<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR936538.5	1	GATAAACATATTTGTCACTGGGCCCACACAGAAAAAAAGGTAAAAAGCTA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	163532	GATAAACATATTTGTCACTGGGCCCACACAGAAAAAAAGGTAAAAAGCTA	163581

CR936538.5	51	TTATTAAAGATACCCAGTTAGAGGTAAATATGGGAACATCAAAAGAATCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	163582	TTATTAAAGATACCCAGTTAGAGGTAAATATGGGAACATCAAAAGAATCT	163631

CR936538.5	101	TGATATATTCTGTACATTTAGAATTCTAAAATGTATTTACAGTTATTTTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	163632	TGATATATTCTGTACATTTAGAATTCTAAAATGTATTTACAGTTATTTTT	163681

CR936538.5	151	GGTACTTTTTTTGTACTTTGTCTTGAGAAATAGTCTATGTCTGAAAAATG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	163682	GGTACTTTTTTTGTACTTTGTCTTGAGAAATAGTCTATGTCTGAAAAATG	163731

CR936538.5	201	TATTTTTGGAGGGTTTTCCCTTATTTAGTTGCTTAGTTTCTACCCCTCTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	163732	TATTTTTGGAGGGTTTTCCCTTATTTAGTTGCTTAGTTTCTACCCCTCTA	163781

CR936538.5	251	AATCTTTCTCGTTGAGAAATGGGGCCTAGATGTCTCAATTGACAAAACTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	163782	AATCTTTCTCGTTGAGAAATGGGGCCTAGATGTCTCAATTGACAAAACTA	163831

CR936538.5	301	TTTCAGTTTCTAGTTGAGCTGAAGTATATTCTGAACTATTTTCACCATTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	163832	TTTCAGTTTCTAGTTGAGCTGAAGTATATTCTGAACTATTTTCACCATTT	163881

CR936538.5	351	TTATGTATTTTCCCTTATTTCCTTTTAGAATGTAGTCTAAACAGGACTTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	163882	TTATGTATTTTCCCTTATTTCCTTTTAGAATGTAGTCTAAACAGGACTTC	163931

CR936538.5	401	TTTTCCCTAACCATTTTGGAACCATTTATAGTTTCATTTAAAATATAGTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	163932	TTTTCCCTAACCATTTTGGAACCATTTATAGTTTCATTTAAAATATAGTG	163981

CR936538.5	451	ACTCAGTGATAAAGGAATTGTGCTGCATATGTGTTCATTGAAATATGTTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	163982	ACTCAGTGATAAAGGAATTGTGCTGCATATGTGTTCATTGAAATATGTTG	164031

CR936538.5	501	AGTACACATATTTGTATTTTTGTAAATTGTAATCTCATTAAAAATCACTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	164032	AGTACACATATTTGTATTTTTGTAAATTGTAATCTCATTAAAAATCACTC	164081

CR936538.5	551	AAAGATCTTTTGATTATTTAGGTTATGGTATGATTTAAATCTCAATTTAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	164082	AAAGATCTTTTGATTATTTAGGTTATGGTATGATTTAAATCTCAATTTAA	164131

CR936538.5	601	ATATAGAAATGTTTATAATTTCATGGCTGAATAAAAATTAGGATCATTGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	164132	ATATAGAAATGTTTATAATTTCATGGCTGAATAAAAATTAGGATCATTGA	164181

CR936538.5	651	TATTTTGAGTAGGAATTGTAATTTTTATTAAATTTTATTTTTTCTACTAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	164182	TATTTTGAGTAGGAATTGTAATTTTTATTAAATTTTATTTTTTCTACTAT	164231

CR936538.5	701	CAAGCATTTATTTTTCTTCCCTTCTACTTTGCCCCATACTGAAAACAAAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	164232	CAAGCATTTATTTTTCTTCCCTTCTACTTTGCCCCATACTGAAAACAAAA	164281

CR936538.5	751	ACAAAAATTAGGACCTTGATAAAAAGCAAAATGAATGCCCACATTGGTTA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	164282	ACAAAAATTAGGACCTTGATAAAAAGCAAAATGAATGCCCACATTGGTTA	164331

CR936538.5	801	TGTCCAACAATGTGTCTCATTCTGCATATTAATCCATTTTTTGTCACGAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	164332	TGTCCAACAATGTGTCTCATTCTGCATATTAATCCATTTTTTGTCACGAG	164381

CR936538.5	851	GTGTGGATAACTTCTTCATCAATTCTCTGGAATCATGGTTGATCATTTCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	164382	GTGTGGATAACTTCTTCATCAATTCTCTGGAATCATGGTTGATCATTTCT	164431

CR936538.5	901	GTCATTACATTTTAACCTTAATTATAAATTAATAAATAAATTGAAAAAAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	164432	GTCATTACATTTTAACCTTAATTATAAATTAATAAATAAATTGAAAAAAT	164481

CR936538.5	951	TTCTCTACCTAAACATAGTATTATTAACTGACTGCTTGCAGCCTAGTTGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	164482	TTCTCTACCTAAACATAGTATTATTAACTGACTGCTTGCAGCCTAGTTGT	164531

CR936538.5	1001	GAAATTCCTGGAAGGTAAAAAGTGCTGAGTGAAGATAAAATTAAAAAGTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	164532	GAAATTCCTGGAAGGTAAAAAGTGCTGAGTGAAGATAAAATTAAAAAGTC	164581

CR936538.5	1051	ATGACACTAAAATGATATTGTGTACTCAGATACTAATTTTTGCCCATTTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	164582	ATGACACTAAAATGATATTGTGTACTCAGATACTAATTTTTGCCCATTTG	164631

CR936538.5	1101	GTTAATAGTACAGTGTTGAGACTACTTCTCCTTTCTCTGATGTCTTTAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	164632	GTTAATAGTACAGTGTTGAGACTACTTCTCCTTTCTCTGATGTCTTTAAA	164681

CR936538.5	1151	GAAAGCTGTTCTTAAGTTCTTTTACACAATCAAGTTACCTTTCTTAAAAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	164682	GAAAGCTGTTCTTAAGTTCTTTTACACAATCAAGTTACCTTTCTTAAAAT	164731

CR936538.5	1201	ACATTCCCTTCCAATAAATTTCATTTTGTAAGCCTTGCTTTTAAATAGGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	164732	ACATTCCCTTCCAATAAATTTCATTTTGTAAGCCTTGCTTTTAAATAGGA	164781

CR936538.5	1251	ACTTGATTTTAGCAATATATACCCAAATACTCAGATAATTACTAACACTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	164782	ACTTGATTTTAGCAATATATACCCAAATACTCAGATAATTACTAACACTT	164831

CR936538.5	1301	GTAATTTAGGCCTTTGAGAACCTTTAACATTTCTATTTTGGGATGCAAAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	164832	GTAATTTAGGCCTTTGAGAACCTTTAACATTTCTATTTTGGGATGCAAAT	164881

CR936538.5	1351	TTTGAATGAATTCTAAAGAAGGGAAGTAAGTCACAGTAATTTAGTTTCAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	164882	TTTGAATGAATTCTAAAGAAGGGAAGTAAGTCACAGTAATTTAGTTTCAT	164931

CR936538.5	1401	TCTAATTTGTATCCCAAAGTGGTTTCAGAACTTAGCATGAGTCAGTCACT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	164932	TCTAATTTGTATCCCAAAGTGGTTTCAGAACTTAGCATGAGTCAGTCACT	164981

CR936538.5	1451	ATTTTTCAGATAAAGTATGAAGCTACTTTCATTTTAGTAAATTGGAATTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	164982	ATTTTTCAGATAAAGTATGAAGCTACTTTCATTTTAGTAAATTGGAATTT	165031

CR936538.5	1501	TAGTTTATCAAGAGAACTCAGTTTTCTCAGTATGGGACCTTAATCTTTTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	165032	TAGTTTATCAAGAGAACTCAGTTTTCTCAGTATGGGACCTTAATCTTTTT	165081

CR936538.5	1551	GTGAATTGTAGCCTCCAATCTTAAGGGGACTTCATTTATTTTCTTAGACC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	165082	GTGAATTGTAGCCTCCAATCTTAAGGGGACTTCATTTATTTTCTTAGACC	165131

CR936538.5	1601	AAAGTACAGTTGCCAGAAGTAGCAGCACCTGTAACCTAGCACTAACACCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	165132	AAAGTACAGTTGCCAGAAGTAGCAGCACCTGTAACCTAGCACTAACACCT	165181

CR936538.5	1651	GGGAAAGCACCATTCCTTCCTCTTCCCCTTTTACTTGCCTAGCAGTTGCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	165182	GGGAAAGCACCATTCCTTCCTCTTCCCCTTTTACTTGCCTAGCAGTTGCT	165231

CR936538.5	1701	GCCACCTCCGGGATCCCATGACCAAAGCACCACCAGTCCTGCATCATGTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	165232	GCCACCTCCGGGATCCCATGACCAAAGCACCACCAGTCCTGCATCATGTC	165281

CR936538.5	1751	TACTCACTGGTGTGGCTTTCCTTATGCTGCTACCTGGCCTACGGACCTGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	165282	TACTCACTGGTGTGGCTTTCCTTATGCTGCTACCTGGCCTACGGACCTGG	165331

CR936538.5	1801	GTGGAGGAGGACTGGGTGGGATGGATCAATAGCAAAAGTAGTGTACAAGC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	165332	GTGGAGGAGGACTGGGTGGGATGGATCAATAGCAAAAGTAGTGTACAAGC	165381

CR936538.5	1851	TGTACCCACCTGTACAAACCTGTACAAACCTGTAGCTAATAATCCCTAAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	165382	TGTACCCACCTGTACAAACCTGTACAAACCTGTAGCTAATAATCCCTAAT	165431

CR936538.5	1901	CCTTACCCTCCTCTACCCTTCCTCCACAGTGTTCTCTGGAACCCACCACC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	165432	CCTTACCCTCCTCTACCCTTCCTCCACAGTGTTCTCTGGAACCCACCACC	165481

CR936538.5	1951	ATTATTTAATGTTCCTTCACCTATATTTCTTCTTATAGAAGCCTAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR853300.3	165482	ATTATTTAATGTTCCTTCACCTATATTTCTTCTTATAGAAGCCTAAGCTT	165531

Overview

Query
CR936538.5 - 115930 bps
Hit
CR853300.3 - 165531 bps
Total alignments
19
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100190920001200011635321655311
286.7471513295252453852-115982173151
387.291712902540125690-144032443221
490.292123045115051453-196457967651
589.782143112466024970196457967691
684.3590919245193653859-11199461218681
790.81109177542935446911350381352111
885.733737985401754814-11352171360081
988.533856475319753843-11360131366491
1087.8970212425259453835-11376361388821
1185.964067785230853085-11395351403031
1285.711953625188452245-11403301406861
1385.796201240525965383511485691498001
1487.111843252465424978-11551101554271
1586.09162306511545145911551261554271
1690.42118169247932496111564491566151
1792.332373105115051459-11579981583101
1893.31251314246542496711579981583111
1989.2479123104351104473-11581791583081
Short-link