<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT027984.6	2000	GAATTCTACATTAAATATATTTTTTTCATGTGGATCCCACACAACAGAGG	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	1	GAATTCTACATTAAATATATTTTTTTCATGTGGATCCCACACAACAGAGG	50

C  CT027984.6	1950	ATCGTTGAACTGAACTTTTTTTTTCCTGCAGTCTTTTACGTAATACCATT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	51	ATCGTTGAACTGAACTTTTTTTTTCCTGCAGTCTTTTACGTAATACCATT	100

C  CT027984.6	1900	AATCCAGTTCCCTTCCCTGACAATTAAACAAACTCAGCCTCGAAGATGCA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	101	AATCCAGTTCCCTTCCCTGACAATTAAACAAACTCAGCCTCGAAGATGCA	150

C  CT027984.6	1850	TCATGCACCTTCAACAAGACCAGAGGACAAGGGAGAGGAGGGGGGGTTAA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	151	TCATGCACCTTCAACAAGACCAGAGGACAAGGGAGAGGAGGGGGGGTTAA	200

C  CT027984.6	1800	AAGGGGGTTAATCATTCTTCTTCTCCCCCTCAGGTTTTTCTGTGATGGCA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	201	AAGGGGGTTAATCATTCTTCTTCTCCCCCTCAGGTTTTTCTGTGATGGCA	250

C  CT027984.6	1750	GCAGGTGTTTCGCCAGCTGCCGGCTGGGCTGAGCTGTCCTTGCTGTGGTC	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	251	GCAGGTGTTTCGCCAGCTGCCGGCTGGGCTGAGCTGTCCTTGCTGTGGTC	300

C  CT027984.6	1700	CACACCGCTGGTCCCGAACTCATTCACACGGTTGGGATCCACTCTGTAAA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	301	CACACCGCTGGTCCCGAACTCATTCACACGGTTGGGATCCACTCTGTAAA	350

C  CT027984.6	1650	TCCAACGCTGGTACAGATAGATGAAGAAGACCACATCTGTGGGGGAAAAA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	351	TCCAACGCTGGTACAGATAGATGAAGAAGACCACATCTGTGGGGGAAAAA	400

C  CT027984.6	1600	ATTGACAACATGTCCAATTAAATAGCTAAAAAAATATTAGCAGTATTCTT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	401	ATTGACAACATGTCCAATTAAATAGCTAAAAAAATATTAGCAGTATTCTT	450

C  CT027984.6	1550	TTGTTTTTATGAATGATGCATGCTAGGCTGTGGCTCATTAGTACAGTTAT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	451	TTGTTTTTATGAATGATGCATGCTAGGCTGTGGCTCATTAGTACAGTTAT	500

C  CT027984.6	1500	CATTACTGTATGTATGCTTAAAGGTGCAGTCAAGCGGCAACCTCTTGCGA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	501	CATTACTGTATGTATGCTTAAAGGTGCAGTCAAGCGGCAACCTCTTGCGA	550

C  CT027984.6	1450	TCCCTTGTGAAGCAAATGTGGAGATAACTGAAACTGCAATTCACCGAAAT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	551	TCCCTTGTGAAGCAAATGTGGAGATAACTGAAACTGCAATTCACCGAAAT	600

C  CT027984.6	1400	TCTGCTAGTCCTGGCTCCATTATAGAGCAAATTTCTATTTACCCCACTGT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	601	TCTGCTAGTCCTGGCTCCATTATAGAGCAAATTTCTATTTACCCCACTGT	650

C  CT027984.6	1350	TAAATGACCAACTTTACAGTAGGAAAATGGTGTTTACAGTCTGGTACAAA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	651	TAAATGACCAACTTTACAGTAGGAAAATGGTGTTTACAGTCTGGTACAAA	700

C  CT027984.6	1300	GAACGATTTTAGTTCATATAGCTAATATTACCCTTCATGACAACTGTGAA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	701	GAACGATTTTAGTTCATATAGCTAATATTACCCTTCATGACAACTGTGAA	750

C  CT027984.6	1250	AGGATGAATTTTCTATTGCATAAGTAAGGGTGTGGCCGCTTGAGTGACAG	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	751	AGGATGAATTTTCTATTGCATAAGTAAGGGTGTGGCCGCTTGAGTGACAG	800

C  CT027984.6	1200	CTAGGTTGCGTCACTTTACCTCAGCTGATTCCGGCTGATTAGCCGCTGAA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	801	CTAGGTTGCGTCACTTTACCTCAGCTGATTCCGGCTGATTAGCCGCTGAA	850

C  CT027984.6	1150	CTCAGCAAATACATATATACATATGCATATACATATTCAGCGTATTTTTG	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	851	CTCAGCAAATACATATATACATATGCATATACATATTCAGCGTATTTTTG	900

C  CT027984.6	1100	TTTTGTTTTATGTGGCTTTTCATTCTGGTCAGAACACAAACGAGTTGCAG	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	901	TTTTGTTTTATGTGGCTTTTCATTCTGGTCAGAACACAAACGAGTTGCAG	950

C  CT027984.6	1050	GTAATAAAGTATTAAGCGTTGAATATTATACTCCATTAAAAGGAGTTTTC	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	951	GTAATAAAGTATTAAGCGTTGAATATTATACTCCATTAAAAGGAGTTTTC	1000

C  CT027984.6	1000	ATTCTAACCATCACCTGAAATTAATATTTTAGAAACGGCTTCTATTTCTT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	1001	ATTCTAACCATCACCTGAAATTAATATTTTAGAAACGGCTTCTATTTCTT	1050

C  CT027984.6	950	GCTACTGAACAACAGAAGACAAAGATCACCTCATGTGCTTTATTCAGTGT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	1051	GCTACTGAACAACAGAAGACAAAGATCACCTCATGTGCTTTATTCAGTGT	1100

C  CT027984.6	900	TAAATACTAACAATGCGAGTTTGAACGCCATTTTACATGACATTTAATGC	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	1101	TAAATACTAACAATGCGAGTTTGAACGCCATTTTACATGACATTTAATGC	1150

C  CT027984.6	850	CATACTACTGAAAGCAGCAGCAGATAGTTCACCTCAGATCTTGAAAATAA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	1151	CATACTACTGAAAGCAGCAGCAGATAGTTCACCTCAGATCTTGAAAATAA	1200

C  CT027984.6	800	AATAAACTGTTTGAAATTGAACTTTAGAACCACAACTTGCAACAAATACA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	1201	AATAAACTGTTTGAAATTGAACTTTAGAACCACAACTTGCAACAAATACA	1250

C  CT027984.6	750	AGTGATTCAGCATGTAAATGAGGTTTAATATGTATTAATTAGATTATAAA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	1251	AGTGATTCAGCATGTAAATGAGGTTTAATATGTATTAATTAGATTATAAA	1300

C  CT027984.6	700	CCTTACCATTTTGTTGGAGTGCAGTAAGTGCACATCTGTGCTTCTGAATG	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	1301	CCTTACCATTTTGTTGGAGTGCAGTAAGTGCACATCTGTGCTTCTGAATG	1350

C  CT027984.6	650	GCTGTATTTAAAATTCTGTTGTGTTTCATCTGGTGCAAACAGCAAATTGC	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	1351	GCTGTATTTAAAATTCTGTTGTGTTTCATCTGGTGCAAACAGCAAATTGC	1400

C  CT027984.6	600	TTATCACCGCTAATCTCTTCACGTTATGTGTTATTTGTGTTACAATATAA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	1401	TTATCACCGCTAATCTCTTCACGTTATGTGTTATTTGTGTTACAATATAA	1450

C  CT027984.6	550	TCTGCTCACATAATGTTTACATTTGTGATATTTATATCATTTGCCAATTA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	1451	TCTGCTCACATAATGTTTACATTTGTGATATTTATATCATTTGCCAATTA	1500

C  CT027984.6	500	ATAACCTCATGTGGAACTCTGAATCTGCGTCTCATTTCGGAGGCTGTTAC	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	1501	ATAACCTCATGTGGAACTCTGAATCTGCGTCTCATTTCGGAGGCTGTTAC	1550

C  CT027984.6	450	TGTCCACCAGAAGTCGCATTTCAGTCGCAGGCACATACTTTAAAAGCCTT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	1551	TGTCCACCAGAAGTCGCATTTCAGTCGCAGGCACATACTTTAAAAGCCTT	1600

C  CT027984.6	400	GCTGACTGAATGAATTGCTCTGTTTTCCACCAAGGCAACCAGAGTGCTAA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	1601	GCTGACTGAATGAATTGCTCTGTTTTCCACCAAGGCAACCAGAGTGCTAA	1650

C  CT027984.6	350	AATATAATTGACTAAACTGGCATTGGGCAAGTGACCAAAACAAAAACATA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	1651	AATATAATTGACTAAACTGGCATTGGGCAAGTGACCAAAACAAAAACATA	1700

C  CT027984.6	300	CATTCCAGCACAGAAAGCACATTTTCAAAGCAGAATATCAGACTTTAGCA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	1701	CATTCCAGCACAGAAAGCACATTTTCAAAGCAGAATATCAGACTTTAGCA	1750

C  CT027984.6	250	TTGTTTTTCAGATAAACAAGAATGGTCACTTGGCATGTTTCTTAAATATC	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	1751	TTGTTTTTCAGATAAACAAGAATGGTCACTTGGCATGTTTCTTAAATATC	1800

C  CT027984.6	200	CGCAGACATATTTTGGTATTTTTATGCTTTACAAGAGTCAAAAACTTACA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	1801	CGCAGACATATTTTGGTATTTTTATGCTTTACAAGAGTCAAAAACTTACA	1850

C  CT027984.6	150	TACAGCACCTTTAAAGTCTGCATGAACCAGACTTTAAAAGATACTATTCA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	1851	TACAGCACCTTTAAAGTCTGCATGAACCAGACTTTAAAAGATACTATTCA	1900

C  CT027984.6	100	ATGTAACAAATAATTGAAACATTCATTTTGGAAAATTCAGGATGTCAGAG	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	1901	ATGTAACAAATAATTGAAACATTCATTTTGGAAAATTCAGGATGTCAGAG	1950

C  CT027984.6	50	GGAAAGGTGTATGCACGTACCATCTCTGAGACAACCTATTCTGTACATCA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR513790.9	1951	GGAAAGGTGTATGCACGTACCATCTCTGAGACAACCTATTCTGTACATCA	2000

Overview

Query
CT027984.6 - 20210 bps
Hit
CR513790.9 - 157412 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link