<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1996 bps / non-identical: 350 bps

Full alignment

CR848708.12	1	AAGCTTTATGGAGAGACAGTGTTGAGTGCCGAGGGTGATTGGGGGCCAGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	144758	AAGCTTTATGGAGAGACAGTGTTGAGTGCCGAGGGTGATTGGGGGCCAGG	144807

CR848708.12	51	AGACCTAAATTCAATCCAGGCTCAGCCCCTAAGGCAGAACCATAAAGTTT	100
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	144808	AGACCTAAATTCAGTCCAGGCTCAGCCCCTAAGGCAGAACCATAAAGTTT	144857

CR848708.12	101	CCCAAGGGCCTTCCCCACCAAAAATCTGGGAAACAGGGAGGACAAGCAGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	144858	CCCAAGGGCCTTCCCCACCAAAAATCTGGGAAACAGGGAGGACAAGCAGC	144907

CR848708.12	151	ATTATCCCCATTTGACAGATGGAGAAACTAAGCCTCAAGAGGCCAAGTGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	144908	ATTATCCCCATTTGACAGATGGAGAAACTAAGCCTCAAGAGGCCAAGTGA	144957

CR848708.12	201	CAGTCAAGGAGAGGGGTGAGATTTGAGCTCAAGCCCGGCCCTCATCCATG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	144958	CAGTCAAGGAGAGGGGTGAGATTTGAGCTCAAGCCCGGCCCTCATCCATG	145007

CR848708.12	251	CTCCCCAATCTTTGTATCTCAATGAGGGGAGCTTCTCTGTGCCCTTCCCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	145008	CTCCCCAATCTTTGTATCTCAATGAGGGGAGCTTCTCTGTGCCCTTCCCC	145057

CR848708.12	301	AGATGACAGAGGACCAAGAACTACTGGGGACAAGAAGGAGGACCGTTAGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	145058	AGATGACAGAGGACCAAGAACTACTGGGGACAAGAAGGAGGACCGTTAGG	145107

CR848708.12	351	CCCCCGTCTAGTGCCTCTCTGCTGCCAAGTAGAAGGAGCTCATTTCCCAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	145108	CCCCCGTCTAGTGCCTCTCTGCTGCCAAGTAGAAGGAGCTCATTTCCCAG	145157

CR848708.12	401	CCTTCTGCAGCAGCTGGCCTTCCCTGGGGTACAACCTGGGGCCCACACCC	450
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
CR925759.7	145158	CCTTCTGCAGCAGCTGGCCTTCCCTGGGGTACAACCTGGGGCCCACACGC	145207

CR848708.12	451	ATAATGCTGCACTGAGTGGGATTCAGCACCTTACCATTCAATGGGGATGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	145208	ATAATGCTGCACTGAGTGGGATTCAGCACCTTACCATTCAATGGGGATGT	145257

CR848708.12	501	GTCAAGTGCCAGGAAGGCGCCAGTTCTATGGGAGGCCAGAGCAGAGACAC	550
			  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	145258	--CAAGTGCCAGGAAGGCGCCAGTTCTATGGGAGGCCAGAGCAGAGACAC	145305

CR848708.12	551	TCTGGCTTTGGGGGCCAGCCACCAGTGTGCAGTCGTGGATAGGCCCTTTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	145306	TCTGGCTTTGGGGGCCAGCCACCAGTGTGCAGTCGTGGATAGGCCCTTTG	145355

CR848708.12	601	TGGCTGCCAGACCCTCCTCCAGGTGTGCTTGGACAAGAGATCTGCTTCGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	145356	TGGCTGCCAGACCCTCCTCCAGGTGTGCTTGGACAAGAGATCTGCTTCGT	145405

CR848708.12	651	GAGAGGGAACACCAAAGCCTATGATGGCATCACTGGTGCAAGGGACAATT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	145406	GAGAGGGAACACCAAAGCCTATGATGGCATCACTGGTGCAAGGGACAATT	145455

CR848708.12	701	CATATGTGAAGGAGAAGGACTTCTGAAAACTGGCCCTGCTGTGGCCACCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	145456	CATATGTGAAGGAGAAGGACTTCTGAAAACTGGCCCTGCTGTGGCCACCA	145505

CR848708.12	751	CCACCACCATGGCCACTGACCCACAGGGTCAGGGCTGAATTGAATGAACA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	145506	CCACCACCATGGCCACTGACCCACAGGGTCAGGGCTGAATTGAATGAACA	145555

CR848708.12	801	GTGCAGCACAGTCTGGGGAGGCCTCTCAGTGAGTCACTCAGGAGGGAAGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	145556	GTGCAGCACAGTCTGGGGAGGCCTCTCAGTGAGTCACTCAGGAGGGAAGC	145605

CR848708.12	851	TAAAACCAATTAGCCATTCGTCAATTTTCCTGCTTGGAAAATTAGGCAGC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	145606	TAAAACCAATTAGCCATTCGTCAATTTTCCTGCTTGGAAAATTAGGCAGC	145655

CR848708.12	901	AGGTAATTCCCTGCCCACTGACGCTGGTACAAGGGCAGGCCTCCGTGGCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	145656	AGGTAATTCCCTGCCCACTGACGCTGGTACAAGGGCAGGCCTCCGTGGCT	145705

CR848708.12	951	GAAGGCCAACTCTTCCTCTGGGAGGGGAGACAGTGAAACCTCCAGAAAGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	145706	GAAGGCCAACTCTTCCTCTGGGAGGGGAGACAGTGAAACCTCCAGAAAGG	145755

CR848708.12	1001	AAACCTCCTGGGCTCTCCCGAGGGGCCAGGGCCATCCTCCCTGCCCCCTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	145756	AAACCTCCTGGGCTCTCCCGAGGGGCCAGGGCCATCCTCCCTGCCCCCTC	145805

CR848708.12	1051	TCAGTTCCCCCAGCTGCTCAGCTTTGGCCAGAGTACAAGGCCCTCTTCCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	145806	TCAGTTCCCCCAGCTGCTCAGCTTTGGCCAGAGTACAAGGCCCTCTTCCT	145855

CR848708.12	1101	TCTGGTACTGCCTCTTGTCCCAGGAGGGTGATGCTGAGGGATGGGCAGGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	145856	TCTGGTACTGCCTCTTGTCCCAGGAGGGTGATGCTGAGGGATGGGCAGGG	145905

CR848708.12	1151	AACAGAAGAGAAAGTCCCACCACTCAGAGGGATCACACAGCCTTCCAGGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
CR925759.7	145906	AACAGAAGAGAAAGTCCCACCACTCAGGGGGATCACACAGCCTTCCAGGC	145955

CR848708.12	1201	ACTATCCCCCTGACTCAGCTCTGCTGTGAAAAGCTTGTGGGTGAGAGAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	145956	ACTATCCCCCTGACTCAGCTCTGCTGTGAAAAGCTTGTGGGTGAGAGAAA	146005

CR848708.12	1251	AATCAGGGACTCTCACACCTGCAGCTCCCAAATTCCAGAAAGAAGCTGCC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	146006	AATCAGGGACTCTCACACCTGCAGCTCCCAAATTCCAGAAAGAAGCTGCC	146055

CR848708.12	1301	TCAGAGGGGCCTGACTCCCTGATGGAGGAAATGGAGGTGAAGGCCTGAGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	146056	TCAGAGGGGCCTGACTCCCTGATGGAGGAAATGGAGGTGAAGGCCTGAGG	146105

CR848708.12	1351	GCAGAGATCTCCAAGCCTCCCTCCACCCCCAGCCCCATGGCCCCTGGGCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	146106	GCAGAGATCTCCAAGCCTCCCTCCACCCCCAGCCCCATGGCCCCTGGGCT	146155

CR848708.12	1401	CCGGGTAAAGCCTGGGAAAGACAGAGAGGACCAGGACCTCCAGGGAGGAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	146156	CCGGGTAAAGCCTGGGAAAGACAGAGAGGACCAGGACCTCCAGGGAGGAG	146205

CR848708.12	1451	AGCTTGTGTAGACATGTGACTCATCTGGAAGGTACAGCCAGCAGCTAGGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	146206	AGCTTGTGTAGACATGTGACTCATCTGGAAGGTACAGCCAGCAGCTAGGT	146255

CR848708.12	1501	GGGTCAGCCTAATGCAGAGGTCAGGGTGGCCCTTCCAACACACAGCATGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	146256	GGGTCAGCCTAATGCAGAGGTCAGGGTGGCCCTTCCAACACACAGCATGG	146305

CR848708.12	1551	ACTGTCAGGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	146306	ACTGTCAGGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAG	146355

CR848708.12	1601	GAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAA---	1647
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   
CR925759.7	146356	GAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGA	146405

CR848708.12	1648	-ACAGGCACACATTAAGTGTTTACTATGTGCTAAACTCTGAACTAAGGTC	1696
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	146406	AACAGGCACACATTAAGTGTTTACTATGTGCTAAACTCTGAACTAAGGTC	146455

CR848708.12	1697	TTGGGATACAAACTCAAGCAGAGAGAGACCCCTTCTAGTTATAAACAGAA	1746
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	146456	TTGGGATACAAACTCAAGCAGAGAGAGACCCCTTCTAGTTATAAACAGAA	146505

CR848708.12	1747	TTATCGATATAGTGTGTATAATATAACAATAACAATTTGTTTTTCAGTTA	1796
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	146506	TTATCGATATAGTGTGTATAATATAACAATAACAATTTGTTTTTCAGTTA	146555

CR848708.12	1797	TGTCCCACTCTCTGGAACCCCATTTGGGGTTTTCTTGGCAAAGATACTGG	1846
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	146556	TGTCCCACTCTCTGGAACCCCATTTGGGGTTTTCTTGGCAAAGATACTGG	146605

CR848708.12	1847	CCTGGTTCTCCATTTCCTTCTCCAGCTCATTTACAGATGAGGACACTGAG	1896
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	146606	CCTGGTTCTCCATTTCCTTCTCCAGCTCATTTACAGATGAGGACACTGAG	146655

CR848708.12	1897	ACAAGCAGGGTGAAATGACTTGTCCAGGCTGACACAGGTAGGACAGTC--	1944
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
CR925759.7	146656	ACAAGCAGGGTGAAATGACTTGTCCAGGCTGACACAGGTAGGACAGTCTG	146705

CR848708.12	1945	AGGTCAATTTGAACTCAGGGTTTCCTGACTCCAGACCAGGCGCTCTCTGG	1994
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	146706	AGGTCAATTTGAACTCAGGGTTTCCTGACTCCAGACCAGGCGCTCTCTGG	146755

CR848708.12	1995	CG	1996
			||
CR925759.7	146756	CG	146757

Compact alignment

skip 50 bps 100% identity alignment

CR848708.12	51	AGACCTAAATTCAATCCAGGCTCAGCCCCTAAGGCAGAACCATAAAGTTT	100
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	144808	AGACCTAAATTCAGTCCAGGCTCAGCCCCTAAGGCAGAACCATAAAGTTT	144857

skip 300 bps 100% identity alignment

CR848708.12	401	CCTTCTGCAGCAGCTGGCCTTCCCTGGGGTACAACCTGGGGCCCACACCC	450
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
CR925759.7	145158	CCTTCTGCAGCAGCTGGCCTTCCCTGGGGTACAACCTGGGGCCCACACGC	145207

skip 50 bps 100% identity alignment

CR848708.12	501	GTCAAGTGCCAGGAAGGCGCCAGTTCTATGGGAGGCCAGAGCAGAGACAC	550
			  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	145258	--CAAGTGCCAGGAAGGCGCCAGTTCTATGGGAGGCCAGAGCAGAGACAC	145305

skip 600 bps 100% identity alignment

CR848708.12	1151	AACAGAAGAGAAAGTCCCACCACTCAGAGGGATCACACAGCCTTCCAGGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
CR925759.7	145906	AACAGAAGAGAAAGTCCCACCACTCAGGGGGATCACACAGCCTTCCAGGC	145955

skip 400 bps 100% identity alignment

CR848708.12	1601	GAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAA---	1647
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   
CR925759.7	146356	GAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGA	146405

CR848708.12	1648	-ACAGGCACACATTAAGTGTTTACTATGTGCTAAACTCTGAACTAAGGTC	1696
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR925759.7	146406	AACAGGCACACATTAAGTGTTTACTATGTGCTAAACTCTGAACTAAGGTC	146455

skip 200 bps 100% identity alignment

CR848708.12	1897	ACAAGCAGGGTGAAATGACTTGTCCAGGCTGACACAGGTAGGACAGTC--	1944
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
CR925759.7	146656	ACAAGCAGGGTGAAATGACTTGTCCAGGCTGACACAGGTAGGACAGTCTG	146705

skip 52 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR848708.12 - 194524 bps
Hit
CR925759.7 - 146757 bps
Total alignments
15
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1996 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.45194619961199611447581467571
289.331211784770647883-115270154471
391.21101537481074962115290154481
410033676769867764131738318041
510033679074790813131738318041
698.7840828339983480-160656607371
710032599075990817164475645331
897.0633686769867765-174518745851
986.23269466282472871211199641204281
1089.2993139161331161469-11376301377691
1188.9751179101891134-11376321377481
1285.78456866425324339711395791404431
1382.7992216323053252011402231404371
1491.673648983899843611414631415101
151003572104558104629-11463181463891
Short-link