<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX005070.10	242955	AAGCTTGTTCAGGTGTGTTTGATTAGGGTTGGAGCTAAAATCTCCAGGAC	242906
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	134272	AAGCTTGTTCAGGTGTGTTTGATTAGGGTTGGAGCTAAAATCTCCAGGAC	134321

C  BX005070.10	242905	ACTGGCCCCCCAGGAACAAGTTTGGTGACCACTGGTCTAAAGTGTTACCC	242856
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	134322	ACTGGCCCCCCAGGAACAAGTTTGGTGACCACTGGTCTAAAGTGTTACCC	134371

C  BX005070.10	242855	ATTATACATTGACTAACTGCATCTCTGTTTAATGTTCAGCATCTTTTTTT	242806
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	134372	ATTATACATTGACTAACTGCATCTCTGTTTAATGTTCAGCATCTTTTTTT	134421

C  BX005070.10	242805	CTCTTATTTATTTTGTGTTGTCACTTGTAACTTTATGTACACTGGAAGCC	242756
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	134422	CTCTTATTTATTTTGTGTTGTCACTTGTAACTTTATGTACACTGGAAGCC	134471

C  BX005070.10	242755	TCTGAAGCCACAAATTCCTTGTGTGTGTGAAGCACACTTGGCAATAAAAC	242706
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	134472	TCTGAAGCCACAAATTCCTTGTGTGTGTGAAGCACACTTGGCAATAAAAC	134521

C  BX005070.10	242705	TGATTCTGATTCTGATTATTTAGCAGTTTTTGGCTTTGGGTCTTCCTCTG	242656
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	134522	TGATTCTGATTCTGATTATTTAGCAGTTTTTGGCTTTGGGTCTTCCTCTG	134571

C  BX005070.10	242655	TACATTATGTTGACAAACAGTGTCTAGAGATGTGGCATTTTGCAAAAATC	242606
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	134572	TACATTATGTTGACAAACAGTGTCTAGAGATGTGGCATTTTGCAAAAATC	134621

C  BX005070.10	242605	AGACTTGATTTAATTTATTAAGAAACAAAAGCATTATTGTGCACTTTAAA	242556
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	134622	AGACTTGATTTAATTTATTAAGAAACAAAAGCATTATTGTGCACTTTAAA	134671

C  BX005070.10	242555	GGAGGCCTATTACGGAAAAATAACATTTATAAAAGATTTAACCAAAGTTG	242506
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	134672	GGAGGCCTATTACGGAAAAATAACATTTATAAAAGATTTAACCAAAGTTG	134721

C  BX005070.10	242505	TGCGGCAATAGTTAGGATGCACAAATGAACACTGTTGTCTCCAAAGACCA	242456
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	134722	TGCGGCAATAGTTAGGATGCACAAATGAACACTGTTGTCTCCAAAGACCA	134771

C  BX005070.10	242455	GTGGCTCTAAAAGTGGGGGTCGCGAGACAATGAGAGGGGTCGCTTGGTGA	242406
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	134772	GTGGCTCTAAAAGTGGGGGTCGCGAGACAATGAGAGGGGTCGCTTGGTGA	134821

C  BX005070.10	242405	TTTCCAAAAATCTATCTTTAAACTATTGGAACTATCATATTTTAACCATA	242356
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	134822	TTTCCAAAAATCTATCTTTAAACTATTGGAACTATCATATTTTAACCATA	134871

C  BX005070.10	242355	ACCTGAAAATTTGTTTTTAATTTATAGTAAATTGAATATTTAGCTAATAT	242306
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	134872	ACCTGAAAATTTGTTTTTAATTTATAGTAAATTGAATATTTAGCTAATAT	134921

C  BX005070.10	242305	TTAATAGTTACATAAAAAAACATGCAAATTTCAATTTTTTTCGATTGGAT	242256
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	134922	TTAATAGTTACATAAAAAAACATGCAAATTTCAATTTTTTTCGATTGGAT	134971

C  BX005070.10	242255	TGTGACCCCTGGGGTTATTATGCTAGATTAACATCACAGCAATAACGTTA	242206
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	134972	TGTGACCCCTGGGGTTATTATGCTAGATTAACATCACAGCAATAACGTTA	135021

C  BX005070.10	242205	GTTGCAGCATATTGATTTTACGATACAATGTAAAACTTTGACACCTTTAT	242156
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	135022	GTTGCAGCATATTGATTTTACGATACAATGTAAAACTTTGACACCTTTAT	135071

C  BX005070.10	242155	GGCACTCACATACTGAACATTAAAAAAAGAGGCCACAACTGAACAAGGAG	242106
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	135072	GGCACTCACATACTGAACATTAAAAAAAGAGGCCACAACTGAACAAGGAG	135121

C  BX005070.10	242105	GATGATCTCCAAGTGGCTCCAAGTCTCCAAAATTAAACCAAGAATAGTCT	242056
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	135122	GATGATCTCCAAGTGGCTCCAAGTCTCCAAAATTAAACCAAGAATAGTCT	135171

C  BX005070.10	242055	TGTGCTATAAACATTGCTTACCATTGTCTTAAGTGAGATTAATATTAAAT	242006
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	135172	TGTGCTATAAACATTGCTTACCATTGTCTTAAGTGAGATTAATATTAAAT	135221

C  BX005070.10	242005	TAAACAAATAAATAATGATCATGAAAAATAGACTTTTGCACTTTTTGTGT	241956
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	135222	TAAACAAATAAATAATGATCATGAAAAATAGACTTTTGCACTTTTTGTGT	135271

C  BX005070.10	241955	CATCAATAAGCTTGTTTATATAGTTCCTATTGGTGTGTATGCACCATTGT	241906
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	135272	CATCAATAAGCTTGTTTATATAGTTCCTATTGGTGTGTATGCACCATTGT	135321

C  BX005070.10	241905	GTGCAATATTTTTATGCTAATTACCACCTCCAAGAATAGAGGGGGTCGCA	241856
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	135322	GTGCAATATTTTTATGCTAATTACCACCTCCAAGAATAGAGGGGGTCGCA	135371

C  BX005070.10	241855	AGTTTCTGGTGTATGTATTTTAGGGGTCACAGGCTGAAACGTTTGAGCAC	241806
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	135372	AGTTTCTGGTGTATGTATTTTAGGGGTCACAGGCTGAAACGTTTGAGCAC	135421

C  BX005070.10	241805	CCCTGCCATAGACTACCTTCTTCTGAGCCACTTTTTTCATCTTTTTCATC	241756
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	135422	CCCTGCCATAGACTACCTTCTTCTGAGCCACTTTTTTCATCTTTTTCATC	135471

C  BX005070.10	241755	TTTTTTTTTTTCATTTTTTCACAGAGAAAACATTTGTCCTGTTTTGAATC	241706
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	135472	TTTTTTTTTTTCATTTTTTCACAGAGAAAACATTTGTCCTGTTTTGAATC	135521

C  BX005070.10	241705	TGGCACTGTGCTGAGGCATAGGTGTTTATAGCACCGTCCTCTTTTGTAAA	241656
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	135522	TGGCACTGTGCTGAGGCATAGGTGTTTATAGCACCGTCCTCTTTTGTAAA	135571

C  BX005070.10	241655	GAAGGCTGGGAGCACAATCTCATTGGAATTTAAAGCAACAGCCACCAAAA	241606
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	135572	GAAGGCTGGGAGCACAATCTCATTGGAATTTAAAGCAACAGCCACCAAAA	135621

C  BX005070.10	241605	CAGGCACAATTTGGATCAAAACCTAAAACGGGCAATTTCAAGAGTTCTAA	241556
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	135622	CAGGCACAATTTGGATCAAAACCTAAAACGGGCAATTTCAAGAGTTCTAA	135671

C  BX005070.10	241555	AACATATCTGTGCTGTATTTTGATTTGAAACTTCACATACACAAACTCGG	241506
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	135672	AACATATCTGTGCTGTATTTTGATTTGAAACTTCACATACACAAACTCGG	135721

C  BX005070.10	241505	AGACTTAGGTCCCCTTAAATACTTTTATAAACAGTTACATTACACACTGC	241456
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	135722	AGACTTAGGTCCCCTTAAATACTTTTATAAACAGTTACATTACACACTGC	135771

C  BX005070.10	241455	AGGGAATGTAAAAAGCATAATTGGGCACTTTAATACATTTGTAATAATAA	241406
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	135772	AGGGAATGTAAAAAGCATAATTGGGCACTTTAATACATTTGTAATAATAA	135821

C  BX005070.10	241405	TTCTTATTAGATTTATAATAATTAAGCATTCATGTGGCCTTTTTCTATCT	241356
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	135822	TTCTTATTAGATTTATAATAATTAAGCATTCATGTGGCCTTTTTCTATCT	135871

C  BX005070.10	241355	ACTAAACTAACTTTCCGTACGTCCTACAGGTCTCTTCTATGAAATGTGGA	241306
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	135872	ACTAAACTAACTTTCCGTACGTCCTACAGGTCTCTTCTATGAAATGTGGA	135921

C  BX005070.10	241305	ATCTTACCCATTACCCATGAGGCTTTACTGCTGGGGGAGGTGTCTTATTT	241256
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	135922	ATCTTACCCATTACCCATGAGGCTTTACTGCTGGGGGAGGTGTCTTATTT	135971

C  BX005070.10	241255	TAGCTACCATGGTGATTTAGCTGACGAGCAGGAGAAGATGGAGCTTCAGA	241206
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	135972	TAGCTACCATGGTGATTTAGCTGACGAGCAGGAGAAGATGGAGCTTCAGA	136021

C  BX005070.10	241205	AAGCTTTGGGTCCCACTGCCAAGGTGACAGCTAACCGTTGGCATGACAAC	241156
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	136022	AAGCTTTGGGTCCCACTGCCAAGGTGACAGCTAACCGTTGGCATGACAAC	136071

C  BX005070.10	241155	TATTAGTAGTTCACTGTATAGTACAGCATGGAAAAGCTTAAAGCAGTGGA	241106
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	136072	TATTAGTAGTTCACTGTATAGTACAGCATGGAAAAGCTTAAAGCAGTGGA	136121

C  BX005070.10	241105	GAAATAGCCAGTTCTATCTATATACAGTTAGAATCCTTTGCTATTATTTT	241056
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	136122	GAAATAGCCAGTTCTATCTATATACAGTTAGAATCCTTTGCTATTATTTT	136171

C  BX005070.10	241055	TGTAAAGGCATTTTTATATTTTTATACAGTGCATGTTATAACTGTAGTAT	241006
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	136172	TGTAAAGGCATTTTTATATTTTTATACAGTGCATGTTATAACTGTAGTAT	136221

C  BX005070.10	241005	AGTTATGTTTTGTGTGCATACCAGAATGCATTATAGTGGATTTACAACAG	240956
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385075.8	136222	AGTTATGTTTTGTGTGCATACCAGAATGCATTATAGTGGATTTACAACAG	136271

Overview

Query
BX005070.10 - 242955 bps
Hit
CR385075.8 - 136271 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019372000240956242955-11342721362711
285.8328051940164534-115081
390.6189267230031230297-12435081
488.0433554034153954-151210461
584.36175398229376229773-182312121
684.471453014110641406125058253531
784.98147292118485118776125058253501
886.08131238136726136963-125102253381
982.88187514105166105679148902494211
1085.39173393142356142748148927493231
1182.9518652085019020-148933494601
1292.4344257948385416-152481530611
1382.781363032236922671161548618491
1486.92053727871279083-166124664741
1588.48220363118414118776166124664791
1691.62233318108449108766-166158664791
1787.54188328190280190607166158664701
1891.291752431162111863166235664751
1984.98167321200571200891171849721611
2083.4215240285958996191760921571
2184.61153337142357142693-191847921841
2278.823375323896623971811027081034381
Short-link