<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX005182.13	155920	GAATTCCTCCCTTAAAGTGCTTATTCGATGAAGGTGGGATGTTAAGTCAA	155871
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	110008	GAATTCCTCCCTTAAAGTGCTTATTCGATGAAGGTGGGATGTTAAGTCAA	110057

C  BX005182.13	155870	ACGCTGCCACCAAACCCCAGACTTTCAAGTAACTGGAAAATCAATGAGCA	155821
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	110058	ACGCTGCCACCAAACCCCAGACTTTCAAGTAACTGGAAAATCAATGAGCA	110107

C  BX005182.13	155820	TGTTTTTAAAACAGGATGTCCTAAAAGCTGAAGTCATCCCTCATACAAGG	155771
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	110108	TGTTTTTAAAACAGGATGTCCTAAAAGCTGAAGTCATCCCTCATACAAGG	110157

C  BX005182.13	155770	GCCAATCAAACGAAATAAAATGCACACAGCCATTTTCTGACACTCAGCAC	155721
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	110158	GCCAATCAAACGAAATAAAATGCACACAGCCATTTTCTGACACTCAGCAC	110207

C  BX005182.13	155720	ACACCGTCATCTTTGGATTTGTACTCTCCAAAAACGCACATAAATAATTT	155671
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	110208	ACACCGTCATCTTTGGATTTGTACTCTCCAAAAACGCACATAAATAATTT	110257

C  BX005182.13	155670	ATGCATTCAAAAACATTTTTTCCTTCCCCCCTCTGTGTTTCATTGTTGGG	155621
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	110258	ATGCATTCAAAAACATTTTTTCCTTCCCCCCTCTGTGTTTCATTGTTGGG	110307

C  BX005182.13	155620	AGGCCATGCATCAAAGCTTGCGTATATACCTCCCTGATTCATTCCGGAAC	155571
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	110308	AGGCCATGCATCAAAGCTTGCGTATATACCTCCCTGATTCATTCCGGAAC	110357

C  BX005182.13	155570	CAAATCGCTACTCCATCGAAGAAAATGTATATTGATAGCCCGAACTTTGA	155521
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	110358	CAAATCGCTACTCCATCGAAGAAAATGTATATTGATAGCCCGAACTTTGA	110407

C  BX005182.13	155520	AATGGCTCATAAGTAATACTGCTTCAGTTTGTTTTTATTACTGATGGAAT	155471
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	110408	AATGGCTCATAAGTAATACTGCTTCAGTTTGTTTTTATTACTGATGGAAT	110457

C  BX005182.13	155470	GCGGACCATTAATCCTTTTTTTTTTTTTCATGCTATCATAGGAATGGCCT	155421
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	110458	GCGGACCATTAATCCTTTTTTTTTTTTTCATGCTATCATAGGAATGGCCT	110507

C  BX005182.13	155420	TCCTCCAGAGAAACCTGCCACAGAGGACGTCAACGTGTACCAGAAATATA	155371
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	110508	TCCTCCAGAGAAACCTGCCACAGAGGACGTCAACGTGTACCAGAAATATA	110557

C  BX005182.13	155370	TCGCTAGGTATGCAAATCCTTACCCTCACAAAACTTCACGACAACATTCC	155321
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	110558	TCGCTAGGTATGCAAATCCTTACCCTCACAAAACTTCACGACAACATTCC	110607

C  BX005182.13	155320	TTAATCGAGGACATATATTAGGCTTTAATAAAGTAGGACGTAGATTTGCG	155271
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	110608	TTAATCGAGGACATATATTAGGCTTTAATAAAGTAGGACGTAGATTTGCG	110657

C  BX005182.13	155270	AAAACACACTTTCTGTGCGGACGATAAATTACGCGTAAGCACGCCAGGTT	155221
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	110658	AAAACACACTTTCTGTGCGGACGATAAATTACGCGTAAGCACGCCAGGTT	110707

C  BX005182.13	155220	TATGGACTAAGGAAAATTAATTGAATTAAAGGCTGGAAAGTGAGTAATTT	155171
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	110708	TATGGACTAAGGAAAATTAATTGAATTAAAGGCTGGAAAGTGAGTAATTT	110757

C  BX005182.13	155170	TTTCCTCCCGGTGTCAGATTCCCTGCCAGCGCCGAAGCTGAACTCCGTGA	155121
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	110758	TTTCCTCCCGGTGTCAGATTCCCTGCCAGCGCCGAAGCTGAACTCCGTGA	110807

C  BX005182.13	155120	AATCTTAAGCAAACAGCATGAAATGTTTGCAAAAACATCGGACACATCAG	155071
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	110808	AATCTTAAGCAAACAGCATGAAATGTTTGCAAAAACATCGGACACATCAG	110857

C  BX005182.13	155070	ACTGCCCTGCGCGTGTGCCTGTGTGTCGTCAGGCATGACTGCACAGATAG	155021
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	110858	ACTGCCCTGCGCGTGTGCCTGTGTGTCGTCAGGCATGACTGCACAGATAG	110907

C  BX005182.13	155020	TTGAGACTTTCATTTGTAATATCTGCACTTCAAATGAAGATACTGAATCA	154971
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	110908	TTGAGACTTTCATTTGTAATATCTGCACTTCAAATGAAGATACTGAATCA	110957

C  BX005182.13	154970	ACTAAATGACAGGCACTCGCAAATGCAGACAAAGCGCTGAGATAGATGCA	154921
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	110958	ACTAAATGACAGGCACTCGCAAATGCAGACAAAGCGCTGAGATAGATGCA	111007

C  BX005182.13	154920	GCGCACTCTAATATCGGCTTCTGTTCCCTTTTGTCGCGCCAGTAGAAAGG	154871
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	111008	GCGCACTCTAATATCGGCTTCTGTTCCCTTTTGTCGCGCCAGTAGAAAGG	111057

C  BX005182.13	154870	TGATTATCATTTGTTTATTTATTCTAGCCTTAAAGAGAGAAAAAGGCGCG	154821
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	111058	TGATTATCATTTGTTTATTTATTCTAGCCTTAAAGAGAGAAAAAGGCGCG	111107

C  BX005182.13	154820	TTTCAAAAGGCAAAGTGGCTTTGGCGTTAATGATTACTCTCCCAAGCCGT	154771
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	111108	TTTCAAAAGGCAAAGTGGCTTTGGCGTTAATGATTACTCTCCCAAGCCGT	111157

C  BX005182.13	154770	AACATGAAGGCCACAAATCAAAGCCCTGGCACTAACAGACACACACACAT	154721
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	111158	AACATGAAGGCCACAAATCAAAGCCCTGGCACTAACAGACACACACACAT	111207

C  BX005182.13	154720	CCTTGTGCACACACAAAAACCCTCCTTGGACTGATTACATTTTGCAAGAA	154671
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	111208	CCTTGTGCACACACAAAAACCCTCCTTGGACTGATTACATTTTGCAAGAA	111257

C  BX005182.13	154670	GATTTAATTAAGGAATTTTTAATGAGGCTTCTGCTGGCACTGCCAAGAAC	154621
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	111258	GATTTAATTAAGGAATTTTTAATGAGGCTTCTGCTGGCACTGCCAAGAAC	111307

C  BX005182.13	154620	TGTTTTGATATTTGCACTGCATAATGCATAAAATTTGTCTAAACATCTCG	154571
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	111308	TGTTTTGATATTTGCACTGCATAATGCATAAAATTTGTCTAAACATCTCG	111357

C  BX005182.13	154570	GCAGTTGATGCGCGGGGAGGCAGTAGATAAGCCCAGATACAGTTTCAATT	154521
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	111358	GCAGTTGATGCGCGGGGAGGCAGTAGATAAGCCCAGATACAGTTTCAATT	111407

C  BX005182.13	154520	TCCGTGTTGGGAAAAAAAAGAAAGGAAAGAGAGGAGGGGAAAAAAGAAAA	154471
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	111408	TCCGTGTTGGGAAAAAAAAGAAAGGAAAGAGAGGAGGGGAAAAAAGAAAA	111457

C  BX005182.13	154470	ATGAGGACTCATAAAAAGGGCAAATGCAGCCTGGTGTATTGGGGGGTTGT	154421
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	111458	ATGAGGACTCATAAAAAGGGCAAATGCAGCCTGGTGTATTGGGGGGTTGT	111507

C  BX005182.13	154420	TGAAGGATGGGGGGGGAGCATCTACGCTAATGAGAGAACAGTCGTGCTAA	154371
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	111508	TGAAGGATGGGGGGGGAGCATCTACGCTAATGAGAGAACAGTCGTGCTAA	111557

C  BX005182.13	154370	AAAGCAGCTTTGTAAACTTGTCTACACCCACCTCCCCCCCCCCTCCCACA	154321
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	111558	AAAGCAGCTTTGTAAACTTGTCTACACCCACCTCCCCCCCCCCTCCCACA	111607

C  BX005182.13	154320	AAAGGGGAAAAAGTTCTTTATCTCCTCGCTCTGCCGCGGTTTGATGTTTA	154271
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	111608	AAAGGGGAAAAAGTTCTTTATCTCCTCGCTCTGCCGCGGTTTGATGTTTA	111657

C  BX005182.13	154270	AAGAGCTTCCCTGGTAGTGTTTAGTCACTGTTTTCCCTCCTAAATGCTTT	154221
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	111658	AAGAGCTTCCCTGGTAGTGTTTAGTCACTGTTTTCCCTCCTAAATGCTTT	111707

C  BX005182.13	154220	TATGTACCCACCATTGCGCCAAACTTTGATCGGCGTGTCTCTATTGTAAC	154171
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	111708	TATGTACCCACCATTGCGCCAAACTTTGATCGGCGTGTCTCTATTGTAAC	111757

C  BX005182.13	154170	GGGAGATGTGCGGCAATCTCTGTATCGTGGTGATATTAATATTTAATCCG	154121
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	111758	GGGAGATGTGCGGCAATCTCTGTATCGTGGTGATATTAATATTTAATCCG	111807

C  BX005182.13	154120	CCGCTGAATAGCAACGTGGCCCATTAGCCCCCTGACGCGGCAAGTGGGAA	154071
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	111808	CCGCTGAATAGCAACGTGGCCCATTAGCCCCCTGACGCGGCAAGTGGGAA	111857

C  BX005182.13	154070	TTGTCCAGAGGCAAAGTGATACAGCTGGGGTGGGCTGCCATCCCAGGGGG	154021
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	111858	TTGTCCAGAGGCAAAGTGATACAGCTGGGGTGGGCTGCCATCCCAGGGGG	111907

C  BX005182.13	154020	GTTTTGTGTACACAGGGCCGGGAGTGTTTGAGTGCGACGCAGAGGGGCTG	153971
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	111908	GTTTTGTGTACACAGGGCCGGGAGTGTTTGAGTGCGACGCAGAGGGGCTG	111957

C  BX005182.13	153970	CTAATGGTGGGTGAGTTTAACACGTGCAGTTCTGCCAGTGTGAGATATAC	153921
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR361545.10	111958	CTAATGGTGGGTGAGTTTAACACGTGCAGTTCTGCCAGTGTGAGATATAC	112007

Overview

Query
BX005182.13 - 155920 bps
Hit
CR361545.10 - 112007 bps
Total alignments
32
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019882000153921155920-11100081120071
283.963858123539536206-1393347361
385.18820643276434811908792941
410036757779377867-111793118671
51003776109104109179-111793118681
687.365094153387153480113810139041
780.736419892459442114008141991
886.85992084330943516-116745169571
988.49631322997230103-116818169561
1086.564911340724184-116838169561
1194.3140886443964526-119211192981
1297.435776444564521129849299251
1397.541802433224411-129854299331
1498.65367423802453-129857299301
1598.6336733948239554-129857299291
1697.439776444264518-129857299331
1798.65367423962469129857299301
1810034692433724405129857299251
1985.141714204303843457-143362437851
201003878109104109181168964690411
2110037777779377869168965690411
2297.58371228673886859-176829769521
2386.524988110815110902195110951981
2487.68113196101434101629195199954011
2585.71100196110921111116195199954011
2685.2614934837954142-11002341005791
2797.473679394783955611006551007331
2810036732433724409-11006611007331
291003673644486452011006611007331
3010036736444864520-11006621007341
3110035722384245511006621007331
321003674243372441011006621007351
Short-link