<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX897661.7	157216	AAGCTTATCAATTTACAATATTTACTTTTTCAGCTATTAAAACTCCAAAT	157167
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	85888	AAGCTTATCAATTTACAATATTTACTTTTTCAGCTATTAAAACTCCAAAT	85937

C  BX897661.7	157166	ACAGTTTTAATTTTTACATCTTTAAAGCGATTTAATTAAGTAAACAAACT	157117
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	85938	ACAGTTTTAATTTTTACATCTTTAAAGCGATTTAATTAAGTAAACAAACT	85987

C  BX897661.7	157116	AAAAGCATCAATCAGTTATGAAATTTAGAGGAATATAAAGGCGTAGATAT	157067
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	85988	AAAAGCATCAATCAGTTATGAAATTTAGAGGAATATAAAGGCGTAGATAT	86037

C  BX897661.7	157066	AGATAATTTAACTTTTAGAGATTTGTTATTTTTTTTAAATGATTAAATGC	157017
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	86038	AGATAATTTAACTTTTAGAGATTTGTTATTTTTTTTAAATGATTAAATGC	86087

C  BX897661.7	157016	CATCAGGGTTACTCATTATTTTACTTTTAAATCTGGAATATTGACGCCAG	156967
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	86088	CATCAGGGTTACTCATTATTTTACTTTTAAATCTGGAATATTGACGCCAG	86137

C  BX897661.7	156966	TGTTATTATTTTTAAGTCTGCTTGTTTATTGGTTATTATTATTGTTTCTT	156917
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	86138	TGTTATTATTTTTAAGTCTGCTTGTTTATTGGTTATTATTATTGTTTCTT	86187

C  BX897661.7	156916	AAGTCTGCTGTTTTCCTTGTTTATTTACTTCAGTTTATGTTTTAGCATAG	156867
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	86188	AAGTCTGCTGTTTTCCTTGTTTATTTACTTCAGTTTATGTTTTAGCATAG	86237

C  BX897661.7	156866	AAAGTGTGGATTTTTATGTGCATGTTGTAATTTTTATTAGGTTTTTATGC	156817
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	86238	AAAGTGTGGATTTTTATGTGCATGTTGTAATTTTTATTAGGTTTTTATGC	86287

C  BX897661.7	156816	CAAATCTGTGCATTAATTATAAAATGAATTAATTCATGAAATATAAATGA	156767
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	86288	CAAATCTGTGCATTAATTATAAAATGAATTAATTCATGAAATATAAATGA	86337

C  BX897661.7	156766	GCAGTAAGATCAGTGCTATTTGAATATAATTGAGTTCTATATTATATAAT	156717
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	86338	GCAGTAAGATCAGTGCTATTTGAATATAATTGAGTTCTATATTATATAAT	86387

C  BX897661.7	156716	GTGACGATGCAGTGGCGCAGTAGGTAGTGCTGTCACCTCACAGCAAGAAG	156667
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	86388	GTGACGATGCAGTGGCGCAGTAGGTAGTGCTGTCACCTCACAGCAAGAAG	86437

C  BX897661.7	156666	GTCGCTGGTTCGAGCCTCGGCTGGGTCAGTTGGTGTTTCTGTGTGGAGTT	156617
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	86438	GTCGCTGGTTCGAGCCTCGGCTGGGTCAGTTGGTGTTTCTGTGTGGAGTT	86487

C  BX897661.7	156616	TGCATGTTCTCCATGCGTTCGCGTGGGTTTCCTTTGGGTGCTCCGGTTTC	156567
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	86488	TGCATGTTCTCCATGCGTTCGCGTGGGTTTCCTTTGGGTGCTCCGGTTTC	86537

C  BX897661.7	156566	CCCCACAGTCCAAATTCATGCAGTACAGGTGAATTGGGTAGGCTAAATTG	156517
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	86538	CCCCACAGTCCAAATTCATGCAGTACAGGTGAATTGGGTAGGCTAAATTG	86587

C  BX897661.7	156516	TCTGTGTAGGAGTGTGAATGAGTGTGTATGAATGTTTCCCAGAGATGGGT	156467
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	86588	TCTGTGTAGGAGTGTGAATGAGTGTGTATGAATGTTTCCCAGAGATGGGT	86637

C  BX897661.7	156466	TGTGGCTGGAAGGGCATCCACTGCGTAAAACACGCTGGATAAGTTGGCGG	156417
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	86638	TGTGGCTGGAAGGGCATCCACTGCGTAAAACACGCTGGATAAGTTGGCGG	86687

C  BX897661.7	156416	TTTATTCCGCTGTGGCGACCCCGAGTTAATAAAGGGACTAAGCTGAAAAG	156367
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	86688	TTTATTCCGCTGTGGCGACCCCGAGTTAATAAAGGGACTAAGCTGAAAAG	86737

C  BX897661.7	156366	AAAATGAATAAATGAATTATATAATGTGTATAATTTGTATTTTGTTTTAA	156317
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	86738	AAAATGAATAAATGAATTATATAATGTGTATAATTTGTATTTTGTTTTAA	86787

C  BX897661.7	156316	TGTCTATATTTTTATTTCTTACCTTTCTTTACTAATTAATCATACACTTG	156267
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	86788	TGTCTATATTTTTATTTCTTACCTTTCTTTACTAATTAATCATACACTTG	86837

C  BX897661.7	156266	TTTAATATCTTTAATTAATATATGATTAATTAGGGGGCGAACAGTTGGCA	156217
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	86838	TTTAATATCTTTAATTAATATATGATTAATTAGGGGGCGAACAGTTGGCA	86887

C  BX897661.7	156216	TTTCTGTGGAAAATAAGTATCGAACACATCATGTTTATTTCTGGGAATAA	156167
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	86888	TTTCTGTGGAAAATAAGTATCGAACACATCATGTTTATTTCTGGGAATAA	86937

C  BX897661.7	156166	TATTCTTTAAGAAGCTGTTGACATGGGATTGAACAAGATTTTGGTAAAAA	156117
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	86938	TATTCTTTAAGAAGCTGTTGACATGGGATTGAACAAGATTTTGGTAAAAA	86987

C  BX897661.7	156116	AAACAAACAATACAAATATAAAAATAAAAGTTAAAAAAAAACAAAAAATC	156067
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	86988	AAACAAACAATACAAATATAAAAATAAAAGTTAAAAAAAAACAAAAAATC	87037

C  BX897661.7	156066	TGAAAATGAGTTGTGTAATAACAATCGAATGACACAAAAAGAAACCCTCA	156017
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	87038	TGAAAATGAGTTGTGTAATAACAATCGAATGACACAAAAAGAAACCCTCA	87087

C  BX897661.7	156016	TGTTCGTGTGGATGTCCTCCTGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTTCAAAG	155967
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	87088	TGTTCGTGTGGATGTCCTCCTGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTTCAAAG	87137

C  BX897661.7	155966	ACATGCACTGTAGGTGAATTGAATAAACTAAATTGGCCGTAGTGCATGTG	155917
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	87138	ACATGCACTGTAGGTGAATTGAATAAACTAAATTGGCCGTAGTGCATGTG	87187

C  BX897661.7	155916	TGTGAATCAATGAAGGTGGATGTTTTCCAGTACTGGGTTGCAGCTGGAAA	155867
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	87188	TGTGAATCAATGAAGGTGGATGTTTTCCAGTACTGGGTTGCAGCTGGAAA	87237

C  BX897661.7	155866	GGCATGCACTGTGTACAGTAAAACATATGCTGGATAAGTTGGTGTTTTTT	155817
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	87238	GGCATGCACTGTGTACAGTAAAACATATGCTGGATAAGTTGGTGTTTTTT	87287

C  BX897661.7	155816	TCCGCTGAGGCAACCCCTGTTGAATGAATGATATAATGTTATAATTAAAT	155767
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	87288	TCCGCTGAGGCAACCCCTGTTGAATGAATGATATAATGTTATAATTAAAT	87337

C  BX897661.7	155766	ATAATATTGTTATATATTATATATAATATTTCAATTTTCAATCAGTTCAT	155717
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	87338	ATAATATTGTTATATATTATATATAATATTTCAATTTTCAATCAGTTCAT	87387

C  BX897661.7	155716	TAATTATAAAATGAATGAATTAATGAAATAATAATGATCAGTAAGATCAG	155667
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	87388	TAATTATAAAATGAATGAATTAATGAAATAATAATGATCAGTAAGATCAG	87437

C  BX897661.7	155666	TGGTATTTTAATATAATTAAGTTATATGTAATTTATATCATTCATATTTA	155617
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	87438	TGGTATTTTAATATAATTAAGTTATATGTAATTTATATCATTCATATTTA	87487

C  BX897661.7	155616	TTGTCAATTTTATTAGTGTTTTAATGTCTATATTTTTTATTACTTACATT	155567
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	87488	TTGTCAATTTTATTAGTGTTTTAATGTCTATATTTTTTATTACTTACATT	87537

C  BX897661.7	155566	TATTCACTAATTAATCATATATTTATGTAATATGATTAATTAACATATGA	155517
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	87538	TATTCACTAATTAATCATATATTTATGTAATATGATTAATTAACATATGA	87587

C  BX897661.7	155516	ATAATTGATAAATAAATGTAGGTGACATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGT	155467
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	87588	ATAATTGATAAATAAATGTAGGTGACATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGT	87637

C  BX897661.7	155466	GTGTGTGTATGTGTGTATATATATATATATAGATAGATAGATAGATAGAT	155417
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	87638	GTGTGTGTATGTGTGTATATATATATATATAGATAGATAGATAGATAGAT	87687

C  BX897661.7	155416	AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG	155367
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	87688	AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG	87737

C  BX897661.7	155366	ATTTGTAGTTAAATTAATATTATTATTATAATAATTTAGTATTATATCAT	155317
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	87738	ATTTGTAGTTAAATTAATATTATTATTATAATAATTTAGTATTATATCAT	87787

C  BX897661.7	155316	ATTAATAAATATCTTATATTAAATATTACTTGTTTTGTTTTTACATTTAT	155267
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	87788	ATTAATAAATATCTTATATTAAATATTACTTGTTTTGTTTTTACATTTAT	87837

C  BX897661.7	155266	TTTATACTCTATTTTACTGTTCTTTTTTGTTGTTTTACAAAATCAACTTA	155217
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR848687.8	87838	TTTATACTCTATTTTACTGTTCTTTTTTGTTGTTTTACAAAATCAACTTA	87887

Overview

Query
BX897661.7 - 157216 bps
Hit
CR848687.8 - 87887 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110018512000155217157216-185888878871
279.14772342178522018-1268329121
387.414825098431986801942396761
486.72241415113858114272-1955899711
587.595163113606113768-19981101481
6100581121369013801-110915110261
7100581126343163542-110916110271
886.072043936204062432118156185211
983.93125302136560136861-118164184741
1092.9467852465224736-118415184991
1180.9999257115091115347135685359471
1285.68160327129640129966-161808621351
1386.28781566008260237-164430645821
1490.76861198522185339165146652641
1591.3493127125297125423-170517706431
1694.41129161136702136862-172039721991
1789.67991626205562216172045721991
1880.11651942822728420177636778161
1987.95881779277792953185421855861
2084.681773756205762431186396867541
2182.35761992822128419-186423866091
2290.4366958890288996-187088871811
Short-link