<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR555302.7	1	GAATTCATGACTTTGTATGCTTTCATCTGCTTTTTTATTATTATTATTTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	151833	GAATTCATGACTTTGTATGCTTTCATCTGCTTTTTTATTATTATTATTTT	151882

CR555302.7	51	TTTGCATTGAATGATGTCTGGAGGACAAGTGCTTTTATCTACTGCCTCAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	151883	TTTGCATTGAATGATGTCTGGAGGACAAGTGCTTTTATCTACTGCCTCAA	151932

CR555302.7	101	TAAAAGGCAAAAAAAATTAATAATTTCAGTAGAAAATTCACTCTTCTTCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	151933	TAAAAGGCAAAAAAAATTAATAATTTCAGTAGAAAATTCACTCTTCTTCA	151982

CR555302.7	151	TAAAATAAGGATTAGGTCCACCATGGTCTAAATCACAACAATATGAACTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	151983	TAAAATAAGGATTAGGTCCACCATGGTCTAAATCACAACAATATGAACTT	152032

CR555302.7	201	AAGAAGTAGGCAGTGTCAGATTTAGATTTTTGTAAAAAGAAAAAAAAAAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	152033	AAGAAGTAGGCAGTGTCAGATTTAGATTTTTGTAAAAAGAAAAAAAAAAG	152082

CR555302.7	251	TTCTGGGTCTTGCTTTTTTATTTACTTATTTAAAATTATTTACAAGCCAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	152083	TTCTGGGTCTTGCTTTTTTATTTACTTATTTAAAATTATTTACAAGCCAC	152132

CR555302.7	301	TAGTGCAAACCACAATGAAATTATTGTTTTTTTTATTGTATTTGTGAAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	152133	TAGTGCAAACCACAATGAAATTATTGTTTTTTTTATTGTATTTGTGAAAA	152182

CR555302.7	351	AAATGCACTTTAAAAAAACATCCTAGGCACTTGATGTAAATGGATGAAGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	152183	AAATGCACTTTAAAAAAACATCCTAGGCACTTGATGTAAATGGATGAAGA	152232

CR555302.7	401	TGACTCAAATTGTGAGACTTAATAAAGAAGTGCTGAAGAAAATATCCTAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	152233	TGACTCAAATTGTGAGACTTAATAAAGAAGTGCTGAAGAAAATATCCTAA	152282

CR555302.7	451	GAGATACCATATGACTATATTGCACAATATTTCAAGTTTTTCAGAAGCCA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	152283	GAGATACCATATGACTATATTGCACAATATTTCAAGTTTTTCAGAAGCCA	152332

CR555302.7	501	CTGGTGCATGATGAACAAACAGAAATTGTAATAAATGTATCATATTTCAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	152333	CTGGTGCATGATGAACAAACAGAAATTGTAATAAATGTATCATATTTCAG	152382

CR555302.7	551	TCAGTTATTCTCTATGAATCATCTTATTTATTCTACAGAACCAGTCTAAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	152383	TCAGTTATTCTCTATGAATCATCTTATTTATTCTACAGAACCAGTCTAAA	152432

CR555302.7	601	TGATTTACTCACAAAGCATGATGTTATTGAACTCACTGACCAGTCACAGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	152433	TGATTTACTCACAAAGCATGATGTTATTGAACTCACTGACCAGTCACAGT	152482

CR555302.7	651	GGTCACGACAACATACATTTTGGTGTTCTTCATTGAAAGCTGTTGCAGAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	152483	GGTCACGACAACATACATTTTGGTGTTCTTCATTGAAAGCTGTTGCAGAA	152532

CR555302.7	701	ATTCTGAAGATGTGCTTCATTTTGGCCTTTTTAATAATATTTCAAGATGC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	152533	ATTCTGAAGATGTGCTTCATTTTGGCCTTTTTAATAATATTTCAAGATGC	152582

CR555302.7	751	CCTCTGTCACATTTCAATGTAGCTATACAGAAAATTTTGACTAGAACATT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	152583	CCTCTGTCACATTTCAATGTAGCTATACAGAAAATTTTGACTAGAACATT	152632

CR555302.7	801	CTTGTTTTGTAAGTCTGAGAAAAGATTTGTATTCAGTATCTAAACCCTTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	152633	CTTGTTTTGTAAGTCTGAGAAAAGATTTGTATTCAGTATCTAAACCCTTA	152682

CR555302.7	851	CAAATGCATAACGCACTGGCAAACATTTGTGATAAACCTCTTGAAAATAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	152683	CAAATGCATAACGCACTGGCAAACATTTGTGATAAACCTCTTGAAAATAT	152732

CR555302.7	901	CACTATGAATTACTTTCAAGAGTGCCTCAAATAAACCTTTTCATCCCAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	152733	CACTATGAATTACTTTCAAGAGTGCCTCAAATAAACCTTTTCATCCCAAA	152782

CR555302.7	951	GGCGTAAAAATAAATAAATAATAAAACAACAACTGCAGACCCATTGGGAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	152783	GGCGTAAAAATAAATAAATAATAAAACAACAACTGCAGACCCATTGGGAA	152832

CR555302.7	1001	GTTTTCTGACATGTCTCAACATAGCTGTCCAAAACTAAACTAAAGGCCCC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	152833	GTTTTCTGACATGTCTCAACATAGCTGTCCAAAACTAAACTAAAGGCCCC	152882

CR555302.7	1051	ATGATGATTCCTGACCCTGCAGTTTTGTTTGAAACGAATGCAAAATTGTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	152883	ATGATGATTCCTGACCCTGCAGTTTTGTTTGAAACGAATGCAAAATTGTG	152932

CR555302.7	1101	TCGAACCACCCACACATGGCAGGTTTATTGTGACAATTTCTGAATGTGAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	152933	TCGAACCACCCACACATGGCAGGTTTATTGTGACAATTTCTGAATGTGAG	152982

CR555302.7	1151	CCTTTATCCTAGAAACGGCTTTTGTTTTAGGATTTCTGCTTCTTGCCAGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	152983	CCTTTATCCTAGAAACGGCTTTTGTTTTAGGATTTCTGCTTCTTGCCAGG	153032

CR555302.7	1201	CACAAATCGTAAATATACAAAGCAGGGGCCTGGTGAAGGAGTAATAAATG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	153033	CACAAATCGTAAATATACAAAGCAGGGGCCTGGTGAAGGAGTAATAAATG	153082

CR555302.7	1251	ATGAGGGAAATTAATCAAAACGGACAAGGACGACAGGGCTGAAGTATATT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	153083	ATGAGGGAAATTAATCAAAACGGACAAGGACGACAGGGCTGAAGTATATT	153132

CR555302.7	1301	CCCTGGCAAGCTTCACGTGATACATTTTAATCCTTTAAAGCTTAACTCAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	153133	CCCTGGCAAGCTTCACGTGATACATTTTAATCCTTTAAAGCTTAACTCAG	153182

CR555302.7	1351	TCAGTTGTAAAAGTACAGAAATAGCAGAGACTCATCCGGTAATAAATCAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	153183	TCAGTTGTAAAAGTACAGAAATAGCAGAGACTCATCCGGTAATAAATCAA	153232

CR555302.7	1401	TAACGTTGTCTGCAATCACTTGGATTATGAATGTTTGTTTGGGTAAGCAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	153233	TAACGTTGTCTGCAATCACTTGGATTATGAATGTTTGTTTGGGTAAGCAT	153282

CR555302.7	1451	GTATTTTTGTTCATACGTTTCTTTTCTTTGCATGCTTCTTGACACGTCTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	153283	GTATTTTTGTTCATACGTTTCTTTTCTTTGCATGCTTCTTGACACGTCTG	153332

CR555302.7	1501	ATTGCATGATGAACGACTCGCTCTCCCATCTTGCATTATGCTGTGGTCGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	153333	ATTGCATGATGAACGACTCGCTCTCCCATCTTGCATTATGCTGTGGTCGA	153382

CR555302.7	1551	CATGTTCTTTTATCACTCATCCTGCTAGCTAAGCATATCTGCAGGATATA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	153383	CATGTTCTTTTATCACTCATCCTGCTAGCTAAGCATATCTGCAGGATATA	153432

CR555302.7	1601	TCAATTCTTTTAAATTCACAAAAGTGAGGAGGTGGGCAATTCATAAAAAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	153433	TCAATTCTTTTAAATTCACAAAAGTGAGGAGGTGGGCAATTCATAAAAAC	153482

CR555302.7	1651	TATACGTTCGACTGTATTCACAAAGTAGGGTCAAGATGTGCACTGTATGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	153483	TATACGTTCGACTGTATTCACAAAGTAGGGTCAAGATGTGCACTGTATGT	153532

CR555302.7	1701	CTCAAGTGTACTTCTGTTTTTTGGGTGTACACAATGGTTGACGTGAGGTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	153533	CTCAAGTGTACTTCTGTTTTTTGGGTGTACACAATGGTTGACGTGAGGTC	153582

CR555302.7	1751	ATGTGGTTTTCATCTTTAGCGTTTTGTGTACATTAATGAACTAGCTGTGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	153583	ATGTGGTTTTCATCTTTAGCGTTTTGTGTACATTAATGAACTAGCTGTGT	153632

CR555302.7	1801	ATACTTTCTATTTGAGTTTAATGATTCTTTGGAAATTTTTCATTGAAGTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	153633	ATACTTTCTATTTGAGTTTAATGATTCTTTGGAAATTTTTCATTGAAGTT	153682

CR555302.7	1851	TGATAAGTAGTAATATAACAGTAAGTCCTTACATTCATTTAATGCTTTTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	153683	TGATAAGTAGTAATATAACAGTAAGTCCTTACATTCATTTAATGCTTTTT	153732

CR555302.7	1901	TTGGACACTCAAAGCACCTTATAATTTTTTTTGGGGGGATCATCCACCAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	153733	TTGGACACTCAAAGCACCTTATAATTTTTTTTGGGGGGATCATCCACCAC	153782

CR555302.7	1951	CAGCGTGCAGCATCCACCTGGATGATGCAACGGTAGCCATATTGCACCAG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR589883.15	153783	CAGCGTGCAGCATCCACCTGGATGATGCAACGGTAGCCATATTGCACCAG	153832

Overview

Query
CR555302.7 - 202469 bps
Hit
CR589883.15 - 153832 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192820001200011518331538321
294.741479183955606574441118251
396.77991115157509586591194930931
481.892336687176272429-111159118371
581.381695349750898041116579170991
691.0767112166707166818-116661167721
791.5588143166294166436-116964171051
878.751153633076631128129331296831
990.481442181471614933-146972471811
1087.261212126996070171146972471751
1186.481182111556115771-146975471811
1288.6121197200318200514146989471811
1387.8675132105240105371147017471561
1490.4198146179719179864147036471811
1582.33922173131831534167804680181
1683.13822429757197812-179524797601
1798.656974111870111943-199770998431
1879.62853581501315370-11074901078571
1980.11893441501315356-11104141107701
2080.1597281109157109437-11181781184441
2188.36372659121750122408-11452581459101
2289.76981659760797771-11496281497931
2383.9188203312963149811512281514261
2487.5989152789767912711512291513811
Short-link