<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR847499.12	2000	GAATTCCACTTGATTGATATTCGAAGCATTTCCTGCCAACAGCAACGTAA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	1	GAATTCCACTTGATTGATATTCGAAGCATTTCCTGCCAACAGCAACGTAA	50

C  CR847499.12	1950	TACATACACAATGTACGCAAGGAGCGATTAACAAAAGACCTCCAACTGCT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	51	TACATACACAATGTACGCAAGGAGCGATTAACAAAAGACCTCCAACTGCT	100

C  CR847499.12	1900	GGACATTGGTGTAAACAGGGCAGTCAAAATGAAGTTGCGAGCAGCATTAA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	101	GGACATTGGTGTAAACAGGGCAGTCAAAATGAAGTTGCGAGCAGCATTAA	150

C  CR847499.12	1850	AGTGATGGATGACAGATGGCGAACACACCTGTACTAAGACTGGTGGGCAG	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	151	AGTGATGGATGACAGATGGCGAACACACCTGTACTAAGACTGGTGGGCAG	200

C  CR847499.12	1800	CGCTGTGGATGCCTGGGCTAAGGTACTGTATTTACTTTAACTGTTGTCCA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	201	CGCTGTGGATGCCTGGGCTAAGGTACTGTATTTACTTTAACTGTTGTCCA	250

C  CR847499.12	1750	AGCTTTGCAAAAGCCAGTATCATTGCTGAACTGGCAACGAGACTGATTCC	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	251	AGCTTTGCAAAAGCCAGTATCATTGCTGAACTGGCAACGAGACTGATTCC	300

C  CR847499.12	1700	AACAATGACGAGAGGCAATCCACCATGTTTAATGGCGAAATTGCCCAGCT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	301	AACAATGACGAGAGGCAATCCACCATGTTTAATGGCGAAATTGCCCAGCT	350

C  CR847499.12	1650	GTTCAATTTAGACACAGAAGATGAGGATTTGTGGGAGAAAATTAATTAAA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	351	GTTCAATTTAGACACAGAAGATGAGGATTTGTGGGAGAAAATTAATTAAA	400

C  CR847499.12	1600	AAAAAAAACACAAGTGTATTGATAAATAGAAGAAGTTCAACTAAACACAC	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	401	AAAAAAAACACAAGTGTATTGATAAATAGAAGAAGTTCAACTAAACACAC	450

C  CR847499.12	1550	TGTTTTGCTTTCGTTTTTTTGTAGAGCGTATGCTTTAGCTTGCGCCTTAT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	451	TGTTTTGCTTTCGTTTTTTTGTAGAGCGTATGCTTTAGCTTGCGCCTTAT	500

C  CR847499.12	1500	AATACGGTACGCCTTATGTATGAGTTAAGTACAGAAATAGGCCACATAAT	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	501	AATACGGTACGCCTTATGTATGAGTTAAGTACAGAAATAGGCCACATAAT	550

C  CR847499.12	1450	TGAGATTGTGTATCATAATCCGGTGTACCTTATGGTGAAAATACAGTTAC	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	551	TGAGATTGTGTATCATAATCCGGTGTACCTTATGGTGAAAATACAGTTAC	600

C  CR847499.12	1400	ATAATGCTTTTTGTAAATTAACATATTTTTTGAGTTACTTTTTTTTTAAA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	601	ATAATGCTTTTTGTAAATTAACATATTTTTTGAGTTACTTTTTTTTTAAA	650

C  CR847499.12	1350	TGTACTGCAAGTTACTTTTTACCTTATTTAATTGGCTTTAAAAAACATTA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	651	TGTACTGCAAGTTACTTTTTACCTTATTTAATTGGCTTTAAAAAACATTA	700

C  CR847499.12	1300	GAATAATGTTACCAGAATAAAAATAACCTTAGTCAGGTTAAATCACACAC	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	701	GAATAATGTTACCAGAATAAAAATAACCTTAGTCAGGTTAAATCACACAC	750

C  CR847499.12	1250	TCAATGACAATCGACTCACACTTATTTTTGTCATTATCAGGTCTCTTTTT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	751	TCAATGACAATCGACTCACACTTATTTTTGTCATTATCAGGTCTCTTTTT	800

C  CR847499.12	1200	TTCACAGCAGATGAGTCAGTCTACTGTTCTAGTAACTGAATATCTAAGGA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	801	TTCACAGCAGATGAGTCAGTCTACTGTTCTAGTAACTGAATATCTAAGGA	850

C  CR847499.12	1150	TATGGGTTTATTTTAAGTCAGATGGAGTATCCGGTATGTTAGTACTTACT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	851	TATGGGTTTATTTTAAGTCAGATGGAGTATCCGGTATGTTAGTACTTACT	900

C  CR847499.12	1100	GAAGCTTGAAACGACAACTCGGTTCTACCAGTTCACTTAGAAGATCCGGT	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	901	GAAGCTTGAAACGACAACTCGGTTCTACCAGTTCACTTAGAAGATCCGGT	950

C  CR847499.12	1050	TAAAACTAACAACTAATTTGCAAATCACCTGTGATCACAACAAACAGTCA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	951	TAAAACTAACAACTAATTTGCAAATCACCTGTGATCACAACAAACAGTCA	1000

C  CR847499.12	1000	GAATGGCAGGCCGGAGACTTTTTTGCAATAAATTCTTGTTAATTTGAAAG	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	1001	GAATGGCAGGCCGGAGACTTTTTTGCAATAAATTCTTGTTAATTTGAAAG	1050

C  CR847499.12	950	TGGATTGTTGTTAAGTGTAGATTATGTGTAAGTAAAACTCTTGACAAGAA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	1051	TGGATTGTTGTTAAGTGTAGATTATGTGTAAGTAAAACTCTTGACAAGAA	1100

C  CR847499.12	900	ACATGACATCTAAAAAACAAACTAAATAAAAAACTGCATACAAAGCACAG	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	1101	ACATGACATCTAAAAAACAAACTAAATAAAAAACTGCATACAAAGCACAG	1150

C  CR847499.12	850	CACCCGCACTCCTCCTCCTGCTACCTGTAAACAACAAATGGTTGACATCC	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	1151	CACCCGCACTCCTCCTCCTGCTACCTGTAAACAACAAATGGTTGACATCC	1200

C  CR847499.12	800	GTTCACGTTCTCCAGGTAAAACAATTATTTGGCTAAACTAAAAAATGTTA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	1201	GTTCACGTTCTCCAGGTAAAACAATTATTTGGCTAAACTAAAAAATGTTA	1250

C  CR847499.12	750	TTGCTTTTATTATTGAGGAGATACAGCCAGTGTCTAGCACTACGGTAGAA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	1251	TTGCTTTTATTATTGAGGAGATACAGCCAGTGTCTAGCACTACGGTAGAA	1300

C  CR847499.12	700	GTGACTACTGTTTTGTAATATAGTAAGATTTTTTCTCGTTTGGGAAACAA	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	1301	GTGACTACTGTTTTGTAATATAGTAAGATTTTTTCTCGTTTGGGAAACAA	1350

C  CR847499.12	650	TTTACACATTTTACATTTTACAATTTACAAGGCCACATGATGAAACGTAT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	1351	TTTACACATTTTACATTTTACAATTTACAAGGCCACATGATGAAACGTAT	1400

C  CR847499.12	600	TCAAAAAAAGCTGTCAATGTATAAAAGGTTTATTTTTATTGCATGCATTT	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	1401	TCAAAAAAAGCTGTCAATGTATAAAAGGTTTATTTTTATTGCATGCATTT	1450

C  CR847499.12	550	TGATTGCATGCATTTGATTGACAGCATGTCTGGGCTCAGAAAGTTCTCAA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	1451	TGATTGCATGCATTTGATTGACAGCATGTCTGGGCTCAGAAAGTTCTCAA	1500

C  CR847499.12	500	AATGTAATTTTGTCCCACATTTTTTGTCATTGTCATCGGTTGCACACATT	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	1501	AATGTAATTTTGTCCCACATTTTTTGTCATTGTCATCGGTTGCACACATT	1550

C  CR847499.12	450	ATATGCATTATGGCTCTTTCCGGACAACACTACAAATGACTACTCCCTCA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	1551	ATATGCATTATGGCTCTTTCCGGACAACACTACAAATGACTACTCCCTCA	1600

C  CR847499.12	400	AATGGCACACTACTGAACGGAAATAGAGGGCAATTTCAAACATAGCCACA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	1601	AATGGCACACTACTGAACGGAAATAGAGGGCAATTTCAAACATAGCCACA	1650

C  CR847499.12	350	TAAACATCACAACTAAAAGAGTGATCAGTTCAAACTGGATTGTGGAGTTA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	1651	TAAACATCACAACTAAAAGAGTGATCAGTTCAAACTGGATTGTGGAGTTA	1700

C  CR847499.12	300	ATTTTGAGGACTTGTTTTCCAGCGTTTTCATTGGATTGTGTATAGAAAAC	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	1701	ATTTTGAGGACTTGTTTTCCAGCGTTTTCATTGGATTGTGTATAGAAAAC	1750

C  CR847499.12	250	TTGGTCTTCTTATACAGGACAAAATGAAAAAAGGAAAAAATCAGTGAACC	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	1751	TTGGTCTTCTTATACAGGACAAAATGAAAAAAGGAAAAAATCAGTGAACC	1800

C  CR847499.12	200	CTTTTCCAGAAAGGCCATTAATTATTCATCCTTTATTTCTTTATCATAAA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	1801	CTTTTCCAGAAAGGCCATTAATTATTCATCCTTTATTTCTTTATCATAAA	1850

C  CR847499.12	150	ACTGTTCAAGTGAAAGTTTGATAATGTCTTGTTTTAAATGGGAAATTGAA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	1851	ACTGTTCAAGTGAAAGTTTGATAATGTCTTGTTTTAAATGGGAAATTGAA	1900

C  CR847499.12	100	GACAAGCTAATCGAATATGCAAACAATGGGGTATTTCTCATTAAGACTGA	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	1901	GACAAGCTAATCGAATATGCAAACAATGGGGTATTTCTCATTAAGACTGA	1950

C  CR847499.12	50	ATTACGAGTTAATTAATTTAGACTTGATGACCCCATAAATCAACTGAAGA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR381538.9	1951	ATTACGAGTTAATTAATTTAGACTTGATGACCCCATAAATCAACTGAAGA	2000

Overview

Query
CR847499.12 - 103112 bps
Hit
CR381538.9 - 169036 bps
Total alignments
18
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001933200012000-1120001
210042861600816093-1299030751
391.0739579836798423-1463446891
479.224414768212683581834184941
580.851082944639346686-1838186621
679.745515750279504351839285491
783.04531125931059421123173232841
878.26722334639046622123175234041
981.01762256375763981-125342255781
1089.344874101819101892125504255781
1177.29813325931059641-173881742191
1298.841831601016092-190968910501
1310038791600916087199906999841
1498.5932714140741477199914999841
1592.061121527074070891-11378921380421
1678.42682265931059535-11591661593921
1783.331072296375463982-11591711593981
1887.32437110182210189211593251593951
Short-link