<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX323831.7	1	GAATTCAAGACAATACAGAATGGTGGCTCTTTTAATATTGTAACTTTACC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	90985	GAATTCAAGACAATACAGAATGGTGGCTCTTTTAATATTGTAACTTTACC	91034

BX323831.7	51	AGATGATTTCAAGACATATAAATATATTTGTAATCAAATGAGCTGCTTGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	91035	AGATGATTTCAAGACATATAAATATATTTGTAATCAAATGAGCTGCTTGA	91084

BX323831.7	101	AGAAAGTCATTAGTTGAAAATGGAGAACAAACCTGTTTAAGTAGTTCGAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	91085	AGAAAGTCATTAGTTGAAAATGGAGAACAAACCTGTTTAAGTAGTTCGAT	91134

BX323831.7	151	ATATGCAAGGCCCATTTTTGAATTTCTTTTTGTGTAATCGATAAAGAGTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	91135	ATATGCAAGGCCCATTTTTGAATTTCTTTTTGTGTAATCGATAAAGAGTG	91184

BX323831.7	201	TTCACATCTGATGTACCTGTATTTTGGCCATTTGCTGTAACACAACTTGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	91185	TTCACATCTGATGTACCTGTATTTTGGCCATTTGCTGTAACACAACTTGA	91234

BX323831.7	251	TTTGAGGCCAAAAGCTTGAGTTTTGATGACACTAACTCTTGGTGGTGGTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	91235	TTTGAGGCCAAAAGCTTGAGTTTTGATGACACTAACTCTTGGTGGTGGTA	91284

BX323831.7	301	GTTTTATTTATTTATTTATTTATAAACTTTTTGGATTACTCGCGTATCTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	91285	GTTTTATTTATTTATTTATTTATAAACTTTTTGGATTACTCGCGTATCTA	91334

BX323831.7	351	CAATAACTAAAATTAAAATAATAATAACATCTAGCATGCTAAAAATCTCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	91335	CAATAACTAAAATTAAAATAATAATAACATCTAGCATGCTAAAAATCTCT	91384

BX323831.7	401	GTCATGGATCAATAAATAATGTATAACATAAAAAGAGCATTTGGGAGCAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	91385	GTCATGGATCAATAAATAATGTATAACATAAAAAGAGCATTTGGGAGCAG	91434

BX323831.7	451	CAAGTCAAGCCGGGCCAGACAGAATCTGCATTTTTTTTTTTTTTTTTTTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	91435	CAAGTCAAGCCGGGCCAGACAGAATCTGCATTTTTTTTTTTTTTTTTTTG	91484

BX323831.7	501	CTATTTCTGTATATAATTTGATTTAAAACGAATTGTAATTTTATGTGGAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	91485	CTATTTCTGTATATAATTTGATTTAAAACGAATTGTAATTTTATGTGGAA	91534

BX323831.7	551	TGTTTTTCCACATAAATTAAGTGTAGAAGCTAAAAACCTAACATAAAAAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	91535	TGTTTTTCCACATAAATTAAGTGTAGAAGCTAAAAACCTAACATAAAAAA	91584

BX323831.7	601	TAACATAGATTAAAAAAATACAATGAAAATTTAATAACAATCACTTGTTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	91585	TAACATAGATTAAAAAAATACAATGAAAATTTAATAACAATCACTTGTTC	91634

BX323831.7	651	GGGAAGCTACAGCAGTTCCCTCATATAAAACACCCACTAAAAGAAGACTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	91635	GGGAAGCTACAGCAGTTCCCTCATATAAAACACCCACTAAAAGAAGACTT	91684

BX323831.7	701	TACAAATTGTATTGTACATAATATTGTACATAATCATTTGCATATTCATT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	91685	TACAAATTGTATTGTACATAATATTGTACATAATCATTTGCATATTCATT	91734

BX323831.7	751	AATATTACTGAAATTATATTAAAAATCAAATAAATATAAATTTACATGCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	91735	AATATTACTGAAATTATATTAAAAATCAAATAAATATAAATTTACATGCA	91784

BX323831.7	801	TTCATGTTAGTGCACTGTTAACAATTTCCTGTAGAATCTACAGTTACTTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	91785	TTCATGTTAGTGCACTGTTAACAATTTCCTGTAGAATCTACAGTTACTTA	91834

BX323831.7	851	CTGGCAGCAGTTCACCAGTATCTTACTGTAAACCAATTACGGCAAACATA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	91835	CTGGCAGCAGTTCACCAGTATCTTACTGTAAACCAATTACGGCAAACATA	91884

BX323831.7	901	CTGTATTTACATTTACAGCAACATTTATCTTACTGTATGTGTATTTACAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	91885	CTGTATTTACATTTACAGCAACATTTATCTTACTGTATGTGTATTTACAG	91934

BX323831.7	951	TATTGCATAGCAGTATACTGTGTTTTTTACAATGCAACTTAAAAACACAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	91935	TATTGCATAGCAGTATACTGTGTTTTTTACAATGCAACTTAAAAACACAG	91984

BX323831.7	1001	TAACATACTTTCCTACACTAAAATACAGTTTATATTACAGTTAAATACTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	91985	TAACATACTTTCCTACACTAAAATACAGTTTATATTACAGTTAAATACTG	92034

BX323831.7	1051	TATAATATACAAAAGTCATTAACACCGTAAATAAATAGATTGAACGATTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	92035	TATAATATACAAAAGTCATTAACACCGTAAATAAATAGATTGAACGATTG	92084

BX323831.7	1101	GCTTAGAAATCTGCAGGTTTCTGCATGTGCTGGTTCTGTTTGGGTCTACA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	92085	GCTTAGAAATCTGCAGGTTTCTGCATGTGCTGGTTCTGTTTGGGTCTACA	92134

BX323831.7	1151	TTTGTTGCATTTGAAATAACATTTACTTGCAACATACTGTGTAAAACATT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	92135	TTTGTTGCATTTGAAATAACATTTACTTGCAACATACTGTGTAAAACATT	92184

BX323831.7	1201	ATAGTAGTATGAATTCATAGTATTTGAAAAACAGTTGATAAAAAGTACCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	92185	ATAGTAGTATGAATTCATAGTATTTGAAAAACAGTTGATAAAAAGTACCC	92234

BX323831.7	1251	GAGTAGCCTACGGATTTGTCCTTTATACTGACGTGCATGTGGAATTAGGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	92235	GAGTAGCCTACGGATTTGTCCTTTATACTGACGTGCATGTGGAATTAGGC	92284

BX323831.7	1301	TGTTGGAGAAGTTTTATGAATAAATGTAAAGCAACATAACTGATGATGGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	92285	TGTTGGAGAAGTTTTATGAATAAATGTAAAGCAACATAACTGATGATGGT	92334

BX323831.7	1351	ATGCTACGGTAGATGTGGTACAATTCCTTATTAATGTTATATAGAATACT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	92335	ATGCTACGGTAGATGTGGTACAATTCCTTATTAATGTTATATAGAATACT	92384

BX323831.7	1401	AAATAGATTCATGTAAGTTCAAATATCGTAACTACTTTGTGATGCACCGC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	92385	AAATAGATTCATGTAAGTTCAAATATCGTAACTACTTTGTGATGCACCGC	92434

BX323831.7	1451	CTGTAAATGAGTGATTCATTGAATCATTCATATGATTTGTTTAAATTGAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	92435	CTGTAAATGAGTGATTCATTGAATCATTCATATGATTTGTTTAAATTGAC	92484

BX323831.7	1501	TGATTTGTGTAAAGCACATGTATCAAACTCAGATTTTGGTGGTCAACAAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	92485	TGATTTGTGTAAAGCACATGTATCAAACTCAGATTTTGGTGGTCAACAAC	92534

BX323831.7	1551	TCTCTACCGTTGCACACTTGATCAAACTAATTGAGTATGTCAGGCTTATT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	92535	TCTCTACCGTTGCACACTTGATCAAACTAATTGAGTATGTCAGGCTTATT	92584

BX323831.7	1601	TGAAACCCACAGGGAAGTGTGTTGAAGCACGGTTTGAACTAAACTCTGCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	92585	TGAAACCCACAGGGAAGTGTGTTGAAGCACGGTTTGAACTAAACTCTGCA	92634

BX323831.7	1651	GGCCTGCGGCCCTCCAGGAAATGAGTTCTGACACCCCTTAAGGCTTTCTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	92635	GGCCTGCGGCCCTCCAGGAAATGAGTTCTGACACCCCTTAAGGCTTTCTT	92684

BX323831.7	1701	TATGAATGCGTCATTAAAATATTGACTCAAATTATTTGTTTAAAAAAAGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	92685	TATGAATGCGTCATTAAAATATTGACTCAAATTATTTGTTTAAAAAAAGA	92734

BX323831.7	1751	TTAATTCAGGAAGAAACTACCACAGTTTTGCCCCAAGATGCAAAAATGGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	92735	TTAATTCAGGAAGAAACTACCACAGTTTTGCCCCAAGATGCAAAAATGGG	92784

BX323831.7	1801	GGCTTTCGTCAACAGAAACTCTGAAGTGACGCAAGTCAGCCAATTGTAAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	92785	GGCTTTCGTCAACAGAAACTCTGAAGTGACGCAAGTCAGCCAATTGTAAT	92834

BX323831.7	1851	ATCACAATACATAATAACTGCAGTTTTGCACTATTTTATAAATTATAAAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	92835	ATCACAATACATAATAACTGCAGTTTTGCACTATTTTATAAATTATAAAG	92884

BX323831.7	1901	AAACAAAAACCCATAAAAATGTCTTTTTTTCTTTCATATTTTGAATTACA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	92885	AAACAAAAACCCATAAAAATGTCTTTTTTTCTTTCATATTTTGAATTACA	92934

BX323831.7	1951	TGGTAATATAGTCATTGACATGCTCTGTCAGCTTGCATATCATTAAAATT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318644.8	92935	TGGTAATATAGTCATTGACATGCTCTGTCAGCTTGCATATCATTAAAATT	92984

Overview

Query
BX323831.7 - 180638 bps
Hit
CR318644.8 - 92984 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001890200012000190985929841
282.141263141492381495511354738541
385.561913635803158393111813121791
484.31222456968869932111937121781
586.96131235169048169282111953121821
692.012243183148031797115888162001
786.621402992238622684124641249391
888.511683003697937278-124642249371
984.851172845557755860124643249391
1088.321192126993070141124708249211
1182.011564992238722885127594280821
1290.23147228138000138227-132190324141
1387.712023405802158360145956463051
1483.62123284149241149524146013463051
1591.33141196169051169246146110463051
1696.241171335825858390-146510466421
1796.24117133169144169276-146510466421
1883.971563455804658390155341556771
1983.91543333310933441155356556781
2082.311334123062431035167717681401
2184.311754575561056066167720681781
2282.561594733675637228-167734681921
2387.951723194496145279167878681921
Short-link