<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR388408.5	1	GGCCGCTCCTCCCCGCTCCCCCCTCCCTTCTCCTCCACCTTTCTCCTCCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	55744	GGCCGCTCCTCCCCGCTCCCCCCTCCCTTCTCCTCCACCTTTCTCCTCCT	55793

CR388408.5	51	CCCGTCCCTCCTCCCCTCGAATCCAGGCTCCAGCCTGGCCAGGGTCTCTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	55794	CCCGTCCCTCCTCCCCTCGAATCCAGGCTCCAGCCTGGCCAGGGTCTCTC	55843

CR388408.5	101	CCCTCCTCTCTCGCTTCCCCCAAACCCCACCCCTGTCTCTTCTTCCCCGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	55844	CCCTCCTCTCTCGCTTCCCCCAAACCCCACCCCTGTCTCTTCTTCCCCGG	55893

CR388408.5	151	GGCGGCGGCAGCCACGGGAGCGGGGAGCGGGGAGCCGGGAGGGAAGGAGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	55894	GGCGGCGGCAGCCACGGGAGCGGGGAGCGGGGAGCCGGGAGGGAAGGAGG	55943

CR388408.5	201	CGGCGCCGGGGACCAGGGAGAGCTCCCGGGCGGAGGGAAGAAGGAGGGTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	55944	CGGCGCCGGGGACCAGGGAGAGCTCCCGGGCGGAGGGAAGAAGGAGGGTG	55993

CR388408.5	251	CAAGGGAAGGCAGGGCGGGGGGAAGAGAGGGGAAGACCGGGGAGAGGGCG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	55994	CAAGGGAAGGCAGGGCGGGGGGAAGAGAGGGGAAGACCGGGGAGAGGGCG	56043

CR388408.5	301	CCTCCCACAACCCGAGCCCCGGGAGCCGCCCCGGATCCCAGCCCCGCCCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	56044	CCTCCCACAACCCGAGCCCCGGGAGCCGCCCCGGATCCCAGCCCCGCCCT	56093

CR388408.5	351	GGACCGCCCACAGCGCGGTGGGGCGGGCGGTGGAGAGGCGCGGGGCTGAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	56094	GGACCGCCCACAGCGCGGTGGGGCGGGCGGTGGAGAGGCGCGGGGCTGAG	56143

CR388408.5	401	AGGTGGGGGAGAGGGAGGTGCCCTGGTGCACACGCACTCGTCGGGGGGCG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	56144	AGGTGGGGGAGAGGGAGGTGCCCTGGTGCACACGCACTCGTCGGGGGGCG	56193

CR388408.5	451	CCGGTCACTGCCGAGGGACCTGCGGGCCAAACAACTGGAAGCTGGGGTGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	56194	CCGGTCACTGCCGAGGGACCTGCGGGCCAAACAACTGGAAGCTGGGGTGG	56243

CR388408.5	501	GGGAGAGGGAACCCGAGCCAAAGGCAGAGGAGCTGGCGCTGAGACAGGGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	56244	GGGAGAGGGAACCCGAGCCAAAGGCAGAGGAGCTGGCGCTGAGACAGGGA	56293

CR388408.5	551	GTCTGGGATGAAGGTGGAGAAAGACGGCTGCACAAAGAGAAGGCAGCCCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	56294	GTCTGGGATGAAGGTGGAGAAAGACGGCTGCACAAAGAGAAGGCAGCCCT	56343

CR388408.5	601	AGATCCGGGTGAGAGGAGAGAGGCAGAGGCAGATGCCCAGGAGAACTGCG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	56344	AGATCCGGGTGAGAGGAGAGAGGCAGAGGCAGATGCCCAGGAGAACTGCG	56393

CR388408.5	651	ACCGGAGGGCGAGAAAGAAGCCTGGGTCAGAAGGAGGTGGGGGAGGGGGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	56394	ACCGGAGGGCGAGAAAGAAGCCTGGGTCAGAAGGAGGTGGGGGAGGGGGA	56443

CR388408.5	701	CTGAGGACCACCTAAGCGCAAGAAGGGTTGGGTGTAGAAGAGATTTCTGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	56444	CTGAGGACCACCTAAGCGCAAGAAGGGTTGGGTGTAGAAGAGATTTCTGG	56493

CR388408.5	751	GAGACTAGAGCAGCTCCATGGTCCAGCAGCATTGCTACTCGCCTGCTCTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	56494	GAGACTAGAGCAGCTCCATGGTCCAGCAGCATTGCTACTCGCCTGCTCTG	56543

CR388408.5	801	CAGGGAACGCGCAGAACGGATTGGAGGCAAAAAACAAAACAGGGAGGGGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	56544	CAGGGAACGCGCAGAACGGATTGGAGGCAAAAAACAAAACAGGGAGGGGG	56593

CR388408.5	851	ACATCAAGGAGAGAAATTGAAGTACGAAGGGAGTAAAAGGACAAGAGAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	56594	ACATCAAGGAGAGAAATTGAAGTACGAAGGGAGTAAAAGGACAAGAGAAA	56643

CR388408.5	901	AGAACCTCAGGGTGGTTTAGAAGCCAGTATTACCTGATGTACTCCAGCAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	56644	AGAACCTCAGGGTGGTTTAGAAGCCAGTATTACCTGATGTACTCCAGCAG	56693

CR388408.5	951	AGCCTAGCAAACAGTATTTCTTGACCAAGGGCAAACTGGAAGCTCTAAAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	56694	AGCCTAGCAAACAGTATTTCTTGACCAAGGGCAAACTGGAAGCTCTAAAG	56743

CR388408.5	1001	ACAGCAGGTACAGACCTTTTTGACGGCTCCAGAAGCTCTTGGCTATACCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	56744	ACAGCAGGTACAGACCTTTTTGACGGCTCCAGAAGCTCTTGGCTATACCT	56793

CR388408.5	1051	TGAAGTGGAGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	56794	TGAAGTGGAGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	56843

CR388408.5	1101	GTGTGTGTGTTGTGCTGTTGTTGTTCGTAGGCCTGAGTTTGGGCTGGGAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	56844	GTGTGTGTGTTGTGCTGTTGTTGTTCGTAGGCCTGAGTTTGGGCTGGGAG	56893

CR388408.5	1151	AGGAAACAGTGGGCTCCTTGTTGGGGGGGACAAAAAAAAAGCTGCTTTCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	56894	AGGAAACAGTGGGCTCCTTGTTGGGGGGGACAAAAAAAAAGCTGCTTTCT	56943

CR388408.5	1201	GGCTGGTCCTAGGGGGAAAAATGGTAGGAAGAAACCAAACACTGAGAGAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	56944	GGCTGGTCCTAGGGGGAAAAATGGTAGGAAGAAACCAAACACTGAGAGAC	56993

CR388408.5	1251	TGACTAGAATTGAGATTCTCAACCTCCAACCCTTTTTTACAATAAATATT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	56994	TGACTAGAATTGAGATTCTCAACCTCCAACCCTTTTTTACAATAAATATT	57043

CR388408.5	1301	TTGTAATGACACTTTTACTGTCCTAAATTGAGATTCATAGATGAGGCTCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	57044	TTGTAATGACACTTTTACTGTCCTAAATTGAGATTCATAGATGAGGCTCA	57093

CR388408.5	1351	CGCCTGAAATCCCAGAACTTTGGGAGGCCGAGGCGGACTGATCACTTGAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	57094	CGCCTGAAATCCCAGAACTTTGGGAGGCCGAGGCGGACTGATCACTTGAG	57143

CR388408.5	1401	CTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCTGGCCAGCATGGCGAAACCCCATC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	57144	CTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCTGGCCAGCATGGCGAAACCCCATC	57193

CR388408.5	1451	TCTACTAAAAATAGAAAAATTAGCGTGGTGTGATGGTGTGCGCCTGTAAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	57194	TCTACTAAAAATAGAAAAATTAGCGTGGTGTGATGGTGTGCGCCTGTAAT	57243

CR388408.5	1501	CCCAGCTGAGACACCAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCAGAGGTTGCAGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	57244	CCCAGCTGAGACACCAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCAGAGGTTGCAGT	57293

CR388408.5	1551	GAGCCAAGATCGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACTC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	57294	GAGCCAAGATCGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACTC	57343

CR388408.5	1601	CATCTCAAACAAAAAGAAAGGGAAGGAGGGAGAGAAAGTCATAGATGATA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	57344	CATCTCAAACAAAAAGAAAGGGAAGGAGGGAGAGAAAGTCATAGATGATA	57393

CR388408.5	1651	TAACCTACCTACATACACAACTTTAAACAGAAAGCAAAATGCTTCCCTTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	57394	TAACCTACCTACATACACAACTTTAAACAGAAAGCAAAATGCTTCCCTTT	57443

CR388408.5	1701	CTGTAACGTAAAGGGGAAATGAAAGAAAAGTAACTTGCAATAAAATAACA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	57444	CTGTAACGTAAAGGGGAAATGAAAGAAAAGTAACTTGCAATAAAATAACA	57493

CR388408.5	1751	TAAACAGTATTTTAATGTGTGAGTGCCAAGGCCCGACTACCCTAGAAGTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	57494	TAAACAGTATTTTAATGTGTGAGTGCCAAGGCCCGACTACCCTAGAAGTC	57543

CR388408.5	1801	CTGATGGAGTAAGCAGATGCTTCCACCTATTCACAGAACCACGGGGATGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	57544	CTGATGGAGTAAGCAGATGCTTCCACCTATTCACAGAACCACGGGGATGA	57593

CR388408.5	1851	AACTGCTACCAACACAGGCTGATCCAGGTGCTGAGTTGGTGACTCAACTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	57594	AACTGCTACCAACACAGGCTGATCCAGGTGCTGAGTTGGTGACTCAACTA	57643

CR388408.5	1901	CCTCCAGCATGTTGCCATCAATGAAGTGATTTAACAAAATGTTGAACAAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	57644	CCTCCAGCATGTTGCCATCAATGAAGTGATTTAACAAAATGTTGAACAAC	57693

CR388408.5	1951	TCTTGGTAGCAAAGTTAATTTTCCCTAATTTTACACACAACTATAATTGC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759870.6	57694	TCTTGGTAGCAAAGTTAATTTTCCCTAATTTTACACACAACTATAATTGC	57743

Overview

Query
CR388408.5 - 79325 bps
Hit
CR759870.6 - 57743 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link