<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR848035.7	141675	TAAATACCCATGACGTTATTGTAGATTACTAGAAAATTATAGATGTGTTT	141724
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	1	TAAATACCCATGACGTTATTGTAGATTACTAGAAAATTATAGATGTGTTT	50

CR848035.7	141725	ATCAAGTCTCAACATCCCAAATCACTGGACTATTACAAAAAATTGGCTTA	141774
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	51	ATCAAGTCTCAACATCCCAAATCACTGGACTATTACAAAAAATTGGCTTA	100

CR848035.7	141775	AAGGGATAGTTCACCTTAAAATGAATATGTATTTGTGATTTATTGACCCT	141824
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	101	AAGGGATAGTTCACCTTAAAATGAATATGTATTTGTGATTTATTGACCCT	150

CR848035.7	141825	TAAGTTGTTCCAAACATGCGTGAGTTGTGTTCTGCTGAACACAATAGAAT	141874
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	151	TAAGTTGTTCCAAACATGCGTGAGTTGTGTTCTGCTGAACACAATAGAAT	200

CR848035.7	141875	ATACAGTACACTGAAGAATGCTGGTAGCCAAACAGCTGATGGTCCCCAAT	141924
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	201	ATACAGTACACTGAAGAATGCTGGTAGCCAAACAGCTGATGGTCCCCAAT	250

CR848035.7	141925	GACTTCAATAGTATTTTTTCAACTATGGAAATTCAATGAGGTTTAGAAGA	141974
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	251	GACTTCAATAGTATTTTTTCAACTATGGAAATTCAATGAGGTTTAGAAGA	300

CR848035.7	141975	CTTTTACTAAAGGTGAGTAGATGGTGGCTAAAGTTATACTTTTAAATGAG	142024
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	301	CTTTTACTAAAGGTGAGTAGATGGTGGCTAAAGTTATACTTTTAAATGAG	350

CR848035.7	142025	CTGTTGTGTTCAAATGATGCCACATGGAAAATGTCATCACCAGCCTGAAC	142074
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	351	CTGTTGTGTTCAAATGATGCCACATGGAAAATGTCATCACCAGCCTGAAC	400

CR848035.7	142075	CGTTGATACAAGGCAAGATGGATCTATGCTTTCCTGTTGTTGACGCCAAA	142124
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	401	CGTTGATACAAGGCAAGATGGATCTATGCTTTCCTGTTGTTGACGCCAAA	450

CR848035.7	142125	TTCTGACCCCACCATCCGAATGTCACGGCAGAAATCGAGACTCAACAGAC	142174
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	451	TTCTGACCCCACCATCCGAATGTCACGGCAGAAATCGAGACTCAACAGAC	500

CR848035.7	142175	CAGGCAATGTTTTTCCAATCTTATATTGTCCAATTTTAGTGAGCCTATGT	142224
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	501	CAGGCAATGTTTTTCCAATCTTATATTGTCCAATTTTAGTGAGCCTATGT	550

CR848035.7	142225	GAATTGTAGCTTCAGTTTCCTGTTCTTAGCTGACAGGAGTGGTAATCTTG	142274
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	551	GAATTGTAGCTTCAGTTTCCTGTTCTTAGCTGACAGGAGTGGTAATCTTG	600

CR848035.7	142275	TGCTGCTGTAGCCCATCTGCCTCAAGGTTGGACGTGTTGTGCATTCAAAG	142324
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	601	TGCTGCTGTAGCCCATCTGCCTCAAGGTTGGACGTGTTGTGCATTCAAAG	650

CR848035.7	142325	ATGCTCTTCTGCATACCTTTGTTGTAACGAGTAGTCAATTGAGTTACTGT	142374
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	651	ATGCTCTTCTGCATACCTTTGTTGTAACGAGTAGTCAATTGAGTTACTGT	700

CR848035.7	142375	TACCTTTCTATCAGATCAAACCAGTCTCCTCTGACCTTTGGCATTCTCAA	142424
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	701	TACCTTTCTATCAGATCAAACCAGTCTCCTCTGACCTTTGGCATTCTCAA	750

CR848035.7	142425	ACCATTCTCCTCTGACCTTTGGTATCAACAAGGCATTTGCGGCCACAGAA	142474
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	751	ACCATTCTCCTCTGACCTTTGGTATCAACAAGGCATTTGCGGCCACAGAA	800

CR848035.7	142475	CTGCCGCTCACTGAATATTTTCTCTTTTTCAAACCAATCTCTGTAAACCA	142524
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	801	CTGCCGCTCACTGAATATTTTCTCTTTTTCAAACCAATCTCTGTAAACCA	850

CR848035.7	142525	TAGAGATGGTTGTGCATGAAAATCCCAGTAGATTAGCAGTTTCTGAAATA	142574
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	851	TAGAGATGGTTGTGCATGAAAATCCCAGTAGATTAGCAGTTTCTGAAATA	900

CR848035.7	142575	CTCAGACCAGCCTGTCTAGCATCACCAACCATGCCATGTTCAGAGTCACT	142624
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	901	CTCAGACCAGCCTGTCTAGCATCACCAACCATGCCATGTTCAGAGTCACT	950

CR848035.7	142625	TAAATCACCTTTTTTTCCCATTCTGATGCTCAGTGTGAACTGCAGAAGAT	142674
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	951	TAAATCACCTTTTTTTCCCATTCTGATGCTCAGTGTGAACTGCAGAAGAT	1000

CR848035.7	142675	CATCTTGGCCATGTCTACAAGCCTAAATGCCTTGAGTTGCTGCCATGTGA	142724
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	1001	CATCTTGGCCATGTCTACAAGCCTAAATGCCTTGAGTTGCTGCCATGTGA	1050

CR848035.7	142725	TTGCCTGATTAGAAATTTGCATTAATGAGCAGTTGGACAGGTGTGCCTAA	142774
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	1051	TTGCCTGATTAGAAATTTGCATTAATGAGCAGTTGGACAGGTGTGCCTAA	1100

CR848035.7	142775	TAAAGTGGCCGGTAAGTGTAAAATGCTTTGTGTTTTATGTATGCTAGTTT	142824
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	1101	TAAAGTGGCCGGTAAGTGTAAAATGCTTTGTGTTTTATGTATGCTAGTTT	1150

CR848035.7	142825	GTTAGTGCAGTTTAGCATGTGGGCTGTCTGTATCTCCATACAATTGACCA	142874
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	1151	GTTAGTGCAGTTTAGCATGTGGGCTGTCTGTATCTCCATACAATTGACCA	1200

CR848035.7	142875	TGGTAGGCTCTGTCAAAAAACAAATATTTGAATAATCTAAAGTACCATTT	142924
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	1201	TGGTAGGCTCTGTCAAAAAACAAATATTTGAATAATCTAAAGTACCATTT	1250

CR848035.7	142925	TACACCATAAGAACCTTAACATACATAAAGGTTCTTTATGGAACCACAAA	142974
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	1251	TACACCATAAGAACCTTAACATACATAAAGGTTCTTTATGGAACCACAAA	1300

CR848035.7	142975	TGTTATTAAAATTCATTTTTAAGACAAAAAAGTGACTTAATATTCGACCA	143024
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	1301	TGTTATTAAAATTCATTTTTAAGACAAAAAAGTGACTTAATATTCGACCA	1350

CR848035.7	143025	TTATTGTGGAGAACAACATTTCCAGGAATAAAAATGGCTGCCAATCTAGT	143074
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	1351	TTATTGTGGAGAACAACATTTCCAGGAATAAAAATGGCTGCCAATCTAGT	1400

CR848035.7	143075	AGGCAGAGAAATGAATCCACAACTTGAAGTAATGAACAGAAATCAGAACA	143124
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	1401	AGGCAGAGAAATGAATCCACAACTTGAAGTAATGAACAGAAATCAGAACA	1450

CR848035.7	143125	AAAAGGTTTTTCATTTGGAGGATTTTTCAATGAAAGTTATAATAAAAAAA	143174
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	1451	AAAAGGTTTTTCATTTGGAGGATTTTTCAATGAAAGTTATAATAAAAAAA	1500

CR848035.7	143175	GAGTGACATTTTAACTATCTGAGGTCCATAAATGTTACTTTTATTTGTTT	143224
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	1501	GAGTGACATTTTAACTATCTGAGGTCCATAAATGTTACTTTTATTTGTTT	1550

CR848035.7	143225	CAAATGTTTTATTTTACAACAGTAATTATTTACAGATCAATTGTGTTACT	143274
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	1551	CAAATGTTTTATTTTACAACAGTAATTATTTACAGATCAATTGTGTTACT	1600

CR848035.7	143275	TAGAATTTGAAATCTGTTTGAAGTCTTACGGTACTGAGCACTGCAGCTGG	143324
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	1601	TAGAATTTGAAATCTGTTTGAAGTCTTACGGTACTGAGCACTGCAGCTGG	1650

CR848035.7	143325	TGAACACAAAAGGTTTCCTCTCTAAAAACAAAATAAGAACCAGTGTATGG	143374
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	1651	TGAACACAAAAGGTTTCCTCTCTAAAAACAAAATAAGAACCAGTGTATGG	1700

CR848035.7	143375	AAGTCATATAACAAATCTCACAGAAAGAGAGAAGAGGTCCCAACTTCTTT	143424
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	1701	AAGTCATATAACAAATCTCACAGAAAGAGAGAAGAGGTCCCAACTTCTTT	1750

CR848035.7	143425	ATGTTAACCTGACTGGTTTACGTTTCTTTGACAAAAACAGTATGACCTTT	143474
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	1751	ATGTTAACCTGACTGGTTTACGTTTCTTTGACAAAAACAGTATGACCTTT	1800

CR848035.7	143475	CCTTTTTTGTCTTTCCAAGCCAGGCTTCGTTAAAGTGAAGGGGCCTGGCG	143524
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	1801	CCTTTTTTGTCTTTCCAAGCCAGGCTTCGTTAAAGTGAAGGGGCCTGGCG	1850

CR848035.7	143525	CCAGATACTAGATGGCAGGTGACAGAAGATTTCACTTGGAACCATTGATA	143574
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	1851	CCAGATACTAGATGGCAGGTGACAGAAGATTTCACTTGGAACCATTGATA	1900

CR848035.7	143575	AAGAGATATAAAATAATGGTTGACAATCTACAGTAACATCAAGAAAACAG	143624
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	1901	AAGAGATATAAAATAATGGTTGACAATCTACAGTAACATCAAGAAAACAG	1950

CR848035.7	143625	TCAAGCTCTTGTGAAAGTACAAATACTGTAGCTGAAGGTTTCAAGAATTC	143674
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847880.11	1951	TCAAGCTCTTGTGAAAGTACAAATACTGTAGCTGAAGGTTTCAAGAATTC	2000

Overview

Query
CR848035.7 - 143674 bps
Hit
CR847880.11 - 158507 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195120001416751436741120001
286.54891568442784582-113655138101
387.411542558680087054114758150111
483.88143307106531106837-117500178031
586.56106203105419105621123137233371
687.171242198676986987-127531277561
790.84921318443684566-127843279731
899.122172276576865994131850320751
997.811691837161971801-131893320751
1097.51497955276628771813132077375601
1196.951771986581166008-137352375481
1289.341101993180332001-141632418281
1397.84255278139357139634-180669809461
1488.6374312333370134933181354825581
1595.161471862761827803-191217914021
1685.281553028676887069-194657949481
1786.79122236854558569011085371087631
1887.7858410031722618228-11250281260001
1987.3283144844288457111441321442731
2089.9281119459384605611537001538181
Short-link