<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX649301.3	149467	AAGCTTACCATGGGCTAACTTTGTCCCACAGGGCAGACCCTAATTTGGAC	149418
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	97311	AAGCTTACCATGGGCTAACTTTGTCCCACAGGGCAGACCCTAATTTGGAC	97360

C  BX649301.3	149417	ATCTCTGGTTTAGAAGATAAAGTAGTTTTTTAGAAACTTGATAAGTTGCT	149368
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	97361	ATCTCTGGTTTAGAAGATAAAGTAGTTTTTTAGAAACTTGATAAGTTGCT	97410

C  BX649301.3	149367	ATTTTTAACAAAACCTCAATGTAGTTTTAGGTGAAATATTTTACTTACTG	149318
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	97411	ATTTTTAACAAAACCTCAATGTAGTTTTAGGTGAAATATTTTACTTACTG	97460

C  BX649301.3	149317	TACTTTTTCTCATTATCTCTGATCAGTGTTTATATGTCAATAAATACCAA	149268
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	97461	TACTTTTTCTCATTATCTCTGATCAGTGTTTATATGTCAATAAATACCAA	97510

C  BX649301.3	149267	TCATATAAACACATTGTGTCTCTTCAGAAGACCTGGATTAAACTACTAGG	149218
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	97511	TCATATAAACACATTGTGTCTCTTCAGAAGACCTGGATTAAACTACTAGG	97560

C  BX649301.3	149217	TTCATATCATTTTTTTGAATCCTTTTAGGAACATTTTATCAAAAATATCT	149168
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	97561	TTCATATCATTTTTTTGAATCCTTTTAGGAACATTTTATCAAAAATATCT	97610

C  BX649301.3	149167	TTATTTTTGTGCACTGTAAAAAAATATACAATCAATTAGTCCTGACAGCA	149118
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	97611	TTATTTTTGTGCACTGTAAAAAAATATACAATCAATTAGTCCTGACAGCA	97660

C  BX649301.3	149117	TATGTTTTAGGTCAGGGGTTTTCAAAGTGTGAGGCGCGCCTCCCCTGGGG	149068
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	97661	TATGTTTTAGGTCAGGGGTTTTCAAAGTGTGAGGCGCGCCTCCCCTGGGG	97710

C  BX649301.3	149067	GGCGCCAGAGCATGTCAGGGGAGGCGCGGGAAAAAATATTATATAATAAA	149018
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	97711	GGCGCCAGAGCATGTCAGGGGAGGCGCGGGAAAAAATATTATATAATAAA	97760

C  BX649301.3	149017	AATATAATTATTAAGTTTAATTATTATATGTATTTCTTATTATTTTTAAA	148968
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	97761	AATATAATTATTAAGTTTAATTATTATATGTATTTCTTATTATTTTTAAA	97810

C  BX649301.3	148967	CGTTTTAATTAAACAAAGCTAAAAAATAATATGTCATAAATAAGAAAACC	148918
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	97811	CGTTTTAATTAAACAAAGCTAAAAAATAATATGTCATAAATAAGAAAACC	97860

C  BX649301.3	148917	TTTTTACCCAGAAAGCCATAGCTGTGAATTCGCTTCTGTTTGGCAAGCCC	148868
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	97861	TTTTTACCCAGAAAGCCATAGCTGTGAATTCGCTTCTGTTTGGCAAGCCC	97910

C  BX649301.3	148867	GCCAATACAGGTATATGCCTGCTAATTTACAGTCTATGCTGCTAATACAA	148818
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	97911	GCCAATACAGGTATATGCCTGCTAATTTACAGTCTATGCTGCTAATACAA	97960

C  BX649301.3	148817	TGGATCGGTTTCTGAGACCCCCCGATTCAAAGCCTTCAAGTTCAGGGCTT	148768
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	97961	TGGATCGGTTTCTGAGACCCCCCGATTCAAAGCCTTCAAGTTCAGGGCTT	98010

C  BX649301.3	148767	AAACCCAAAAGACGACAATATGATGATCAGTATTTCAGTTTAGGATTTAC	148718
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	98011	AAACCCAAAAGACGACAATATGATGATCAGTATTTCAGTTTAGGATTTAC	98060

C  BX649301.3	148717	GTGGACAGGACCAGCTGATGAACCACGACCTTTATGTGTGGTTTGTCAAG	148668
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	98061	GTGGACAGGACCAGCTGATGAACCACGACCTTTATGTGTGGTTTGTCAAG	98110

C  BX649301.3	148667	ATATTTTGGCTAATGACAGCATGAGACCCGCTAAACTTTGGCGACACCTT	148618
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	98111	ATATTTTGGCTAATGACAGCATGAGACCCGCTAAACTTTGGCGACACCTT	98160

C  BX649301.3	148617	GAATCCAAGCATGATGAGGTAGCAGGAAAAACTCCAGAATTTTGTGTGTG	148568
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	98161	GAATCCAAGCATGATGAGGTAGCAGGAAAAACTCCAGAATTTTGTGTGTG	98210

C  BX649301.3	148567	TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	148518
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	98211	TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	98260

C  BX649301.3	148517	TGTGTGTGTGTGTGTGCGTATGTGTTTGGGAGAAGGGGGGCACCAATTAA	148468
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	98261	TGTGTGTGTGTGTGTGCGTATGTGTTTGGGAGAAGGGGGGCACCAATTAA	98310

C  BX649301.3	148467	TAGGTTGTGTCAAAAGGGAGGCCCACTGTCTTAGACTTTGAAAAACCCTG	148418
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	98311	TAGGTTGTGTCAAAAGGGAGGCCCACTGTCTTAGACTTTGAAAAACCCTG	98360

C  BX649301.3	148417	TTTTAGGTCATTGTAACTTGTTAAACTAAGTTAATCATGTTCTAACTTAA	148368
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	98361	TTTTAGGTCATTGTAACTTGTTAAACTAAGTTAATCATGTTCTAACTTAA	98410

C  BX649301.3	148367	TTTTAAAGTTACACAAGCTGTTTTAATTCAGTTTTATGTAATATAAGTTT	148318
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	98411	TTTTAAAGTTACACAAGCTGTTTTAATTCAGTTTTATGTAATATAAGTTT	98460

C  BX649301.3	148317	AATAGACTCATAAGGTTAATATGATTCAGCTTAAAAGTTTAAGGCAAACA	148268
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	98461	AATAGACTCATAAGGTTAATATGATTCAGCTTAAAAGTTTAAGGCAAACA	98510

C  BX649301.3	148267	GGATTTTTTTTAGGGTTTGGAACAACAAAAAAGATGAAAAATTGTTAAGG	148218
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	98511	GGATTTTTTTTAGGGTTTGGAACAACAAAAAAGATGAAAAATTGTTAAGG	98560

C  BX649301.3	148217	GCAAACAGTACATGACTTATAGTCATGACTACGAAATGATTTATGGTGTG	148168
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	98561	GCAAACAGTACATGACTTATAGTCATGACTACGAAATGATTTATGGTGTG	98610

C  BX649301.3	148167	GTCATGGCTTATTGATCATATCATTTATATCAGCTTAAAAGTATCAGACA	148118
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	98611	GTCATGGCTTATTGATCATATCATTTATATCAGCTTAAAAGTATCAGACA	98660

C  BX649301.3	148117	GACTTTTTTTTATACATCACAGCATCCATACAAAATCGAATACCCAATAA	148068
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	98661	GACTTTTTTTTATACATCACAGCATCCATACAAAATCGAATACCCAATAA	98710

C  BX649301.3	148067	GGCATGGAAGCCCTCAGCCTGACCACATGCTTCCCTTGTAATGAGGGAGC	148018
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	98711	GGCATGGAAGCCCTCAGCCTGACCACATGCTTCCCTTGTAATGAGGGAGC	98760

C  BX649301.3	148017	AGGTTGCAGGCCACTGCTGTTGCAGTCTGCTTGCGTCCAACCACATCCAC	147968
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	98761	AGGTTGCAGGCCACTGCTGTTGCAGTCTGCTTGCGTCCAACCACATCCAC	98810

C  BX649301.3	147967	TAATTAAAACCCTTGGCTTACGGGCATCAGTACACTAAATACAGGGCACT	147918
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	98811	TAATTAAAACCCTTGGCTTACGGGCATCAGTACACTAAATACAGGGCACT	98860

C  BX649301.3	147917	CTGATGAATGACACCTTTGGAAGACACTATACTGACGTCTGGCAGTAAGC	147868
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	98861	CTGATGAATGACACCTTTGGAAGACACTATACTGACGTCTGGCAGTAAGC	98910

C  BX649301.3	147867	GTGAGGATGAAGAGAGCAGCAGTGAAGGCTGACTCATGTATGCGTCAGCA	147818
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	98911	GTGAGGATGAAGAGAGCAGCAGTGAAGGCTGACTCATGTATGCGTCAGCA	98960

C  BX649301.3	147817	TTGTGGAGATGAAAGCCCAAACGATCCCCCTTGATTTACTTGGCACTGCA	147768
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	98961	TTGTGGAGATGAAAGCCCAAACGATCCCCCTTGATTTACTTGGCACTGCA	99010

C  BX649301.3	147767	TTAAAGCGAAGGACAGAAGGTGAACCATTAAACGGACTGTCAAAATCATC	147718
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	99011	TTAAAGCGAAGGACAGAAGGTGAACCATTAAACGGACTGTCAAAATCATC	99060

C  BX649301.3	147717	TTTCATTAGGAACAACAGAGAAAATCCCATCTGATATCTTTGAAGACAAT	147668
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	99061	TTTCATTAGGAACAACAGAGAAAATCCCATCTGATATCTTTGAAGACAAT	99110

C  BX649301.3	147667	GAGCAAGGGGAGAAAGAAATCGCAAAACAGCAGGGAATCAATCCAGTGCT	147618
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	99111	GAGCAAGGGGAGAAAGAAATCGCAAAACAGCAGGGAATCAATCCAGTGCT	99160

C  BX649301.3	147617	TTTGGTTAATTTAATAATTAAAATAACTTAAAATGAAGTGGGCAAAATTA	147568
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	99161	TTTGGTTAATTTAATAATTAAAATAACTTAAAATGAAGTGGGCAAAATTA	99210

C  BX649301.3	147567	AACTAAAATCCACACATGCGGTGACTTACTCTGCATGGGTGACTAGTAGC	147518
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	99211	AACTAAAATCCACACATGCGGTGACTTACTCTGCATGGGTGACTAGTAGC	99260

C  BX649301.3	147517	AAATACTGCATTAAACGTGCACCGCTGTGCTGTGACCAAAGCTTTAATCG	147468
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR628407.6	99261	AAATACTGCATTAAACGTGCACCGCTGTGCTGTGACCAAAGCTTTAATCG	99310

Overview

Query
BX649301.3 - 149467 bps
Hit
CR628407.6 - 99310 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019542000147468149467-197311993101
281.621244099907999487124494249121
386.65198137871137968127316274121
485.574898137871137968131473315691
596.433584148490148573136468365511
696.393783148493148575136596366781
798.553469148503148571147622476901
810034343124931282-164048640811
993.595123128378128500-166878670001
1092.733955123467123521167712677661
1187.12136233145694145926168964691961
1286.27157298110126110423-184921852261
1384.45134292111396111687184921852221
1491.12214316128339128654184923852261
1590.672032942650426797184928852271
1690.94767140543140609185163852281
1789.162443732650426876-187302876791
1889.34248389128332128720-187316876901
1985.17169337110082110418187338876811
2083.79126287111401111687-187386876811
Short-link