	1151	GGTCCACAGCAAAATATGAACCATTGCCATACATGGCTCCTAAAAAATTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	121815	GGTCCACAGCAAAATATGAACCATTGCCATACATGGCTCCTAAAAAATTA	121864

CR854956.11	1201	ACCAGAACGAAGGACTATTTCTTTAAAAGAAAAATACATAGAAATGCAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	121865	ACCAGAACGAAGGACTATTTCTTTAAAAGAAAAATACATAGAAATGCAAA	121914

CR854956.11	1251	AAATGTTTATGTTCAATTTGACCAATACCGTGCATCCCAGCGTAGCTGCG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	121915	AAATGTTTATGTTCAATTTGACCAATACCGTGCATCCCAGCGTAGCTGCG	121964

CR854956.11	1301	ATTGAAGCCATGATGGTTGATCTGATCTGTTTTATTAGAGCCAGTGCCAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	121965	ATTGAAGCCATGATGGTTGATCTGATCTGTTTTATTAGAGCCAGTGCCAT	122014

CR854956.11	1351	GGAAGAGATGTCTCTCGTTGTTTTTGTGCTGGTTTTTGTCTTCCAGTTCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	122015	GGAAGAGATGTCTCTCGTTGTTTTTGTGCTGGTTTTTGTCTTCCAGTTCC	122064

CR854956.11	1401	TCCTTTTTGATCATGTAGTTTCTCCAAAGTGTACTGTTCTGGACTCTTTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	122065	TCCTTTTTGATCATGTAGTTTCTCCAAAGTGTACTGTTCTGGACTCTTTC	122114

CR854956.11	1451	AATCTAAACATTAAAGTAAACATTCAGCTTAATAAAACAATCGTAGTACA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	122115	AATCTAAACATTAAAGTAAACATTCAGCTTAATAAAACAATCGTAGTACA	122164

CR854956.11	1501	CAGTGGTGCTCATAGTTTGAGAGCAATTCAAAAGGAATAACTATTCATTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	122165	CAGTGGTGCTCATAGTTTGAGAGCAATTCAAAAGGAATAACTATTCATTA	122214

CR854956.11	1551	AAGGGACAGTTCACACACAAATTTTAATTCTGTTGTTACTTACCCTTGTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	122215	AAGGGACAGTTCACACACAAATTTTAATTCTGTTGTTACTTACCCTTGTG	122264

CR854956.11	1601	TAATTTCAATCATCTGAGACATTTGTTCATCTTTAGAACACAAATTAAGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	122265	TAATTTCAATCATCTGAGACATTTGTTCATCTTTAGAACACAAATTAAGA	122314

CR854956.11	1651	TATTTCATATTAAGTCTGAGAGCTCCCTCGTCCTTCACAGACAGCAATGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	122315	TATTTCATATTAAGTCTGAGAGCTCCCTCGTCCTTCACAGACAGCAATGG	122364

CR854956.11	1701	TTATAACTCACGAGACACTCAATGTCCAAAAAATGAATCAAAAATAGTAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	122365	TTATAACTCACGAGACACTCAATGTCCAAAAAATGAATCAAAAATAGTAT	122414

CR854956.11	1751	CAAAACTTTCCACGTGGCTTCAGGGGTTTAACTGTAAACACATGAAGCAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	122415	CAAAACTTTCCACGTGGCTTCAGGGGTTTAACTGTAAACACATGAAGCAC	122464

CR854956.11	1801	CAAGAACAAAACTAAAAAAGGCAACTTCGTTCACTTATGTCTCCTGTAAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	122465	CAAGAACAAAACTAAAAAAGGCAACTTCGTTCACTTATGTCTCCTGTAAG	122514

CR854956.11	1851	TGTATGACGTTTGTGTATTGCGTTTCTGACATTAATGGCAATATGTCATA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	122515	TGTATGACGTTTGTGTATTGCGTTTCTGACATTAATGGCAATATGTCATA	122564

CR854956.11	1901	CTGTCATTAGTACATGTGAGCCCTGATGACTTGAGATTGGAGAGAAGATA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	122565	CTGTCATTAGTACATGTGAGCCCTGATGACTTGAGATTGGAGAGAAGATA	122614

CR854956.11	1951	TTGTCATATTTACGGATTTTCTTTCTCACAAAAGGTTATTTTTGAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925760.12	122615	TTGTCATATTTACGGATTTTCTTTCTCACAAAAGGTTATTTTTGAAGCTT	122664

Overview

Query
CR854956.11 - 194082 bps
Hit
CR925760.12 - 122664 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193220001200011206651226641
287.09112207100329100535-118346185541
387.26206368100344100711-134218345781
49421672816102053104868138023408741
592.78405546104851105396140905414581
691.45205345106764107108141453418031
794.87126156107104107259145522456771
810090116154520154635-160193603081
989.599200153358153557-160194603931
1080.781394595023350691-178381788381
1192.393134100578100711-183819839481
1280.4116344179379179722183821841771
1386.79192350179377179726-190513908831
1488.95234383100332100714190517908871
1585.241372795754357821-190538908081
1684.87131277130130130406-190605908751
1782.12143369100332100700-192760931171
1879.451185035096651468-11165231170281
1982.91251546134311397611215671221221
2091.38215290315913188011215711218601
Short-link