<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR936468.7	1	ACAATACATGGAGGAGGGGGGAATTGTTTTGCTGTCTGTGCAGTAAGCAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	108072	ACAATACATGGAGGAGGGGGGAATTGTTTTGCTGTCTGTGCAGTAAGCAG	108121

CR936468.7	51	ATTCGGATGAAGCGCAAGTGATTTACATGTAAAGTAATTGCAAAGATTAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	108122	ATTCGGATGAAGCGCAAGTGATTTACATGTAAAGTAATTGCAAAGATTAG	108171

CR936468.7	101	ACATTCTTTGGCGTAAATTGGGCATTTGATACACTTCAGACTGCAAAAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	108172	ACATTCTTTGGCGTAAATTGGGCATTTGATACACTTCAGACTGCAAAAAA	108221

CR936468.7	151	GGTTGAGCAAACATCTAACAAACGGATCAATGAAACGAACAGAAAAGCAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	108222	GGTTGAGCAAACATCTAACAAACGGATCAATGAAACGAACAGAAAAGCAA	108271

CR936468.7	201	GCAGCTTACAATGATGGAGATTAGTTTAAGGATGACGCCTGCTGGACGTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	108272	GCAGCTTACAATGATGGAGATTAGTTTAAGGATGACGCCTGCTGGACGTG	108321

CR936468.7	251	ACTGAATTGAAGGGTATTATATGTGCTTTACATGTATGGCTGGTATTATG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	108322	ACTGAATTGAAGGGTATTATATGTGCTTTACATGTATGGCTGGTATTATG	108371

CR936468.7	301	ACAAATCGATACATTCCTGCAGTTAACGAGAGAAACCGCTTCCCTGGCAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	108372	ACAAATCGATACATTCCTGCAGTTAACGAGAGAAACCGCTTCCCTGGCAT	108421

CR936468.7	351	TGACGAGTTTTACAGCAATCCGTGTTTTAGGTGTATTACGCTTGGGTCCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	108422	TGACGAGTTTTACAGCAATCCGTGTTTTAGGTGTATTACGCTTGGGTCCT	108471

CR936468.7	401	AGCGCACATCCTGAGTGAGGTACATGATGTCAGATTGTGGATAAAAATAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	108472	AGCGCACATCCTGAGTGAGGTACATGATGTCAGATTGTGGATAAAAATAA	108521

CR936468.7	451	GAGATACACAACTTTCCTTTGGCTTAATCCCTACCGTTTTGACAAGAGAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	108522	GAGATACACAACTTTCCTTTGGCTTAATCCCTACCGTTTTGACAAGAGAT	108571

CR936468.7	501	TAAAATAAAGAAGCTTTATTTTTATGATTTGTGTATATATATTAGGGCTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	108572	TAAAATAAAGAAGCTTTATTTTTATGATTTGTGTATATATATTAGGGCTG	108621

CR936468.7	551	GGCGATATGGCAAAAAAAAAAAATAGGTTTTTTATAAAGTTTGACCGATT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	108622	GGCGATATGGCAAAAAAAAAAAATAGGTTTTTTATAAAGTTTGACCGATT	108671

CR936468.7	601	AACGATTTCGATTTTTTTTTATTGTGTAACTAGTCACCTTAAAACATTAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	108672	AACGATTTCGATTTTTTTTTATTGTGTAACTAGTCACCTTAAAACATTAC	108721

CR936468.7	651	AACAACATGACTGAAATAACATTCTCTTTATAAGTAACTTGGAAAAACCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	108722	AACAACATGACTGAAATAACATTCTCTTTATAAGTAACTTGGAAAAACCA	108771

CR936468.7	701	TCTGGTTAAGGAACATTGTATTGCCATACATAAATTGGTCAACAAGGTGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	108772	TCTGGTTAAGGAACATTGTATTGCCATACATAAATTGGTCAACAAGGTGT	108821

CR936468.7	751	AAATAAATGTAAAACAAATTTACACGTTAAATAGCGTTGCAGAAGATTTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	108822	AAATAAATGTAAAACAAATTTACACGTTAAATAGCGTTGCAGAAGATTTG	108871

CR936468.7	801	AATAAAAATATTTGTGTAAATATTGCAGTTGCAGGAATACAGATGTATTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	108872	AATAAAAATATTTGTGTAAATATTGCAGTTGCAGGAATACAGATGTATTT	108921

CR936468.7	851	TTTGCATGTTTTGCTGAGCCTAGGAAAGATGGCTGTCAGCTCGGCTTTGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	108922	TTTGCATGTTTTGCTGAGCCTAGGAAAGATGGCTGTCAGCTCGGCTTTGA	108971

CR936468.7	901	CTTTGTGTTCTGATTGAATGACAGGTTGTAAAGCTGCTGTCTTTTTCTTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	108972	CTTTGTGTTCTGATTGAATGACAGGTTGTAAAGCTGCTGTCTTTTTCTTA	109021

CR936468.7	951	AAAAGGTACAGTAGAAGTAAAGGACTGAACATGGAAACTGTAAAGCCTAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	109022	AAAAGGTACAGTAGAAGTAAAGGACTGAACATGGAAACTGTAAAGCCTAA	109071

CR936468.7	1001	TTTAACCCAATGTGTGAAGTTGTGGACGTATAGCAGGAGCAAATAAAAGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	109072	TTTAACCCAATGTGTGAAGTTGTGGACGTATAGCAGGAGCAAATAAAAGC	109121

CR936468.7	1051	ACCAGATGTGTGTCTAATATATAATAACATATTTAATCCATTTTTCTTTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	109122	ACCAGATGTGTGTCTAATATATAATAACATATTTAATCCATTTTTCTTTT	109171

CR936468.7	1101	CCCCCTTTTAAATACCGATCATTTGATGCGCTTTGCTCCACTCTCTGTAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	109172	CCCCCTTTTAAATACCGATCATTTGATGCGCTTTGCTCCACTCTCTGTAT	109221

CR936468.7	1151	TATGCTGCCTGATCTGTCTGGTTTTTAACTAGGTCCGCTAAATGACATCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	109222	TATGCTGCCTGATCTGTCTGGTTTTTAACTAGGTCCGCTAAATGACATCA	109271

CR936468.7	1201	TGGGGACGGGTACTTTCATTTTCACTGCTGCAGGCCCTCACCTCTGCTCG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	109272	TGGGGACGGGTACTTTCATTTTCACTGCTGCAGGCCCTCACCTCTGCTCG	109321

CR936468.7	1251	TGTTTAAACCAAAACATCAGCACGGTTCGAACTAAGATCAGCAAGGTTTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	109322	TGTTTAAACCAAAACATCAGCACGGTTCGAACTAAGATCAGCAAGGTTTT	109371

CR936468.7	1301	TTTACATGGCAGGTTTTTACGTCCTTCATACAAGTTGAGATCGAGTTTAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	109372	TTTACATGGCAGGTTTTTACGTCCTTCATACAAGTTGAGATCGAGTTTAT	109421

CR936468.7	1351	CGAATTGATGAGGGAATATGTCTTGACACTCAACAAGTAAAATCCAACAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	109422	CGAATTGATGAGGGAATATGTCTTGACACTCAACAAGTAAAATCCAACAT	109471

CR936468.7	1401	GACTTCACGCTTTAACAGACAGTCAAGCAGGTCGCACACCAGAAGCACCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	109472	GACTTCACGCTTTAACAGACAGTCAAGCAGGTCGCACACCAGAAGCACCA	109521

CR936468.7	1451	TGACAAGGCGAGCACATGACAGTTTAAACTATCACACACCAAACGCGCAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	109522	TGACAAGGCGAGCACATGACAGTTTAAACTATCACACACCAAACGCGCAC	109571

CR936468.7	1501	ATTCGCATGAGATTTAACATGAAACTAATCAGATGGCGCTCTGTGGCGTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	109572	ATTCGCATGAGATTTAACATGAAACTAATCAGATGGCGCTCTGTGGCGTG	109621

CR936468.7	1551	GCTGAAATATTGACTGCATCCTGAATCGTGGCTGGGCGGCACCGGTGCTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	109622	GCTGAAATATTGACTGCATCCTGAATCGTGGCTGGGCGGCACCGGTGCTT	109671

CR936468.7	1601	GTATAGAAACCTGTTTAGAATTCTAAAATCCATGGCGCTGCGTGGTGCTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	109672	GTATAGAAACCTGTTTAGAATTCTAAAATCCATGGCGCTGCGTGGTGCTG	109721

CR936468.7	1651	CGCGTTGCCGAGTGGTGCTTCTGGTGTTCGACCTGCTTCATACAGAGGGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	109722	CGCGTTGCCGAGTGGTGCTTCTGGTGTTCGACCTGCTTCATACAGAGGGA	109771

CR936468.7	1701	ACCAAAGTGTATTGGTGCCATTATAATGTATACATTTTTTTTTAATCACG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	109772	ACCAAAGTGTATTGGTGCCATTATAATGTATACATTTTTTTTTAATCACG	109821

CR936468.7	1751	ATTTTTCGATTTAATATAAAATTAAATTGTCGTCAAAACAAAAATTCGAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	109822	ATTTTTCGATTTAATATAAAATTAAATTGTCGTCAAAACAAAAATTCGAA	109871

CR936468.7	1801	TTAATCTAAAAAAATAAATAAATACAAAAAAATCGGCTATTTGATTTATA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	109872	TTAATCTAAAAAAATAAATAAATACAAAAAAATCGGCTATTTGATTTATA	109921

CR936468.7	1851	TATATTTTTAATCTCAAAATTGTCAGCAAATTTCTGGGAATTACCATCAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	109922	TATATTTTTAATCTCAAAATTGTCAGCAAATTTCTGGGAATTACCATCAC	109971

CR936468.7	1901	AAAATCTGTAATTTTTGGAACTGCAAAATAAAAATCTTTTTTAAAAAATT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	109972	AAAATCTGTAATTTTTGGAACTGCAAAATAAAAATCTTTTTTAAAAAATT	110021

CR936468.7	1951	GTGAAAGGCTAGGAGGTCTGAAGAGCGTCATGCTTTTTAGAATTAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759840.6	110022	GTGAAAGGCTAGGAGGTCTGAAGAGCGTCATGCTTTTTAGAATTAAGCTT	110071

Overview

Query
CR936468.7 - 17228 bps
Hit
CR759840.6 - 110071 bps
Total alignments
12
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194720001200011080721100711
210030624367442815566171
3100306243674428-15626231
4100306243674428135155352161
5100306243674428138365384261
6100306243674428-138379384401
786.048816787808946142803429741
8100306243674428151285513461
9100316343664428-192046921081
10100386743674433192046921121
1110032664364442911070091070741
12100326543654429-11070111070751
Short-link