<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR753869.4	1	AAGCTTTTGTTGTTTTATCTCACTGATTAAAGTGAGAGGAGGGTGCTTAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	119732	AAGCTTTTGTTGTTTTATCTCACTGATTAAAGTGAGAGGAGGGTGCTTAT	119781

CR753869.4	51	TTTTTCTTATCCGGTTGATAATGGCTTTCCTGGGTCATGAAGAAAAGTTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	119782	TTTTTCTTATCCGGTTGATAATGGCTTTCCTGGGTCATGAAGAAAAGTTA	119831

CR753869.4	101	AGCTGAATGTAGTATATACATACGGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	119832	AGCTGAATGTAGTATATACATACGGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCC	119881

CR753869.4	151	TAAATTATTAGACTGCTTGTTTATTTTTTCCCCAATTTCTGTTTAACGAC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	119882	TAAATTATTAGACTGCTTGTTTATTTTTTCCCCAATTTCTGTTTAACGAC	119931

CR753869.4	201	AGATGATTTTTTCAACACATTTCTAAACATAATAATTTTAATAACTCATT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	119932	AGATGATTTTTTCAACACATTTCTAAACATAATAATTTTAATAACTCATT	119981

CR753869.4	251	TCTAATTATTGATTTATTTTATTTTACCATGATGACTGTAAATAATATTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	119982	TCTAATTATTGATTTATTTTATTTTACCATGATGACTGTAAATAATATTT	120031

CR753869.4	301	TACTAGATATTTTTCAAGATACTTTTATACAGCTTAAAGTGACATTCAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	120032	TACTAGATATTTTTCAAGATACTTTTATACAGCTTAAAGTGACATTCAAA	120081

CR753869.4	351	GGCTTAACTGGGTTAATTAGGTTAACTAGGCAGGTTAGGGTAATTAGGCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	120082	GGCTTAACTGGGTTAATTAGGTTAACTAGGCAGGTTAGGGTAATTAGGCA	120131

CR753869.4	401	AGTTATTGTATAACAGTGGTTTGTTCTGTAGATTATCGAGAAAAAAATAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	120132	AGTTATTGTATAACAGTGGTTTGTTCTGTAGATTATCGAGAAAAAAATAT	120181

CR753869.4	451	AGCTTAAAGGGGCTAATAATTTTGTCCCTAAAATGGTTCATAAAAAACTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	120182	AGCTTAAAGGGGCTAATAATTTTGTCCCTAAAATGGTTCATAAAAAACTC	120231

CR753869.4	501	AAAACTGCTTTTATTCTAGCCGAAATAAAACAAATAAGACTTTCTCCAGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	120232	AAAACTGCTTTTATTCTAGCCGAAATAAAACAAATAAGACTTTCTCCAGA	120281

CR753869.4	551	AGAAAAAATATTATCAGACATACTGTGAAAATGTCCTTGCTCTGTTAAAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	120282	AGAAAAAATATTATCAGACATACTGTGAAAATGTCCTTGCTCTGTTAAAC	120331

CR753869.4	601	ATCATTTGGAAAATATTTAAAAAAGAAGAAAAAAATAAATCTGACTTCAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	120332	ATCATTTGGAAAATATTTAAAAAAGAAGAAAAAAATAAATCTGACTTCAA	120381

CR753869.4	651	CTGTATATATATAATATTGTTTTCTATAATATTGTTTTCTATTTTGTATG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	120382	CTGTATATATATAATATTGTTTTCTATAATATTGTTTTCTATTTTGTATG	120431

CR753869.4	701	TTGAGAGTTACAAAAACAATTCTAACATAATTAAATATAATTTAATATAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	120432	TTGAGAGTTACAAAAACAATTCTAACATAATTAAATATAATTTAATATAC	120481

CR753869.4	751	AATATAAACAATCAAATATTATTTTATTAATAATGTAATGTTATGTAATA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	120482	AATATAAACAATCAAATATTATTTTATTAATAATGTAATGTTATGTAATA	120531

CR753869.4	801	ATAATAATAATAATAATAATACAAAATAAAATATCTATCATAGAGCAGTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	120532	ATAATAATAATAATAATAATACAAAATAAAATATCTATCATAGAGCAGTC	120581

CR753869.4	851	CAGCAGTAAAATTCATAAATGATATTATTTTTTTAAATAAATTTGGAAAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	120582	CAGCAGTAAAATTCATAAATGATATTATTTTTTTAAATAAATTTGGAAAG	120631

CR753869.4	901	AACATTTTTAAGGGATAGTTCATCCAAAAATGAAAATTTACTCATTTACT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	120632	AACATTTTTAAGGGATAGTTCATCCAAAAATGAAAATTTACTCATTTACT	120681

CR753869.4	951	CAGCCTCAGGTGGTTCCAAACCTTTACAAGATTCTTTACACTGTTGAACG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	120682	CAGCCTCAGGTGGTTCCAAACCTTTACAAGATTCTTTACACTGTTGAACG	120731

CR753869.4	1001	TTAAAAAATAAATTCTTAAGAAAGATGGAAACCTTTATATATTAGCCCTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	120732	TTAAAAAATAAATTCTTAAGAAAGATGGAAACCTTTATATATTAGCCCTT	120781

CR753869.4	1051	TCACACAGTGATACTGGTAAATATCTGGAAAATTTCAGGAACGACTTTAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	120782	TCACACAGTGATACTGGTAAATATCTGGAAAATTTCAGGAACGACTTTAC	120831

CR753869.4	1101	CGTAAAAAAGTGCTGCTTACACAGGCGAGGACGTTACGGAATTTTTCCGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	120832	CGTAAAAAAGTGCTGCTTACACAGGCGAGGACGTTACGGAATTTTTCCGG	120881

CR753869.4	1151	AAAAGACCATTCACACATTTATTCAAATATACCCGTAAATTCTGACATCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	120882	AAAAGACCATTCACACATTTATTCAAATATACCCGTAAATTCTGACATCC	120931

CR753869.4	1201	TTAATCAGAAATAAGCTCTAAACGGCTGTATTTGTATTTGTAAACATTTA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	120932	TTAATCAGAAATAAGCTCTAAACGGCTGTATTTGTATTTGTAAACATTTA	120981

CR753869.4	1251	ACTACATTACAAACTCTTTGGATGGACAAGTGTTGTTAACACCTTCGATG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	120982	ACTACATTACAAACTCTTTGGATGGACAAGTGTTGTTAACACCTTCGATG	121031

CR753869.4	1301	AAAACGTATGGAAACACTTTCGCATATCGAGATGTACAGTATGTGCTGGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	121032	AAAACGTATGGAAACACTTTCGCATATCGAGATGTACAGTATGTGCTGGA	121081

CR753869.4	1351	GCTAGTTTGATGCAACTGAAGGAAGAAGAACTTGAAGGTAAACAAACAAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	121082	GCTAGTTTGATGCAACTGAAGGAAGAAGAACTTGAAGGTAAACAAACAAT	121131

CR753869.4	1401	GGCTTATCATAAGCATTTTATCGATTATTTTATACAAAGTTGGTATTAAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	121132	GGCTTATCATAAGCATTTTATCGATTATTTTATACAAAGTTGGTATTAAG	121181

CR753869.4	1451	AAGGACGTTATCTGACTATCATCTAGCAGATAAATGTGTCGGGAAAAATA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	121182	AAGGACGTTATCTGACTATCATCTAGCAGATAAATGTGTCGGGAAAAATA	121231

CR753869.4	1501	TTCAAAGGCTTTTATTTTCATATTTGGTCTGTTTTTGTAAAAGTAACTAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	121232	TTCAAAGGCTTTTATTTTCATATTTGGTCTGTTTTTGTAAAAGTAACTAC	121281

CR753869.4	1551	TGTAGTATTTGTGTTTGGTGTTTTCATAGTATTTGTCAATGGTTACAGCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	121282	TGTAGTATTTGTGTTTGGTGTTTTCATAGTATTTGTCAATGGTTACAGCT	121331

CR753869.4	1601	TTCCTGCATTCTTTAATATATTTCCTGTAGTGTTCAACTGAGTACAGAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	121332	TTCCTGCATTCTTTAATATATTTCCTGTAGTGTTCAACTGAGTACAGAAA	121381

CR753869.4	1651	TTTATAAAGATTTGGAACCACATGGTGTAAATCCATAGTGAGCAAATGTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	121382	TTTATAAAGATTTGGAACCACATGGTGTAAATCCATAGTGAGCAAATGTT	121431

CR753869.4	1701	TGGTTTTGGATTTACTAACCCGTTAAGTGTTGATTTTTTGTTTATTTATT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	121432	TGGTTTTGGATTTACTAACCCGTTAAGTGTTGATTTTTTGTTTATTTATT	121481

CR753869.4	1751	TATGTGCAGACTGCTCTCAATATGACATTGATATATTAAATAATCACTGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	121482	TATGTGCAGACTGCTCTCAATATGACATTGATATATTAAATAATCACTGC	121531

CR753869.4	1801	ATTTATCAAACAAATATCAAAACAACTGATATATTTACAATAATTTAATA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	121532	ATTTATCAAACAAATATCAAAACAACTGATATATTTACAATAATTTAATA	121581

CR753869.4	1851	GCAAAACTCACTTCAAGGATCCATTAAAAATACTTTGGCACCAAATTGCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	121582	GCAAAACTCACTTCAAGGATCCATTAAAAATACTTTGGCACCAAATTGCT	121631

CR753869.4	1901	TAAAAAGTAAACCCAAAACAACAACTTTATTAGTGTGTCATTATGTCAGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	121632	TAAAAAGTAAACCCAAAACAACAACTTTATTAGTGTGTCATTATGTCAGG	121681

CR753869.4	1951	TGTTCAGAACTAAAACTGTGAGATACGAATCTTACCTAATTGTTTTCTTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753840.11	121682	TGTTCAGAACTAAAACTGTGAGATACGAATCTTACCTAATTGTTTTCTTT	121731

Overview

Query
CR753869.4 - 103074 bps
Hit
CR753840.11 - 121731 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100186020001200011197321217311
289.053916624755248213-154405550711
388.682333686665767024-143665440441
484.82216476113588-158979594521
588.04200370264633-198112984791
688.21198358116473-194329946841
784.6318946117363311094091098571
884.42151311450854539511037461040661
983.151453406630466643-143658440131
1088.4114022966795670231288531171
1187.91242116665566865-1125114651
1285.2611923633663601143789440391
1383.9411329610192910222411199911202951
1482.941123315459854928-11200261203711
1585.851032174799748213-155082552931
1691.24971386689367030121368215041
1782.7889209340036081125114651
1881.788922033823601-121154213781
1981.67832544670846961167597678471
2081.54821946643266625-1212423181
2192.23781031086310965121150212521
2279.8678284101929102212-159012593041
Short-link