<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR855315.5	1	CTTATAGATACTTAATAATGTGGCTCAACGGACCTCACCATAACCTGTGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	209061	CTTATAGATACTTAATAATGTGGCTCAACGGACCTCACCATAACCTGTGG	209110

CR855315.5	51	GGCTAGAGAGATCCCAAGAGGGCAAGAGAGGGGGAAGGGATGGAAATAAC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	209111	GGCTAGAGAGATCCCAAGAGGGCAAGAGAGGGGGAAGGGATGGAAATAAC	209160

CR855315.5	101	TGCATTCAACTGGTGCGGTTGAGCTCATCCAGGATATGAACAGTGCGCAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	209161	TGCATTCAACTGGTGCGGTTGAGCTCATCCAGGATATGAACAGTGCGCAA	209210

CR855315.5	151	CTATTTAGCCACATGTCTCTGGAGGAGCAGATGGCCAGCGAGCTGAGACA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	209211	CTATTTAGCCACATGTCTCTGGAGGAGCAGATGGCCAGCGAGCTGAGACA	209260

CR855315.5	201	TGCAGTGGTGGCACGCATCGCCCAAATGGTTGATGTACACTATTGCAGTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	209261	TGCAGTGGTGGCACGCATCGCCCAAATGGTTGATGTACACTATTGCAGTC	209310

CR855315.5	251	ATGCTGACCATCCTAACCAACAAGTGTTTCACCTCCTGAATCGGTAGGGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	209311	ATGCTGACCATCCTAACCAACAAGTGTTTCACCTCCTGAATCGGTAGGGA	209360

CR855315.5	301	CCAGCAGGAATGAAAAACACTGCCAGACAGCTCCAATTTAATTAAATTCC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	209361	CCAGCAGGAATGAAAAACACTGCCAGACAGCTCCAATTTAATTAAATTCC	209410

CR855315.5	351	TTTTTATTTCTGTAACGCTTTTACAACGTGGATTGTGTCAAAGCAGCTTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	209411	TTTTTATTTCTGTAACGCTTTTACAACGTGGATTGTGTCAAAGCAGCTTC	209460

CR855315.5	401	ACATAGAATAATATAGTAAATTAAAACAGTGTCAGTCCAGTTTTACAGAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	209461	ACATAGAATAATATAGTAAATTAAAACAGTGTCAGTCCAGTTTTACAGAG	209510

CR855315.5	451	TTTAAGTTCAGTTTAGTTCAGTTCAGTGTAGTCCAAACACTGAAGAGCAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	209511	TTTAAGTTCAGTTTAGTTCAGTTCAGTGTAGTCCAAACACTGAAGAGCAA	209560

CR855315.5	501	ATCCATCAATGCGCAGCTCAAGACAATTGAAATGCCAATGCAACCGAAGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	209561	ATCCATCAATGCGCAGCTCAAGACAATTGAAATGCCAATGCAACCGAAGT	209610

CR855315.5	551	TTGGTTTACAAACCTGCAGCTGCATGCTCTATACACATAGCACGCTGGCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	209611	TTGGTTTACAAACCTGCAGCTGCATGCTCTATACACATAGCACGCTGGCC	209660

CR855315.5	601	CATACTGGAAGCAACTATCAGACACTTGTTCTAAGGGCACCCAGGCCTGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	209661	CATACTGGAAGCAACTATCAGACACTTGTTCTAAGGGCACCCAGGCCTGT	209710

CR855315.5	651	AAAAGGCAAGGTCCATCCAGAGCATGGTCACCACAGCATGGTCTCCGCAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	209711	AAAAGGCAAGGTCCATCCAGAGCATGGTCACCACAGCATGGTCTCCGCAC	209760

CR855315.5	701	TCCATGCCCATCTGGGGACCCAATTGCGAAGCCAGCACTAAAGTGGTCTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	209761	TCCATGCCCATCTGGGGACCCAATTGCGAAGCCAGCACTAAAGTGGTCTT	209810

CR855315.5	751	ATATGAACAATTTGAGTGGCATGACAGCCGAATATCATATGCCCCAGGAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	209811	ATATGAACAATTTGAGTGGCATGACAGCCGAATATCATATGCCCCAGGAG	209860

CR855315.5	801	CCTCTGAAAAACTACACTGAGATCACTGCAACTGCCGAATTTGTCAGACA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	209861	CCTCTGAAAAACTACACTGAGATCACTGCAACTGCCGAATTTGTCAGACA	209910

CR855315.5	851	GGGCAGCGCTAGCCCGATGTGCTCTTAGTAAAGCGCACCGTAATGGAGAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	209911	GGGCAGCGCTAGCCCGATGTGCTCTTAGTAAAGCGCACCGTAATGGAGAC	209960

CR855315.5	901	CGAGTCCAGCTCCAACTTGAGATAAGAGACGCTCTGTCTGGAAGAGACCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	209961	CGAGTCCAGCTCCAACTTGAGATAAGAGACGCTCTGTCTGGAAGAGACCT	210010

CR855315.5	951	TTCTGCTCTTTCTCAGTTGACCAGAAACCCCAACAGTTTGAGGTGCCGAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	210011	TTCTGCTCTTTCTCAGTTGACCAGAAACCCCAACAGTTTGAGGTGCCGAA	210060

CR855315.5	1001	GCACCAGGTCCCGAAGCACCAGTTCAAAGACCGAAAAAAGAGACAGTCAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	210061	GCACCAGGTCCCGAAGCACCAGTTCAAAGACCGAAAAAAGAGACAGTCAA	210110

CR855315.5	1051	TGAAAAATCAAAAATGTGTGTTTTTGCATGAGCATCTTGATCAGCATCCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	210111	TGAAAAATCAAAAATGTGTGTTTTTGCATGAGCATCTTGATCAGCATCCT	210160

CR855315.5	1101	GAAAAGATGGCAGATCAAGACACGCAGATAGGATTGGTATAACCCACCGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	210161	GAAAAGATGGCAGATCAAGACACGCAGATAGGATTGGTATAACCCACCGC	210210

CR855315.5	1151	TCTCTGGGTACGATGAAGTGGGGGCGTAAACCATCTCCATTCTGGCTGGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	210211	TCTCTGGGTACGATGAAGTGGGGGCGTAAACCATCTCCATTCTGGCTGGA	210260

CR855315.5	1201	GCGACCAGCTCGATTGAATCCTTTGCCAGGTGGAAAACAATCGTCTCTTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	210261	GCGACCAGCTCGATTGAATCCTTTGCCAGGTGGAAAACAATCGTCTCTTG	210310

CR855315.5	1251	TTAGACAGGGGTGGCATGGCAATGCCCCCTTGCACAATTCTTATGCAAAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	210311	TTAGACAGGGGTGGCATGGCAATGCCCCCTTGCACAATTCTTATGCAAAA	210360

CR855315.5	1301	TGGTTAACATAAATAAAAAAAGTAAGCAACACCATTTTTGAAGCATGAGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	210361	TGGTTAACATAAATAAAAAAAGTAAGCAACACCATTTTTGAAGCATGAGT	210410

CR855315.5	1351	GTCATCTTTGAAAGTGTACATTCAAGTGGGAAGATGCTGGAAAACCATTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	210411	GTCATCTTTGAAAGTGTACATTCAAGTGGGAAGATGCTGGAAAACCATTG	210460

CR855315.5	1401	CACACAAACCACACTCAAAGTAAATGTGGCAGCTATCATTATGATCTGCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	210461	CACACAAACCACACTCAAAGTAAATGTGGCAGCTATCATTATGATCTGCA	210510

CR855315.5	1451	GACTTAACCCTCCTCTTGACCAAGGGGTCAAAATGGGCCAGACACAATTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	210511	GACTTAACCCTCCTCTTGACCAAGGGGTCAAAATGGGCCAGACACAATTT	210560

CR855315.5	1501	TAACAGCAGAATTTTTTTTTTTTTTTTTCATCTTGAAATTGTGTGACTTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	210561	TAACAGCAGAATTTTTTTTTTTTTTTTTCATCTTGAAATTGTGTGACTTT	210610

CR855315.5	1551	TCATGAAATGGCCACAACATTAGAAAAAATAAAATAAAAAATTATATTTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	210611	TCATGAAATGGCCACAACATTAGAAAAAATAAAATAAAAAATTATATTTT	210660

CR855315.5	1601	CCATGAAGGTTGCGCATATTAAGGGAACAACAATTGTCCTTCTGGTAAAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	210661	CCATGAAGGTTGCGCATATTAAGGGAACAACAATTGTCCTTCTGGTAAAT	210710

CR855315.5	1651	TTTGACTCAGCACCTATTGCCACACACTGCACACACATGCACACTTCAAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	210711	TTTGACTCAGCACCTATTGCCACACACTGCACACACATGCACACTTCAAC	210760

CR855315.5	1701	ACTCACATCCCAAGCCCACAGACACAATAAGAACCTGCTGCTTTAACTTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	210761	ACTCACATCCCAAGCCCACAGACACAATAAGAACCTGCTGCTTTAACTTT	210810

CR855315.5	1751	TATAAATACTGTCTTGCTGAAAACCTTTTACACTAATGCAGATACATTTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	210811	TATAAATACTGTCTTGCTGAAAACCTTTTACACTAATGCAGATACATTTA	210860

CR855315.5	1801	TCATTAGAACCTATACCCTAAACTTTAGTCAGAAATAAGTGTTGCCTCTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	210861	TCATTAGAACCTATACCCTAAACTTTAGTCAGAAATAAGTGTTGCCTCTG	210910

CR855315.5	1851	AATAAACACTGATAAAAAGTCCACAATGATGATGAAGTTTCTTCATGCAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	210911	AATAAACACTGATAAAAAGTCCACAATGATGATGAAGTTTCTTCATGCAA	210960

CR855315.5	1901	AATAGATTTGACAATTTAAATAAAATCTGTTTTTTTTTTTACAGGTTTGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	210961	AATAGATTTGACAATTTAAATAAAATCTGTTTTTTTTTTTACAGGTTTGG	211010

CR855315.5	1951	TGAAGGCGGGTCATTTTTGACCTGAAGGGTTAACAGTGTATACGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385085.10	211011	TGAAGGCGGGTCATTTTTGACCTGAAGGGTTAACAGTGTATACGGAATTC	211060

Overview

Query
CR855315.5 - 5964 bps
Hit
CR385085.10 - 211060 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100197920001200012090612110601
Short-link