<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR376739.10	1	GAATTCTGAGTCTTATTCAATAACCCTTGATTCATGAGTATCCTGATTCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	75607	GAATTCTGAGTCTTATTCAATAACCCTTGATTCATGAGTATCCTGATTCT	75656

CR376739.10	51	GTTTGATGGCCCTTGATTCATTGGAATTGTGATTCTGATTCAAAAGTCAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	75657	GTTTGATGGCCCTTGATTCATTGGAATTGTGATTCTGATTCAAAAGTCAT	75706

CR376739.10	101	TGATTTAATAAAATTCTGAGTCTCATTCAACAGCGTTTGATTCATCTTGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	75707	TGATTTAATAAAATTCTGAGTCTCATTCAACAGCGTTTGATTCATCTTGA	75756

CR376739.10	151	TTCTGTTTCGAATGCCCTTAATTCGTTTGAATTCTGATTTAAAAGTCCTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	75757	TTCTGTTTCGAATGCCCTTAATTCGTTTGAATTCTGATTTAAAAGTCCTT	75806

CR376739.10	201	GATTTATTAGAATTCTGAGTCTTATTCAATAACTTTTGATTCATGAGTAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	75807	GATTTATTAGAATTCTGAGTCTTATTCAATAACTTTTGATTCATGAGTAT	75856

CR376739.10	251	CCTGATTCTGTTTCGATGGCCCTTGATTCATTGGAATTGTGATTCTGATT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	75857	CCTGATTCTGTTTCGATGGCCCTTGATTCATTGGAATTGTGATTCTGATT	75906

CR376739.10	301	CTAAAATCATTGATTTAATAGAATTCAGAGTCTCATTCAACAACTCTTGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	75907	CTAAAATCATTGATTTAATAGAATTCAGAGTCTCATTCAACAACTCTTGA	75956

CR376739.10	351	ATTAGGAGAATTCTGATTCTGTATAGAAGGTCCTTGATTCATTGGAGTAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	75957	ATTAGGAGAATTCTGATTCTGTATAGAAGGTCCTTGATTCATTGGAGTAC	76006

CR376739.10	401	TGATTCAAAAGCACTTGATTCATTAGAACACTGATTCTGTTTTGAGTGCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	76007	TGATTCAAAAGCACTTGATTCATTAGAACACTGATTCTGTTTTGAGTGCT	76056

CR376739.10	451	CTTAATTAATTGGAATTCTAATTCTAAATCCCTCGATTCAACCCACATCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	76057	CTTAATTAATTGGAATTCTAATTCTAAATCCCTCGATTCAACCCACATCT	76106

CR376739.10	501	GATTCAAATGAGATTTATTTAATTAATGTGGATGTATTCATATTCATGTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	76107	GATTCAAATGAGATTTATTTAATTAATGTGGATGTATTCATATTCATGTA	76156

CR376739.10	551	TTTTGCTCACAGTACCAATGAGGAATATTCAGTTTGCAATTCAGTTTGCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	76157	TTTTGCTCACAGTACCAATGAGGAATATTCAGTTTGCAATTCAGTTTGCT	76206

CR376739.10	601	TATGATGTAATTTAGGCATTTTACAGTCTTGTAATGTACTTTTTACAGTA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	76207	TATGATGTAATTTAGGCATTTTACAGTCTTGTAATGTACTTTTTACAGTA	76256

CR376739.10	651	ATTGTATTGTAATTTTTAGTGTTTTAATTATTATTTGTAGTAACTGTTTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	76257	ATTGTATTGTAATTTTTAGTGTTTTAATTATTATTTGTAGTAACTGTTTA	76306

CR376739.10	701	TATCCTGACAACTTTTTAAAAACTTTAGTTGACTACGTGAACCAGTTCAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	76307	TATCCTGACAACTTTTTAAAAACTTTAGTTGACTACGTGAACCAGTTCAA	76356

CR376739.10	751	TCAGTCATTAAGTTCAGAATTAAAACTGCACTGGTGCGTGAGTCATTAGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	76357	TCAGTCATTAAGTTCAGAATTAAAACTGCACTGGTGCGTGAGTCATTAGA	76406

CR376739.10	801	ATTAAGAACTATGGAAGAATCAGTTGCTTTAGGAATCCAGCTACACTGCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	76407	ATTAAGAACTATGGAAGAATCAGTTGCTTTAGGAATCCAGCTACACTGCA	76456

CR376739.10	851	TTATTTTGATTCACTCATAAGAACTGGTTCATGAGAGTCATTAGTTTCAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	76457	TTATTTTGATTCACTCATAAGAACTGGTTCATGAGAGTCATTAGTTTCAG	76506

CR376739.10	901	TAACTTGACATGTATAGTGCATGGTGTGAATGAATCAAAATCATCCAGTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	76507	TAACTTGACATGTATAGTGCATGGTGTGAATGAATCAAAATCATCCAGTT	76556

CR376739.10	951	TGTATGTGTCATTTGTTTCAAGTTTCTGACTATACTGGTACACTTTAGTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	76557	TGTATGTGTCATTTGTTTCAAGTTTCTGACTATACTGGTACACTTTAGTT	76606

CR376739.10	1001	CAATAGAGCCTTTAACTTGAAAATGTTCAATAGTGTCTTTAATTTCAAGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	76607	CAATAGAGCCTTTAACTTGAAAATGTTCAATAGTGTCTTTAATTTCAAGA	76656

CR376739.10	1051	ATATCACTGCACTTCTCCGCTATATGTGTTTGATTTACCATAAAAAAGGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	76657	ATATCACTGCACTTCTCCGCTATATGTGTTTGATTTACCATAAAAAAGGT	76706

CR376739.10	1101	TAAAAGGAGTCATTAGTTTAAGAAATAAGACTGAACTAGTACACTAAATA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	76707	TAAAAGGAGTCATTAGTTTAAGAAATAAGACTGAACTAGTACACTAAATA	76756

CR376739.10	1151	GTTTTGATTCTGTTAAATGGACTTGGTTATAAGATTGACCAAAATGAACC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	76757	GTTTTGATTCTGTTAAATGGACTTGGTTATAAGATTGACCAAAATGAACC	76806

CR376739.10	1201	ATTCATACAACTTAATTGTTTTGTTAATCAGGCTACATTTGTACAGTAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	76807	ATTCATACAACTTAATTGTTTTGTTAATCAGGCTACATTTGTACAGTAAA	76856

CR376739.10	1251	TGATTCTGATTCACTTGAAAGAACAGGCTTTGCCGAATGCTACATAAATA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	76857	TGATTCTGATTCACTTGAAAGAACAGGCTTTGCCGAATGCTACATAAATA	76906

CR376739.10	1301	AACCTGACTTGATTTGGTGCACTATATGGTTCTGAAAGATTCATAAGTGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	76907	AACCTGACTTGATTTGGTGCACTATATGGTTCTGAAAGATTCATAAGTGT	76956

CR376739.10	1351	CATTAGCATTAGGGAATACGGAGGAATGATTTGGTTTGGGTATGATTTTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	76957	CATTAGCATTAGGGAATACGGAGGAATGATTTGGTTTGGGTATGATTTTG	77006

CR376739.10	1401	ATTAACTTATAAGAATTGGTTCATGAGAGTCATTCGTTTTAGAAACTTCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	77007	ATTAACTTATAAGAATTGGTTCATGAGAGTCATTCGTTTTAGAAACTTCA	77056

CR376739.10	1451	TATGTATATTGCATAGTTTGGATGAATTAAAATCATCCAGTTCATATGAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	77057	TATGTATATTGCATAGTTTGGATGAATTAAAATCATCCAGTTCATATGAG	77106

CR376739.10	1501	TCATTTAAATTCAGGACTATGCTGGTACACTTTATTGTTTTGGTTCATTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	77107	TCATTTAAATTCAGGACTATGCTGGTACACTTTATTGTTTTGGTTCATTA	77156

CR376739.10	1551	ACAAGTTCAATAGAGTCTTTAATTTCAAGAATATCACTGCACTTCCCCAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	77157	ACAAGTTCAATAGAGTCTTTAATTTCAAGAATATCACTGCACTTCCCCAC	77206

CR376739.10	1601	TATATGGTTTTGACTTACCATAAAAAAAGGAAATAAGACTGAACTGGTAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	77207	TATATGGTTTTGACTTACCATAAAAAAAGGAAATAAGACTGAACTGGTAC	77256

CR376739.10	1651	ACTATATAGTTTTGATTCTTTTAAATGGACATGGTTTTAAGATTGACTAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	77257	ACTATATAGTTTTGATTCTTTTAAATGGACATGGTTTTAAGATTGACTAA	77306

CR376739.10	1701	AATAAATCAGTTCATACAAGTAAGTTGTTTTGTATATAACTACACTTGTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	77307	AATAAATCAGTTCATACAAGTAAGTTGTTTTGTATATAACTACACTTGTA	77356

CR376739.10	1751	CAGTAAATGACTGTGATTTCCATGAAAAACATGGCTCAGTATCAGAATGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	77357	CAGTAAATGACTGTGATTTCCATGAAAAACATGGCTCAGTATCAGAATGC	77406

CR376739.10	1801	TATATAAATGAACCTGACTTGATTTGGTGCACTTAGCATTAGGAAATACT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	77407	TATATAAATGAACCTGACTTGATTTGGTGCACTTAGCATTAGGAAATACT	77456

CR376739.10	1851	GAAGAATCATTTGGTTTGGGTATGATTTTGATTCACTTATACAAACTGGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	77457	GAAGAATCATTTGGTTTGGGTATGATTTTGATTCACTTATACAAACTGGT	77506

CR376739.10	1901	TTATGAGATTCATTAATTTCAGAAGCTTCCCATATATATTGCAGTTTGGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	77507	TTATGAGATTCATTAATTTCAGAAGCTTCCCATATATATTGCAGTTTGGA	77556

CR376739.10	1951	TCGGTTTAAATCATCCAGTTCGTATGAGTCATTTGTCTCAGGAATTGAAC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR391983.14	77557	TCGGTTTAAATCATCCAGTTCGTATGAGTCATTTGTCTCAGGAATTGAAC	77606

Overview

Query
CR376739.10 - 163471 bps
Hit
CR391983.14 - 77606 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001888200012000175607776061
2100551001084921085911178318821
392.1365895191452002-1851386011
489.63791351502631503971923093641
596.555258120938120995121911219681
680.4512135159166266126472268241
793.516178159381159458-126594266701
889.6841305192352052-126704268281
979.02501533678136933129803299451
1087.31152256145448145703-130051303101
1193.554861120925120985-135167352281
1293.661662053578835992144544447481
1395.021682012208822288-144548447481
1478.9547151121762121912147694478451
1598.1152106108495108600149295494001
1691.1164897012570213-154389544781
1795.61381596996470122154454546121
1884.2480177153839154015163748639311
1984.941052069115591360-172142723471
2087.9722740534438175430758281
2184.711022221222175816760441
Short-link