<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX649550.6	1	GAATTCAGAGGTAAAACTTAAATATAGCCCTTGGGCTAAACTAAACTCAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	110296	GAATTCAGAGGTAAAACTTAAATATAGCCCTTGGGCTAAACTAAACTCAA	110345

BX649550.6	51	CAATAATAATATGAATAACAATTTTGGTGGATACTGCAACTTTCTTTTCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	110346	CAATAATAATATGAATAACAATTTTGGTGGATACTGCAACTTTCTTTTCT	110395

BX649550.6	101	CCTTTTCATGAAAGGAAATAAATTGAACATGAATAAAACAATAAAATAAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	110396	CCTTTTCATGAAAGGAAATAAATTGAACATGAATAAAACAATAAAATAAT	110445

BX649550.6	151	ACAAAACAACAACTCACTCAACATCCCTTTCATTCTCTCAGTTCCAAATT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	110446	ACAAAACAACAACTCACTCAACATCCCTTTCATTCTCTCAGTTCCAAATT	110495

BX649550.6	201	CACTAAACAAAACTATAAAAATATAAGCTGTTTGTTTAAGTAAAAGGGAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	110496	CACTAAACAAAACTATAAAAATATAAGCTGTTTGTTTAAGTAAAAGGGAA	110545

BX649550.6	251	TCAACTTTAAAATTTAAGACACAAATGTAGGTTTAATTTGGTTTGCATCG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	110546	TCAACTTTAAAATTTAAGACACAAATGTAGGTTTAATTTGGTTTGCATCG	110595

BX649550.6	301	CACACAAACTTTGTGTCAAACACTAAGACACACTATAGTCAATAGAAAAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	110596	CACACAAACTTTGTGTCAAACACTAAGACACACTATAGTCAATAGAAAAC	110645

BX649550.6	351	CTGGTAACACTTTATTTTGATGGTCCATTTGAGTATTAGTAGCCTGTCTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	110646	CTGGTAACACTTTATTTTGATGGTCCATTTGAGTATTAGTAGCCTGTCTG	110695

BX649550.6	401	CTTAATATCTGCTGATACTGCTCCTTCAACTGACATATAACTGACTATAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	110696	CTTAATATCTGCTGATACTGCTCCTTCAACTGACATATAACTGACTATAA	110745

BX649550.6	451	GAAACTTTGCAAGTACATGTCTGCTTACACTAACCCTAACCTAATAGTCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	110746	GAAACTTTGCAAGTACATGTCTGCTTACACTAACCCTAACCTAATAGTCT	110795

BX649550.6	501	ACTTATAATCTAATGAGAATTAGTTGGCATGTAGATGCAATGCAACCTAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	110796	ACTTATAATCTAATGAGAATTAGTTGGCATGTAGATGCAATGCAACCTAA	110845

BX649550.6	551	ATTCAACAAACGGACCATCAAAATAAAGTGTGACCGACAACATAAGCTAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	110846	ATTCAACAAACGGACCATCAAAATAAAGTGTGACCGACAACATAAGCTAC	110895

BX649550.6	601	ACAACGATTGTTTTCAGCAGATACATTATTTTCTGTTGGCTTATTGAAAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	110896	ACAACGATTGTTTTCAGCAGATACATTATTTTCTGTTGGCTTATTGAAAA	110945

BX649550.6	651	GTGACTTTTTTTAAGGCAGATGGAGTGTCAAAACAAAAAAATAATAATAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	110946	GTGACTTTTTTTAAGGCAGATGGAGTGTCAAAACAAAAAAATAATAATAT	110995

BX649550.6	701	TAATAAATAAACAAATAGACGCCCTCTCAGCACAGCGATACTTCACCCCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	110996	TAATAAATAAACAAATAGACGCCCTCTCAGCACAGCGATACTTCACCCCA	111045

BX649550.6	751	AAATAAAAATTCAGTCATTATTGCTAAATGTTTCGATTTTCTTTCTTCTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	111046	AAATAAAAATTCAGTCATTATTGCTAAATGTTTCGATTTTCTTTCTTCTG	111095

BX649550.6	801	TTGACGATAAAAGCAAATATTCTAAACAAAGCAGTTTGAAAATTGTAAAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	111096	TTGACGATAAAAGCAAATATTCTAAACAAAGCAGTTTGAAAATTGTAAAT	111145

BX649550.6	851	TAAACTTTAAACTTTTTGGTTTTCAACATTTTTCAAAGCATCTTTTCACA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	111146	TAAACTTTAAACTTTTTGGTTTTCAACATTTTTCAAAGCATCTTTTCACA	111195

BX649550.6	901	GAAAAAAAAACCTCACACGGGTTTCAAATGACAATGGAGTGCTTATTTTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	111196	GAAAAAAAAACCTCACACGGGTTTCAAATGACAATGGAGTGCTTATTTTG	111245

BX649550.6	951	GGGTGAACTATTTATAACGGTCTTAATTGCTGCTGTTAGAATCAGCAGTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	111246	GGGTGAACTATTTATAACGGTCTTAATTGCTGCTGTTAGAATCAGCAGTG	111295

BX649550.6	1001	TTTTAGGTTCATGCACTATAAAGGCACCAGCAAAAAACGAAACAAGTCTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	111296	TTTTAGGTTCATGCACTATAAAGGCACCAGCAAAAAACGAAACAAGTCTA	111345

BX649550.6	1051	GCTTCATTTGAGCAAAGGCAAGCATCTCTTTGGCCCAAAACAGTCCTGAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	111346	GCTTCATTTGAGCAAAGGCAAGCATCTCTTTGGCCCAAAACAGTCCTGAT	111395

BX649550.6	1101	GCTACACTTACACATTAAGGCACGTATTAATAATCATAACATACAGTGGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	111396	GCTACACTTACACATTAAGGCACGTATTAATAATCATAACATACAGTGGT	111445

BX649550.6	1151	GTACAATCTCCACTGAACTGGAGAAATGCTGGTGTTGAAGTCTACCTGCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	111446	GTACAATCTCCACTGAACTGGAGAAATGCTGGTGTTGAAGTCTACCTGCA	111495

BX649550.6	1201	GCTCTGTCCTCTCTGGCGTGATCGTTCATGCACATGTCTTTGGCTCTGTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	111496	GCTCTGTCCTCTCTGGCGTGATCGTTCATGCACATGTCTTTGGCTCTGTC	111545

BX649550.6	1251	AGCCGAGTTTTCTTTGGTGAAGAAATTGTGCCTGTTGTCCTGCGCAGGAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	111546	AGCCGAGTTTTCTTTGGTGAAGAAATTGTGCCTGTTGTCCTGCGCAGGAG	111595

BX649550.6	1301	GAGGATTCTGGGAAAGCTGTGCCCCGTTTACATCAGGCACTTCCAGGCTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	111596	GAGGATTCTGGGAAAGCTGTGCCCCGTTTACATCAGGCACTTCCAGGCTA	111645

BX649550.6	1351	TTATAAAGCAGTCTCGAATATAATCAAACTGCCATCTCCTGTGGTGGCAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	111646	TTATAAAGCAGTCTCGAATATAATCAAACTGCCATCTCCTGTGGTGGCAA	111695

BX649550.6	1401	AACCATTGAGCTGGTGGGCCGGACTGCGGTTTGCGTATGCCTGAAAATGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	111696	AACCATTGAGCTGGTGGGCCGGACTGCGGTTTGCGTATGCCTGAAAATGA	111745

BX649550.6	1451	AAAGAGTGAATGAGAACAAAACACAACAGCAGCACAAAACTGCATTTCAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	111746	AAAGAGTGAATGAGAACAAAACACAACAGCAGCACAAAACTGCATTTCAA	111795

BX649550.6	1501	CACAATGACACAGCAAATACTACAACCAATGGCAAAACAAGAGATTTTTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	111796	CACAATGACACAGCAAATACTACAACCAATGGCAAAACAAGAGATTTTTG	111845

BX649550.6	1551	GTGGCTCATTGGTTAGCACTGTCACCTCACAGCAAGAAGGTCACTGGTTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	111846	GTGGCTCATTGGTTAGCACTGTCACCTCACAGCAAGAAGGTCACTGGTTT	111895

BX649550.6	1601	GAGTCAGTTGGGATTTCTGTATGGAGTTTGCATGTTCTCCTCGTGTTGGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	111896	GAGTCAGTTGGGATTTCTGTATGGAGTTTGCATGTTCTCCTCGTGTTGGA	111945

BX649550.6	1651	CTAGGTTTTCCTCTGGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	111946	CTAGGTTTTCCTCTGGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGC	111995

BX649550.6	1701	GCTATAGGTGAATCAGGTAAACTAAATTCACCATGACATATGAGTGTGTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	111996	GCTATAGGTGAATCAGGTAAACTAAATTCACCATGACATATGAGTGTGTG	112045

BX649550.6	1751	TGTGTGAATGTGACAGTGTATGAGCGTTTCCCAGTAATGCATTGCAGCTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	112046	TGTGTGAATGTGACAGTGTATGAGCGTTTCCCAGTAATGCATTGCAGCTG	112095

BX649550.6	1801	GAAGGGCATCCGCAGTGTAAACCATGCTAGAATAGTTGGCGGTTCATTCC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	112096	GAAGGGCATCCGCAGTGTAAACCATGCTAGAATAGTTGGCGGTTCATTCC	112145

BX649550.6	1851	ACTGTGGCGACCCCTAATAATTAAGAGACTAAGCCGAAGGAAAATATAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	112146	ACTGTGGCGACCCCTAATAATTAAGAGACTAAGCCGAAGGAAAATATAAA	112195

BX649550.6	1901	TGAATAATGATAAATATAATGTACTAGTAAAATTAAGAAATACTGTATGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	112196	TGAATAATGATAAATATAATGTACTAGTAAAATTAAGAAATACTGTATGG	112245

BX649550.6	1951	TTTATTCTTTGGATTAGACGTGACATTCTGTTTTGCTGCTTTAAATGAAC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450743.3	112246	TTTATTCTTTGGATTAGACGTGACATTCTGTTTTGCTGCTTTAAATGAAC	112295

Overview

Query
BX649550.6 - 170472 bps
Hit
CR450743.3 - 112295 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194920001200011102961122951
281.121003087055770864-1240227031
389.71562334536045592-1389841301
486.6310118490503906861408342691
583.06140300100774101073114902151961
681.61115295107463107757121642219511
781.991403805212152500134699351091
892.621652324536245593-152555527841
984.92130250100773101022161464617151
1084.09155325107476107800161890622221
1185.91107232107181107412-183248834741
1284.79216497111284111780-183256837351
1389.5131217156790157006183325835431
1489.261292054537445578188645888491
1582.712356042663427237190121907161
1685.4138076858186585-192293930601
1785.783286681982020487-192442930881
1894.23168208453864559311013141015211
1989.31100157905319068711031131032711
2093.16178234233472358011106471108801
2194.21101383940439541-11106491107861
2280.27105301100770101070-11118981122061
Short-link