<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR933101.7	1	TTTTGAATTTCAACAGTCAGACAGAACAGCTGTATTAATATGTGTACGTA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	191777	TTTTGAATTTCAACAGTCAGACAGAACAGCTGTATTAATATGTGTACGTA	191826

CR933101.7	51	ATGTTTTTGCATTATAAAGTTTATTTTAGCTCAAACGCAATACAATTGTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	191827	ATGTTTTTGCATTATAAAGTTTATTTTAGCTCAAACGCAATACAATTGTT	191876

CR933101.7	101	AGTTTTTTATCAAATTACCTCTCCGTGCTGTGTTTTTATATCTGTTTCAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	191877	AGTTTTTTATCAAATTACCTCTCCGTGCTGTGTTTTTATATCTGTTTCAC	191926

CR933101.7	151	TAGCACTCTTACTTTGATGATACAAATGCGCACTTCATAGCCAATCTATA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	191927	TAGCACTCTTACTTTGATGATACAAATGCGCACTTCATAGCCAATCTATA	191976

CR933101.7	201	TACCAATAAAATCGCTTTCTCTAGTGGTTATGCCACTTTTTTGCCAAAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	191977	TACCAATAAAATCGCTTTCTCTAGTGGTTATGCCACTTTTTTGCCAAAAA	192026

CR933101.7	251	TAACCTAACAAATTAGTTATTTTTGTAACCCAAATTGTTGAGTTAACCTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	192027	TAACCTAACAAATTAGTTATTTTTGTAACCCAAATTGTTGAGTTAACCTT	192076

CR933101.7	301	AACAACTCAATGTATCATCGACCTTCTTGCTGTCAGGCGATCATGCTACC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	192077	AACAACTCAATGTATCATCGACCTTCTTGCTGTCAGGCGATCATGCTACC	192126

CR933101.7	351	CATTGTGCCACCGTATTACTTAGACTTAGACTTAGACTTAGAAAACTTTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	192127	CATTGTGCCACCGTATTACTTAGACTTAGACTTAGACTTAGAAAACTTTA	192176

CR933101.7	401	TTGATCCCGCAGGAAATTGATTATGTAATGACTGCCATAACACACAAAAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	192177	TTGATCCCGCAGGAAATTGATTATGTAATGACTGCCATAACACACAAAAC	192226

CR933101.7	451	ACAGAAACACAGAACCACAAGACAAAATAAATAAATTAAGTAAGTGAAAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	192227	ACAGAAACACAGAACCACAAGACAAAATAAATAAATTAAGTAAGTGAAAT	192276

CR933101.7	501	AAGTCACATAAATCCAACCAATCTATAAAAGGAAACAGCCACAATACATA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	192277	AAGTCACATAAATCCAACCAATCTATAAAAGGAAACAGCCACAATACATA	192326

CR933101.7	551	AGTATACAAACTATTATATAAAATATTACACTTAAAAGAATCAGTGGTAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	192327	AGTATACAAACTATTATATAAAATATTACACTTAAAAGAATCAGTGGTAA	192376

CR933101.7	601	CTTATACTATTAAGTCATATATCAAGTATTGAAAATAATATTAACCAAAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	192377	CTTATACTATTAAGTCATATATCAAGTATTGAAAATAATATTAACCAAAA	192426

CR933101.7	651	CTAATAATATTACACATAAAACAATTACACATAAAATAATTCAAGTAGTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	192427	CTAATAATATTACACATAAAACAATTACACATAAAATAATTCAAGTAGTA	192476

CR933101.7	701	AAGTGATTCAGCACTCATTTAAAAAACAATGATATTGCACTAAAAATATT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	192477	AAGTGATTCAGCACTCATTTAAAAAACAATGATATTGCACTAAAAATATT	192526

CR933101.7	751	TAAGACCCATATTGCCCTTAACGTAATTAGCATTATCAAATAAATCAGTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	192527	TAAGACCCATATTGCCCTTAACGTAATTAGCATTATCAAATAAATCAGTG	192576

CR933101.7	801	TTTTGAACGGGGTATTGAATTTAATCCTCATTTACAAAGTAAAACACCTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	192577	TTTTGAACGGGGTATTGAATTTAATCCTCATTTACAAAGTAAAACACCTT	192626

CR933101.7	851	TATATGATGGTAATATACCACTATTCAATTAAATAAGCATTCTAAAATAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	192627	TATATGATGGTAATATACCACTATTCAATTAAATAAGCATTCTAAAATAT	192676

CR933101.7	901	TGTGTTTTTATGTGTAGCAGAGAGTCTTGACATTTCACAGTGTTTGCTTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	192677	TGTGTTTTTATGTGTAGCAGAGAGTCTTGACATTTCACAGTGTTTGCTTT	192726

CR933101.7	951	AATCAAGCATGCGTAGTTCAACCACAATGGTTGCTACTGAGAATATGAAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	192727	AATCAAGCATGCGTAGTTCAACCACAATGGTTGCTACTGAGAATATGAAT	192776

CR933101.7	1001	TAGTTAACACGTTTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATCCATTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	192777	TAGTTAACACGTTTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATCCATTT	192826

CR933101.7	1051	TTATGTTATCTGCTGTGAGTCTGTGGTTAAGGCATGTCGCGAGTGTGATG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	192827	TTATGTTATCTGCTGTGAGTCTGTGGTTAAGGCATGTCGCGAGTGTGATG	192876

CR933101.7	1101	ATACTAGCAGAATACAGAAAAACCTCCCAGCCAATGAGAATCAAGAACCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	192877	ATACTAGCAGAATACAGAAAAACCTCCCAGCCAATGAGAATCAAGAACCA	192926

CR933101.7	1151	GAATATGAACCTTTATAAAAATGTTAATATAATTCCTCTCAGTTGCACAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	192927	GAATATGAACCTTTATAAAAATGTTAATATAATTCCTCTCAGTTGCACAT	192976

CR933101.7	1201	CAGTTACTTCAACAAAATCAAATAATCCTAGCTATGCTGTCAAAGTAATA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	192977	CAGTTACTTCAACAAAATCAAATAATCCTAGCTATGCTGTCAAAGTAATA	193026

CR933101.7	1251	TCATAGCTCCATATAGTGTATGACAATCTATGTCTCTTTAGTGTCTATTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	193027	TCATAGCTCCATATAGTGTATGACAATCTATGTCTCTTTAGTGTCTATTT	193076

CR933101.7	1301	TTATTACTCTTTGGGAAATGCGAGAAAGAACAACCTTTAAGCAATAACAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	193077	TTATTACTCTTTGGGAAATGCGAGAAAGAACAACCTTTAAGCAATAACAT	193126

CR933101.7	1351	TTCCCCTTAAGGAAGGCATCATTTGGAAGCACAGGCTAAGCATTAATCCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	193127	TTCCCCTTAAGGAAGGCATCATTTGGAAGCACAGGCTAAGCATTAATCCA	193176

CR933101.7	1401	GTTATGTAATCATGTGCGTTGAGCTACATGGGAGATGCAATGTTTTCATA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	193177	GTTATGTAATCATGTGCGTTGAGCTACATGGGAGATGCAATGTTTTCATA	193226

CR933101.7	1451	TTATTATGTCTAGAGCTGCCATTAGAGCATTTAGCTGAGAAATAAACTAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	193227	TTATTATGTCTAGAGCTGCCATTAGAGCATTTAGCTGAGAAATAAACTAG	193276

CR933101.7	1501	TTAAATCTGAGCAACCATCTGTAAATAATGCATGTCAGAAATATTGTTCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	193277	TTAAATCTGAGCAACCATCTGTAAATAATGCATGTCAGAAATATTGTTCA	193326

CR933101.7	1551	TTCATACTTATGTACAAGTAGTGTCCGTGTGTGTTTTGGTCACAGAAGAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	193327	TTCATACTTATGTACAAGTAGTGTCCGTGTGTGTTTTGGTCACAGAAGAG	193376

CR933101.7	1601	ATCTATTTGTTTAGGTTAATACAGGTCAAATCAATAGTTAATTGTTCATT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	193377	ATCTATTTGTTTAGGTTAATACAGGTCAAATCAATAGTTAATTGTTCATT	193426

CR933101.7	1651	TTTTGGAGCTAATGGTTTTGCTTTGACTAGCGCATGAGAATGATTTACTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	193427	TTTTGGAGCTAATGGTTTTGCTTTGACTAGCGCATGAGAATGATTTACTG	193476

CR933101.7	1701	CGAGATTTCTGTAAATGTCAATTACCGGAGTGCCTAAAGCTGAAAATATA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	193477	CGAGATTTCTGTAAATGTCAATTACCGGAGTGCCTAAAGCTGAAAATATA	193526

CR933101.7	1751	GGGTTTTCTTCTTCAAACGATAAGAAAGAATTGGAGGGTAAACCTCTTGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	193527	GGGTTTTCTTCTTCAAACGATAAGAAAGAATTGGAGGGTAAACCTCTTGA	193576

CR933101.7	1801	CGCTAAGTCCATGGATGGTATATGCAATAAAGTTTTTTTCAGAAAGAGTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	193577	CGCTAAGTCCATGGATGGTATATGCAATAAAGTTTTTTTCAGAAAGAGTG	193626

CR933101.7	1851	GCAGTCAAATTTCAGCCTGTAGTTTATCTGTGAGTCTCTTTCTCTGTGTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	193627	GCAGTCAAATTTCAGCCTGTAGTTTATCTGTGAGTCTCTTTCTCTGTGTT	193676

CR933101.7	1901	TGGAATGAAATGCAAATATTCATTCAGCACTTTCTGCGGAAAGGCTCAGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	193677	TGGAATGAAATGCAAATATTCATTCAGCACTTTCTGCGGAAAGGCTCAGT	193726

CR933101.7	1951	AAGGTATATACTTGCTTTTTCCCCTCAAAAACGGAGGCTCTAAAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394569.9	193727	AAGGTATATACTTGCTTTTTCCCCTCAAAAACGGAGGCTCTAAAGAATTC	193776

Overview

Query
CR933101.7 - 13650 bps
Hit
CR394569.9 - 193776 bps
Total alignments
11
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100190320001200011917771937761
290.094611163946504-112451125611
386.18242436972910164125103255361
494.5901091072110829-188245883531
580.791183341062610959-11034741038011
696.264710763986504-11062891063951
71003662130451310611063371063981
883.9511625798781013411447431449851
984.5669136106251076011452991454341
1078.0737115107831089711454701455831
11100611276277640311758291759551
Short-link