<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR388415.2	1	GGCCAACATGGTGAAACCTAGTGTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	40585	GGCCAACATGGTGAAACCTAGTGTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCTG	40634

CR388415.2	51	GGCATGGTGGTGGGTGCTTGTAATCTCAGCTACTCGGGAGGCAGAGGCGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	40635	GGCATGGTGGTGGGTGCTTGTAATCTCAGCTACTCGGGAGGCAGAGGCGG	40684

CR388415.2	101	GACAGGAGAATCGCTAGAACCTGGGGAGACAAGATAAGTCATTGCCCTCC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	40685	GACAGGAGAATCGCTAGAACCTGGGGAGACAAGATAAGTCATTGCCCTCC	40734

CR388415.2	151	AGCCTGGGCAACAAAAGCGAAACTCCATCTCCAAAAAAAAAAAGCTGATT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	40735	AGCCTGGGCAACAAAAGCGAAACTCCATCTCCAAAAAAAAAAAGCTGATT	40784

CR388415.2	201	TATGCAAGTTATGACTTAATATGTGACTTAATAAGTGCTTATCCTAAGAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	40785	TATGCAAGTTATGACTTAATATGTGACTTAATAAGTGCTTATCCTAAGAT	40834

CR388415.2	251	CTTAGTAAAATAAAGAAGTTGTAATTGAATTGAGCATCAGCCTAGATATA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	40835	CTTAGTAAAATAAAGAAGTTGTAATTGAATTGAGCATCAGCCTAGATATA	40884

CR388415.2	301	ATCTTAAGGAAACTAATGTGCTCGTATTTTAATGTATCTATTTTTCCTCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	40885	ATCTTAAGGAAACTAATGTGCTCGTATTTTAATGTATCTATTTTTCCTCA	40934

CR388415.2	351	TTTTTCTTTTTGTGTAGAATATGATCATTTTCTAAATTAGGACATTTTCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	40935	TTTTTCTTTTTGTGTAGAATATGATCATTTTCTAAATTAGGACATTTTCT	40984

CR388415.2	401	TAGCCTGTGATTTTTGTAACTATATGACATCTGTTGTAGCTAATAATTTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	40985	TAGCCTGTGATTTTTGTAACTATATGACATCTGTTGTAGCTAATAATTTA	41034

CR388415.2	451	TATATAAGTTTAATAGACATATATACATACTTTCTATATGTAATATATAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	41035	TATATAAGTTTAATAGACATATATACATACTTTCTATATGTAATATATAT	41084

CR388415.2	501	TTGTAATTAGTTTTCAAATACAATTTGTTGTGCTTGGATTATAATAGAAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	41085	TTGTAATTAGTTTTCAAATACAATTTGTTGTGCTTGGATTATAATAGAAA	41134

CR388415.2	551	AGTTATTTTATTTTTTGTGGTTTTACTTTTTTAAAAAAATTTTACCTTAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	41135	AGTTATTTTATTTTTTGTGGTTTTACTTTTTTAAAAAAATTTTACCTTAA	41184

CR388415.2	601	GTTCTGGGATACATGTGCAGAACATGCAGTATTGTTACATAGGTATATAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	41185	GTTCTGGGATACATGTGCAGAACATGCAGTATTGTTACATAGGTATATAT	41234

CR388415.2	651	GTGCCATGGTGGTTTGCTGCACCTATCAACCTGTCATTTAGGTTTTAAGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	41235	GTGCCATGGTGGTTTGCTGCACCTATCAACCTGTCATTTAGGTTTTAAGC	41284

CR388415.2	701	CCCTCATGCATTAGGTATTTGTCCTAACGCTCTCCTCCCTGTGCCGCCAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	41285	CCCTCATGCATTAGGTATTTGTCCTAACGCTCTCCTCCCTGTGCCGCCAC	41334

CR388415.2	751	CCTTCAACAGGCCCCAGTGTGTGATGTTCCCCTTCCTGTGTCCACGTGTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	41335	CCTTCAACAGGCCCCAGTGTGTGATGTTCCCCTTCCTGTGTCCACGTGTT	41384

CR388415.2	801	CTTATTTTCAACTCCCACTTATGAGTGAGAACGTGTGGTGTTTGGATTTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	41385	CTTATTTTCAACTCCCACTTATGAGTGAGAACGTGTGGTGTTTGGATTTC	41434

CR388415.2	851	TGTTCCCGTGTTAGTTTGCTGAGAATGATGGTTTCCAGCTTCATCCATGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	41435	TGTTCCCGTGTTAGTTTGCTGAGAATGATGGTTTCCAGCTTCATCCATGT	41484

CR388415.2	901	CCCGGCAAAGGACATGAACTCATTCTTTTCTATGGCTACATGGTGTATAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	41485	CCCGGCAAAGGACATGAACTCATTCTTTTCTATGGCTACATGGTGTATAT	41534

CR388415.2	951	GTACCACATTTTCTTTATCCAGTCTGTCACTGATGGGCATTTGGGTTGGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	41535	GTACCACATTTTCTTTATCCAGTCTGTCACTGATGGGCATTTGGGTTGGT	41584

CR388415.2	1001	TCCAAGTCTTAGCTGTTGTAAATGGTGCTGCAATAAACATATGTGTGCAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	41585	TCCAAGTCTTAGCTGTTGTAAATGGTGCTGCAATAAACATATGTGTGCAT	41634

CR388415.2	1051	GTGTCTTTATAGTAGAATTATTTATAATCCTTTGAGTATATACCCAGTAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	41635	GTGTCTTTATAGTAGAATTATTTATAATCCTTTGAGTATATACCCAGTAA	41684

CR388415.2	1101	TGTGATTGCTGGGTTAAATAGTATTTCTGGCTCTAGATCTTTGAGAAATC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	41685	TGTGATTGCTGGGTTAAATAGTATTTCTGGCTCTAGATCTTTGAGAAATC	41734

CR388415.2	1151	GCCACACTGTCTTCCACAATGGCTGAACTAATTTACATTTCCACTAACAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	41735	GCCACACTGTCTTCCACAATGGCTGAACTAATTTACATTTCCACTAACAG	41784

CR388415.2	1201	TGTAAAAGTGTTCCTATTTCTCCCCAGCATTGCCAACATCTGTTGTTTCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	41785	TGTAAAAGTGTTCCTATTTCTCCCCAGCATTGCCAACATCTGTTGTTTCC	41834

CR388415.2	1251	TGACTTTTTTTTTCCCAATGAAATGATTTGAATGGACACTTAAAACTGTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	41835	TGACTTTTTTTTTCCCAATGAAATGATTTGAATGGACACTTAAAACTGTT	41884

CR388415.2	1301	CATGAGTATACAAGATGATAAAGAAAACATTTATTAAATGAATAAAAGCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	41885	CATGAGTATACAAGATGATAAAGAAAACATTTATTAAATGAATAAAAGCT	41934

CR388415.2	1351	AAAAAGTGAAATGTTACAAGCAAATATCAAATATCCCGAATCTCTAGAAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	41935	AAAAAGTGAAATGTTACAAGCAAATATCAAATATCCCGAATCTCTAGAAT	41984

CR388415.2	1401	TTTATTGTTGAATATGCCTTAGTTATTACAAGTGGTCTTTATTCTTGGTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	41985	TTTATTGTTGAATATGCCTTAGTTATTACAAGTGGTCTTTATTCTTGGTG	42034

CR388415.2	1451	ACTTAGGGATTCCCAAGAAATGTGCAATCACTCCTGGCAACTCAAAGTAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	42035	ACTTAGGGATTCCCAAGAAATGTGCAATCACTCCTGGCAACTCAAAGTAG	42084

CR388415.2	1501	TAATAAGTTAACCTCAAGAGAACAATCTTGGTTAAAAAAAAATTTTAAGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	42085	TAATAAGTTAACCTCAAGAGAACAATCTTGGTTAAAAAAAAATTTTAAGT	42134

CR388415.2	1551	GTATTTTATAAATTATTATTATTTTTATTTTACTTTAAGTTCTGGGATAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	42135	GTATTTTATAAATTATTATTATTTTTATTTTACTTTAAGTTCTGGGATAT	42184

CR388415.2	1601	ATGTGTAGAACGTGCAGGTTTGTTACATAGGTATACATGTGCCATAATGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	42185	ATGTGTAGAACGTGCAGGTTTGTTACATAGGTATACATGTGCCATAATGG	42234

CR388415.2	1651	TTTGCTGCACCTATCAACCTGTCATCTTTAAGCCCTGCATGCATTAGGTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	42235	TTTGCTGCACCTATCAACCTGTCATCTTTAAGCCCTGCATGCATTAGGTA	42284

CR388415.2	1701	TTTGTCCTAATGCTCTCCCTCCCCTTGCCCCCCACCCCCTGACAGGCCCC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	42285	TTTGTCCTAATGCTCTCCCTCCCCTTGCCCCCCACCCCCTGACAGGCCCC	42334

CR388415.2	1751	GGTGTGTAAAGTTCCCCTCCCTGTGTCCATGTGTGCTCATTGTTCAACTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	42335	GGTGTGTAAAGTTCCCCTCCCTGTGTCCATGTGTGCTCATTGTTCAACTC	42384

CR388415.2	1801	TCACTTATGAGTGAGAACATGAGGTGTTTGGTTTTCTGTTCCTGTGTTAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	42385	TCACTTATGAGTGAGAACATGAGGTGTTTGGTTTTCTGTTCCTGTGTTAG	42434

CR388415.2	1851	TTTGCTGAGAATGATGGCTTCCAGCTTCATCCGTATCCCTGCAAAGGACG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	42435	TTTGCTGAGAATGATGGCTTCCAGCTTCATCCGTATCCCTGCAAAGGACG	42484

CR388415.2	1901	TGAACTCATTCTTTTTTATGGCTACATAGTATTCCATGCTGTATAATTGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	42485	TGAACTCATTCTTTTTTATGGCTACATAGTATTCCATGCTGTATAATTGT	42534

CR388415.2	1951	ATTAATAGCACATCCAGGGGTGCAGCATTGCTACATGTCTTCTCTATCCA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388407.3	42535	ATTAATAGCACATCCAGGGGTGCAGCATTGCTACATGTCTTCTCTATCCA	42584

Overview

Query
CR388415.2 - 102196 bps
Hit
CR388407.3 - 42584 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link