<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR933764.6	1	ATTTAGTGGAGAAAAAAAAACAAGTAGACGTATTCGGTGTAATAAGTTTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	226143	ATTTAGTGGAGAAAAAAAAACAAGTAGACGTATTCGGTGTAATAAGTTTT	226192

CR933764.6	51	TAAGTAAATAAAGGCCCTTTCATTGTGAAACAATACAGCTAACCTGGCCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	226193	TAAGTAAATAAAGGCCCTTTCATTGTGAAACAATACAGCTAACCTGGCCA	226242

CR933764.6	101	ACCATAAATAAATAAACTGTTCATATTTGAGCAGTATATTTAGAATGACC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	226243	ACCATAAATAAATAAACTGTTCATATTTGAGCAGTATATTTAGAATGACC	226292

CR933764.6	151	CTTTCCAGAACGCATTTTATGCCTCACAGTCTCACACACCTCAGGGTAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	226293	CTTTCCAGAACGCATTTTATGCCTCACAGTCTCACACACCTCAGGGTAAA	226342

CR933764.6	201	AACAGCTATGCAGAGCTTTGCGGTTTTAACACGTGGCGAATGTCTGCAAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	226343	AACAGCTATGCAGAGCTTTGCGGTTTTAACACGTGGCGAATGTCTGCAAG	226392

CR933764.6	251	CTGTTTTGCTTTGCTGAAAAGAGGCAACACTGCTCTCTAGAGGATACATA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	226393	CTGTTTTGCTTTGCTGAAAAGAGGCAACACTGCTCTCTAGAGGATACATA	226442

CR933764.6	301	TCGTCATTGAAGGAGACAGTTGAAAAACACACGAAGCGAACCTCACTTTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	226443	TCGTCATTGAAGGAGACAGTTGAAAAACACACGAAGCGAACCTCACTTTA	226492

CR933764.6	351	GCTTAATAGCACCATGCTAGCAATATAAATATCCTTTACTTCAGTGGTGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	226493	GCTTAATAGCACCATGCTAGCAATATAAATATCCTTTACTTCAGTGGTGT	226542

CR933764.6	401	CCAAACCTTGTCCAATACGGCCACTGTATTCCGTCGTAATTGAAGACGCC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	226543	CCAAACCTTGTCCAATACGGCCACTGTATTCCGTCGTAATTGAAGACGCC	226592

CR933764.6	451	TGAACAGGAAATGTCTTCAAATTAACAACAACACTGTCACACCGAGAAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	226593	TGAACAGGAAATGTCTTCAAATTAACAACAACACTGTCACACCGAGAAAA	226642

CR933764.6	501	GTGTGCCAGGGGTTTTAATCGAGATCGATAATCGAGATTTTTAAGCTTAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	226643	GTGTGCCAGGGGTTTTAATCGAGATCGATAATCGAGATTTTTAAGCTTAC	226692

CR933764.6	551	CAAATCTACTTTCAGCACATGTCAAGTTAAATGCCCTTTCAGAACTGTCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	226693	CAAATCTACTTTCAGCACATGTCAAGTTAAATGCCCTTTCAGAACTGTCC	226742

CR933764.6	601	ACCATTTGTACATTGCACGGTTTTGGGTAACCGTTGTGATGTCTTGCAAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	226743	ACCATTTGTACATTGCACGGTTTTGGGTAACCGTTGTGATGTCTTGCAAA	226792

CR933764.6	651	ACACTGCTCCAGGTGAGGCTCGAACTCACAACCTCGGCATTGCTCTGCAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	226793	ACACTGCTCCAGGTGAGGCTCGAACTCACAACCTCGGCATTGCTCTGCAT	226842

CR933764.6	701	TGTACTGCTGTATAAGTACCGCGCGCTAACCGATTGCGCCACTGGAGCTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	226843	TGTACTGCTGTATAAGTACCGCGCGCTAACCGATTGCGCCACTGGAGCTT	226892

CR933764.6	751	CGGCGGTTCATTGCAATAACACAGTTTATGACCAATACATTATTAAGAGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	226893	CGGCGGTTCATTGCAATAACACAGTTTATGACCAATACATTATTAAGAGA	226942

CR933764.6	801	ACTTCATGTTGTATGTATTTTCTGCTTCCTGTACGTTAGTCTATTTTGAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	226943	ACTTCATGTTGTATGTATTTTCTGCTTCCTGTACGTTAGTCTATTTTGAC	226992

CR933764.6	851	TTTACCATGACTAAATAAACGTTACTTGACGTACCAATAATACCCACAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	226993	TTTACCATGACTAAATAAACGTTACTTGACGTACCAATAATACCCACAAA	227042

CR933764.6	901	ACAGACAATTTCCTATGGAGACAGATTAGACTCAATAATAATTCATGCAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	227043	ACAGACAATTTCCTATGGAGACAGATTAGACTCAATAATAATTCATGCAA	227092

CR933764.6	951	AAGACACGATTCGTAATGTAACGAAACTGTGCTAACGCTATATTCATAAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	227093	AAGACACGATTCGTAATGTAACGAAACTGTGCTAACGCTATATTCATAAT	227142

CR933764.6	1001	TCTTTCTGAAGCATTAATAATACTGTTCAATGCGATTACGTAATTTTGAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	227143	TCTTTCTGAAGCATTAATAATACTGTTCAATGCGATTACGTAATTTTGAA	227192

CR933764.6	1051	ATCTAGCTAACACATTTACCTGCTTTAGATTTAGAAACACATAAGTGAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	227193	ATCTAGCTAACACATTTACCTGCTTTAGATTTAGAAACACATAAGTGAAA	227242

CR933764.6	1101	ATGAGACATTTAAGCATCTGTGTGAAAACAAACCTGGAATGCGAGGTAGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	227243	ATGAGACATTTAAGCATCTGTGTGAAAACAAACCTGGAATGCGAGGTAGA	227292

CR933764.6	1151	CAAAGCAATACATATAGATACATATAAGTTACAAAAGTTGCTTTGTAACA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	227293	CAAAGCAATACATATAGATACATATAAGTTACAAAAGTTGCTTTGTAACA	227342

CR933764.6	1201	TTAAAACAGCACGCATTAGCTTACGTTATACTCCAGATATGAAATACGAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	227343	TTAAAACAGCACGCATTAGCTTACGTTATACTCCAGATATGAAATACGAG	227392

CR933764.6	1251	TGCTTGTCTAATAAGCAAGTTTTCAACCTTGTTTTAAATGATCCGTTTCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	227393	TGCTTGTCTAATAAGCAAGTTTTCAACCTTGTTTTAAATGATCCGTTTCT	227442

CR933764.6	1301	GTTTCTTGAGAAGACTTTATATATAGTGAAAACTGATTTACAAATGTATA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	227443	GTTTCTTGAGAAGACTTTATATATAGTGAAAACTGATTTACAAATGTATA	227492

CR933764.6	1351	TTTTCGTTGTGTTAAAATGAAATATCACATGCGACATACAGTAGTTTCGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	227493	TTTTCGTTGTGTTAAAATGAAATATCACATGCGACATACAGTAGTTTCGA	227542

CR933764.6	1401	CATATCTCAAACGCTTGCACATTTCCCATCAGTACAGTTCAAGCGCTGCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	227543	CATATCTCAAACGCTTGCACATTTCCCATCAGTACAGTTCAAGCGCTGCC	227592

CR933764.6	1451	CTGAAATGACATCACAGAAACATGACAGAAAAAAAGACCTCGCCCTTTTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	227593	CTGAAATGACATCACAGAAACATGACAGAAAAAAAGACCTCGCCCTTTTT	227642

CR933764.6	1501	ATTTCATCCTCTTTCGTATAATCAGCATTTCGTATAGTCAAAACCCACAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	227643	ATTTCATCCTCTTTCGTATAATCAGCATTTCGTATAGTCAAAACCCACAT	227692

CR933764.6	1551	AGAAGATGTGAACAACACTACTTTCCGTTGTTTAAACAAAACAACAACTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	227693	AGAAGATGTGAACAACACTACTTTCCGTTGTTTAAACAAAACAACAACTA	227742

CR933764.6	1601	ATAACTTAATTAGAAGAAACGTAAAGATCACATGATGTTCCTGAACTGTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	227743	ATAACTTAATTAGAAGAAACGTAAAGATCACATGATGTTCCTGAACTGTT	227792

CR933764.6	1651	AGCCCACAGTGCTATCGTTGCCAAACGACAACTCCAGTTCCAGCCGCCTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	227793	AGCCCACAGTGCTATCGTTGCCAAACGACAACTCCAGTTCCAGCCGCCTG	227842

CR933764.6	1701	GTGAGTCTAAATATTTAATTAACTTTTAAATGTTATAGCCTATTTATTTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	227843	GTGAGTCTAAATATTTAATTAACTTTTAAATGTTATAGCCTATTTATTTA	227892

CR933764.6	1751	ATTATTTTAAACTATCAAGGACTAGATGGAAATAATTTGATTTTATTATA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	227893	ATTATTTTAAACTATCAAGGACTAGATGGAAATAATTTGATTTTATTATA	227942

CR933764.6	1801	CCTGAACTTATTTCACTGCCTAAATCGATATGTAAAGTTAAATAATTACA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	227943	CCTGAACTTATTTCACTGCCTAAATCGATATGTAAAGTTAAATAATTACA	227992

CR933764.6	1851	TTATGTGGTGCCTAAACATTTGTGTTCGTGTCATATTTACTTGAACACAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	227993	TTATGTGGTGCCTAAACATTTGTGTTCGTGTCATATTTACTTGAACACAA	228042

CR933764.6	1901	TAATAATAATAAAAACAAAACATCTGTAAATCTATTGTCTATTATGAATA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	228043	TAATAATAATAAAAACAAAACATCTGTAAATCTATTGTCTATTATGAATA	228092

CR933764.6	1951	TTTGGATTTAAGGTAATTCCTTGTTATATTTTGATCATGTTTTGAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR847495.11	228093	TTTGGATTTAAGGTAATTCCTTGTTATATTTTGATCATGTTTTGAAGCTT	228142

Overview

Query
CR933764.6 - 74356 bps
Hit
CR847495.11 - 228142 bps
Total alignments
9
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193420001200012261432281421
285.583436355429454928-111146117691
377.65572674723647502138476387481
490.860877335473440149288493741
588.2449857335473438-153507535911
683.991523303643336762-179931802361
783.072756383569636333-180404810351
884.469139623256246311341831343231
990.13102152621606231111460691462201
Short-link