<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR855880.13	1	TACAAATGATCAATTAATGCAAATAAATTTAAAGAGATAGTTCACCCAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	218665	TACAAATGATCAATTAATGCAAATAAATTTAAAGAGATAGTTCACCCAAA	218714

CR855880.13	51	ATTCTGTCATCATTTACTCATCCTTTACTAGTCACAAGCTGTTGTTTTGC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	218715	ATTCTGTCATCATTTACTCATCCTTTACTAGTCACAAGCTGTTGTTTTGC	218764

CR855880.13	101	AAGTTTTTTTTTACTTTTTGTTCAACAGAAACAAAAGAAAACTTCATAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	218765	AAGTTTTTTTTTACTTTTTGTTCAACAGAAACAAAAGAAAACTTCATAAA	218814

CR855880.13	151	GGTTTGGAACCACTTGACAAAGAGAAAATGCTGAGTACATTTTTATATTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	218815	GGTTTGGAACCACTTGACAAAGAGAAAATGCTGAGTACATTTTTATATTT	218864

CR855880.13	201	GGGTTCCTTATATAACAAACCTGCAGTATATATTAATTTGTAACACTATT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	218865	GGGTTCCTTATATAACAAACCTGCAGTATATATTAATTTGTAACACTATT	218914

CR855880.13	251	TAGGTATACCCATCAAATGTGTACAATGAGTAAATAAGAATATAGTATAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	218915	TAGGTATACCCATCAAATGTGTACAATGAGTAAATAAGAATATAGTATAT	218964

CR855880.13	301	TGAATTTGGACAATTTTTAGAGATCAGCTTTTCTGAGGCTCTGGTTTCCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	218965	TGAATTTGGACAATTTTTAGAGATCAGCTTTTCTGAGGCTCTGGTTTCCT	219014

CR855880.13	351	CCACAGACCAAAGACATTTGGTATTGGTGAATTGGATAAACAAAATTAGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	219015	CCACAGACCAAAGACATTTGGTATTGGTGAATTGGATAAACAAAATTAGC	219064

CR855880.13	401	CATAGTGTGTGTGGATGACAGAGTGCATGGGCATTTCTCAACATGGGAGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	219065	CATAGTGTGTGTGGATGACAGAGTGCATGGGCATTTCTCAACATGGGAGT	219114

CR855880.13	451	TTACAAATTAGCGAACACTACATTTACTACATTTTTGTGGCTGTAAACTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	219115	TTACAAATTAGCGAACACTACATTTACTACATTTTTGTGGCTGTAAACTA	219164

CR855880.13	501	TTTATTTGGGTTGAATTTAAACAAACAAATGATGTTGAACATTACTAAAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	219165	TTTATTTGGGTTGAATTTAAACAAACAAATGATGTTGAACATTACTAAAT	219214

CR855880.13	551	TTAATTGTTTTATTAAATTCAACCCATAAAAATTGTTTGGAACAATTTTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	219215	TTAATTGTTTTATTAAATTCAACCCATAAAAATTGTTTGGAACAATTTTG	219264

CR855880.13	601	CAGACATCCTTTTTTCAGGGCATAATCACACTAGGTGCAGTTGCCTTGAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	219265	CAGACATCCTTTTTTCAGGGCATAATCACACTAGGTGCAGTTGCCTTGAA	219314

CR855880.13	651	CCAAAATGCGATTGTTCTCCCTCTCCTCTCCCCCTCATCCTGCACTCACA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	219315	CCAAAATGCGATTGTTCTCCCTCTCCTCTCCCCCTCATCCTGCACTCACA	219364

CR855880.13	701	CTGAATTTTGCCTTCCGAACCTGAGCACGCTTACATCATCGATGATGTGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	219365	CTGAATTTTGCCTTCCGAACCTGAGCACGCTTACATCATCGATGATGTGA	219414

CR855880.13	751	CTGTTCAGTTTATATTATGATATATTTATATTATAATTTTAGTCGTTTGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	219415	CTGTTCAGTTTATATTATGATATATTTATATTATAATTTTAGTCGTTTGA	219464

CR855880.13	801	GACACACAGTCAAATATTTGACAGATTCATAAATTTTGACACTCATAAAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	219465	GACACACAGTCAAATATTTGACAGATTCATAAATTTTGACACTCATAAAT	219514

CR855880.13	851	GTTCATGAAATTCCACGTGCTGCACATATTAGTAGGTTTCCTGAAGGTAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	219515	GTTCATGAAATTCCACGTGCTGCACATATTAGTAGGTTTCCTGAAGGTAC	219564

CR855880.13	901	AGCTGACATGCAGTGATGGGTTTGTATCTTTGATAAACTAAAATAATAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	219565	AGCTGACATGCAGTGATGGGTTTGTATCTTTGATAAACTAAAATAATAAA	219614

CR855880.13	951	AAAATGATAAAAGTAGATGTATTTCCAATTTTCTTCCGAATTATTGAAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	219615	AAAATGATAAAAGTAGATGTATTTCCAATTTTCTTCCGAATTATTGAAAA	219664

CR855880.13	1001	AAACAAGAAAAGTGATGAACCATTTGCTATGAAGAGACCTATCAATCAAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	219665	AAACAAGAAAAGTGATGAACCATTTGCTATGAAGAGACCTATCAATCAAA	219714

CR855880.13	1051	GGCAGAACTCGGCTTACTAAAGCAGAAGGTATTTCTAGATTGTCATATGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	219715	GGCAGAACTCGGCTTACTAAAGCAGAAGGTATTTCTAGATTGTCATATGC	219764

CR855880.13	1101	TACCCATTCTATATCAGTTGATAAACACACAAACAAACTAACTAATGGAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	219765	TACCCATTCTATATCAGTTGATAAACACACAAACAAACTAACTAATGGAA	219814

CR855880.13	1151	TTTTGACAAAATTTCTTTGAAAAAAATATTTTTAAATATTTAAAAATAAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	219815	TTTTGACAAAATTTCTTTGAAAAAAATATTTTTAAATATTTAAAAATAAT	219864

CR855880.13	1201	ATTAACAAATAATGCTAAATTCATAAAGGCGATCTAAATTTTTATTGATT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	219865	ATTAACAAATAATGCTAAATTCATAAAGGCGATCTAAATTTTTATTGATT	219914

CR855880.13	1251	TGAATACCCTAAATGATCATTTTAAAATTAATTAGATAAGACAATTTCAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	219915	TGAATACCCTAAATGATCATTTTAAAATTAATTAGATAAGACAATTTCAT	219964

CR855880.13	1301	CTAAATACTTTCACCAGCAAAGAAAAAAACGACATCAATGACATAGAAAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	219965	CTAAATACTTTCACCAGCAAAGAAAAAAACGACATCAATGACATAGAAAA	220014

CR855880.13	1351	AAAAAACTTTTCCCCTTATAGTTTTCTTATTTGGAATAATGCTAATATCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	220015	AAAAAACTTTTCCCCTTATAGTTTTCTTATTTGGAATAATGCTAATATCT	220064

CR855880.13	1401	TGTGTAAAGACTATAGTCACTATTTTTTCATAACTGGTTTATAAAAAAAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	220065	TGTGTAAAGACTATAGTCACTATTTTTTCATAACTGGTTTATAAAAAAAC	220114

CR855880.13	1451	TAATATTAGTTAATCAATTATTTAATAATTAAGGAACATTATTTACATTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	220115	TAATATTAGTTAATCAATTATTTAATAATTAAGGAACATTATTTACATTT	220164

CR855880.13	1501	ACAGAATTTATCACAAGATCTAAAAAATTCCTATGACATTACAGGAATTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	220165	ACAGAATTTATCACAAGATCTAAAAAATTCCTATGACATTACAGGAATTT	220214

CR855880.13	1551	ACGATGCTAAGAGGGGCAATGCCTGCTGACAACATATGCTGTTCAAAAGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	220215	ACGATGCTAAGAGGGGCAATGCCTGCTGACAACATATGCTGTTCAAAAGC	220264

CR855880.13	1601	AGTATGTACAGCGTTTTCGTTTTTTTCTCCTAGACCTGAACAAACCTCAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	220265	AGTATGTACAGCGTTTTCGTTTTTTTCTCCTAGACCTGAACAAACCTCAG	220314

CR855880.13	1651	TCGGTTTTAACTGTTTCTCTGAATGTTAGCCTAATAGTCAAAATTAGATC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	220315	TCGGTTTTAACTGTTTCTCTGAATGTTAGCCTAATAGTCAAAATTAGATC	220364

CR855880.13	1701	TGTAATCTTAAAAGAAAATCTGTCTATACCGTAGGTTGTTTTTTACTGGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	220365	TGTAATCTTAAAAGAAAATCTGTCTATACCGTAGGTTGTTTTTTACTGGA	220414

CR855880.13	1751	ACAATATTTTATATAATGTAAACTGGACTCGAGTATGGTCATTACCTCAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	220415	ACAATATTTTATATAATGTAAACTGGACTCGAGTATGGTCATTACCTCAA	220464

CR855880.13	1801	AATCATTTTTATTACAAATAAGGCTAAAGAAATATCATTTAAATTACTTC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	220465	AATCATTTTTATTACAAATAAGGCTAAAGAAATATCATTTAAATTACTTC	220514

CR855880.13	1851	ATAGACTTTATCCTACAAAATATCTCTACAAAACTATAAAATTAGTATTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	220515	ATAGACTTTATCCTACAAAATATCTCTACAAAACTATAAAATTAGTATTG	220564

CR855880.13	1901	AGTTAGAATGCTGTTTTTGTTAAAGCTTTAAATGATACTATTTCACATTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	220565	AGTTAGAATGCTGTTTTTGTTAAAGCTTTAAATGATACTATTTCACATTT	220614

CR855880.13	1951	ATTTTGGTCTTGCCAATATACTTGACTTTTTTGTATTAATGTTAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628387.12	220615	ATTTTGGTCTTGCCAATATACTTGACTTTTTTGTATTAATGTTAAAGCTT	220664

Overview

Query
CR855880.13 - 115843 bps
Hit
CR628387.12 - 220664 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100187120001200012186652206641
283.571693696905469422-1462149911
389.512353676905569421-114050144211
490.62293351860918943-114071144001
578.31893302750827837-114072144031
680.882035815048951069-135909364781
784.54751821559115772151058512381
890.962543716905569425-170435708101
990.62303351860918943-170460707891
1010049934805348145185493855851
1184.781412831860918891-187134874091
1282.81152537820978461-187187874361
1383.66257558505335109011045841051581
1485.29862046856968772-11127401129431
1584.09851733951539687-11239301241051
1682.51801971864218838-11329131330951
1786.021112446861068853-11341771344191
1883.631894641521915682-11581651586221
1988.762293555049250846-11691251694801
2084.093286865060951294-11925931932771
2185.2134258186091886612030962033451
2276.7749192275632775412119502121471
231004993480534814512173162174081
Short-link