<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX510648.5	191453	GAATTCTTGTGACTCATGTTGTAGTTAACATTAGTTCATGATTAGCGCAT	191404
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	73515	GAATTCTTGTGACTCATGTTGTAGTTAACATTAGTTCATGATTAGCGCAT	73564

C  BX510648.5	191403	GCCTTAACTCATCATTACTTCATAATAAAGTACTGTTTAGTTTAAATGTT	191354
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	73565	GCCTTAACTCATCATTACTTCATAATAAAGTACTGTTTAGTTTAAATGTT	73614

C  BX510648.5	191353	AACACATCATTATTTATGTTCTGTTATTGTAAAGGGTTACCAAATAATTA	191304
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	73615	AACACATCATTATTTATGTTCTGTTATTGTAAAGGGTTACCAAATAATTA	73664

C  BX510648.5	191303	AATAGGCACTTGATTATAAATCATTTTAACATTCTTTTACACAAACTATT	191254
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	73665	AATAGGCACTTGATTATAAATCATTTTAACATTCTTTTACACAAACTATT	73714

C  BX510648.5	191253	AGTTTCTCTTAAACACTGACTTTAAATATAACTGTAGATCTTTGTATTGT	191204
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	73715	AGTTTCTCTTAAACACTGACTTTAAATATAACTGTAGATCTTTGTATTGT	73764

C  BX510648.5	191203	TTTTGAAATCATGTTTATGCTTTGTATTTGATGTGGAAATGATGGTTGAT	191154
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	73765	TTTTGAAATCATGTTTATGCTTTGTATTTGATGTGGAAATGATGGTTGAT	73814

C  BX510648.5	191153	TCAGCTCTGAATTGTCTCAGCATTGATGTTGTTTATTGCAGCACTCCTAT	191104
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	73815	TCAGCTCTGAATTGTCTCAGCATTGATGTTGTTTATTGCAGCACTCCTAT	73864

C  BX510648.5	191103	TTAATGTGCATTAATATTTAATCATTCATTTGTTAATGGGTTTTCTATTA	191054
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	73865	TTAATGTGCATTAATATTTAATCATTCATTTGTTAATGGGTTTTCTATTA	73914

C  BX510648.5	191053	TTGTTGTTGTTTTCTGTCACTGTTGTGTACGTGCAGAGATCCTGGCATTG	191004
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	73915	TTGTTGTTGTTTTCTGTCACTGTTGTGTACGTGCAGAGATCCTGGCATTG	73964

C  BX510648.5	191003	TGTCGTTTGTTCTGCTGTTTGACCCCGAGCTGAAGGTGCTGGTTGGACGT	190954
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	73965	TGTCGTTTGTTCTGCTGTTTGACCCCGAGCTGAAGGTGCTGGTTGGACGT	74014

C  BX510648.5	190953	GTTTACACTGATATCCAACATGGCGTTTGCATCGAGAATTTCGGCAGGTA	190904
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	74015	GTTTACACTGATATCCAACATGGCGTTTGCATCGAGAATTTCGGCAGGTA	74064

C  BX510648.5	190903	AAATAGTTTATTCTCATGACCGGTGTCAGGAAGTCTTCCTCTTCCAGATA	190854
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	74065	AAATAGTTTATTCTCATGACCGGTGTCAGGAAGTCTTCCTCTTCCAGATA	74114

C  BX510648.5	190853	GAGATCTGATTTTAGAAAGGCATGTGAAGAAATGGCTGGTATTTGTGTGT	190804
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	74115	GAGATCTGATTTTAGAAAGGCATGTGAAGAAATGGCTGGTATTTGTGTGT	74164

C  BX510648.5	190803	GTTTTTAGGAAGCTGGTGATCAAGTGCAGCAGTTACAGGCAGGCTCAGTG	190754
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	74165	GTTTTTAGGAAGCTGGTGATCAAGTGCAGCAGTTACAGGCAGGCTCAGTG	74214

C  BX510648.5	190753	GTGGAGTCATGAGATTCGCAGTCTCTCTGAGCGCTGTGATTTCTATAAGC	190704
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	74215	GTGGAGTCATGAGATTCGCAGTCTCTCTGAGCGCTGTGATTTCTATAAGC	74264

C  BX510648.5	190703	TGCATCGATTTGAAGGCTTTGCCCCACCCAGACCGGACACCCTCACAAAG	190654
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	74265	TGCATCGATTTGAAGGCTTTGCCCCACCCAGACCGGACACCCTCACAAAG	74314

C  BX510648.5	190653	TGGTCTGTGCATTTGCATAATGCTTCATTTTAGAGAATATTGATTTATGG	190604
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	74315	TGGTCTGTGCATTTGCATAATGCTTCATTTTAGAGAATATTGATTTATGG	74364

C  BX510648.5	190603	GCTAGTTTATGCAATGAAGTTGGTACTGAGTAAATGACTGTTGATTGACA	190554
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	74365	GCTAGTTTATGCAATGAAGTTGGTACTGAGTAAATGACTGTTGATTGACA	74414

C  BX510648.5	190553	GGTATGTTAATGGCCATGGCTATTTCTCAGACCTGGCTGATGCACTGGAA	190504
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	74415	GGTATGTTAATGGCCATGGCTATTTCTCAGACCTGGCTGATGCACTGGAA	74464

C  BX510648.5	190503	CAGGCCAAGGAGGAGATCTTCATCACTGATTGGTGGTTAGTTTAAACCCA	190454
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	74465	CAGGCCAAGGAGGAGATCTTCATCACTGATTGGTGGTTAGTTTAAACCCA	74514

C  BX510648.5	190453	CACACATACACACAAACACAAACCTACAACAGTACATGACCTGAATGTGT	190404
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	74515	CACACATACACACAAACACAAACCTACAACAGTACATGACCTGAATGTGT	74564

C  BX510648.5	190403	CAAATCAATTAACAGAATCAATGATGCATTCTTAAAAATGAGTTAAATCC	190354
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	74565	CAAATCAATTAACAGAATCAATGATGCATTCTTAAAAATGAGTTAAATCC	74614

C  BX510648.5	190353	TGCAATAAAATGTTGGGGTATTAGATCTAATCCAAATCACATACTGCCAG	190304
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	74615	TGCAATAAAATGTTGGGGTATTAGATCTAATCCAAATCACATACTGCCAG	74664

C  BX510648.5	190303	TGTAAGTGCAATACTGGATTCAATGAAAAAAATATATTTTACAATGACTG	190254
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	74665	TGTAAGTGCAATACTGGATTCAATGAAAAAAATATATTTTACAATGACTG	74714

C  BX510648.5	190253	TCTGTAGAACTATCGTGGCTTAATGGGAAAAAGAACTGGTAATTTTTTTT	190204
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	74715	TCTGTAGAACTATCGTGGCTTAATGGGAAAAAGAACTGGTAATTTTTTTT	74764

C  BX510648.5	190203	TTTTTTTTCCATATTTCATATAATAACAGACAAGTAAAGCTGCTGATCAT	190154
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	74765	TTTTTTTTCCATATTTCATATAATAACAGACAAGTAAAGCTGCTGATCAT	74814

C  BX510648.5	190153	GTACTTCTGTTTAAAACATTGATATCAGTTTAAACTTTGAATAAAAGCGT	190104
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	74815	GTACTTCTGTTTAAAACATTGATATCAGTTTAAACTTTGAATAAAAGCGT	74864

C  BX510648.5	190103	CTGCTAAATGACTAAATGTAAATGTAAAGGAATAATATTTTTATTAGGCA	190054
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	74865	CTGCTAAATGACTAAATGTAAATGTAAAGGAATAATATTTTTATTAGGCA	74914

C  BX510648.5	190053	AGTACAAATTAAATGATGGTTCACTGAAAAATAGATATTCTCACTCTCCA	190004
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	74915	AGTACAAATTAAATGATGGTTCACTGAAAAATAGATATTCTCACTCTCCA	74964

C  BX510648.5	190003	CTTGTTTACATTTGTTGCAAACTTTTTACAGTTTGTTATGCTGTTGAACA	189954
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	74965	CTTGTTTACATTTGTTGCAAACTTTTTACAGTTTGTTATGCTGTTGAACA	75014

C  BX510648.5	189953	CAGAACAGAACAGAAGATGGTTTGTAGAATTGAAAACCAGTAGACTTTGA	189904
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	75015	CAGAACAGAACAGAAGATGGTTTGTAGAATTGAAAACCAGTAGACTTTGA	75064

C  BX510648.5	189903	CTTTCATTGTATTTTTTCCTACTATGGACTGCAGTCGACACTCATCGGCC	189854
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	75065	CTTTCATTGTATTTTTTCCTACTATGGACTGCAGTCGACACTCATCGGCC	75114

C  BX510648.5	189853	ACTTTATTAGGTACTTCTTACTAGTACCTGGTTTGATCACCTTTTACCTT	189804
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	75115	ACTTTATTAGGTACTTCTTACTAGTACCTGGTTTGATCACCTTTTACCTT	75164

C  BX510648.5	189803	CAGAAATGCCTTATTACTTTATGGCACAGTTTCAACAAGGTACTGGAAAT	189754
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	75165	CAGAAATGCCTTATTACTTTATGGCACAGTTTCAACAAGGTACTGGAAAT	75214

C  BX510648.5	189753	CTTCCTCAGAGATTTTGGTCCATATTGACATTGTAGCATTACGCAGTTGC	189704
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	75215	CTTCCTCAGAGATTTTGGTCCATATTGACATTGTAGCATTACGCAGTTGC	75264

C  BX510648.5	189703	TGCACATTTGCTGGCTGTACATCCATGATGCGAATCTCCCGTTCCACCAC	189654
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	75265	TGCACATTTGCTGGCTGTACATCCATGATGCGAATCTCCCGTTCCACCAC	75314

C  BX510648.5	189653	ATCTTAAATAATTGAAAATCACTAGACATTGACTTCCATTGTATTTTTTC	189604
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	75315	ATCTTAAATAATTGAAAATCACTAGACATTGACTTCCATTGTATTTTTTC	75364

C  BX510648.5	189603	CTACTATGGATTTCAGTTTCCAACATTCTAAAATTGTTCAGCTGAAATAG	189554
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	75365	CTACTATGGATTTCAGTTTCCAACATTCTAAAATTGTTCAGCTGAAATAG	75414

C  BX510648.5	189553	GAACCAATGATTCTCCAGGACCAAAGTTTCCTATCTCTGACCTAGCCTGT	189504
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	75415	GAACCAATGATTCTCCAGGACCAAAGTTTCCTATCTCTGACCTAGCCTGT	75464

C  BX510648.5	189503	GCGTTTGGAGGACTGTAATGTTTAATATTGGTTTAAACTGTCCTTATGTC	189454
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR394527.6	75465	GCGTTTGGAGGACTGTAATGTTTAATATTGGTTTAAACTGTCCTTATGTC	75514

Overview

Query
BX510648.5 - 191453 bps
Hit
CR394527.6 - 75514 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019342000189454191453-173515755141
283.68111241539745421412124501
385.68240526131136131661120912214421
483.01139361184672185032-120936212941
587.741903533929939651-121078214361
682.651293165390154216-137809381251
783.887179176235176413137848380261
892.4894135169322169456-151438515701
977.45724285028950716154351547361
1080.28863543942339776-154397547411
1186.8993182181299181480154511546931
1286.2690182184708184889-154512546931
1388.341502381689217129-156655568941
1487.442363918992490314156717571141
1587.643025211636216882-156936574531
1690.581361952709527289-158793589831
1791.89139188137489137676158799589831
1884.46121290131191131480162508628031
1982.25109296184707185002-162508628001
2086.8125254181228181481162551628001
2186.61185393250642-167216676111
Short-link