<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU463157.4	1	CACTGATTGCTTTGGTCCAAACCAGTTGAAAAGAACCAAAATGCAGTCAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	188968	CACTGATTGCTTTGGTCCAAACCAGTTGAAAAGAACCAAAATGCAGTCAT	189017

CU463157.4	51	CTGACAAAATCCACATCTCTCATTGGCCAGATGTTGTTAAACATAGTTCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	189018	CTGACAAAATCCACATCTCTCATTGGCCAGATGTTGTTAAACATAGTTCC	189067

CU463157.4	101	TAAACTGCTTATTGATTGGTCAGAATTCTCGTGCGGGAAAATGACAATTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	189068	TAAACTGCTTATTGATTGGTCAGAATTCTCGTGCGGGAAAATGACAATTA	189117

CU463157.4	151	ACAGGAAACAAAGCAACAGACACAAAATGTTGCTTTTTTTTTTAATAGTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	189118	ACAGGAAACAAAGCAACAGACACAAAATGTTGCTTTTTTTTTTAATAGTG	189167

CU463157.4	201	TATCGAGACCAACTCGTCAAACAGGTCTCGGTACGCTTTTTTGGTTCGCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	189168	TATCGAGACCAACTCGTCAAACAGGTCTCGGTACGCTTTTTTGGTTCGCT	189217

CU463157.4	251	TTTGGTGCGCACTCGAGTACGATTGCTGCATTCACCGAACTACTGAATTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	189218	TTTGGTGCGCACTCGAGTACGATTGCTGCATTCACCGAACTACTGAATTG	189267

CU463157.4	301	TACGATTCAACCGAACTAAATAAGGCTGGTGTGAAAGCACCCTAATTTTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	189268	TACGATTCAACCGAACTAAATAAGGCTGGTGTGAAAGCACCCTAATTTTG	189317

CU463157.4	351	TTCTCAATTCATTCAATAGTTGTTTGAAAGTAGTGCTGGGGTTGTAGCAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	189318	TTCTCAATTCATTCAATAGTTGTTTGAAAGTAGTGCTGGGGTTGTAGCAT	189367

CU463157.4	401	CATACTAAAGCACATATACAAAAGACTTGAGACTGTAACTTGTGCCTTAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	189368	CATACTAAAGCACATATACAAAAGACTTGAGACTGTAACTTGTGCCTTAA	189417

CU463157.4	451	GGTAATTCAACAAAGTAATAAATTCAAAGGCTGTGAATATATATTTTTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	189418	GGTAATTCAACAAAGTAATAAATTCAAAGGCTGTGAATATATATTTTTTT	189467

CU463157.4	501	TTATTTTTTGCATAATGTATTTTTAATACATATGCAAAGATTTCAAAGAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	189468	TTATTTTTTGCATAATGTATTTTTAATACATATGCAAAGATTTCAAAGAA	189517

CU463157.4	551	ACATCTTTCACATAGTCGTTGTGGAGTATTGTTTGTAGAATTTAGATTTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	189518	ACATCTTTCACATAGTCGTTGTGGAGTATTGTTTGTAGAATTTAGATTTG	189567

CU463157.4	601	AATCCATTTTGGAATAAAGCTATAACATTAGAAAAATTGCCACATTATTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	189568	AATCCATTTTGGAATAAAGCTATAACATTAGAAAAATTGCCACATTATTC	189617

CU463157.4	651	TACAATTTTATGCATTTTTTTTTTATACATTTTATGTTGCGGATATAATC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	189618	TACAATTTTATGCATTTTTTTTTTATACATTTTATGTTGCGGATATAATC	189667

CU463157.4	701	AAAATGCATCAAAGAAAAGATTGTTGGATGCAATTTTTATAATTTTCGAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	189668	AAAATGCATCAAAGAAAAGATTGTTGGATGCAATTTTTATAATTTTCGAT	189717

CU463157.4	751	TTTTATTATAAAATTAATAATAAATAATAATAATTTTTTTGGTAACACTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	189718	TTTTATTATAAAATTAATAATAAATAATAATAATTTTTTTGGTAACACTT	189767

CU463157.4	801	TACAATAAGGTTCATTAGTTAATGCATTTACTAACTTGAACTAATCATGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	189768	TACAATAAGGTTCATTAGTTAATGCATTTACTAACTTGAACTAATCATGA	189817

CU463157.4	851	ACAACACATGTACAGCATTTATTAATCATAATTGAACATTTACTAATGCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	189818	ACAACACATGTACAGCATTTATTAATCATAATTGAACATTTACTAATGCA	189867

CU463157.4	901	TTATTAACATCCAAGTCCATGCTTGTTAACATTATTTAATGCACCATGAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	189868	TTATTAACATCCAAGTCCATGCTTGTTAACATTATTTAATGCACCATGAG	189917

CU463157.4	951	TTAACATGAACTAACAATGAACTACTGTATTTTAAACAAATAAAGTAGTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	189918	TTAACATGAACTAACAATGAACTACTGTATTTTAAACAAATAAAGTAGTA	189967

CU463157.4	1001	GATGTATTGTTCATTGTTTGTTCATGTTAGTAAATGCATTAATTAACATT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	189968	GATGTATTGTTCATTGTTTGTTCATGTTAGTAAATGCATTAATTAACATT	190017

CU463157.4	1051	AACTAATGAACCTTATTGCAAAGTGTAACCAATTTTTTTTTAAAGATTAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	190018	AACTAATGAACCTTATTGCAAAGTGTAACCAATTTTTTTTTAAAGATTAG	190067

CU463157.4	1101	TAGAATAATCAATAAATTATTCAATAAATACATCTATATAAAAAGAGTCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	190068	TAGAATAATCAATAAATTATTCAATAAATACATCTATATAAAAAGAGTCA	190117

CU463157.4	1151	GTGGCAGCCCTAAAGTTAACTTTTTTAATGGATGTGAATAAGGAGAGGAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	190118	GTGGCAGCCCTAAAGTTAACTTTTTTAATGGATGTGAATAAGGAGAGGAA	190167

CU463157.4	1201	ATGAAGGCTTCAATATGCAGAGTTGAGTACAGCATGTTGACTTTTGTTCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	190168	ATGAAGGCTTCAATATGCAGAGTTGAGTACAGCATGTTGACTTTTGTTCA	190217

CU463157.4	1251	GAAACAACTAATTACTTTTTAGACTGTCAGCCTGTTCACTAGTGAGACAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	190218	GAAACAACTAATTACTTTTTAGACTGTCAGCCTGTTCACTAGTGAGACAT	190267

CU463157.4	1301	ACTTAGAATTTACATTGAAATAAATGAAGAGAGTTATGTACGAGCAAATG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	190268	ACTTAGAATTTACATTGAAATAAATGAAGAGAGTTATGTACGAGCAAATG	190317

CU463157.4	1351	AACTTTGACTGTTATAATTCTGATGGTAATTCCGGGATTCAGAATCGTAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	190318	AACTTTGACTGTTATAATTCTGATGGTAATTCCGGGATTCAGAATCGTAT	190367

CU463157.4	1401	TTAATAATAAACATTTAAAGATAAGCTGTGACTTTGGTTATCAGGGTTTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	190368	TTAATAATAAACATTTAAAGATAAGCTGTGACTTTGGTTATCAGGGTTTT	190417

CU463157.4	1451	TTCTGATATGTTTGCTTTGTCTAGAAAAAGTTCTGAATGAACCATTAACC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	190418	TTCTGATATGTTTGCTTTGTCTAGAAAAAGTTCTGAATGAACCATTAACC	190467

CU463157.4	1501	AGAATCTCACCTTCACATGTTGGTGTTTCTTCCCATTTTCCATTGCTGCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	190468	AGAATCTCACCTTCACATGTTGGTGTTTCTTCCCATTTTCCATTGCTGCA	190517

CU463157.4	1551	GAAAACTGTACTTTTCCCAATCATTAAAAACGGGCTTCTGCATGTGTATG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	190518	GAAAACTGTACTTTTCCCAATCATTAAAAACGGGCTTCTGCATGTGTATG	190567

CU463157.4	1601	TAACACTTGATCCATGTATATAAAATGCTTTAGGTTTAGATGTAATGCCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	190568	TAACACTTGATCCATGTATATAAAATGCTTTAGGTTTAGATGTAATGCCT	190617

CU463157.4	1651	GAATTACCCACATATGGAGGAATGGCACATTTTACACCCTCTGAAAATAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	190618	GAATTACCCACATATGGAGGAATGGCACATTTTACACCCTCTGAAAATAA	190667

CU463157.4	1701	AAAATATATATAATGTAAAATATGAACTCACAATTGACAACTTAGGTTAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	190668	AAAATATATATAATGTAAAATATGAACTCACAATTGACAACTTAGGTTAA	190717

CU463157.4	1751	TATTACTTAAAATGAATAAGTACTAAATTTAAAACACTAATAAAACATTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	190718	TATTACTTAAAATGAATAAGTACTAAATTTAAAACACTAATAAAACATTA	190767

CU463157.4	1801	AAAAGAACAGATTGTACAAATGTAAAATGTATGCCATGCTAAATGTTAAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	190768	AAAAGAACAGATTGTACAAATGTAAAATGTATGCCATGCTAAATGTTAAT	190817

CU463157.4	1851	GATGTAATAACTATTTGCTAAATATGCCTAACAATCTTTCAAGAAAACAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	190818	GATGTAATAACTATTTGCTAAATATGCCTAACAATCTTTCAAGAAAACAT	190867

CU463157.4	1901	TTTAAGTGAGACAATTGGAGATAGAAATGTATTCATATGTTTTGTATGTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	190868	TTTAAGTGAGACAATTGGAGATAGAAATGTATTCATATGTTTTGTATGTA	190917

CU463157.4	1951	AATAAATGTATAAAATTTTACAAACTTCAAAAAGACTTGTACAGAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628370.28	190918	AATAAATGTATAAAATTTTACAAACTTCAAAAAGACTTGTACAGAAGCTT	190967

Overview

Query
CU463157.4 - 107300 bps
Hit
CR628370.28 - 190967 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link