<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX511219.7	199882	TCTGTTCTATATATATATATAGCTTAAAGGGGTTAATAATAATAAAAAAA	199931
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	1	TCTGTTCTATATATATATATAGCTTAAAGGGGTTAATAATAATAAAAAAA	50

BX511219.7	199932	AAAAAAAATTAAAACCTGATTTTATTCTAGCCGATATAAAAGGTGACCAC	199981
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	51	AAAAAAAATTAAAACCTGATTTTATTCTAGCCGATATAAAAGGTGACCAC	100

BX511219.7	199982	CAGGTGACCACCTTCCTAGGATCTGGATTTGTTGCTGCCCTTTGTACTTC	200031
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	101	CAGGTGACCACCTTCCTAGGATCTGGATTTGTTGCTGCCCTTTGTACTTC	150

BX511219.7	200032	TGTGATGGCTGCTCATATTCTGAAACATAGTATACAGGAATAAGAGAAGT	200081
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	151	TGTGATGGCTGCTCATATTCTGAAACATAGTATACAGGAATAAGAGAAGT	200

BX511219.7	200082	AATTCAACACCTTTAATACTTTTCCACACATTTAAAGACCTTATCACCAC	200131
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	201	AATTCAACACCTTTAATACTTTTCCACACATTTAAAGACCTTATCACCAC	250

BX511219.7	200132	TTTCAATCAAAAATGCTGGCGAGATTTATCTTACGGAATATTTACTAAAT	200181
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	251	TTTCAATCAAAAATGCTGGCGAGATTTATCTTACGGAATATTTACTAAAT	300

BX511219.7	200182	ATTAAAAAGTAATCAATGAATCCAACTAAACATTCAATACAGAAAACATG	200231
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	301	ATTAAAAAGTAATCAATGAATCCAACTAAACATTCAATACAGAAAACATG	350

BX511219.7	200232	TATATTAAAATCTAGCCGATTCGACAGGTTGTCACCTATATAGCTGCAGA	200281
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	351	TATATTAAAATCTAGCCGATTCGACAGGTTGTCACCTATATAGCTGCAGA	400

BX511219.7	200282	CTGATAGGGTTGCAGTAAACAAGCGGCAAGCTGTCAAACCTTAGTAGAAT	200331
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	401	CTGATAGGGTTGCAGTAAACAAGCGGCAAGCTGTCAAACCTTAGTAGAAT	450

BX511219.7	200332	TTTACTGATTACATAACTACCTAGTATCCTGATATTCAAGGCTTAAATAC	200381
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	451	TTTACTGATTACATAACTACCTAGTATCCTGATATTCAAGGCTTAAATAC	500

BX511219.7	200382	AAGCAAACTTTAGCATACAATGATACCTTGTACAACAATAAATGTATTAC	200431
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	501	AAGCAAACTTTAGCATACAATGATACCTTGTACAACAATAAATGTATTAC	550

BX511219.7	200432	CTTGTAAAGGAATCTAAGACTTTCTAATACTTTAAAGGCCCTCAAACTCC	200481
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	551	CTTGTAAAGGAATCTAAGACTTTCTAATACTTTAAAGGCCCTCAAACTCC	600

BX511219.7	200482	TCTATATTGACTTATCAGCCCCCAACACCTTCTGATACACCACAGACACC	200531
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	601	TCTATATTGACTTATCAGCCCCCAACACCTTCTGATACACCACAGACACC	650

BX511219.7	200532	CTGTGTAAGAGTGACTGGGAGTTGATCTGGGGGAAACCTGTGGAACAAAG	200581
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	651	CTGTGTAAGAGTGACTGGGAGTTGATCTGGGGGAAACCTGTGGAACAAAG	700

BX511219.7	200582	AACTGCTATAAGCATCTCTAAATCAGAATCATGTGACAGGGCGGTTTGTG	200631
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	701	AACTGCTATAAGCATCTCTAAATCAGAATCATGTGACAGGGCGGTTTGTG	750

BX511219.7	200632	TCATCTATAAATGGGAAGAGGGGGGGGGGGGGTGCAGAGGGAGAATGAGG	200681
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	751	TCATCTATAAATGGGAAGAGGGGGGGGGGGGGTGCAGAGGGAGAATGAGG	800

BX511219.7	200682	CTCGGCGGAGTGACTCTGCTATAGCAGAAGTACAAATGATAGTCAGCAAT	200731
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	801	CTCGGCGGAGTGACTCTGCTATAGCAGAAGTACAAATGATAGTCAGCAAT	850

BX511219.7	200732	GGAGCATTAATGAGTGATAAATATTGTCAATAGTAATATGAAGAGTAAAT	200781
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	851	GGAGCATTAATGAGTGATAAATATTGTCAATAGTAATATGAAGAGTAAAT	900

BX511219.7	200782	TGGGGTTGGGGTGTGGGGGGTTGGCTCAAAATGGCTAATGTCCTAGAATG	200831
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	901	TGGGGTTGGGGTGTGGGGGGTTGGCTCAAAATGGCTAATGTCCTAGAATG	950

BX511219.7	200832	TCCTTGTGTAATTGATCTGTTTGCATAATAAAGAAAGAGAGTTCTTCATC	200881
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	951	TCCTTGTGTAATTGATCTGTTTGCATAATAAAGAAAGAGAGTTCTTCATC	1000

BX511219.7	200882	CTGCAAAATTAGATTAGCTATTCAGCTATGCTGTGATGGGATGTGAGATG	200931
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	1001	CTGCAAAATTAGATTAGCTATTCAGCTATGCTGTGATGGGATGTGAGATG	1050

BX511219.7	200932	AACTTTAATGTTAACTTAGAACATCTCTGAACCAAAGTCTAGTGTGAATA	200981
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	1051	AACTTTAATGTTAACTTAGAACATCTCTGAACCAAAGTCTAGTGTGAATA	1100

BX511219.7	200982	TGGCATCAAGGGTGTGGGCTGTATGGGCGGAAAGTATCTTTGCGAAGAGT	201031
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	1101	TGGCATCAAGGGTGTGGGCTGTATGGGCGGAAAGTATCTTTGCGAAGAGT	1150

BX511219.7	201032	GTAAATGCATTAGGAATGGATGAAGAGTGTTATGGGTTGAATGAGGGCAG	201081
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	1151	GTAAATGCATTAGGAATGGATGAAGAGTGTTATGGGTTGAATGAGGGCAG	1200

BX511219.7	201082	TTTCAGGAGCCGGCAGTCTTGAACTCTAAAATGGAAAACAAGAGAGAATT	201131
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	1201	TTTCAGGAGCCGGCAGTCTTGAACTCTAAAATGGAAAACAAGAGAGAATT	1250

BX511219.7	201132	AGAAATGAAATCTTTGCAACATGGCACATGTACAGCAGACATGATTAATT	201181
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	1251	AGAAATGAAATCTTTGCAACATGGCACATGTACAGCAGACATGATTAATT	1300

BX511219.7	201182	GTATTGGCTGATATTCGTGGTAGGAGTCTTCATAAGTGTATGGATCATTG	201231
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	1301	GTATTGGCTGATATTCGTGGTAGGAGTCTTCATAAGTGTATGGATCATTG	1350

BX511219.7	201232	TGAATAGAAGCGCCTTTGTTAATGCATGTTCTAATACTTAATGTCACAAT	201281
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	1351	TGAATAGAAGCGCCTTTGTTAATGCATGTTCTAATACTTAATGTCACAAT	1400

BX511219.7	201282	GTGCAAGGGTTGTAGAAATGGGCATTTGTCCTCCTGCAGGGTGGTAATTA	201331
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	1401	GTGCAAGGGTTGTAGAAATGGGCATTTGTCCTCCTGCAGGGTGGTAATTA	1450

BX511219.7	201332	GAAGGAGAACTGAGCGTATGGGGCGTTTCTATGCTGGAAGTCCTGGAAGT	201381
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	1451	GAAGGAGAACTGAGCGTATGGGGCGTTTCTATGCTGGAAGTCCTGGAAGT	1500

BX511219.7	201382	ACCTCTTGGAGAGCTGGTGAGATGATGATGGAGTGGAGTTTAAACCCCTT	201431
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	1501	ACCTCTTGGAGAGCTGGTGAGATGATGATGGAGTGGAGTTTAAACCCCTT	1550

BX511219.7	201432	ACTGATATAGAAGTTTTATAAACTCGAATGTATTTAACACAAAGTATGAA	201481
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	1551	ACTGATATAGAAGTTTTATAAACTCGAATGTATTTAACACAAAGTATGAA	1600

BX511219.7	201482	AGGCTACTCAATGGCCAGAATTGTCCTCCTCTTGTTTGTTGCAGTCGTGC	201531
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	1601	AGGCTACTCAATGGCCAGAATTGTCCTCCTCTTGTTTGTTGCAGTCGTGC	1650

BX511219.7	201532	AGGAAATTGTTTTCTTACTGCCATTATAAACTGACTGATGTTCAGGTGTA	201581
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	1651	AGGAAATTGTTTTCTTACTGCCATTATAAACTGACTGATGTTCAGGTGTA	1700

BX511219.7	201582	TTGATATGAGAGTCACAATTGGCGTGATACAAAAGAGTTACTGCTTGATG	201631
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	1701	TTGATATGAGAGTCACAATTGGCGTGATACAAAAGAGTTACTGCTTGATG	1750

BX511219.7	201632	AGTAGGTTGTCTATCACTAGCTGGTTAATACTCATTTTATAATTTTATTT	201681
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	1751	AGTAGGTTGTCTATCACTAGCTGGTTAATACTCATTTTATAATTTTATTT	1800

BX511219.7	201682	ATTTATTTATTATTATTATTTTTAATGTATGTATATATAATTATTATTAA	201731
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	1801	ATTTATTTATTATTATTATTTTTAATGTATGTATATATAATTATTATTAA	1850

BX511219.7	201732	AATGTAAATATATCAACTGCCAACATCAAACTTGAAAAACGATGTAGCCA	201781
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	1851	AATGTAAATATATCAACTGCCAACATCAAACTTGAAAAACGATGTAGCCA	1900

BX511219.7	201782	CTTAATAGGAACTGTGTAAATGTAATGTTTATCATGGCTTTACTCCATCC	201831
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	1901	CTTAATAGGAACTGTGTAAATGTAATGTTTATCATGGCTTTACTCCATCC	1950

BX511219.7	201832	ATGATAAGTAACATGTCTGTAATCTCAACATGATTGGAAATCTTAAGCTT	201881
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391993.14	1951	ATGATAAGTAACATGTCTGTAATCTCAACATGATTGGAAATCTTAAGCTT	2000

Overview

Query
BX511219.7 - 201881 bps
Hit
CR391993.14 - 122651 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194020001998822018811120001
299.17750277371533861611221877721
396.8326553031164816167846139934281
498.51162617731678541696261366754171
597.694730521715357215878817561128311
698.09164218022000802018811756193821
798.92201521291648161669441776198991
899.3487990416694316784619929108321
998.7882048756167845176600111070198031
1094.4431523958129873133830117445214391
1192.0920882931181766184696119801227961
1295.4511341347133830135176122560239201
1392.5210831494184996186489122940244761
1495.0224342997136911139907123921268891
1589.5132035314139900145213127771330721
1690.7734245253187515192767127809330721
1795.9426303145193869197013129922330721
189623002745147720150464130321330721
1997.9825052720158193160912133129358541
2097.9824972720158193160912186261889811
Short-link