<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR854929.8	1	GGCACGGTCCGGTATTAATCTCTAACTCTTAAATATCTTTGTGTAACTGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	166747	GGCACGGTCCGGTATTAATCTCTAACTCTTAAATATCTTTGTGTAACTGA	166796

CR854929.8	51	TGTTTTACATTTCCTAATTGGCTTATTTTGTTTAATTATGTGAATTGACA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	166797	TGTTTTACATTTCCTAATTGGCTTATTTTGTTTAATTATGTGAATTGACA	166846

CR854929.8	101	TGGAAAATCTTTGTCAAATAAATGTAAAATTCTTTTTTTACATCTCTTGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	166847	TGGAAAATCTTTGTCAAATAAATGTAAAATTCTTTTTTTACATCTCTTGA	166896

CR854929.8	151	AATCATTGTAAATCTAGTAAATTGTTTAGGTTTAGGTTTCCGCACCCTTC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	166897	AATCATTGTAAATCTAGTAAATTGTTTAGGTTTAGGTTTCCGCACCCTTC	166946

CR854929.8	201	GACCAGGATTGTCATACAATCAGGCTTAATGAAGTGAGCATAGGCACAGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	166947	GACCAGGATTGTCATACAATCAGGCTTAATGAAGTGAGCATAGGCACAGC	166996

CR854929.8	251	TTTAAAGACTGACAATCACTGACTTAGTATGATATAATCTAGTAGCTAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	166997	TTTAAAGACTGACAATCACTGACTTAGTATGATATAATCTAGTAGCTAAA	167046

CR854929.8	301	TCAAAATTTCTTTATGTATGAGCAAGCATGGGGCGACCTAATACTACTTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	167047	TCAAAATTTCTTTATGTATGAGCAAGCATGGGGCGACCTAATACTACTTA	167096

CR854929.8	351	AAGGAAATTAGTTTACAGTAATATCCTCTATCTAAGAACCAGAATTGGCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	167097	AAGGAAATTAGTTTACAGTAATATCCTCTATCTAAGAACCAGAATTGGCA	167146

CR854929.8	401	AGGCTGTGTCCGTGAGCACATGTACAGCATACTGAGGACAGCATACTGAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	167147	AGGCTGTGTCCGTGAGCACATGTACAGCATACTGAGGACAGCATACTGAT	167196

CR854929.8	451	TGCGGGTAAATGATGAACCATTAAGATTAGATTAGATTAGATTCAACTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	167197	TGCGGGTAAATGATGAACCATTAAGATTAGATTAGATTAGATTCAACTTT	167246

CR854929.8	501	CTTGTCATTACACATGTACAAGTACAAAGCAATGAAATACAGTTTAGGTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	167247	CTTGTCATTACACATGTACAAGTACAAAGCAATGAAATACAGTTTAGGTC	167296

CR854929.8	551	TAACCAGCAGTGCAATAGTAGCAAGTGCAGGATACAGGTATAAGACATAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	167297	TAACCAGCAGTGCAATAGTAGCAAGTGCAGGATACAGGTATAAGACATAT	167346

CR854929.8	601	TTAACTGAAAATGAGGAATTATTAGGGTAATCAATCTAAATTAGACCATA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	167347	TTAACTGAAAATGAGGAATTATTAGGGTAATCAATCTAAATTAGACCATA	167396

CR854929.8	651	TTACAACCTAAGGTGATCAGCTTCAATTAGATGAATCTAAATGTAAATTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	167397	TTACAACCTAAGGTGATCAGCTTCAATTAGATGAATCTAAATGTAAATTA	167446

CR854929.8	701	GTTTAAATCAGAGTCAGATAAAAATAAGGGTCAAAATTAGATTCATGAAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	167447	GTTTAAATCAGAGTCAGATAAAAATAAGGGTCAAAATTAGATTCATGAAA	167496

CR854929.8	751	TAAAAGTTTAGGATTTTTAGTAATCTGTTTTCAGCTGCCTGAGAGAAGGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	167497	TAAAAGTTTAGGATTTTTAGTAATCTGTTTTCAGCTGCCTGAGAGAAGGT	167546

CR854929.8	801	TTACATGCATTTAACCTCCAACCAACCTGTTACTTCAGCTCTGTCATAGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	167547	TTACATGCATTTAACCTCCAACCAACCTGTTACTTCAGCTCTGTCATAGA	167596

CR854929.8	851	ACTAATAAATGGACTAGCTTGTGATAGTCAGTTCACTGGCATTTGCTTTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	167597	ACTAATAAATGGACTAGCTTGTGATAGTCAGTTCACTGGCATTTGCTTTG	167646

CR854929.8	901	TTATTTAACGTCACTTTGGTTCAAACTCTGAGCCACTGACTTCAATAGTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	167647	TTATTTAACGTCACTTTGGTTCAAACTCTGAGCCACTGACTTCAATAGTA	167696

CR854929.8	951	CAAAATTATTATCAAAAGTAATATTGTTCAAAATATCTTACATTTGGTTC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	167697	CAAAATTATTATCAAAAGTAATATTGTTCAAAATATCTTACATTTGGTTC	167746

CR854929.8	1001	ATTGGAAAAAAGAAAAGCAAACAGGTTTGAAACCACATGAAGGTGTGTAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	167747	ATTGGAAAAAAGAAAAGCAAACAGGTTTGAAACCACATGAAGGTGTGTAA	167796

CR854929.8	1051	ATAAAGATACAGTAAACTATCTCTTTAAAATCCTCCTAATTACTCACAAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	167797	ATAAAGATACAGTAAACTATCTCTTTAAAATCCTCCTAATTACTCACAAC	167846

CR854929.8	1101	AACCTCTGTGTTCAAAAGCCCACTCAAACTGTAAAATACAGCCAGTATAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	167847	AACCTCTGTGTTCAAAAGCCCACTCAAACTGTAAAATACAGCCAGTATAA	167896

CR854929.8	1151	GAAGTAGATCATGTGCACCAAAGACAAATACTCTCTTCTTCTATTATTAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	167897	GAAGTAGATCATGTGCACCAAAGACAAATACTCTCTTCTTCTATTATTAT	167946

CR854929.8	1201	TCTCCATGGGAAAGCATCCATTTGAGCATTGCTGTGTATGAATTGCTTTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	167947	TCTCCATGGGAAAGCATCCATTTGAGCATTGCTGTGTATGAATTGCTTTC	167996

CR854929.8	1251	TCTTTGACTACAACTTAAAAACTTTGGACTTTTATTATTACTCCCCATTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	167997	TCTTTGACTACAACTTAAAAACTTTGGACTTTTATTATTACTCCCCATTA	168046

CR854929.8	1301	TTAATTAAAACATTATATTAAAACATGACTTGAAGTAATGAGGCCAGTTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	168047	TTAATTAAAACATTATATTAAAACATGACTTGAAGTAATGAGGCCAGTTG	168096

CR854929.8	1351	CCTCCAAAAGACACACATTGTTAAAACTTGTTGAACTAGATAAATCTTAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	168097	CCTCCAAAAGACACACATTGTTAAAACTTGTTGAACTAGATAAATCTTAT	168146

CR854929.8	1401	TTCAGAAGGTCTGCATGAACAAATAGGTTTTGTCATTGTTTAATTTGTCG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	168147	TTCAGAAGGTCTGCATGAACAAATAGGTTTTGTCATTGTTTAATTTGTCG	168196

CR854929.8	1451	ACATGTCCATTCATCCATGATTCATTATGTGAACACAGAGTACAATTACA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	168197	ACATGTCCATTCATCCATGATTCATTATGTGAACACAGAGTACAATTACA	168246

CR854929.8	1501	GAGGGGTTAGTGAACGAGATTAAGTGATATAGGGTTGGTTGCATGATCAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	168247	GAGGGGTTAGTGAACGAGATTAAGTGATATAGGGTTGGTTGCATGATCAG	168296

CR854929.8	1551	TACACTTCAGCCCCCATGAACTGATAACTGATACATGTACAGTTAAACAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	168297	TACACTTCAGCCCCCATGAACTGATAACTGATACATGTACAGTTAAACAT	168346

CR854929.8	1601	AAATCACTGAAAAGTACATGAAAAAAACAAGTAAAAAAAAAAATCACTGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	168347	AAATCACTGAAAAGTACATGAAAAAAACAAGTAAAAAAAAAAATCACTGA	168396

CR854929.8	1651	ACATGACATGAAAAAACAAGTATGAAGTATGAATTCTGTTAGTATATAGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	168397	ACATGACATGAAAAAACAAGTATGAAGTATGAATTCTGTTAGTATATAGT	168446

CR854929.8	1701	GTTGTAATTTATTATTATTATTATTAATTTATATATAGTGTTGTAATTTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	168447	GTTGTAATTTATTATTATTATTATTAATTTATATATAGTGTTGTAATTTA	168496

CR854929.8	1751	TTATCATTTATGTGTTACGTTTGCTAGGATCAGATGGAGTAATGCCCAGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	168497	TTATCATTTATGTGTTACGTTTGCTAGGATCAGATGGAGTAATGCCCAGA	168546

CR854929.8	1801	TAAATGCATTGCATACAATATTGATTTTCTGTTGCCTACTAGCCTAAATC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	168547	TAAATGCATTGCATACAATATTGATTTTCTGTTGCCTACTAGCCTAAATC	168596

CR854929.8	1851	AAACAGTGCTGATCACATTTGGACTCTGGCACTTTCGTAAAAATGAAAGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	168597	AAACAGTGCTGATCACATTTGGACTCTGGCACTTTCGTAAAAATGAAAGA	168646

CR854929.8	1901	AGAAGAGAGCAAACATAATTGAAACTTCTTCTTTTTTTTCTTTTCTTTTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	168647	AGAAGAGAGCAAACATAATTGAAACTTCTTCTTTTTTTTCTTTTCTTTTT	168696

CR854929.8	1951	TTTTTTTGCTCCTTAATTGTGAAAGTGTTTGTCTAAAAATGATGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628404.7	168697	TTTTTTTGCTCCTTAATTGTGAAAGTGTTTGTCTAAAAATGATGGAATTC	168746

Overview

Query
CR854929.8 - 74434 bps
Hit
CR628404.7 - 168746 bps
Total alignments
28
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100190320001200011667471687461
210038512675226802112596126461
398.2532574942749483112614126701
486.72711273221132337139222393491
591.7661853379433878-139252393361
685.59611124741847529149189492991
790.09771124098041091-149199493091
891.13861255122851352-162491626141
985.34751454093741081-171427715761
1083.71601304743947568171428715621
1195.0845601403514094191654917141
1294.12831024096541066-192793928941
1382.771303132125921571192793930881
1481.46731982202622223192814930181
1586.841101991177511973-192899930881
1687.03771325125451385-192901930311
1784.1578167409484111411059341060971
1887.22781344743547568-11059371060691
1998.283158304963055311097141097711
2010031564942949484-11097161097711
211003054494554950811097161097691
2286.2772131118551198511255951257251
231003463304973055911396091396711
24100316328092871-11396101396721
2510030623049830559-11396101396711
2610030624943349494-11396101396711
2710030622810287111396101396711
281003062494334949411396101396711
Short-link